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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)

构建表达矩阵 scRNA-seq数据的许多分析以表达矩阵为起点。一般来讲,表达矩阵的每一行代表一个基因,每一列代表一个细胞(但是一些作者会做个转置)。每个条目代表特定基因在给定细胞中的表达水平。...测序数据可视化 (一) IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 1 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 2 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍...从39个转录组分析工具,120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)一文中可以看出,伪比对工具的准确性和稳定性也相对比较高。...这一高可变性可能会引入很强的偏差,需要在下游分析时考虑到。现在的分析通常根据细胞类型或生物通路把细胞/gene混合一起增加检测能力。...练习1 数据是三个不同来源的诱导多功能干细胞的UMI counts和read counts (有关此数据集的详细信息请参阅后续文章)。

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)

对于Smartseq2或其他双端全长转录本方案,数据通常已经拆分好了。...例如GEO或ArrayExpress之类的公共数据存储库会要求小规模或plate-based scRNASeq数据拆分好再上传,并且很多测序服务商提供的数据都是自动拆分好的。...如果使用的分析流程依赖于拆分好的数据但测序服务商提供的数据没有拆分时就需要自己拆分。因为不同的建库方案引入的barcode序列的长度和位置不同,通常都需要自己写脚本解决。...这些数据通常在比对之前先做拆分,从而可以并行比对,提高效率。 我们有公开可用 ()的 perl脚本,可以拆分任何plate-based的建库方案生成的数据,不管有没有UMI。...数据里多少来自真细胞?为了简化计算,写代码排除掉少于10个分子的条形码。

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    Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八)- Scater包输入导入和存储

    虽然前面做了原始数据质控和测序数据质控移除了一部分从reads数层面就不合格的细胞,还需要进一步根据表达矩阵移除其它类型低质量细胞。如果未能识别并移除低质量细胞会混淆下游分析中的有意义的生物信息。...因此,执行质控时,我们是通过数据集内部比较找到异常细胞,而不是依赖于其它独立的质量标准。因此比较不同的建库方法获得的不同数据集时需要格外注意。...Tung数据集 我们使用芝加哥大学Yoav Gilad实验室的3个不同来源的诱导多能性干细胞 (iPSC)的数据集 (http://jdblischak.github.io/singleCellSeq/...细胞分选采用Fluidigm C1微流控台,同时使用UMIs和ERCC spike in进行质控为了保证可重复性,数据是2016年3月15生成的原始数据的拷贝,存储于tung文件夹下。...通过使用SingleCellExperiment (SCE) 和scater包标准化分析过程。

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab four

    MIT 6.830数据库系统 -- lab four 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。...---- 事务 事务是一组以原子方式执行的数据库操作(例如插入、删除和读取),也就是说,要么所有的动作都完成了,要么一个动作都没有完成,而数据库的外部观察者并不清楚这些动作不是作为单个不可分割动作的一部分完成的...两阶段锁协议的主要内容如下: 在对任何数据进行读、写操作之前,事务首先要获得对该数据的封锁。在对任何数据进行读操作之前要申请获得S锁,在进行写操作之前要申请获得X锁。...tid, boolean commit) { // some code goes here // not necessary for lab1|lab2

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab two

    MIT 6.830数据库系统 -- lab two 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。 Lab Two lab2必须在lab1提交的代码基础上进行开发,否则无法完成相应的练习。此外,实验还提供了源码中不存在的额外测试文件。...,主要负责维护Page数据组织格式和数据读写操作,其内部属性如下所示: public class HeapPage implements Page { final HeapPageId pid;...fetchNext方法这里就是Insert装饰器对象需要实现的方法,其内部调用被装饰器对象的next方法获取所有数据,然后执行insert操作,同时计算插入数据条数,最终返回的是插入的数据条数。...data.txt 2 "int,int" 接下来创建数据库目录文件catalog.txt: data (f1 int, f2 int) 该文件会告诉SimpleDB数据库中包含一个表:data,其结构为两个

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab six

    MIT 6.830数据库系统 -- lab six 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。 ---- 引言 在本实验中,我们将要实现基于日志的中止回滚和崩溃恢复。源码中提供了定义日志格式的代码,并在事务期间的适当时间将记录附加到日志文件中。...要实现的是simpledb的日志系统,以支持回滚和崩溃恢复;在lab4事务中,我们并没有考虑事务执行过程中,如果机器故障或者停电了数据丢失的问题,bufferpool采用的是no-steal/force...byte[] oldData; } 数据页一开始的旧数据是空的,那什么时候会对旧数据进行更新呢?...checkpoint后commit了,处理情况如下: 如果活跃事务一在checkpoint后没有commit记录或者存在abort记录,则需要执行回滚操作 ---- 测试结果 ---- 疑问点分析

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab three

    MIT 6.830数据库系统 -- lab 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。...本节理论基础可参考: CMU 15-445 – Query Optimization ---- 前言 我们应该在lab2的基础上进行开发,完成lab3的练习 下面是本实验的大纲: 实现TableStats...+ ntups(t1) x ntups(t2) //CPU cost ntups(t1)是表t1的元组数量 ---- 可选择性 可选择性如何理解: 可选择性指的是当前谓词匹配能够过滤出多少符合条件的数据或者过滤出的这批数据占总数据量比例是多少...* * This class is not needed in implementing lab1 and lab2. */ public class TableStats {

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab five

    MIT 6.830数据库系统 -- lab five 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。 ---- 引言 在本实验中,我们将会实现B+树索引用于高效查询和范围扫描。...叶子节点可以包括数据记录或者指向其他数据库文件的指针。为了简单起见,我们实现的B+树的叶子节点只包括数据记录。...B+树内部节点是不保存数据的,只作索引作用,它的叶子节点才保存数据。...---- 小结 本节详细代码可以参考仓库lab five分支,相关类核心源码注释都已给出,大部分是笔者个人拙见,难免有错,希望大家带着辩证的视角去看待。

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    用户语音的情感分析 - Rosbank和AI初创公司Neurodata Lab

    Neurodata Lab是一间实时情绪分析和消费者行为分析(real-time emotion analytics and analysis of consumer behavior)的AI初创公司。...通过客户言语自动探究客户满意度 Neurodata Lab通过分析特定的参数,如停顿,声高,总体交谈时间等,分析和计算用户满意指数(Customer Satisfaction Index)。...银行经理可以收到用户情绪识别统计数据,以及用户满意度指数(Customer Satisfaction Index)的动态报告(dynamics),以及服务效率的比较性指标(comparative indicator...Nuerodata Lab声明说,Neurodata Lab的技术可以广泛应用于银行,保险和零售领域 (banking, insurance and retail),通过可靠的实时分析,快速的管理用户体验和服务质量...语音助理技术未来将支持情绪智能 2018年19月份, Amazon向美国专利和商标局( US Patent and Trademark Office)提交(file patent)了通过语音助理数据分析用户情绪的专利

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    Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

    简介 我们使用 Tabula Muris最开始释放的数据做为测试数据来完成完整的单细胞数据分析。The Tabula Muris是一个国际合作组织,目的是采用标准方法生成小鼠每个细胞的图谱。...下载数据 与其它sc-RNASeq数据上传到GEO或ArrayExpress不同,Tabula Muris通过figshare平台释放数据。...考虑到10X数据每一批的cellbarcode是有重叠的,所以在合并数据前,需要把批次信息与barcode信息合并一起。...所以对数据做下修正,使得10X与FACS的数据一致。...也需要格式化这些信息,但可能这些与FACS数据的mouse id会不一致,进而影响下游分析。如果小鼠不是纯系,可能需要通过exonic-SNP把细胞和对应的小鼠联系起来 (本课程不会涉及)。

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    数据预测2018服装行业消费者趋势,如何抓住“买买买”背后的市场?

    在2月28日的数据侠线上实验室中,数据侠王舒用阿里大数据给大家讲解了2018年服装行业年度消费者趋势。...▍男装消费者购物短平快,更爱在周五和周日浏览 服装行业消费者趋势是个大命题,近两年大家应该常看到“新零售”的各种消息,对“场景化运营”这样的概念一定都不陌生。...今天我希望从这个立意点为大家还原服装行业消费者的特征。 为了了解消费者,我们拆分了三个场景进行购物决策的还原。首先是消费者的购物路径,其次是消费者的穿着搭配,最后是消费者从售后评价上反应的购买诉求。...那么在这个研究中,我们分了两个维度来进行分析:在男装层面上根据不同品类、不同诉求进行分析;而对于女装,则进行了不同季节、不同诉求的分析,接下来我从中选取一两个品类讲解。 ? ?...作者 | 王舒 编辑 | 项静: xiangjing@dtcj.com 题图 | 站酷海洛 ▍数据侠门派 本文数据侠王舒,CBNData(第一财经商业数据中心)服饰行业首席数据分析师。

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    纺织服装产业数智化供应链协同转型解决方案

    、订货量大小不一,订单信息复杂,商品还要分颜色、分尺码 解决方案 ▬  服装行业订货管理平台  ▬ 多模式运营  数据信息化  在线支付 订货管理通过对客户下达的订单进行管理及跟踪,动态掌握订单的进展和完成情况...▬  服装行业采购管理平台  ▬ 供应商管理  电子合同  数据分析 采购管理平台解决方案致力于帮助改进企业采购管理,缩短业务管理周期时间,减低企业采购成本,提升采购质量和现金管理水平,助力服装企业打造绿色智能供应链...▬  服装行业B2B交易平台  ▬ 多模式运营  数据信息化  在线支付 打造服装行业B2B交易平台,提供涵盖行业流通价值链的综合性、联营、招商等多种运营模式,能对服装企业进行全渠道覆盖,供应链整合,精细化运营...产品核心功能 image.png ▣ 1、高效管人,提供最高效的代理管理模式 代理多种级别身份授予,团队关系网灵活展现,代理地域与代理业绩数据分析,给您提供最高效的代理管理模式。...▣ 3、实现精准监控,智能管货 平台资金流向精准监控,代理分红精准计算,平台利润大数据分析,给服装企业提供最精准的战略决策支持。

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    纺织服装S2B2C新零售平台拓宽传统销售渠道,提高企业运营效率

    ,电商行业的竞争环境规范化 我国纺织服装行业市场分析: 对于纺织服装企业生产制造环节而言,我国作为全球智能制造大国,已经具备了智能制造完整产业链优势,但目前过剩的产能、不确定性的需求市场、低效且不稳定的生产质量对经营不善的中小型纺织服装企业造成了巨大的挤压...2、纺织服装行业S2B2C平台提供多层级销售模式 纺织服装行业数字化S2B2C商城开发支持总部面向区域分公司和经销商、分公司和经销商面向门店、门店面、最终用户的智慧供应链S2B2C系统多级销售模式,构建了纺织服装企业直达消费者的...3、纺织服装数字化S2B2C商城实时查询库存动态变化 纺织服装行业商业S2B2C新零售平台的总仓直营店库存同步更新,智慧供应链S2B2C系统开发轻松帮助纺织服装企业经销商库存数据自动化采集、灵活处理。...4、纺织服装行业数字化S2B2C商城完善布货体系,促进商品销售 要解决客户需求问题,就要考虑物流时间、商品的保存和供应能力。...6、智能化大数据,纺织服装S2B2C电商平台助力改善运营策略 消费者、供货商、采购商的交易数据均可留存纺织服装S2B2C电商平台,基于大数据,商家可以更好地调整运营方向,选择运营策略,有效提升商家的品牌知名度

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    服装行业”凉凉了?如何利用小程序扭转乾坤?

    1.jpg 大家都知道传统的线下企业已经非常难做,而服装行业作为传统行业的代表,受到的冲击更大。这几年,各大知名服装品牌也纷纷掀起「关店潮」。...接下来我们来分析一下。...2.对用户缺少分析 线下门店的人流量面对着种种不确定性,商户难以对用户的角色进行定位与分析,没有数据反馈对于商户来说,就没有办法进一步了解用户的喜好等方面,无法对店铺进行更为精准的定位。...小程序适用于各个行业,在众多行业中,服装行业的优势越来越明显。 3.缺少销售粘性 仅有线下门店对于用户来说是随机消费,消费者对品牌的关注度与消费频次较低,没有办法进行二次转化。...小程序能够帮助服装行业的企业和商家拓展更多新的销售渠道,提升企业品牌知名度和消费者的体验满意度,以及方便深入了解消费者的习惯。 那么,服装行业小程序到底有哪些优势呢?要如何利用起来,抢占市场风口呢?

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    腾讯AI Lab研发「智能显微镜」 抢先布局病理分析领域

    腾讯 AI Lab 今日在南京举办的「腾讯全球合作伙伴大会」上宣布,其AI+医疗领域研究已抢先从影像筛查进入病理分析阶段,相关的「智能显微镜」项目已在研发测试阶段。...以下介绍了病理AI技术、「智能显微镜」研究项目背景,及「腾讯觅影」在医疗影像方面的可喜进展,由腾讯AI Lab AI+医疗专家姚建华博士与AI+病理专家韩骁博士分享。因篇幅需要,全文有删节。...智能显微镜技术模块介绍 病理AI分析是未来的研究发展方向 病理分析是诊断、预后分析和指导癌症治疗的黄金标准。...的能力—— 1、基于AI的病理诊断模型:可提高诊断效率,提高微小病变和疑难病例识别能力; 2、基于AI的病理预后预测模型:如预测五年总生存率、五年无疾病生存率和五年无远处转移生存率; 3、病理组学:从病理数据中提取特征...而经过大量专家数据训练的AI,可提高诊断一致性。在智能显微镜下,医生只需给出「息肉分类」语音指令,AI就能自动阅片、自动采集图像,并辅助医生诊断。

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    服装行业数智化供应链系统转型解决方案

    ▣ 4、订货量大小不一,订单信息复杂,商品还要分颜色、分尺码 解决方案 ●●● ▬ 服装行业订货管理系统 ▬ 多模式运营 数据信息化 在线支付 订货管理系统通过对客户下达的订单进行管理及跟踪,动态掌握订单的进展和完成情况...▬ 服装行业采购管理平台 ▬ 供应商管理 电子合同 数据分析 采购管理平台解决方案致力于帮助改进企业采购管理,缩短业务管理周期时间,减低企业采购成本,提升采购质量和现金管理水平,助力服装企业打造绿色智能供应链...▬ 服装行业B2B交易平台 ▬ 多模式运营 数据信息化 在线支付 打造服装行业B2B交易平台,提供涵盖行业流通价值链的综合性、联营、招商等多种运营模式,能对服装企业进行全渠道覆盖,供应链整合,精细化运营...产品核心功能 —— ▣ 1、高效管人,提供最高效的代理管理模式 代理多种级别身份授予,团队关系网灵活展现,代理地域与代理业绩数据分析,给您提供最高效的代理管理模式。...▣ 3、实现精准监控,智能管货 平台资金流向精准监控,代理分红精准计算,平台利润大数据分析,给服装企业提供最精准的战略决策支持。

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    服装行业数字化转型解决方案

    服装行业发展机会: 1、细分市场兴起 2、多方加力促进服装产业集群升级 3、消费变革推动产业发展 痛点/挑战: 1、订单在变小,翻单款很少 2、工厂不好管,问题一大片 3、厂房租金贵,成本在翻倍 4、服装行业的...SKU多,人力难以实现精细化管理 服装行业解决方案 服装B2B交易平台 企业打造服装行业B2B交易平台,提供涵盖行业流通价值链的综合性、联营、招商等多种运营模式,让企业低成本快速构建网上商城系统,帮助行业打造生态级...主要特点:产品管理、灵活授权、财务核算 产品能力 1、高效管人,提供最高效的代理管理模式 代理多种级别身份授予,团队关系网灵活展现,代理地域与代理业绩数据分析,给您提供最高效的代理管理模式。...3、精准监控,智能管货 平台资金流向精准监控,代理分红精准计算,平台利润大数据分析,给您提供最精准的战略决策支持。...主要特点:供应商管理、电子合同、数据分析 产品能力 1、全流程驱动,实现采购需求 实现从采购需求,采购计划,招投标申请,询比价,到合同签署,全流程化驱动 2、平台化管理,采购执行全协同 门户、流程、内容

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