有没有可能在ggplot中创建一个x和y方向都有置信区间的geom_errorbar散点图？ - 腾讯云开发者社区

ggplot2_概述 sunqi 2020/7/31 概述年初的时候我好像打算对ggplot2进行一个教程，后来因为其他事情耽搁了，今天打开以往的git日志，才发现有这么一个坑（ggplot2初探），...虽然现在绘图的包层出不穷，但是ggplot真的是一个基础的绘图包了。...ggplot2 介绍语法构成 GGPlot2是一个强大而灵活的R包，由HadleyWickham实现， ggplot2中的gg表示Grammar of graphics，ggplot通过使用“语法”来描述图形...))+ # 添加光滑的曲线和置信区间 geom_smooth(aes(color = Species, fill = Species))+ # 使用facet_wrap函数对数据分面展示...# 更多的主题包括:theme bw()、theme classic()和theme minimal() ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width

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跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图添加误差线

论文是 Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population 数据和代码的github主页链接 https:/....YmAcp4VBzic 今天的推文重复一下论文中的figure1b image.png 数据集 image.png 这里误差线的范围是平均值加减标准差，数据提前算好，整理到csv文件中读取数据...) ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+ geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype...x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+ geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+ geom_errorbar(aes(ymin...(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+ geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+ geom_errorbar

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R语言之可视化（27）ggplot2绘制线图

中的图例修改 R语言之可视化（20）之geom_label（）和geom_text（） R语言之可视化（21）令人眼前一亮的颜色包 R语言之可视化（22）绘制堆积条形图 R语言之可视化（23）高亮某一元素...你可以添加一个箭头 library(grid) # Add an arrow ggplot(data=df, aes(x=dose, y=len, group=1)) + geom_line(arrow...不同分组使用不同的类型的线 # Change line types by groups (supp) ggplot(df2, aes(x=dose, y=len, group=supp)) + geom_line...也可以通过 scale_linetype_manual()手段设置线的类型 # Set line types manually ggplot(df2, aes(x=dose, y=len, group=...修改线的大小 # Change line size ggplot(data=economics, aes(x=date, y=pop, size=unemploy/pop))+ geom_line(

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跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画柱形图如何让屁股朝右

有读者在公众号的后台留言问论文中Figure2中的A图如何实现 image.png image.png 今天的推文就介绍一下，因为A图的数据较多，我们来模仿B图，过程其实是一样的 image.png...image.png 左边两幅图是柱形图叠加误差线还叠加了散点图 最右侧的图可以用一个热图来画首先构造柱形图的数据集最左边的屁股朝右的柱形图还是第一次画，查了一下可以借助 scale_y_reverse...group_by(variable)%>% summarise(mean_value=mean(value), sd_value=sd(value)) -> df2 柱形图叠加误差线和散点图...(x=NULL,y=NULL) image.png image.png 第二个柱形图也直接用这个数据画了 ggplot()+ geom_col(data=df2,aes(x=variable,...image.png image.png 这里又一个细节没能够实现：就是如何让坐标轴的标签以 1 x 10 -3 这种形式展示呢？

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R语言ggplot2给PCA散点图结果上添加水平和垂直误差线

image.png 公众号后台有读者留言问这个图的实现办法，这个图相比于普通的PCA散点图是多了一个垂直和水平的误差线，这个如何实现之前还没有尝试过，所以查了查资料，找到了一个参考链接 https:/...df.pca$x %>% as.data.frame() %>% mutate(group=df$target) -> pca.result 计算PCA结果的平均值和标准差 pca.result...ggplot()+ geom_errorbar(data=pca.result.a, aes(x=pc1m, ymin=pc2m..."y"="value") %>% select(x,y,group) -> tmp.1 ggplot_build(p)$data[[2]] %>% select(colour,y,xmin..."x"="value") %>% select(x,y,group) -> tmp.2 tmp<-rbind(tmp.1,tmp.2) 最终作图 ggplot()+ geom_mark_ellipse

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R语言基础绘图教程——第3章：折线图和带状图

利用plot()绘制在上一章中我们讲过plot()绘图的基本结构，主要通过type参数来设置绘制图形的类型。..."p"：绘点（默认值）； "l"：绘制线； "b"：同时绘制点和线； "c"：仅绘制参数"b"所示的线； "o"：同时绘制点和线，且线穿过点； "h"：绘制出点到横坐标轴的垂直线； "s"：绘制出阶梯图...但是这样感觉还是不好看，我们可以利用gplots包设置2种颜色，数值高为一种，数值低为一种，中间就为这2种颜色的渐变色。和热图的渐变色一样。...利用ggplot2绘折线图前面我们说过ggplot2绘制散点图是ggplot()+geom_point()格式，绘制折线图，我们只需要再加上geom_line()。...添加误差线 #add errorbar ggplot(data, aes(Date, Weight, colour=Cultivar, group=Cultivar))+ geom_errorbar

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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

使用qlot()，以一次创建所有图的方式创建一个图；使用gglot()，按块和层函数创建一个图。Ggplot2补充qlot()的原因是为了减少所需的打字量。...空图应该在aes()函数中指定数据帧中需要绘图的任何信息。在本例中，我们通过aes()函数实现美学映射：分别指定x和y变量。但是，只绘制了一个空白的GGPlot。...4.3.3.3 使用坐标系统来调节和限制X轴和Y轴坐标系的用途是在计算机屏幕上调整从坐标到二维平面的映射。在ggplot2中可用的不同坐标系中，笛卡尔坐标系和极坐标系是最常用的坐标系。...在下面的代码中，我们创建一个新的plot对象p5，并使用coord_cartesian()更改X和Y轴的限制以放大到感兴趣的区域。...公式可以是x~y，这表示将绘图分割成变量x的每个值的一行和变量y的每个值的一列。实现facet_grid(x~y)函数将生成一个矩阵，其中的行和列由x和y的可能组合组成。公式可以是x~.

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ggplot2_散点图

ggplot_散点图 sunqi 2020/8/1 R 概述 散点图的绘制拟合散点图曲线获得示例数据 # 加载数据 # mecars是一个汽车相关的数据集 data("mtcars") mydata...参数 color:点的颜色 size：点的大小 shape ：点的形状 # 设置主函数 p <- ggplot(mydata, aes(x = wt, y = mpg)) # 绘制散点图 p + geom_point...y ~ x' ?...'y ~ x' ?...Jitter points 当数据集的数据过多时，绘图就会显得很杂乱 position = position_jitter()用于避免过量绘图 width: x轴上的点 height: y轴上的点 #

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玩转数据地图系列之——地图上的迷你条形图

一周前更新了一篇数据地图上的气泡散点图的内容，不知怎地，这段时间就是跟地图死磕上了，今天还是数据地图，不过是在数据地图上呈现条形图、柱形图。...之前的一篇因为有现成的作图包支持，geom_scatterpie函数不用花费太大力气就解决了数据地图上的气泡散点图问题。...年的某经济度量指标（虚构）N15、N16和环比增长率Ratio。...ggplot的现有图层图形中是没有直接根据点坐标生成条形图、柱形图的，所以这里我们只能曲线救国，使用线条图和误差线来进行模拟。...以上思路仅供大家大家参考，就像伟大的哈德利.威科姆所说的一样，ggplot只是给你了一个发挥想象力的空间，无拘无束的发挥想象力，总能创造出令人惊讶的作品。

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R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

可先阅读文章：R绘图笔记 | R语言绘图系统与常见绘图函数及参数 1.利用plot()绘制散点图 R语言中plot()函数的基本格式如下： plot(x,y,...) plot函数中，x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标...绘制第一个散点图 ####第一个图 x <- runif(50,0,2) y <- runif(50,0,2) plot(x, y, main="我的第一个散点图", sub="subtitle",...3.其他散点图函数除了上面的包和函数可以绘制散点图外，还有一些包也可以绘制复杂性的散点图。比如说car包中的scatterplot()函数和lattice包的xyplot()函数。...car包中的scatterplot()函数增强了散点图的许多功能，它可以很方便地绘制散点图，并能添加拟合曲线、边界箱线图和置信椭圆，还可以按子集绘图和交互式地识别点。...# 为TRUE，则按分组拟合回归线； xlab、ylab # x轴和y轴标签； log # 绘制对数坐标轴； jitter # 包含x、y或两者都有的列表；指定散点图中点的水平和垂直坐标的抖动因子；

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R语言之可视化①误差棒

本教程介绍如何使用R软件和ggplot2包创建带有误差棒的图形。...可以使用以下函数创建不同类型的错误栏： geom_errorbar（） geom_linerange（） geom_pointrange（） geom_crossbar（） geom_errorbarh...使用三种剂量水平的维生素C（0.5mg,1mg和2 mg）和两种递送方法[橙汁（OJ）或抗坏血酸（VC）]中的每一种： > library(ggplot2) > df <- ToothGrowth >...我们将绘制每组中Tooth长度的平均值。...使用点图绘制误差棒 p <- ggplot(df, aes(x=dose, y=len)) + geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center') # use

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跟着Nature学作图：R语言ggplot2频率分布直方图和散点图添加误差线

s41586-022-05275-y.pdf 代码没有公开，但是作图数据基本都公开了，争取把每个图都重复一遍今天的推文重复论文中的extended Figure4 频率分布直方图和散点图添加误差线首先是图...) library(ggh4x) ggplot(data=dat,aes(x=Var1))+ geom_histogram(bins = 25, color="...= "text",x=2.5,y=50,label="Observed", vjust=-1)+ geom_segment(aes(x=0.75,xend=2.25,y=250...))+ labs(y="Frequency", x="Enrichment folde of OMIM genes\nnear GWS SNPs with a density > 1"...,aes(x=`Minimum Signal Density`, y=`Enrichment statistic`))+ geom_point()+ geom_errorbar

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跟着Nature学作图：R语言ggplot2柱形图添加误差线和频率分布直方图

s41586-022-05275-y.pdf 代码没有公开，但是作图数据基本都公开了，争取把每个图都重复一遍今天的推文重复论文中的extended Figure5 频率分布直方图和柱形图添加误差线...) library(ggh4x) p1<-ggplot(data=dat01,aes(x=`Effect Size`))+ geom_histogram(bins = 70,color="black...x="Estimated effect of minor haplotype", y="Frequency") p1 p3<-ggplot(data=dat01,aes(x=`Variance...x="Variance explained by each haplotype (in %)", y="Frequency") p3 图d柱形图误差线叠加散点图 dat02 dat02.2 p4<-ggplot()+ geom_errorbar

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gghalves包-你五毛我五毛

默认为NULL，使用ggplot()中aes()指定的映射。 data 指定数据框。默认为NULL，使用ggplot()中的数据。...side 画半小提琴图的一侧。“ l”代表左，“ r”代表右，默认为“ l”。 nudge 在小提琴图和分配给x轴上给定因子的空间中间之间添加空间。...inherit.aes 默认为TRUE，若为FALSE，覆盖ggplot()中aes()默认属性，而不是与他们组合。...接下来加入散点图，并使x坐标往左移动0.1（x = as.numeric(Species)-0.1），使用position_jitter使得重复的点分散开。...这里比较有趣的是，作者还通过geom_point和geom_errorbar加入和汇总信息以及对应的误差项。

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4种绘制带误差线的柱形图

python100天还在继续，到第三周的时候就显得有点难啃了，笔记中很难进行很好的转述，因此就对原有的python3笔记进行补充。...fig.add_trace(go.Bar( name='Experimental', x=['Trial 1', 'Trial 2', 'Trial 3'], y=[4, 7, 3],...不难发现，在python绘图中，都需要指定误差线的值以后，才能进行标注的，虽然我们可以使用numpy进行计算，但是这一部分不在绘图系统中，还是显得有点麻烦。...置信区间 ggplot(tgc2, aes(x=dose, y=len, fill=supp)) + geom_bar(position=position_dodge(), stat="identity...标准误差表示的是抽样的误差。因为从一个总体中可以抽取出无数多种样本，每一个样本的数据都是对总体的数据的估计。标准误代表的就是当前的样本对总体数据的估计，标准误代表的就是样本均数与总体均数的相对误差。

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R语言从入门到精通：Day17 (ggplot2绘图)

在之前的教程中，我们在学习各类数据分析方法的过程中学习创建了各种各样的普通图形和特殊图形，它们大部分都是利用R的基础绘图系统创建的。...这里，变量wt的值映射到沿x轴的距离，变量mpg的值映射到沿y轴的距离。...在散点图的例子中，函数geom_point()在图形中画点，创建了一个散点图。最后，函数labs()是可选的，可添加注释(包括轴标签和标题)。图1，散点图 ?...在R中，组通常用分类变量的水平(因子)来定义。分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如形状、颜色、填充、尺寸和线类型的视觉特征的分组变量来完成的。...在基础图形中可以实现的图形“组合”在ggplot2中自然也不是难事，可以使用函数facet_wrap()和函数facet_grid()创建。

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1.6几何对象

(se = FALSE) 想象下：x轴是displ，y轴是hwy，颜色使用drv填充，然后加了一个散点图（中间没有参数，用默认），再加上一个拟合曲线，没有绘制出区间。...由于两个集合对象都没有对mapping进行设置，所以会使用原始涂层的aes(x = displ, y = hwy, color = drv))。所以出来的结果，散点图和拟合曲线都是三种颜色。...(x = displ, y = hwy) ) 没有什么区别，第一个图在原始上就设定了x，y。...第一种方法：简便；第二种方法：灵活，可以设置不同的x，y。 (6) 自己编写 R 代码来生成以下各图 ? 第一个图： x为displ，y为hwy。...画了散点图（geom_point）并绘制了拟合曲线（geom_smooth），没加置信区间（se =FALSE） ggplot(data = mpg,aes(x = displ,y = hwy))+

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R语言ggplot2画图比较两组连续型数据的几种方案

对数据进行展示通常可以使用柱形图，箱线图，小提琴图，直方图，散点图等几种方式。今天的推文分别介绍一下以上5种图形的ggplot2实现代码。...以下代码用到3个R语言包分别是ggplot2 用来画图RColorBrewer 用来生成颜色dplyr 用来整理数据 ggplot2和dplyr如果是第一次使用需要安装，安装用到的命令是 install.packages...分组信息在x轴已经体现，故去除图例，避免累赘。出图如下： ?...此外，在直方图的基础上，我们也可以添加核密度曲线： ggplot(data, aes(CRP))+ geom_histogram(aes(y = ..density.., fill = Status...image.png 散点图用到的主要图形对象包括geom_jitter和geom_dotplot. geom_jitter产生的点可在一定范围内随机波动，所以也叫抖动点图；而geom_dotplot产生的点可以按照作者想要的方式

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R in action读书笔记（22）第十六章高级图形进阶（下）

split选项将页面分割为一个指定行数和列数的矩阵，然后将图形放置到该矩阵中。...position = c(xmin, ymin, xmax, ymax)，该页面的x-y坐标系统是矩形，x轴和y轴的维度范围都是从0到1，原点（0, 0）在图形左下角。...它弥补了R中创建图形缺乏一致性的缺点，使得用户可以创建有创新性的、新颖的图形类型。ggplot2中最简单的绘图方式是利用qplot()函数，即快速绘图函数。...将表达式改为y ~poly(x, 2)将生成二次拟合。注意表达式使用的是字母x和y，而不是变量的名称对于method = "gam"，一定要记得加载mgcv包。...对于method ="rml"，则需加载MASS包 x、y ：指定摆放在水平轴和竖直轴的变量。

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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画折线图并添加误差线

折线图添加误差线是非常常用的一种可视化方法，今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2作图的代码。...apple domestication 中的Figure3中的d图 ?...image.png 添加误差线 ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+ geom_line()+ geom_point()+ ylim(0,40)+...image.png 这样基本就做好了，接下来就是美化去掉灰色背景添加坐标轴线更改坐标轴的刻度和标签 ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+ geom_line...image.png 接下来是拼图 p1<-ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+ geom_line()+ geom_point()+ ylim(0,40

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ggplot2_总纲

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