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「首席架构师推荐」数值分析软件列表

PARI/GP是一种广泛使用计算机代数系统设计用于快速计算数论(分解、代数数论、椭圆曲线…),但也包含大量其他有用函数来计算等数学实体矩阵,多项式,幂级数,代数数量等,和很多超越函数。...PARI也可以作为C库使用,以允许更快计算。 SageMath是一款开源数学软件,具有统一Python接口,可以作为文本接口或基于web图形界面使用。...包括用于开源和专有通用CAS接口,以及其他数值分析程序,如PARI/GP、GAP、gnuplot、岩浆和Maple。 Speakeasy是一个交互式数字环境,也具有解释式编程语言。...Euler Mathematical Toolbox是一个强大数字实验室与编程语言,可以处理实数,复数和区间数,向量和矩阵。它可以生成2D/3D图形。...mlpack是一个用于机器学习开源库,它提供了一个简单且一致API,同时利用c++语言特性提供最大性能和灵活性 NCAR命令语言是专门为科学数据分析和可视化而设计一种解释语言。

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生成对抗网络(GANs)最新家谱:为你揭秘GANs前世今生

2、我们用两种方法来控制图片呈现,在没有CGAN时候所有图片信息使用Z编码。在CGAN下,我们加入了条件信息Y,于是Z和Y对不同信息进行编码。 例如,我们假设Y对手写数字0-9进行编码。.../reedscot/nips2016):这篇论文里作者设计了一个本文描述方法来告诉GAN画什么,同时使用方框和标记告诉GAN绘画主体位置。...例如,第一个位置是0-9之间数值控制数字,第二个位置控制数字旋转,这就是文中作者想要表达。 有意思是,与CGANS不同,他们使用无监督方法实现并不需要标签信息。...梯度惩罚(Gradient penalty):所以我们该如何摆脱权重剪辑带来不良效果呢? WGAN-GP作者(GP表示梯度惩罚)提出了使用另一种叫梯度惩罚办法加强Lipschitz限制建议。...其次,我们有ProGANs(基于WGANS-GP),它打开了一条通往生成高清图像清晰路径。同时,循环GANs让我们看到了GANs从数据集提取有用信息潜力以及这些信息如何转入至另一非关联数据分布。

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NeurIPS 2021 | 分布偏移下用于药物发现可靠图神经网络

为了评估模型可靠性,作者生成了额外分子注释,并提出了新颖度量方法来围绕负责任GNN应用,根据真实世界标准衡量模型。这是他们第一个贡献。...通过使用CardioTox,他们第二个贡献是一个关于在分布偏移下过于自信错误预测背后根本原因探索性研究,以及使用原则性建模方法来减轻它。...总体而言,使用GP可以提高超过80%基线OFNs不确定度估计,同时也可以改善校准(图S4)。...额外消融以评估SN和GP相对贡献 为了理解这两个建模分量(即距离保持特征提取器和距离感知分类器)相对性能贡献,作者在附录H中进行了广泛消融研究。...另一个有趣方向是,通过附录H中详细描述消融研究,找到一种定量方法来测量学习表征中距离保持,并通过精确性和稳健性表现理解保持和特定任务压缩之间权衡。

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跟SCI学heatmap|文章中常见复杂热图绘制方式(含代码),干货较多,建议耐心一下

一 载入R包 数据 1.1 载入ComplexHeatmap包,数据 为更贴近生信使用场景,直接使用内置基因表达数据 library(ComplexHeatmap) expr = readRDS(paste0...= gpar( col = rainbow(3)[i] ), just = "left") }) } 需要注意是 这里需要对应好,各位有更好方法希望不吝告知...index <- which(rownames(mat) %in% genelist) #得到对应文本标签; labs <- rownames(mat)[index] 3)使用labels_gp调整字体大小...heatmap4 <- Heatmap( mat, name = "expression" ) heatmap 4.2.1 在总图中提取出来目标基因热图,颜色与大图一致 提取目的基因所在位置进行绘制...heatmaph4[c(1,5,6,8,9,80,144,74),] 这种方式是在总热图中直接提取目的基因部分,热图颜色与总热图一致。

4.4K21

GAN系列学习(2)——前生今世

DCGAN能改进GAN训练稳定原因主要有: ◆ 使用步长卷积代替上采样层,卷积在提取图像特征上具有很好作用,并且使用卷积代替全连接层。...,转而使用wassertein距离去衡量生成数据分布和真实数据分布之间距离,理论上解决了训练不稳定问题。...往GAN以及其变种都是希望生成器生成数据分布尽可能接近真实数分布,当生成数据分布等同于真实数据分布时,我们就确定生成器G经过训练可以生成和真实数据分布相同样本,即获得了生成足以以假乱真数据能力...这里直介绍了一些对GAN在训练和生成上改进工作,具体还有很多很多很多很多没有介绍到,这里只是挑选了一些典型,用比较多介绍一下。...没什么不同 哪么重点来了,那么多GAN改进版,到底哪一个效果更好呢,最新Google一项研究表明,GAN、WGAN、WGAN GP、LS GAN、DRAGAN、BEGAN啥,都差不多,差不多,不多,

1.1K61

使用GANs生成时间序列数据:DoppelGANger论文详解

像自回归模型和马尔可夫模型一样,RNN使用以前时间步长滑动窗口确定下一个时间点。RNN还存储一个内部状态变量,该变量捕获时间序列整个历史记录。...DoppelGANger结合了一些创新想法,例如: 使用两个网络(一个多层感知机 MLP和一个递归网络)捕获时间依赖性 分离归因生成,以更好地捕获时间序列及其属性(例如用户年龄,位置和性别)之间相关性...图9:使用连续编码(顶部)和二值一次热编码(底部)生成实数实数。 然后,我们使用模糊指标计算相似度得分。...为了测试所生成数据质量,我们提供一些指标—参见表2: 相似度-通过直方图和相互信息重叠衡量 自相关-超过30个时滞实数与合成数之比 效果—用实数和合成数据训练时,通过预测误差相对比率衡量 我们使用带有自举...但是,他们发现,一旦隐私预算ε变得相对较小(意味着合成数据变得更安全,它也会开始失去质量)(通过相对于真实数时间一致性衡量)。

1.2K21

四篇好文简读-专题4

以前工作努力将模型决策归因于具有不同显著性单个输入特征,但他们未能解释这些输入特征如何相互作用以达成预测。在本文中,作者提出了一种自注意力归因方法来解释Transformer内部信息互动。...此外,作者提取每一层中最突出依赖关系构建一个归因树,它揭示了Transformer内部层次性互动。最后,作者表明,归因结果可以作为对抗模式实现对BERT非目标攻击。...然后,作者提出了基于GP-UCB框架和Laplace DP机制三种几乎最优算法。...在人工和真实数据集上与不同算法比较突出了MoMAGP-UCB在私有和非私有场景下优越性能。...最后,我们对各种GNN模型预训练进行了系统实证研究,使用公共蛋白质图收集和新书目图汇编进行预训练。实验结果表明,L2P-GNN能够学习有效、可转移先验知识,为下游任务产生强大表征。

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DCGAN、WGAN、WGAN-GP、LSGAN、BEGAN原理总结及对比

DCGAN能改进GAN训练稳定原因主要有: ◆  使用步长卷积代替上采样层,卷积在提取图像特征上具有很好作用,并且使用卷积代替全连接层。...,转而使用wassertein距离去衡量生成数据分布和真实数据分布之间距离,理论上解决了训练不稳定问题。...往GAN以及其变种都是希望生成器生成数据分布尽可能接近真实数分布,当生成数据分布等同于真实数据分布时,我们就确定生成器G经过训练可以生成和真实数据分布相同样本,即获得了生成足以以假乱真数据能力...这里直介绍了一些对GAN在训练和生成上改进工作,具体还有很多很多很多很多没有介绍到,这里只是挑选了一些典型,用比较多介绍一下。...没什么不同 哪么重点来了,那么多GAN改进版,到底哪一个效果更好呢,最新Google一项研究表明,GAN、WGAN、WGAN GP、LS GAN、DRAGAN、BEGAN啥,都差不多,差不多,不多

2.4K30

GAN发展系列一(CGAN、DCGAN、WGAN、WGAN-GP、LSGAN、BEGAN)

,采用带步长卷积代替上采样,更好提取图像特征,判别器和生成器对称存在,极大提升了GAN训练稳定性和生成结果质量。...,在理论上给出了GAN训练不稳定原因,就是之前损失函数交叉熵(JS散度)不适合衡量具有不相交部分分布之间距离,而使用文章提出Wassertein距离衡量数据分布和真实数据分布之间距离,理论上解决了训练不稳定问题...WGAN-GP引入了Gradient Penalty, ? GP设计逻辑是:当且仅当一个可微函数梯度范数(gradient norm)在任意处都不超过1时,该函数满足1-Lipschitz条件。...也就是距真实数据比较远。...,使用重构误差衡量样本是生成还是真实,尽可能匹配误差分布而不是样本分布,如果误差分布之间足够接近,那么真实样本之间分布也会足够接近,最后生成图像质量也不会差。

13.4K42

通过哈密顿蒙特卡罗(HMC)拟合深度高斯过程,量化信号中不确定性

所以我们要选择一种更好方法,比如将其建模为高斯过程(GP)为什么呢是告诉过程呢? 首先,让我们回顾一下什么是高斯过程(GP)。...将临床信号视为平稳高斯过程 当执行 GP 建模时,所有数据点都被认为是从多元高斯分布中提取 这里有两点需要注意。...这里我们使用简单方法:在时间指标和测量信号之间插入另一个GP 遵循引用[2]方法,为什么这就足够了?正如我们上面提到,我们只需要适应θ变化。...最直接方法是对这个分布进行数值抽样。最好数值抽样方法是哈密顿蒙特卡洛法(HMC)! 哈密顿蒙特卡洛方法 我们需要一种明智方法来分布进行抽样,这有两个原因(实际上是同一件事情两种观点)。...使用参数抽样后验值推断了200个样本,结果如下图所示,其中蓝线和黑线分别代表原始样本和真实数平均值。红线是推断样本均值。灰色虚线是所有要与上图模拟数据进行比较单个推断样本。

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深度学习500问——Chapter07:生成对抗网络(GAN)(2)

首先利用Inception网络提取特征,然后使用高斯模型对特征空间进行建模。根据高斯模型均值和协方差进行距离计算。具体公式如下: 分别代表协方差和均值。...VAE和GAN均是学习了隐变量 到真实数据分布映射。但是和GAN不同是: GAN思路比较粗暴,使用一个判别器去度量分布转换模块(即生成器)生成分布与真实数据分布距离。...为了让生成数字可控,我们可以把数据集做一个切分,把数字0~9数据集分别拆分开训练9个模型,不过这样太麻烦了,也不现实。...梯度截断将导致判别网络趋向于一个二值网络,造成模型容量下降。于是作者提出使用梯度惩罚替代梯度裁剪。...使用LSGAN,WGAN-GP。 Generator使用Adam,Discriminator使用SGD。

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Nat. Commun. | 机器学习优化抗体得到高度多样和亲和力抗体库

由于序列空间组合爆炸,常常采用逐步迭代方法来优化抗体与目标分子结合,但这样做耗时且需要大量精力验证无功能抗体。...为了训练序列-亲和力模型,作者研究了两种方法来预测亲和力并量化不确定性:集成方法和高斯过程。...作者应用了采样方法来生成优化Ab-14重链和轻链变体scFv。还使用基于位置特异性得分矩阵(PSSM)方法,代表传统定向进化方法,生成了一个控制序列集。...此实验定义成功率为具有比初始候选scFv Ab-14更好实验测得结合得分scFv百分比。作者选择PSSM库作为比较对象,因为它们更好地反映传统优化过程,并且通常比随机突变库更好。...作者使用两个突变距离指标衡量库多样性:dAb14avg(与初始Ab-14平均距离)和dpw(平均成对距离)。前者dAb14avg表示设计与训练数据距离,后者dpw表示库内多样性。

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JCIM | AMPGAN v2:机器学习指导抗菌肽设计

AMPGAN v2使用生成器和鉴别器学习数据驱动先验知识,并使用条件变量控制生成。 ? 一、研究背景 抗菌肽(AMPs)有助于所有生物自然免疫反应,并对广泛微生物具有活性。...设计缓解AMP缺点AMP候选物是一个难题。 机器学习有助于AMPs发现和发展,最近有许多依赖于预测模型方法来预测AMPs,这些方法通常被称为定量结构-活性关系(QSAR)模型。...生成器将潜在分布中样本映射到似乎是从真实数据分布中提取样本,而鉴别器并且必须识别它们是从真实数据分布中提取还是由真实数据分布生成。 本文提出模型是基于BICGANAMP设计模型。...图2 AMPGAN v2结构 三、实验结果 3.1 训练稳定性 为了研究AMPGAN v2训练稳定性,作者使用不同随机初始化从零开始训练了30次。作者使用两个条件启发式标准确定试验是否成功。...作者使用广义词移位研究这种高阶组织,它将字符级简单分析扩展到任意长度子序列。词移位衡量不同子序列对两组序列之间差异性贡献,并突出最大贡献。

1.1K31

TTSR:用Transformer实现端到端超分辨率任务 | CVPR2020

本文最具有创新点地方是使用Transformer解决超分辨率问题,这让我想到了前段时间DETR:用Transformers进行端到端目标检测。...尽管提出了基于生成对抗网络(GAN)图像SR方法来缓解上述问题,但由GAN引起幻觉和伪像进一步给图像SR任务带来了巨大挑战。...但是,SOTA方法通常采用一种直接方法来传输纹理,这可能会导致不满意SR图像(如图1所示)。 ? 图1.提出TTSR和最新RefSR方法之间4×倍放大SR结果比较。...因此,TTSR设计了一种更精确方法来搜索和从Ref图像转换为LR图像相关纹理。...在这里采用WGAN-GP ,该算法提出了梯度范数二次化处理代替权重削减,从而得到更稳定训练和更好性能。这种损失可以解释为: ?

2.5K31

学界 | Ian Goodfellow强力推荐:DeepMind提出Auto-encoding GAN变分方法

但是这种灵活算法也伴随着优化不稳定性,导致模式崩溃(mode collapse)。将自动编码器(auto-encoder)与GAN相结合,能够使模型更好表示所有被训练数据,以阻止模式崩溃。...定向隐变量模型描述了源噪声数据是如何通过非线性函数变换为貌似真实数据样本,而GAN则通过辨别真实数据和模型生成数据驱动学习过程。...GAN可以在大型数据集上进行训练,当使用图像数据进行训练时候,GAN能够生成视觉上相当真实图像样本。...基于自编码器GAN(auto-encoder-based GAN, AE-GAN)正是为了解决这个问题GAN变种,它使用了自动编码器鼓励模型更好表示所有被训练数据,从而阻止模式崩溃。...实验结果 为了更好地理解基于自动编码器方法在GAN领域中重要性,作者将该方法与其他GAN方法在三个数据集上进行了对比,包括混合模型AGE,和其他纯GAN方法变种,例如DCGAN和WGAN-GP

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Python 人工智能:11~15

GP(和其他进化算法)好处之一是探索了人们不了解领域。 如果对问题领域有充分​​了解,则可以使用其他分析工具和方法来提供高质量解决方案,而不会在 GP 随机搜索过程中固有的不确定性。...威尔逊令人信服地证明,GP 可以产生可比令人印象深刻结果,甚至可能比深度学习更好。...现在,我们已经探索了将文本分割和分块技术,让我们开始研究执行文本分析方法。 使用“词袋”模型提取词频 词袋模型文本分析主要目标之一是将文本转换为数字形式,以便我们可以在其上使用机器学习。...让我们考虑包含数百万个单词文本文档。 为了分析这些文档,我们需要提取文本并将其转换为数字表示形式。 机器学习算法需要使用数字数据,以便它们可以分析数据并提取有意义信息。 这就是词袋模型用处。...通常,我们可以对各种名称进行有根据猜测。 在这个简单示例中,我们将使用启发式方法来构建特征向量,并使用训练分类器。 这里将使用启发式是给定名称最后N个字母。

1.5K10

NIPS论文遭受全面质疑:论证过程普遍不完整,又何谈对错?

三个维度 然后,团队确定了评估标准三大项: 一是实验:有没有用真实数据或者合成数据 (Synthetic Data) 去测试算法,最理想是两者兼有。...如果缺少前者,就不能得出超越现有算法结论;缺少后者,就不能说明算法比随机猜测表现更好。...幸存者无几 先看数据,有99%论文使用了真实数测试,有29%用到了合成数据。...团队说,虽然用一届NIPS发表论文,概括ML/AI领域所有学术文献情况,并不是一个非常全面的方法; 但是,NIPS/NeurIPS是领域内顶会,把这里发表论文视为高质量研究成果,作为研究样本,...理论上不难,研究人员应该在论文里,表明使用某个方法、使用某种基线理由,写清现有最先进 (State-of-the-Art) 方法是什么,用合适量化方法来体现研究重要性。

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综述 | 深度学习在多维时间序列插补中应用

TimesNet 创新性地引入了快速傅里叶变换,将一维时间序列重构为二维格式,从而方便使用 CNNs 进行数据处理。同样在 GP-VAE 中,CNNs 在编码器和解码器中都扮演着骨干角色。...01、基于VAE模型 VAE 采用编码器-解码器结构,通过最大化边缘似然证据下界(ELBO)逼近真实数据分布。这个 ELBO 强制形成一个高斯分布潜在空间,解码器从中重构出多样化数据点。...在[Fortuin et al., 2020]中,作者提出了首个基于 VAE 插补方法 GP-VAE,其中在潜在空间中利用了高斯过程先验捕捉时间动态。...02、基于GAN模型 GAN 通过两个组件之间最小最大游戏促进对抗训练:一个生成器旨在模仿真实数据分布,而一个判别器则负责区分生成数据和真实数据。...从数字上看,各种方法在不同数据集上表现各不相同,本研究中没有明显优胜者,需要进一步工作深入比较预测性和生成性插补方法。

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