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lncRNA组装流程的软件介绍服务器安装IGV

咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程!...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 通过mobaxterm这个工具可以直接在服务器安装运行IGV,因为mobaxterm支持X11,在运行IGV时可以接弹出一个窗口 具体安装方法如下...downloads/2.9/IGV_Linux_2.9.4_WithJava.zip # 解压 unzip IGV_Linux_2.9.4_WithJava.zip # IGV包只需要解压,不需要安装...不仅仅可以通过mobaxterm安装IGV,如果没有root权限,也可以通过这个mobaxterm安装R studio等之类的工具 安装方法: 首先把condarc里面的国内镜像全部停用,因为清华没有这个...r的镜像,接着安装的话,我们为了避免污染环境,选择独立创建一个环境 mamba create -n rstudio -c r -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda

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服务器内存监测

而对于程序员而言,如何避免内存泄漏也是一门学问,倘若不加以控制,那么无论多大的内存都会有消耗殆尽的那天。...本文当然不是研究如何分析内存泄漏的产生原因与解决方案,而是在此之前的一步,通过简单的内存监测方式来预测内存泄漏的 潜在可能性 或者 偶发性 等。...我这边需要监测 系统内存 与 jvm堆内存 ,最终的结果会展示各个时间点的内存情况,所以需要一个时间类,表示每个切片的时间点。...timeMarkInterval是存储定时器id的,在销毁之前释放定时器;physicMemory和heapMemory获取图表div节点,用于echarts节点获取;systemInfo则会存储定时从服务器拉取到的数据...由图可见我这个系统堆内存通常消耗不到一百兆,后续可以将堆内存设定的再小一些,以提供给其它服务使用。总体内存是稳定状态,达到一定值会自动回收垃圾,占用率不会逐步提高,是个可控的系统。

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服务器内存监测

而对于程序员而言,如何避免内存泄漏也是一门学问,倘若不加以控制,那么无论多大的内存都会有消耗殆尽的那天。...本文当然不是研究如何分析内存泄漏的产生原因与解决方案,而是在此之前的一步,通过简单的内存监测方式来预测内存泄漏的 潜在可能性 或者 偶发性 等。...我这边需要监测 系统内存 与 jvm堆内存 ,最终的结果会展示各个时间点的内存情况,所以需要一个时间类,表示每个切片的时间点。...timeMarkInterval是存储定时器id的,在销毁之前释放定时器;physicMemory和heapMemory获取图表div节点,用于echarts节点获取;systemInfo则会存储定时从服务器拉取到的数据...由图可见我这个系统堆内存通常消耗不到一百兆,后续可以将堆内存设定的再小一些,以提供给其它服务使用。总体内存是稳定状态,达到一定值会自动回收垃圾,占用率不会逐步提高,是个可控的系统。

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linux服务器内存

早上到单位 发现服务器 mysql 服务器停了 然后起来了 查询日志 显示 内存满了 把mysql服务给杀了 linux 服务器如果 内存满了 会自动清理进程 防止服务器挂掉 选择的话 谁占的的内存大...就先杀谁 我的服务器里面 mysql服务占的内存是最大的 所以就把mysql就给杀了 image.png 然后 重启mysql 查询内存 image.png 在这说一下 怎么看linux的内存 举个例子...空闲的内存数: 232M shared 当前已经废弃不用,总是0 buffers Buffer 缓存内存数: 62M cached Page 缓存内存数:421M 关系:total(1002M) = used...记住内存是拿来用的,不是拿来看的.不象windows, 无论你的真实物理内存有多少,他都要拿硬盘交换文件来读.这也就是windows为什么常常提示虚拟空间不足的原因.你们想想,多无聊,在内存还有大部分的时候...,拿出一部分硬盘空间来充当内存.硬盘怎么会快过内存.所以我们看linux,只要不用swap的交换空间,就不用担心自己的内存太少.如果常常 swap用很多,可能你就要考虑加物理内存了.这也是linux看内存是否够用的标准哦

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Linux 内存分配流程及 kmalloc 解析

手把手教你分析 Linux 启动流程 上一次咱们分析了 Linux 的启动流程和初始化流程,今天主要分析一下内存方面的初始化和常见的内存分配方式。...先说两个概念: 外部碎片:有一段小内存,夹在两个大内存中间,两个大内存已经被分配给进程,这一段小内存由于过小,不够申请者使用,就一直空闲。...内部碎片:一个进程申请了一段内存,可是这个进程从来没有全部使用,一直有最后的一段内存没有使用。 为了解决这两个问题,就出现了伙伴系统和 slab 分配器。...3、其实所有的分配方式最底层都是伙伴系统,它先分配好一段大的内存,然后 slab 再从其中分配小的内存。...前两个最常用,GFP_KERNEL 代表在使用 kmalloc 分配内存时,如果内存准备不足,会等待,也就是会睡眠。

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深度解析 slab 内存池回收内存以及销毁全流程

slab cache 针对内存的回收流程其实和我们在上一小节 《11. slab cache 如何分配内存》介绍的 slab cache 内存分配流程是相似的。...内存回收总体也是分为快速路径 fastpath 和慢速路径 slow path,在 do_slab_free 函数中内核会首先尝试 fastpath 的回收流程。...省略 .......... } 这一部分的逻辑比较简单,在 __slab_free 内存释放流程的开始,内核不管三七二十一,首先会将对象直接释放回其所在的 slab 中。...《细节拉满,80 张图带你一步一步推演 slab 内存池的设计与实现》 《从内核源码看 slab 内存池的创建初始化流程》 《深入理解 slab cache 内存分配全链路实现》 在本文正式进入 slab...在内核源码章节的开始,笔者首先为大家介绍了 slab 内存池的创建流程流程图如下: image.png 在 slab 内存池创建出来之后,随后笔者又深入介绍了 slab 内存池如何分配内存块的相关源码实现

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JVM-剖析对象内存分配流程

Pre JVM-09自动内存管理机制【内存分配和回收策略】 ---- 对象分配流程总览 ?...---- 流程分解 栈上分配对象 (逃逸分析) 众所周知, JAVA中的对象都是在堆上进行分配,当对象没有被引用的时候,需要GC。...如果不会逃逸可以将该对象在栈上分配内存,这样该对象所占用的内存空间就可以随栈帧出栈而销毁,从而减轻GC的压力。...---- Eden区域分配对象Demo 不设置具体的Xms Xmx 时 ,JVM会自动根据你电脑的内存,设置一个值。 ? 可以看到,JVM给新生代自动根据你的电脑配置了47M 左右的内存。...概述 我们知道采用了分代收集的思想来管理内存,那么内存回收时就必须能识别哪些对象应放在新生代,哪些对象应放在老年代中。

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PHP内存分配超过限制的退出流程

但是,这对于基于CLI的常驻内存的PHP程序就是致命的了,一旦超过了内存限制,就会导致整个服务挂了,哪怕这次内存申请是很不重要的,也会导致整个VM的崩溃。...然而,第一次申请的内存太多了,达到了限制,直接就是fatal了,就没有后续尝试分配1M的事情了。...所以,这就会导致,我们不敢百分之百的去使用内存资源,因为一旦我们不小心申请的内存超过了限制,程序就会直接奔溃,没有任何拯救的余地。...我们来打个类似的比方,我们写一个Web服务器,我们要去accept连接,但是,这个时候返回了一个Too many open files的错误码。这个时候,我们是直接让程序exit吗?...所以,我们写长生命周期的脚本,需要把内存限制往大了开。 我们现在来看一下PHP内核是如何处理内存达到限制的情况的。

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APK安装流程详解13——PMS中的新安装流程下(装载)

(mSeparateProcesses):设置独立进程属性,这块内容请参考APK安装流程详解15——PMS中的新安装流程下(装载)补充中的 一、PackageParser#setSeparateProcesses...2、shouldCheckUpgradeKeySetLP(ps, scanFlags):这块内容请参考APK安装流程详解15——PMS中的新安装流程下(装载)补充中二、PackageManagerService...) 方法解析 4、verifySignaturesLP(ps, pkg):这块内容请参考APK安装流程详解15——PMS中的新安装流程下(装载)补充中 四、PackageManagerService#...(args.user.getIdentifier(), replace, pkg):这块内容请参考APK安装流程详解15——PMS中的新安装流程下(装载)补充中七、startIntentFilterVerifications...八、总结 1、安装大致流程图 ?

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APK安装流程详解12——PMS中的新安装流程上(拷贝)

安装流程.png 涉及到类的流程如下: ?...App安装过程中涉及类.png 我将上面整个安装流程分为两大步骤 1、第一步:拷贝安装包 2、第二步:装载代码 本片文章主要讲解"拷贝",即将安装包拷贝到/data目录下,同时为了保证本篇文章的流程性..., 本片文章只讲主流程,在主流程涉及到的复杂问题,或者小分支,我会提出问题,但由于简书的篇幅问题,我就不在本篇文章深入了,我会在这篇文章APK安装流程详解14——PMS中的新安装流程上(拷贝)补充去深入讲解...如果是第一个安装请求,则发送MCS_BOUND事件触发接下来的流程 这个方法整体流程如下图: ?...至此 PMS中的新安装流程上(拷贝)已经全部讲解完成

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Netty12# 池化内存框架流程

前言 本文简要梳理为什么使用池化内存?Netty使用池化内存从哪些方面提升了效率?梳理了池化内存的核心组件大体含义以及内存分配流程,勾勒池化内存的整体框架。后面文章会详细拆解每个点是如何实现的。...一、使用池化内存 为啥要使用池化内存呢? 主要以下两点: 1.频繁申请释放堆外直接内存耗时严重影响效率 2.减少小而不连续的空闲内存(也就是内存碎片) Netty中又是如何体现内存池并提升效率的呢?...二、内存池核心组件 内存池尺寸划分 Netty内存池划分了四种类型尺寸,Netty以Chunk为单位申请内存。...内存池主要指16M(默认)以下的内存,大于16M的内存分配不做缓存。...三、内存分配流程 下面通过PooledByteBufAllocator#newDirectBuffer()方法,梳理内存分配的整体流程

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【C 语言】内存四区原理 ( 内存四区建立流程 )

文章目录 一、内存四区建立流程 一、内存四区建立流程 ---- 内存四区 建立流程 : 1....加载代码到内存 : 操作系统 中 执行 可执行程序 , 将 存放在硬盘中的 可执行程序 ( 包含代码 ) 加载到内存中 , 这里的代码指的是 ELF 文件中汇编代码对应的机器码 ; 2....将 C 代码在内存中分区 : 操作系统 将 C 代码 分为 4 个区 , 由上到下 : 堆区 , 栈区 , 全局区 , 代码区 ; 堆区 : 开发者负责分配释放内存 , 调用 malloc / new...函数分配内存 , 调用 free / delete 函数释放内存 , 如果程序结束还没有释放内存 , 则 由操作系统回收内存 ; 栈区 : 由 编译器 自动 分配 与 释放 , 存放函数 参数 , 局部变量值

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APK安装流程详解15——PMS中的新安装流程下(装载)补充

; } } 这个方法其实很简单,分为两个部分 如果有老版本的签名 则检查老版本的签名和新安装包的签名是否一致 如果有共享用户的签名,则检查共享用户的签名与新安装包的签名是否一致...所以会返回PackageManager.SIGNATURE_NO_MATCH 第二步:同样是通过遍历的方式把旧的签名数组转化为ArraySet对象existingSet,同时遍历新的安装包中每个签名的签名链...package, we have nothing to do: it means the state was restored from backup. // 不是提前,即是新安装...replacing) { // 如果是新安装,我们只需要判断是不是之前是不是验证,过 IntentFilterVerificationInfo...这时候还要考虑一种情况,即新安装且已经检验过了。所以再进行判断是新安装且已经安装过的情况。最后开始遍历安装包的每一个activity,判断是否有验证的设置。

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