我前面介绍过DEapp是一个做差异表达分析的网络工具，其实它是用R shiny写的一个网络工具。关于shiny的介绍可以参考我前面一篇文章。...下载到本地的文件叫DEApp-master.zip，解压，之后你就会看到，我们在shiny一文中讲到的server.R和ui.R。还有demo data。 ?...你会发现下载的文件夹里面有一个install文件夹，里面有一个R文件prep.R，运行里面的R代码就可以了。或者直接将这段代码贴到你的R里面运行。小编用的R是3.5.1，测试没有问题。...DEApp-master中 修改工作路径的方法是，R控制台->文件->修改工作路径 ?...Rstudio中修改工作路径 ? 然后运行 library(shiny) runApp() 你会发现DEapp跃然纸上，还是熟悉的配方，还是熟悉的味道。
作为R脚本分享 任何使用R的人都可运行你的shiny app，他们需要你的app.R的一个副本，还有其他支持材料（比如www文件夹或者帮助脚本） 发送你的文件到另一个用户，email或者github等...然后将您的app.R文件以及该应用程序使用的所有补充文件存储在存储库中。...shinyapps.io使您可以直接从R会话将应用程序上载到RStudio托管的服务器。您可以完全控制您的应用程序，包括服务器管理工具。...Connect，这是您的团队在R中创建的工作的发布平台。...恭喜你 您已经完成了整个Shiny开发过程。您可以构建复杂的反应式应用程序，进行部署并与他人共享。用户可以与您的数据进行交互，并以新的方式关注您的故事。 下一步是练习，然后探索Shiny的高级功能。
shiny introduction Shiny 是一个可以从R中方便地构建交互式的WEB应用的R包 作为一个实例展示， Shiny 中内置了一些例子，我们可以通过运行 runExample() 来探索...image-20201103184214756 Shiny App的结构 Shiny apps是被包含在名为app.R的脚本中，如果这个脚本在一个目录下(比如newdir/)，那么可以通过runApp(...函数中指定.R文件的路径 将ui.R和server.R分开存放，但是要在一个文件夹内，这个时候可以使用runApp加上文件夹的路径 Build a user interface UI包括一些元素，比如布局...my_image.png 也可以指定height和width，单位都是像素 另外一个需要注意的就是图片的路径必须是在app.R相同的路径下，并且放到www的文件夹中(其实和app.R放到一个文件夹就行...getSymbols是从yahoo上抓取相应的数据，所以每次改变输入都会重新下数据(比如将y轴以log形式展示)，这一方面会使APP的性能下降，另一方面yahoo针对下载数据频率过快会切断连接，可以使用响应式的表达式改写上面的代码
R海拾遗-shiny4 概述 shiny基础终章，shiny反应表达式学习 代码 在工作目录中创建一个名为stockVis的新文件夹 下载以下文件放在stockVis中 app.R：https://shiny.rstudio.com...这个stockvis展示的内容 选择一只股票 选择日期展示 选择是否将x轴log转换 是否通过通货膨胀对股票价格进行调整 默认情况下，stockVis会显示SPY代码(整个标普500的指数)。...依赖quantmod包中的两个功能: getSymbols: 直接从雅虎财经和圣路易斯联邦储备银行等网站下载金融数据。...chartSeries 图表中显示价格 同时需要使用helps.r脚本，脚本包含一个根据通货膨胀调整股票价格的函数。...，当你选择第一个框的时候，shiny会重新从雅虎获得数据，相当于运行了下面的程序，并重新绘制图片，这可能会导致运算变慢，同时雅虎会认为数据异常，从而封闭访问 output$plot <- renderPlot
摘要 本演讲将介绍如何利用CSS对shiny页面进行个性化设计及在网页中嵌入视频；并通过一个详细案例介绍了利用htmlwidgets包开发HTML控件，基于D3.JS库创建简单的交互桑基图，包括控件创建...、函数修改、数据调用及与shiny结合的演示。...1、创建一个样式表，把它放到www目录文件下：在应用的当前目录下，创建www文件夹，把CSS样式放在www目录里。对Shiny自带的“03_reactivity”例子添加个性化样式。 ?...3、将样式直接添加到HTML控件标签中：直接在用户界面中的单个HTML元素中添加CSS样式，优先级高于其他的CSS源。...修改treemap.R的文件配置 在treemap.R中，删除message=message命令，增加data=data命令。
HTML元素 让我们用上一篇构建的App-1开始这篇吧，编辑一下变成下面的样子 library(shiny) # Define UI ---- ui <- fluidPage( ) # Define...，探索一下是如何格式化文本的 5.图片 图片能增强app的外观，帮助用户理解内容。...shiny 用 img 函数将图片放入app中 src参数用于指定图片的来源，比如，img(src = "my_image.png"，这是必要的参数，不然不知道传递哪张图片到app呢 也有其他参数能够定义图片的属性...，比如高和宽，注意是以像素为单位 img(src = "my_image.png", height = 72, width = 72) img函数会特定位置查找图片，文件必须在与app.R同目录下的一个叫...www的文件夹中，shiny会通过特殊的处理，将这个文件夹中的文件与浏览器共享，www就是存放图片，样式表等东西的大本营，里面的文件用于浏览器构建app的网页部分。
包的帮助下，数据分析之后的图像变为可交互的“网页”，就像目前常见的动态网页。...例1 第一个小例子首先让大家体验一下shiny包的功能，是关于数据集iris的k-means聚类结果展示。...大家需要拿到后台代码才能在本地运行本例，没有安装shiny包的同学需要先安装并载入shiny包 代码文件保存在文件夹kmeans下的app.R中，在R中运行（*此时R中的路径应在app.R的上一级，即和文件夹...例2 了解了上面这些例子之后，观察示例中的代码不难发现，一个shiny app中一定包含了R脚本app.R，这个脚本位于文件夹下（如kmeans），运行这个shiny app只需要运行函数runApp(...了解了参数在ui和server function两端的传递过程之后，我们就可以按照R语言一般的原理将数据和参数传递给绘图函数，然后将图形显示在ui上了。
上面是shiny团队的稿件 l5-更复杂的反应app 创建一个更复杂的依赖R脚本和额外数据的有灵魂的（能反应的）app 使用R脚本和数据 此篇旨在展示如何载入数据，R脚本，包，用来构建app。...下载文件后 新建一个data文件夹于census-app文件夹中 将counties.rds放入data文件夹 目录结构看起来像这样 这个叫counties.rds的数据集包含以下内容 美国每个县的名字...中是不一样的 当shiny运行server中的函数时，会把所有文件路径的起始位置视为server.R所在的路径，换而言之，shiny app会把server.R所在的路径作为工作目录。...因为helpers.R于server.R在同一个路径，可以直接source("helpers.R") 而counties.rds在子目录data文件夹中 counties <- readRDS("data...shiny只会运行这些代码一遍，包含了所有你在server函数中的表达式要调用的东西。 在server函数中定义用户特定的对象，当时不包含在render*函数之中，这种对象是每个用户都需要个人副本的。
为了达到这个目的，最好的结果是将R中的Shiny App转换为一个独立运行的exe文件，也就是一个这样的桌面应用： image.png 10065741-1d8037cb4acec453.png 对，我实现了...那么一个最为方便且易于实现的思路是这样的： 安装R-Portable作为开发、部署、分发的R环境 在上述环境中开发ShinyApp（推荐使用golem） 通过electron-quick-start将R-Portable.../dev/run_dev.R脚本中测试一下我们的Shiny App： > # Detach all loaded packages and clean your environment > golem:.../R/run_app.R') run_app() 出现下面这个界面Shiny App基本上就成了，可以打开一个csv文件自己测试一下。...： 将R-Portable路径C:\myShinyApp\R-Portable\App\R-Portable下的所有文件复制并替换到C:\myShinyApp\electron-quick-start
(例如(my_app)),并把app.R存入这个文件夹(通常一个app用一个专属的文件夹)，然后把文件夹的名字作为参数给到runApp library(shiny) runApp("my_app")...runApp和其他R中的许多函数(read.csv, read.table)一样，第一个参数的是从工作目录到app的目录的文件路径，以上代码假设my_app文件夹包含在你的工作路径，因此，只需要输入文件夹的名字...改改代码练习一下 在工作目录创建一个新的文件夹App-1，用上面的代码创建一个app.R,看起来像这样 # 输入命令启动一下看看 runApp("App-1") 终止app并尝试做如下更改 1.把标题从...Shift+Enter) 点击灰色的向下展开小箭头还有更多惊喜哦 一个个点点看 5.回顾一下怎么创建一个app 创建一个以myapp为名的路径（文件夹） 保存app.R到myapp文件夹中 使用runApp...函数或者Rstudio的按钮启动app 通过点击叉叉或者stop退出app 下一节将开始了解app的每一个部分 Reference： Shiny - Welcome to Shiny
可以在任何R环境中运行（R命令行、Windows或Mac中的Rgui、ESS、StatET、RStudio等） 基于Twitter Bootstrap的默认UI主题很吸引人。...开发和发布你自己的Shiny小工具，其他开发者也可以非常容易地将它加到自己的应用中 安装 Shiny可以从CRAN获取， 所以你可以用通常的方式来安装，在R的命令行里输入： install.packages...Hello Shiny是个简单的应用程序，基于faithful 数据集画直方图。...现在，就尝试运行一下例子程序，浏览一下源代码，可以获得对shiny的初始印象。也可以通过认真阅读注释来进一步了解。...你也可以将ui.R和server.R保存到同一个文件夹，然后改变工作路径到那个文件夹，运行 library(shiny) runApp() 也可以得到上面一样的效果。
安装必要的R包 安装方式如下GIF图所示，基本步骤就是打开Shiny项目中的 TF_map.Rproj,然后打开其中 scripts/install_packages.R, 把里面提到的所有R包都装了就行...，然后导入数据库中。...作者会给你提供一个微云网盘链接，我们以其中比较小的文件为例进行演示。 在shiny的应用文件夹创建一个文件夹db,然后将下面文件下载到该文件夹中。（选择一个较小的作为演示） ?...注请保持原有的文件夹层次关系，例如这次下载的文件就应该存放在db/cistrome/human/DNase下。 ?...，运行上述代码将数据导入MySQL。
介绍 R是一种流行的开源编程语言，专门研究统计计算和图形。它广泛用于开发统计软件和执行数据分析。R社区以不断为特定研究领域添加用户生成的包而闻名，这使其适用于许多领域。...在本教程中，我们将讨论如何安装devtools并使用它直接从GitHub安装R包。...第3步 - 从GitHub安装R包 在这一步中，我们将直接从GitHub安装Shiny的最新开发版本，这是一个R的Web应用程序框架。...") [1] ‘1.1.0.9000’ 在下一步中，我们将快速浏览一下Shiny。...首先，我们将中断与服务器CTRL+ C，然后退出将R壳CTRL+ D并重新输入它作为根： sudo -i R 我们可以使用以下命令安装稳定版本，该命令将覆盖我们在前面步骤中完成的GitHub安装。
但是课题组后面很多的项目都基于这份核心种质资源，实验室成员常常需要检索分析某些基因的特定SNP，所以我在自学了一段时间的Shiny之后就尝试着搭建了一个Shiny app并利用Shiny-server部署在课题组的服务器上...我这里就只讲一下安装Shiny-server，默认你已经安装了R语言以及Shiny包： 首先进入官网下载，里面有详细的安装方法： sudo apt-get install gdebi-core wget...shiny用户登录好之后，我先进行了一下设置，主要是R语言以及shiny-server设置： # vi .Rprofile Sys.setenv(LANG="en_US.UTF-8") options=...所有准备环境准备好了之后，就可以将Shiny app文件上传到/srv/shiny-server目录里面，可能需要修改目录所属权限： sudo chown -R shiny:shiny shiny-server...以上是我这次云服务器部署shiny app的经验，由于一开始没打算记录下来，现在信息大爆炸时代，技术分享实在太多了，但是@jimmy说每个人的故事都不一样，所以我就事后回忆记录一下，如果能帮助到其他人就最好了
，主要有两种方式，第一种是将shiny应用发布在shinyapps上，第二种是将你的shiny应用部署到自己租用的服务器上，前者比较方便但遇到一些R包环境或中文显示等问题时几乎是无解的，而后者虽然麻烦，...按i进入编辑模式，结合我们系统版本，把前面R官网说明页面中的deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35添加进文件中，按esc...其实可以在服务器中输入wget 下载链接 来下载对应的文件，但是无奈这样下速度太慢，于是我在本地电脑用了之后以很快的速度下载了Rstudio的geb文件，然后用pscp上传到我们的服务器上的指定目录下：...2.4 安装shiny和shiny server 接下来到了最重要的地方，我们来安装shiny和shiny server，首先我们在服务器上的R环境中安装shiny包： ? ...打开对应路径可以看到hello和rmd两个文件夹，每个文件夹代表一个应用，其内部拥有标准的shiny应用的ui.R和server.R，有时也会有global.R来辅助程序运行： ?
其中人物关系是这样定义的： 比如A和B是friend关系，那么： 输入数据中的Former Person就是A；Later Person就是B，Label就是friend。...——别告诉我，你没做过PPT，copy一下他们的代码就行啦~ ? —————————————————————————————— 一、Shiny安装 1....ui.R：搭框架，控件； server.R：每个控件背后的算法代码； global.R:server.R中，万一有很长的代码与调用很多其他packages就可以用global写一个函数集合，然后统一在...3、global.R 那么关系现在是这样的，ui.R负责前端，是数据获取的地方，server.R是处理的地方，返回的是处理好后的数据列；那么global.R是用来补充server.R的功能的。...———————————————————————————————————————————— 三、shiny的部署 很简单的是，一般写完之后放在一个文件夹里面，然后runApp一下那个路径的文件夹就行了
shiny 学习3 概述 正文 使用R脚本和带入数据 数据集：counties.rds是美国每个县的人口统计数据集，由UScensus2010 收集。...rds文件，需要在之前介绍的app文件夹中建立data文件，然后将数据集移动到data中 脚本：help.R: https://shiny.rstudio.com/tutorial/written-tutorial.../lesson5/census-app/helpers.R 下载之后将脚本放入app文件夹中 代码 setwd("D:\\360MoveData\\Users\\cmusunqi\\Documents\...\GitHub\\R_and_python\\R") counties <- readRDS("census-app/data/counties.rds") head(counties) # 包含州的名字和人口构成...# 各县的数据绘制成地形图。
前面介绍了Shiny的基本构成Shiny学习（一）下面接着学习如何构建用户界面。 首先，创建Shiny应用程序所需的最基本的框架。如下，生成一个空白用户界面。...image.png 1.设置布局 Shiny使用fluidPage创建一个显示界面，该显示界面可自动调整为用户浏览器窗口的尺寸。还可以通过在fluidPage函数中设置元素对用户界面进行布局。...，align = "center"将标题居中 ui <- fluidPage( titlePanel("My Shiny App"), sidebarLayout( sidebarPanel...image.png 4.插入图片 图片可以增强应用的外观并帮助用户理解内容。Shiny通过img将图像文件放置在相应位置。...这个文件必须位于与app.R脚本相同的目录下的一个的文件夹www中。这个www除了存储图像，还可以存储其他web需要的部件。
告诉shiny如何在server函数构建对象，该对象会在它的代码构建一个小工具的值的时候反应 第一步：加一个R对象到UI shiny提供了一个函数家族，将R对象转换成在UI中的输出，每个函数创建特定类型的输出...的值，R将通过引用类语义（class semantics）自动更新output output的条目都应该包含render* 函数家族中的某一个。...这些函数捕捉R表达式，并进行一些渲染预处理，每个render*函数对应特定类型的反应对象，如下表 每个render *函数都有一个参数：一个用大括号{}括起来的R表达式。...将R表达式视为稍后于shiny的一组指令，当首次启动app时，shiny会运行这个指令，当每次需要更新对象时，shiny也会重新运行这个指令。...能反应的）app 在server中使用render*函数告诉Shiny如何构筑你的对象 在每个render*函数中，用{}抱住R表达式 将render* 表达式的结果保存到output列表，每个反应对象对应其中的一个条目
；UI, fUI, fCL 分布表示在shiny中展示的meta title，level name，colors fROW表示 legend的行数，default 表示是否为默认展示的两种cell info...4 Gene coexpression 降维图 可视化细胞的两种不同表达信息 C 5 Violinplot / Boxplot 小提琴图/箱图 可视化特定分群下，细胞的表达分布 D 6 Bubbleplot.../ Heatmap 点图/热图 可视化特定分群下，细胞的多个表达分布 F 7 Proportion plot 柱状图 可视化特定分群下，细胞的另一种分群的分布 E 4....默认情况下会使用全部的meta信息，如需调整一方面可直接修改原来的单细胞数据；另一方面也可以使用ShinyCell包进行部分修改，如下所示。...# (1) 前期需在linux的R语言环境下安装相关R包，并准备相关数据 # (2) 生成shiny网页文件 seu <- readRDS("readySeu_rset.rds") scConf =
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