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分子对接教程 | (2) 选择合适蛋白受体

所以我们获取蛋白质三级结构最直接办法就是去PDB 搜索(http://www.rcsb.org/)。 ?...UniProt 数据库首页上也有一个搜索条,选择UniprotKB 数据库,然后输入“human dutpase”,第一条就是我们要。...点击第一条序列检索号,打开这条数据库记录。 ? UniProtKB 中数据库记录分成几个部分,左侧是注释标签,点击其中某一个标签可以直接跳转到该部分注释。...从这里可以得知dUTPase 是一种在核酸代谢过程中酶、它催化反应方程式、它辅助因子、它参与代谢途径等。每条注释信息都提供出处来源,让你有据可查。...我们需要根据一些文献知识,了解一般配体所在部位即相关活性位点。有没有已知结合区域来参考选择,我个人认为,如果不知道,越长越好。有的还是多条肽链复合物,如果是二聚体,后面对接可以删除一个。

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MySQL优化利器⭐️Multi Range Read与Covering Index是如何优化回表

有没有什么办法可以尽量避免回表或让回表开销变小呢?...MySQL查询时,需要将磁盘数据加载到缓冲池中,与磁盘交互单位是页,页中存在多条记录由于获取是聚簇索引页,那么该页中主键值是有序,但在二级索引上记录主键值可能并不是有序比如图中第一条记录主键值为...24记录在页A中,第二条记录主键值为82546记录在页C中当遍历到第一条记录时需要去加载页A,当遍历下一条记录时需要去加载页C当这种随机IO过多时,可能每查一条记录相当于要去加载一个页,成本非常大不要小瞧回表开销...,当查询数据量大,使用二级索引都要回表的话,性能还不如全表扫描(扫描聚簇索引),这通常也是索引失效一大场景(后续文章再来聊聊这块)Multi Range Read 多范围读取那有没有什么办法降低成本呢...,会进行回表查询聚簇索引获取完整记录回表不仅需要再查一次聚簇索引,而且在二级索引中主键值可能是乱序,因此查询聚簇索引会出现随机IO查询随机IO时可能每条记录都在不同页中,这会导致每查询一条记录就需要将磁盘中页加载到缓冲池

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OushuDB-客户端认证-配置方法

一、配置方法 pg_hba.conf文件常用格式是一组记录,每行一条。空白行将被忽略,#开头注释也被忽略。一条记 录是由若干用空格和/或制表符分隔字段组成,记录不能跨行存在。...每条记录可以是下面七种格式之一: TYPE DATABASE USER ADDRESS METHOD [auth- options] local hostssl host hostnossl...第一条匹配连接类型、 客户端地址、连接请求数据库名和用户名记录将 用于执行认证。这个处理过程没有 “跨越”或者”回头”说法:如果选择了一条记录而且认证失败, 那么 将不再考虑后面的记录。...这些字段适用于host,hostssl,hostnossl记录,local不涉及。 1.5 IP-ADDRESS IP-MASK 与 CIDR-ADDRESS一样,只是写法不同。...这些字段同样适用于host,hostssl,hostnossl记录,local不涉及。 1.6 METHOD 指定如何处理客户端认证,也就是认证方式。

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数据列表如何实现单条记录部分数据打印?

问题在数据列表里,数据是一条一条循环出来,如果我们想实现打印单条数据,打印出来每条数据都是相同描述页面布局大致如下:图片页面上添加了一个打印按钮,微搭本地不提供打印功能,打印功能实现是调用了一个...('data.target',data.target)const element = document.querySelector(`#container1`) // 选择到要打印组件id或者class...,当我们点击打印按钮时,此时我们点击是第二条数据,但是在打印预览页展示还是第一条数据信息。...图片同样,无论我们点击哪一条数据打印,打印预览页都是第一条信息,所以我们无法直接在数据列表内实现打印不同数据功能。...总结目前解决办法是新建一个页面,跳转到新页面传递参数,新页面内展示单条数据,在新页面内打印。但是这种办法还需要跳转页面,操作上不够简便。

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基因注释

基因注释 记录下自己对RNA-seq基因注释学习,并对Drop-seq软件包中注释模块进行代码研读 什么是基因注释 一句话概况注释:找到与reads有overlap基因片段,并进行标记 这里reads...指bam文件中每一行数据,即测序下机文件fastq与参考基因组进行比对之后生成数据,其中记录每条read在参考基因组中位置,有起始位置和终止位置,表示一段区间 基因注释文件记录了每个基因片段在参考基因组上位置...,也是一段区间,因此与bam文件结合,通过find overlapping我们可以查找到每条read属于哪个基因片段,将其标记在bam格式tags中,这对后续生信分析是有帮助 基因注释文件 GTF...类实例: List转GeneFromGTF调用接口makeGeneFromMultiVersionGTFRecords() 使用list中第一条GTFRecord信息初始化GeneFromGTF...(因为第一条类型永远是gene),只有start end属性是取得list中所有数据最小start,最大end 进行一致性检查.

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MongoDB基础知识笔记

如果放开注释,就必须创建**MongoDB**账号,使用账号与密码才可远程访问,第一次安装建议注释** bind_ip=0.0.0.0 #**允许远程访问,或者直接注释,127.0.0.1是只允许本地访问...为12满足条件数据第一条整条数据覆盖为name:“xiaoxiao” db.c3.update({age:15},{$set:{name:"xiaolili"}});//本意为将age为15数据...name修改为xiaolili,但是实际效果是修改了查询到第一条数据 db.c3.update({age:15},{$set:{name:"xiaolili"}},1,1);//将age为15数据...name修改为xiaolili 总共4个参数,第四个参数表示有多条数据符合筛选条件的话是否全部更改,默认为0第一条,改为1后表示全部更改 第3个参数1表示如果没有符合条件记录是否新增一条记录,1表示新增...name为xiaoxiao数据age字段 # 索引 mongo默认为每条数据_id字段建索引 db.c3.ensureIndex({age:1});//为age字段建普通索引 db.c3.dropIndex

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MySQL - 分页查询优化两个案例解析

MySQL是怎么处理这个SQL呢? 先读取 10010 条记录,然后抛弃前 10000 条记录,仅保留10 条想要数据 。 可想而知,如果要查询一张大表比较靠后数据,这效率是非常低。...那有没有优化办法呢?...这个就很好理解了,删除了8888 ,不影响 id>10000排序 ,所以第一条数据还是 10001 ---- 适用条件 如果主键不连续,不能使用上面描述优化方法。...还有 Using filesort 这部分就属于MySQL内部优化了,可以使用Trace来追踪下MySQL是如何选择 , MySQL - 使用trace工具来窥探MySQL是如何选择执行计划 MySQL...让排序时返回字段尽可能少–》 返回id , 然后用返回特定范围id ,再和原表关联,取特定范围内数据 ,肯定比全表扫描要快。

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MySQL记录删除后竟能按中间被删除主键加回去,磁盘空间被重用!——底层揭秘MySQL行格式记录头信息

记录头信息里面有很多属性,最容易理解就是next_record指针,单链表都会有next指针,这样才会找得到下一个结点,这对于页中每条记录也是一样,上一条记录需要知道下一条记录在哪里。   ...没办法,说到底层原理如果不看上一篇文章是不可能完全理解,耶稣来了也没法一篇说明白,见这里MySQLvarchar水真的太深了——InnoDB记录存储结构,必须记住下图上面行格式部分,每条记录不仅是记录真实数据...注意: 1.图中画记录时候选取了记录一部分,省略了变长列表和NULL值列表,但是实际计算时候要带上。...(变长列表+NULL值列表+记录头) 1+1+5=7字节 总共13+16+7=36 注意,图中画记录时候选取了记录一部分,计算时候直接记录头按5字节计算,加上变长列表长度和NULL值列表长度即可...逻辑上,Infimum下一条记录第一条数据记录,所以计算方法是 8(Infimum固定字节) + 5(Supremum记录头) + 8(Supremum固定字节) + 7(第一条数据记录变长字段列表

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我在Github上发现了一个好东西!

作为一个天天都在CRUD程序员,你有没有想过,数据库是如何工作? 我猜,你曾经无数次翻开讲数据库书籍和文章,但总是看着看着就被劝退,太多专业术语把人头都搞大了。...我这个人学东西,如果知其然而不知其所以然是非常难受,啥都想去了解下背后原理,学编程语言是这样,学操作系统也是这样。数据库这个东西天天都在用,所以学习一下背后原理也是非常实用和有必要。...看上面这张图,假设我们要查找id为9数据,我们可以读取第一条数据id是1,就知道id为9数据肯定在它后面。...然后再读取最后一条数据id是12,就知道id为9数据肯定在它前面,然后选择中间数据读取,如此二分查找,很快就能锁定目标,不用每条数据都读取了。...但如果,我们在每条数据记录中增加一些额外信息,用来指示id比它小在哪里,id比它大又在哪里,是不是就能顺着这些额外信息“顺藤摸瓜”找到你要找数据呢?

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B站2021校招笔试题,这样算法有点难

小明每轮可以执行一次大鱼吃小鱼操作 一次大鱼吃小鱼操作:对于每条鱼,它在每一次操作时会吃掉右边比自己小第一条鱼 值得注意是,在一次操作中,每条鱼吃比自己小时候是同时发生。...输入例子2: 6 4 3 2 3 2 1 输出例子2: 2 例子说明2: [4,3,2,3,2,1]-->[4,3]-->[4] 分析 还是老套路,我们拿到题目先来分析一下题目,看看题目当中有没有遗漏或者是隐藏一些信息...虽然题目当中说了,每条鱼会选择右侧最近比它小鱼进行进食,但如果它右侧鱼比它大的话,这个食物会被抢夺。比如4,5,3,对于4来说,3是它食物,但由于5比4大,3同样也会是5食物。...暴力求解最坏复杂度是 ,我们很容易举出一个例子,比如4,3,3,3,3,3,3,3。由于除了第一条鱼之外其他鱼大小都相等,相等鱼无法吞食。...如果当前鱼更小,无法吞吃,那么需要记录下来,因为左侧可能有更大鱼。这样一来,我们记录数组中鱼一定是递减,很容易想到,这其实是一个单调栈。

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《数据库系统概念》12-文件组织

通常没有记录比块更大(图片音频等大文件先不考虑),此外还要求每条记录保存在单个块中。 一、定长记录 instructor表属性有:ID char(5); name char(20)。...假设每个字符占用1字节,则每条记录占用25字节,不能将这些记录顺序存储,否则会出现跨块情况;而且删除记录时,将后面的记录依次向前移动开销很大。...为了解决跨块问题,每个块存储整数条记录,多余空间暂时不用。而在删除记录时,可以将最后一条记录移动到被删除记录位置,而不是将所有后面的记录依次向前移动。...但插入记录时,如何找到被删除记录位置呢:可以在文件头部留出一定空间来存储第一条被删除记录位置,第二条记录被删除后,其位置被记录第一条删除记录位置,这样依次进行,形成了图示情况: 被删除记录形成了一条链表...、空闲空间结尾处、每条记录入口(entry,包含记录位置和大小)。

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InnoDB 行超长时怎么选择溢出字段?

解决这个问题办法,是找到那些内容比较长字段作为溢出字段,把它们内容存放到溢出页中,减少留在索引页记录内容。 接下来,我们来聊聊 InnoDB 选择溢出字段逻辑。...总结 正文 进入正题之前,大家可以思考一个问题:一个表中每条记录溢出字段都是一样吗? 1....创建表时,InnoDB 会问自己一个问题: 如果我放过这条 DDL 语句,让它建表成功,以后对这个表进行插入、更新操作时,有没有可能因为记录超长导致操作失败?...DYNAMIC、COMPRESSED 记录,溢出字段全部内容都会存放到溢出页中,索引页记录保存 20 字节溢出页地址。 6....答:每条记录溢出字段,可能一样,也可能不一样,记录中哪些字段会成为溢出字段,取决于每条记录中,所有有资格被选为溢出字段内容长度。 7.

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详述一次大量删除导致MySQL慢查过程

墨墨导读:本文记录一次大量删除导致MySQL慢查分析,大家有没有遇到过这种问题? 一、背景 监控上收到了大量慢查告警,业务也反馈查询很慢,随即打开电脑确认慢查原因。...那为啥取 limit 1,而且没有 where 条件 SQL 执行扫描一行数据会这么慢呢? 打开监控,看看有没有啥指标异常。...同时每条 UNDO 记录包含一个指向前一个 UNDO 记录指针,这样就构成了一条记录所有 UNDO 历史链表。当 UNDO 记录还存在,那么对应记录历史版本就能被构建出来。...上图为主键记录格式,在每条主键记录前面有个删除标志位,然后是主键 ID,事务 ID,回滚段指针,最后是行记录。...由于被删除记录有 2000 万,Innodb 需要扫描 2000 万记录,才能找到符合条件第一条记录,然后返回到 MySQL Server 层。

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直接linux操作MongoDB常用命令

直接linux操作MongoDB常用命令 1 选择和创建数据库 选择和创建数据库语法格式: use 数据库名称 如果数据库不存在则自动创建 以下语句创建spit数据库 use spitdb 2 插入与查询文档...: db.集合名称.find() 如果我们要查询spit集合所有文档,我们输入以下命令 db.spit.find() 这里你会发现每条文档会有一个叫_id字段,这个相当于我们原来关系数据库中表主...如果我们在插入文档记录时指定该字段也可以,其类型可以是ObjectID类型,也可以是MongoDB支持任意类型。...如果我们在插入文档记录时指定该字段也可以,其类型可以是ObjectID类型,也可以是MongoDB支持任意类型。... 要在find()中添加参数即可,参数也是json格式,如下: db.spit.find({userid:'1013'}) 如果你只需要返回符合条件第一条数据,我们可以使用findOne命令来实现

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存储

邻接矩阵 ---- 思想: 利用二维数组 g[N][N] 存储所有的点到点权值。 其中 N 为点数量,g[i][j] 表示点 i 到点 j 权值。 图片 应用: 在点数不多稠密图使用。...大部分情况下点数量 $n = 10^3$,边数量 $m = 10^6$。 示例: 现有 n 个点共 m 条边,以及每条起始点和终点及权值。 这些点和边共同构成一个有向图。...示例: 现有 n 个点共 m 条边,以及每条起始点和终点及权值。 这些点和边共同构成一个有向图。 存储这些信息并输出。...利用边集数组 e[N] 存储所有的出边信息,表头数组 h[N] 存储点第一条出边编号。...其中 e[i] 存储第 i 条边 {终点v, 边权w, 下一条边ne},h[u] 存储 u 点第一条出边编号。 图片 应用: 可以应用于各种图,也能处理反向边。

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ggplot2可视化拷贝数变异CNVGISTIC score

所以我去了bioconductor找它一些文档看看,因为我知道里面是有很多基因组注释包这些东西。...然后就是计算从0开始每条染色体位置坐标,就是简单线段长度加减法,不过对于我这种好久不搞数学的人来说也是很费脑子!...在scores.gistic这个文件里,第一条染色体位置是从0开始,所以不用怎么改,但是第2条染色体Start坐标,应该是再加上第一条染色体长度才是我们需要,以此类推,不断相加!...所以我们先计算下每条染色体从0开始起始坐标是多少!第一条染色体起始位置就是0,第二条起始位置是第一条长度位置,第3条是前两条长度位置,以此类推!...有没有大佬知道简单点方法啊,求告知!

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聊天IM时间戳显示规则

###点击聊天列表,进入聊天详情时(单聊或群聊) 1)获取数据 获取最近最多20条数据(20条为一页数据,超过20条时取最近20条,少于20条时有多少取多少) 2)显示数据 获取第一条消息接收时间...循环遍历每条消息时,需要判断该消息接收时间与最后一次显示时间戳时间间隔,当大于5分钟(300ms)时则再追加一条时间戳,同时更新lastShowTimeStamp值。...###当向下拉取消息时 向上拉取消息时,获取向上20条数据(一页,不足一页时有多少取多少),然后根据第一条规则来显示。...先显示时间戳,然后判断每一条时间戳与上一次显示时间戳进行比较,间隔大于5分钟时显示新时间戳,唯一与第一条规则不同是,此时不要更新lastShowTimeStamp值。...) 注:批量删除时,一次最多能选择删除100条数据。

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Pytest测试用例之setup与teardown方法(二)

* 类里面的在每条测试用例执行前都会去执行一次 ?...,我们一起看看他执行顺序 # coding=utf-8 # authou:shichao # python测试社区学习记录 import pytest class Testcaselist():...>>PASSED>> [100%]正在执行第二条用例>>teardown_method:每个用例结束后执行 * 方法级每条测试用例执行前都会去执行一次 ?...] 以下代码是类级+模块级前置后置简要代码,我们一起看看他执行顺序 # coding=utf-8 # authou:shichao # python测试社区学习记录 import pytest...:每个用例结束后执行 >>teardown_class:所有用例执行结束之后>>比如:所有用例结束最后关闭浏览器 从结果看出,运行优先级:setup_class>>setup_method> setup

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