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批量安装一系列github上面的R包

最近在我的授课电脑上面一股脑更新了全部的R套件，包括R和rstudio，以及rtools，还有几百个r包文件夹都删除了。...tgutil xCell yaGST 本来应该是使用 devtools::install_github('satijalab/seurat-data') 这样的代码进行安装，但是我因为电脑在长城内部，...所以没办法访问github，会得到如下所示的报错： > devtools::install_github('satijalab/seurat-data') Downloading GitHub repo...所以就查询了一下他们的github链接，也是很容易构造，一个简单的案例是： https://api.github.com/repos/satijalab/seurat-data/tarball/HEAD 最后全部的列表如下所示...omnideconv-immunedeconv-v2.1.2-0-g0c5c619.tar.gz 19M Sep 19 10:19 dviraran-xCell-1.3-2-g7339410.tar.gz 1.3M Sep 19 10:19 spatstat-spatstat.core-v2.4

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你不需要真的这个包，而仅仅是需要它里面的数据

installed.packages()),function(x){ suppressPackageStartupMessages(library(x,character.only = T)) }) 其实你有没有发现..., DT, edgeR, ggplot2, graphics, limma, lsmeans, methods, reshape2, spatstat, stats, survival,...，其实就存储在 data 文件夹： 存储在 data 文件夹 你不需要安装这样的包，也不需要加载它，仅仅是load这个压缩包里面的文件夹里面的对应的R数据对象文件即可。...但是，尴尬的是它这个对应的R数据对象文件里面的 cds变量其实是一个 CountDataSet object ，这个对象来自于 DESeq 包，如果你没办法按照它这个DESeq包，就不可能使用它定义的CountDataSet...对象，那么你就无法load对应的R数据对象文件成功，报错如下： > cds 载入需要的程辑包：DESeq Error in .requirePackage(package) : unable to

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    Seurat Weekly NO.13 || 依赖关系与维护

    spatstat升级了，这是一个分析空间数据的R包，在Seurat中是分析空间转录组数据的支持包，对应的主要函数是Seurat::RunMarkVario()。...而在这次升级中，把原来的函数spatstat::markvario 变成了 spatstat.core::markvario所以从新安装的时候会有上面的报错。...所以，在安装R包之前要知道这个包在那个仓库放着的，百度R包名字即可。 R包的基本形态有以下几种： ? 这些都对应一个文件，可以在.libPath()输出的路径下查看。...那么，如何快速查看一个R包的依赖环境呢？ library(Seurat) packageVersion('Seurat') [1] ‘4.0.0’ 我们使用pacman这个R包开查看。...，对我们普通用户来说只是安装加载使用，而对开发者而言，决定开源以后，就像第一次送孩子进学校：他和老师和同学处的好吗？

    1.3K10

    R studioR 工具指南（十一：R 的更新与R 包的迁移）

    目录： R 包更新 R 更新 前言 虽然在09. R studio/R 工具指南（八：R 的版本控制） 我们提到过，有不同的R 的版本，并且可以通过一定的操作，在不同的系统下进行R 版本的无缝切换。...2.0-1 2.1-0 TRUE 更新R WIN 发现网上有人使用的是installr（我们下载的包也叫updateR） 中的函数： updateR(fast=TRUE...在win os 中，installr 还提供了copy.packages.between.libraries 包实现迁移。...这里我直接是现将新版本4.0 下的library 目录中的包保存出来，接着直接将原本版本R 中的library 直接复制进去，接着再将本来的4.0 下的包（base 之类R 安装中自带的）再覆盖回去。...一切完成后，在新版本的R 中尝试调用安装的其他包： > library(maftools) 错误: package or namespace load failed for ‘maftools’: package

    3.2K30

    干货！思科网络设备配置命令大全

    //串行接口在 DCE 端配置时钟，DCE 端一般为运营商 ip address 12.1.1.2 255.255.255.252 encapsulation ppp ppp authentication...使用密文格式发送 CHAP 认证信息。 由认证方发起 CHAP 认证，也可以双方都配置认证，有效避免暴力破解， 在链路建立成功后具有再次认证检测机制。 目前在企业网的远程接入环境中用的比较常见。...ppp ppp authentication chap R2： interface Serial1/0 ip address 12.1.1.2 255.255.255.252 ppp chap hostname...，使报文能够在 tunnel(隧道)中传输。...优点： • 支持多种协议和多播 • 能够用来创建弹性的 VPN • 支持多点隧道 缺点： • 缺乏加密机制 • 没有标准的控制协议来保持 GRE 隧道（通常使用协议和 keepalive

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    104-R茶话会19-几种查看函数源代码的方法

    之前我们说过，因为有的函数作者并没有写出给用户调用，这时候如果使用的话： > Seurat::AnnoyNN 错误: 'AnnoyNN'不是'namespace:Seurat'内的出口对象： 这时候就需要使用...这里还可以利用sink 函数将输出的内容输出到指定的文件中，亦或是： 还可以在Rstudio 中通过F2 快捷键查看： 还可以用函数edit()。...会自动调出一个编辑窗口，可以直接编辑函数并将结果赋值给新的变量，非常适合那些需要简单修改的函数： a <- edit(Seurat::as.CellDataSet) 2-泛型函数 在R 的面向对象中还存在一类泛型函数...> mean.leverage.ppm* + > mean.leverage.ppm 错误: 找不到对象'mean.leverage.ppm' R 不仅不能直接识别*，也不能删除后查看。...其他技巧 比如我会使用sink 函数来捕获函数的输出，保存在txt 文件中便捷阅读代码。 其实这里你也可以用 参考资料 [1] 六种方法查看R函数源代码，为啥第三种最惹人喜欢？

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    Python使用multiprocessing实现多进程

    在使用一台电脑时，我们需要同时做很多的事情，如打开PyCharm写代码，打开浏览器查API，打开词典查单词，这时候我们同时打开了多个程序，每个程序都在运行。...在Python中，可以通过multiprocessing模块开启多个进程来帮我们同时执行多任务。...在上面的代码中，定义了一个coding函数，实现多进程时，实例化了一个Process类的对象p，p就是一个进程对象，将需要执行的函数传给target参数，将coding函数需要的参数以元组的形式传给args...coding函数是一个需要执行的任务，在主进程中需要执行的代码是另一个任务，这时候有两个任务。两个任务都在主进程中执行时，花了10秒多的时间，创建一个子进程来执行coding函数时，花了5秒多的时间。..., 'o', 'n'] 在上面的代码中，str_list是一个全局变量，进程p1和p2同时在使用str_list，都在往列表中添加元素，但是两个进程对列表的添加互不相关。

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    华为AP网速无法突破百兆？3个华为工程师无能为力，最后还是靠自己

    这里要注意一下，AP已经是瘦模式，上面的命令行已经不适用了：AP的软件升级和降级，都要使用下面的命令行： upgrade version tftp FitAP3X30XN_V200R008C10SPCg00...，并且NAV转发绑定到ACL2000： interface Dialer1 link-protocol ppp ppp chap user 051265XXXXXX ppp chap password...也说写邮件给研发部； 研发部应该没那么快答复吧，算了，还是自己继续折腾吧，打算升级路由器软件，之前不是没升过，而升级完成，并且加载补丁包之后，路由器的CPU占用率，直接飙升到95%，而且居高不下，根本没办法投入使用...，但是带到如今，没办法了，打算再升级到R010版本试试，这次不加载补丁包 这里不得不吐槽一下，在WEB界面升级路由器系统软件，没有一次能成功的，不是提示包错误就是提示包不匹配，只能在命令行上传系统升级包...立即测试WIFI速率，故障依旧，然后再把AP也升级到同版本R010，现在可以在WEB界面批量升级了 升级完成后，AP会理论上来说会自动重启，如果个别AP没有自动重启，在WEB界面手动重启即可，重启后，

    1.6K30

    目标检测(object detection)系列（十一） RetinaNet：one-stage检测器巅峰之作

    简介：one-stage检测器巅峰之作 在RetinaNet之前，目标检测领域一个普遍的现象就是two-stage的方法有更高的准确率，但是耗时也更严重，比如经典的Faster R-CNN，R-FCN，...CE(p,y)=−{αlog(p)(1−α)log(1−p)​if(y=1)otherwise​ 但是α\alphaα是个固定的系数，它没办法去区分哪些样本难，哪些样本容易，所以在平衡交叉熵的基础上，...这个实验说明了α\alphaα和γ\gammaγ选取，在(a)中，对于平衡交叉熵损失，在α=0.75\alpha=0.75α=0.75时，效果是最好的，这符合我们在上面分析的结果，α>0.5\alpha...在YOLO的文章中，我们就说起过RPN和YOLO的区别，当RPN不再只做有没有物体的分类，而是做是什么物体的类别判断，那一个RPN就能完成整套目标检测任务。...这个思路就在RetinaNet里被使用了，RetinaNet中相当于舍弃了FPN中的Fast R-CNN，改变了FPN中的RPN网络直接做类别的预测。

    1.8K10

    SpatialExperiment || 空间数据管理

    当然，另一个R包：SpatialExperiment 也在不断地完善中。...我们曾经在空间信息在空间转录组中的运用和应用空间统计学分析空间表达数据看到过如果没有专门的空间数据格式，如何自己调用（地理的）空间分析R包先做对象转换再做分析的过程。...数据分析中50%的时间在数据格式的处理，有了空间表达数据的格式可以缩短这部分时间，把我们从对象转换的藩篱中解放出来。...目前我们看到的主要R包是SpatialCellExperiment和SpatialExperiment，完善程度可能还没有singlecellexperiment那么高，但是至少我们看到了人们在切片上挖掘信息的努力...空间分析常用的R包： sp spatstat spdep fields spatclus geoR rgdal 大量的空间数据分析工具正在开发中，每一个工具都是一个新的视角。

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    H3CNE综合实验

    实验内容： R1的简要配置与分析： # interface Serial5/0 link-protocol ppp ppp authentication-mode chap //ISP设备作为...chap的主验证方 ppp chap user r2 ip address 202.102.192.2 255.255.255.252 # local-user r1 //CHAP验证的本地用户列表...password simple r2 service-type ppp R2的简要配置与分析： # firewall enable //开启防火墙 # nat address-group 1...//CHAP验证的本地用户列表 password simple r2 service-type ppp # interface Serial6/0 link-protocol ppp ppp...4、 企业网络中如果有对外提供服务的服务器，它一般会放在DMZ(非军事化区)中，和企业的网关设备互连，这样在带宽和访问速度上有较好的保证。 5、 通常我们会在网关上设置一条对外的静态默认路由路由。

    1.8K21

    SpatialExperiment || 空间数据管理

    当然，另一个R包：SpatialExperiment 也在不断地完善中。 ?...我们曾经在空间信息在空间转录组中的运用和应用空间统计学分析空间表达数据看到过如果没有专门的空间数据格式，如何自己调用（地理的）空间分析R包先做对象转换再做分析的过程。...数据分析中50%的时间在数据格式的处理，有了空间表达数据的格式可以缩短这部分时间，把我们从对象转换的藩篱中解放出来。...目前我们看到的主要R包是SpatialCellExperiment和SpatialExperiment，完善程度可能还没有singlecellexperiment那么高，但是至少我们看到了人们在切片上挖掘信息的努力...空间分析常用的R包： sp spatstat spdep fields spatclus geoR rgdal 大量的空间数据分析工具正在开发中，每一个工具都是一个新的视角。

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    全网最全思科命令大全，分类清晰，强烈建议收藏！

    把接口的封装改为ppp ppp pap sent-username R1 password 123456 pap 认证时，向对方发送用户名R1 和密码123456 ppp authentication...pap PPP 的认证方式为pap username R1 password 123456 为对方创建用户R1，密码为123456 debug ppp authentication 打开ppp 的认证调试过程...命令调用， 来控制telnet 的访问； （2）访问控制列表表项的检查按自上而下的顺序进行，并且从第一个表项开始，所以 必须考虑在访问控制列表中定义语句的次序； （3）路由器不对自身产生的IP 数据包进行过滤...另外，尽量使标准的访问控制列表靠近目的，由于标 准访问控制列表只使用源地址，如果将其靠近源会阻止数据包流向其他端口。...4.实验调试 （1分别在PC2 上访问路由器R2 的TELNET 和WWW 服务，然后查看访问控制列表100： ACL 相关配置命令 show ip access-lists 查看所定义的IP 访问控制列表

    16.6K57

    拷贝构造函数：对象复制的重要工具

    拷贝构造函数 功能： 使用一个已经存在的对象来初始化一个新的同一类型的对象。...//function函数调用 当函数的返回值是类对象，函数执行完成返回调用者时使用。...因为局部对象在离开建立它的函数时就消亡了，不可能在返回调用函数后维续生存，所以在处理这种情况时，编译系统会在调用函数的表达式中创建一个无名临时对象，该临时对象的生存周期只在函数调用处的表达式中。...换句话说，深拷贝会递归地复制对象及其所有引用的对象，从而创建一份全新的、独立的副本。...对于复杂的数据结构，如嵌套的列表、字典或自定义对象，确保进行深拷贝尤为重要。 深拷贝能够确保对象复制的完整性和独立性，但也需要额外的系统资源来完成复制操作。

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    函数

    且如果不给相应的关键词参数赋值的话，会使用函数定义时的值作为默认值（切记不要把可变的数据类型（列表或者字典）当做默认值，参数声明在函数定义时）。另外需要注意的是关键词参数的传递在位置参数之后。...用**收集关键词参数 与*类似，**收集关键词参数对变量赋值时会将输入的关键词转化为字典存储在变量中： def ppp(**pavg): return pavg a=ppp(a="xiaoming...详细解答 这块可以参考Python中’*'的用法，其实可以视作Python容器的迭代运算符号 文档字符串 在定义函数后，我们可以为定义的函数创建帮助文档，方法为在定义函数的区域使用"’ 注释内容...函数外查看帮助文档有两个方法： help(func_name):返回函数的参数列表和文档 fun_name.doc:返回文档字符串 函数传递及内部函数 在python语法中，函数被当做一个普通对象。...除此之外，我们还可以在函数内部继续定义新的函数，内部函数可以直接使用函数内的变量，可以修改变量的值。具体丰富的应用参考装饰器的使用方法。

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    PPPoE客户端原理与配置_路由交换基础

    目前宽带比较流行的接入方式为ADSL，ADSL是非对称DSL技术，使用的是PPPoE（PPP over Ethernet）协议。 PPPoE协议通过在以太网中的主机能够连接到远端的宽带接入服务器上。...DSL应用场景：利用现有电话网络实现数据通信，在使用DSL接入网络时，用户侧按照西安UN个调制解调器，通过现有电话线与数字用户线路接入复用器（DSLAM）相连。...PPPoE在DSL中的应用：运营商通过同一台设备来连接远程的多个主机，同时接入设备能够提供访问控制和计费功能。把多个主机连接到接入设备最经济的方法就是以太网，PPP协议能够提供良好的控制和计费功能。...]q [R1]int Dialer 1 //创建并进入Dialer接口 [R1-Dialer1]dialer user enterprise //配置对端用户名，这个用户名必须与对端服务器上的PPP...用户名相同 [R1-Dialer1]dialer-group 1 //将接口置于一个拨号访问组 [R1-Dialer1]dialer bundle 1 //指定Dialer接口使用的Dialer bundle

    2.5K20

    精！H3C设备命令大全

    命令 描述 interface bridge-aggregation interface-number 创建聚合端口 port link-aggregation group number 将以太网端口加入聚合组中...arp all 显示ARP表项 DHCP实验中的命令列表 命令 描述 dhcp enable 使能DHCP服务 network network-address [ mask-length | mask...系统上查看IP配置 ipconfig RIP实验命令列表 命令 描述 rip [ process-id ] 创建RIP 进程并进入RIP 视图 network network-address [ wildcard-mask...对广域网的协议进行封装，H3C路由器的默认封装是PPP link-protocol hdlc PPP实验命令列表 命令 描述 link-protocol ppp 用来配置接口封装的链路层协议为PPP...mp 用来配置封装PPP的接口工作在MP方式 ppp mp MP-group number 用来将当前接口加入指定的MP-Group，使接口工作在MP方式 ppp pap local-user username

    1.2K40

    华为、华三、思科高级网络工程师必经之路(5)我们的爱如同TCP连接，始终可靠，永不掉线——PPP---网络点到点协议、.PAP---密码认证协议、LCP协议报文类型、NCP协商保姆级别、PPP封装详解

    帧校验序列（FCS，Frame Check Sequence）：一个4字节的CRC（循环冗余校验）字段，用于检测数据在传输过程中是否发生了错误。 1.4PPP链路建立阶段 1....作用：在 PPP 中，地址字段没有实际意义，因为 PPP 是点对点连接，不存在多地址的情况。 3. 控制字段（Control） 控制：一个字节，通常设置为0x03。...作用：承载网络层数据报（如 IP 数据报），是 PPP 帧的主要数据部分。 6. 帧校验序列（FCS） FCS：两个字节，用于检测帧在传输过程中是否出现错误。...[r2]aaa [r2-aaa]local-user huawei password cipher 123456 ---创建用户信息 [r2-aaa]local-user huawei service-type...nanjing [r1-Serial1/0/0]ppp chap password cipher 111 一条PPP链路的两端可以使用不同的认证协议认证对端，但是被认证方必须支持认证方要求使用的认证协议

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