现在退出R. q(save = "no") 第4步 - 安装devtools包 虽然许多R软件包托管在CRAN上并且可以使用内置install.packages()函数进行安装，但是有更多软件包托管在GitHub...请记住，我们希望使用与上述相同的方法安装它，而不是将其安装在R会话中，因为devtools应该可供所有用户使用。...第5步 - 从GitHub安装R包 现在我们已经安装devtools了，我们可以使用该install_github()函数安装GitHub上的任何R包。...sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\"" 让我们通过尝试加载来验证shinyjs是否已正确安装。...开始R会话。 R 在R中，尝试加载shinyjs包。 library(shinyjs) 运行上一个命令可能会产生一些消息，但不会显示错误消息。
来自CRAN的包 可到CRAN的镜像中查找CRAN.r_project（https://cran.r-project.org/） CRAN_R包 install.packages("ggplot2"...来自github的包 有些软件包会放在Github上，版本可能更新的比较及时，因为上传到Bioconductor需要审核 我们下载的时候用Bing搜索相应的R包的名字，然后跳转到Github上面找到下载的方法...Github上R包 如果是github上的包，可以采用输入作者名以及R包名字之后使用命令进行安装 安装Github上的包 #使用devtools安装 install.packages('devtools...') devtools::install_github('kevinblighe/PCAtools') devtools安装 但是GitHub直接安装的话有时候会报错，往往都是打不开网址。...在使用remotes将R包导入Rstudio中 # 括号里填入R包所在的位置 remotes::install_local(".
R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...3）接下来便是安装源自Github（https://github.com/）的R包了，它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github...函数来进行安装，具体代码如下： install.packages('devtools') library(devtools) install_github('gertvv/gemtc') 这里需要注意的是...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
（安装R 就会默认安装它们） 通过install.packages() 下载包 通过library() 加载安装的包 通过require() 加载安装的包，和library不同，该命令会返回一个布尔值...R和Bioconductor主网站位于国外，选择国内的镜像可加快访问速度。...R包来源决定安装使用的代码 CRAN：install.packages() Biocductor: BiocManager::install() Github:devools::install_github...from github install.packages('devtools') devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee") #括号里写包名，本地安装的方法...最后再来推荐一下我的包 https://github.com/mugpeng/pengToolkit # install devtools install.packages("devtools") devtools
软件升级虽然是一件值得高兴的是，但是代码变化太大却不是一件好消息。比如说Seurat，这个单细胞分析最常用的R包，它的2.x版本和3.x版本的变化就是翻天覆地。...print0 | xargs -0 sed -i "s/seurat/seurat2/g" 这种无差别的替换会有一个问题，会把一些这类http://www.satijalab.org/seurat非代码信息中的...将R/seurat.R重名为R/seurat2.R mv R/seurat.R R/seurat2.R 之后将修改后的文件进行打包 就能用install.packages("Seurat2.tar.gz...的例子 目前我将其上传到GitHub，所以可以用devtools进行安装。...devtools::install_github("xuzhougeng/Seurat2") 代码测试，数据来自文献https://www.nature.com/articles/srep39921
Doublet软件包汇总 1.DoubletFinder DoubletFinder是一种R包，可预测单细胞RNA测序数据中的doublet。...RStudio中） devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder') 依赖包 Seurat (>= 2.0) Matrix (1.2.14...Best practices: 1.处理来自多个样品的数据时，分别对每个样品运行Scrublet。.../scrublet.git cd scrublet pip install -r requirements.txt pip install --upgrade ....require(devtools)){ install.packages("devtools") # If not already installed } devtools::install_github
2基础安装 我们最常使用的就是install.packages()函数，来安装CRAN上的R包。 我们可以选择将单个包作为变量传输进入，也可以通过向量的形式进行多个R包的安装。...这里说明一下，还是推荐大家使用if语句来进行R包的安装与加载，在实际应用中要比library好用很多。 if (!...而通常一些作者会将尚未通过CRAN或者bioconductor审核的R包，存在github、gitlab等开源网站上，这个时候就需要使用devtools或者remote包。...4.1 举个栗子 # install.packages("devtools") devtools::install_github("Hy4m/linkET", force = TRUE) packageVersion...librarian包无需进行区分R包是来自CRAN、bioconductor还是github, 直接使用shelf函数即可，非常简单。nice !
（1）R包安装 按需索取，目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律。 不需要安装所有的R包，需要哪一个，装哪一个。...来源和安装方式是对应的，从哪里来/怎么安装 （1）CRAN网站 install.packages() （2）biocounductor....BiocManager::install() （3）github devtools::install_github() ##需要加用户名称 安装的时候包的名字需要加引号...") install.packages('devtools') devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1") #括号里写作者用户名加包名 BiocManager...（4）解决问题的正确姿势 图片 重启包括1.session的重启；2.Rstudio的重启；3.电脑的重启 #以上内容均来自在生信技能树的学习
rCharts包的安装： require(devtools) install_github('rCharts', 'ramnathv') rCharts函数就像lattice函数一样，通过formula...安装方式如下： library(devtools) install_github('yihui/recharts') 安装完后，需要在https://github.com/madlogos/recharts...有两种安装方式： install.packages("plotly") 或者 devtools::install_github("ropensci/plotly") plotly包利用函数plot_ly...DT包实现R数据对象可以在HTML页面中实现过滤、分页、排序以及其他许多功能。通过install.packages(“DT”)安装。...本文主要是介绍了几个R常用的交互包。在R的环境中，动态交互图形的优势在于能和knitr、shiny等框架整合在一起，能迅速建立一套可视化原型系统。
R语言轻松绘制复杂upset图 上一篇推文，我们介绍了upset图的原理及Python语言绘制方法(UpSetPlot-让你使用Python轻松绘制upset图~~),有同学就问R语言绘制upset图的方法和一些工具...("ggupset") # Or get the latest version directly from GitHub devtools::install_github("const-ae/ggupset...，可参考：ggupset包官网[1] UpSetR包 UpSetR包应该是R语言中最为常见的绘制upset图的可视化工具包了，其可以绘制更加复杂的upset包样式。...安装方式如下： install.packages("UpSetR") #或者如下 devtools::install_github("hms-dbmi/UpSetR") 「可视化案例」： 案例01 案例...require(devtools)) install.packages("devtools") devtools::install_github("krassowski/complex-upset")
安装 MACS2 的最简单方法是使用 R 包 Herper。Herper 允许您从 R 中管理和安装 Anaconda 包。...env 参数是您要为创建的环境指定的名称。pathToMiniConda 指定您要安装 Miniconda 的位置，以及所有 conda 工具（如 MACS2）。.../RU_ATACseq',subdir='atacseq') 来自 CRAN 和 Bioconductor install.packages('BiocManager') BiocManager::install...ATACseq数据的分析： 在 R 中预处理 ATACseq 数据 数据比对 为可视化创建 bigWig Session 1 Part_2 本节演示如何使用 ATACseq 数据评估可访问性的全局变化...会话部分： 在 R 中注释 ATACseq 数据 绘制无核小体和单核小体信号 绘制 DNA 结合蛋白周围的切割位点 Session 2 Part_3 本节演示如何评估 ATAC-seq 数据中的基序。
问题 你想安装和使用一个 R 包。...方案 如果你正在使用支持 R 的图形界面软件，应该存在通过菜单栏方式安装 R 包的选项（例如，常用的 Rstudio 中，可以点击菜单栏 Tools 中的 Install Packages… 进行 R...R 包的工具。...例如，我们想安装开发版本的 ggplot2 包，可以使用下面命令： # 如果没有安装devtools，需要先安装 install.packages("devtools") library(devtools...) install_github("ggplot2")
ggsci提供了一个ggplot2调色板集合，其灵感来自科学期刊、数据可视化图书馆、科幻电影和电视节目，并不是期刊官方提供的配色。...Install from CRAN install.packages("ggsci") Install from GitHub remotes[2]：Download and install R packages...This package is a lightweight replacement of the install_* functions in devtools....Indeed most of the code was copied over from devtools. remotes::install_github("nanxstats/ggsci") 事实上...使用 ggsci使用起来非常简单，只需要在画图命令中加入scale_color_xxx(xxx为你需要的配色主题)。 示例数据 我们采用ggplot2的内置数据diamonds中的部分数据来演示。
通常我们安装R包，是来自于 CRAN或者bioconductor，如果要安装大量R包，我们以前分享过一个简化代码，如下： ## Install packages of dependency ###---...如果点no 就会一直显示R程序在运行（运行框代码框的会显示红点），但没有结果。 既然选择yes和no都有问题，那么是不是就无解了呢？...如果GitHub包下载困难 就需要一点技巧，参考；安装GitHub的R包困难解决方案 # shinyGEO options()$repos options()$BioC_mirror options(...) install_github("jasdumas/shinyGEO") if(!...requireNamespace("ThreeDRNAseq", quietly = TRUE)) devtools::install_github('wyguo/ThreeDRNAseq') 学习
R的版本升级比较频繁，很多R包对R版本的要求也比较高，我的R还停留到3.4版本，完全跟不上了。...又懒得卸载原来的R再下载新的，搜了一下，以下方法实测好用（来自https://zhuanlan.zhihu.com/p/39349696）： # install.packages('devtools')...library(devtools) install_github('andreacirilloac/updateR') 在输入以下后： library(updateR) updateR() 会弹出输入密码的提示
如有必要，在data/中添加数据文件。 在R/中编写对应功能的R文件 编写好R文件后，生成R文档。 在tests/中编写R文件的测试文件。 在vignettes/中编写项目的说明文档。...R包的创建 预先准备 安装R包，需要执行以下代码： install.packages(c("devtools", "roxygen2", "testthat", "knitr")) install.packages...("rstudioapi") rstudioapi::isAvailable("0.99.149") devtools::install_github("hadley/devtools") 同时，还需要...C编译器以及一些命令行工具，建议使用和RStudio，其会自动安装相关程序。...library(devtools) [1] TRUE 包的创建 首先，确定包的名字与工作路径，然后通过下述指令创建包hello： # 确定路径为E:/Github/ # 确定名字为hello devtools
；3.怎么安装R包不同来源的包需要用不同的安装方式；不知道来源可以查一查或者拿不同命令试一试；-（1） install.packages()安装CRAN官方R包们；-（2）BiocManager::install...()安装来自Bioconductor的包；-（3）devtools::install_github()安装来自github的包；#实例：install.packages("tidyr")install.packages...('BiocManager')BiocManager::install("ggplot2")install.packages('devtools')devtools::install_github("jmzeng1314...：包名::函数名()；等价于先library再用（如图所示）；图片5.利用镜像实现快速下载和安装R包CRAN的镜像可以通过tools -- global option -- packages手动设置，但是.../数据ls("package:stringr")9.补充：R中的各个符号反复强调：文件名称必须带引号，且在能够识别文件名称的函数括号里面、实际参数的位置。
介绍 R是一种流行的开源编程语言，专门研究统计计算和图形。它广泛用于开发统计软件和执行数据分析。R社区以不断为特定研究领域添加用户生成的包而闻名，这使其适用于许多领域。...在本教程中，我们将讨论如何安装devtools并使用它直接从GitHub安装R包。...为了使devtools在系统范围内可用，我们将以root身份输入R的shell： sudo -i R 从监视器内部，我们将使用该install.packages() 功能devtools从官方的Comprehensive...第3步 - 从GitHub安装R包 在这一步中，我们将直接从GitHub安装Shiny的最新开发版本，这是一个R的Web应用程序框架。...我们将使用devtools提供的install_github功能执行此操作。
本期大猫课堂将继续《R文本挖掘》系列，上节课中已经教大家如何用jiebaR分词包进行分词，本期将教大家一个更加进阶的分词功能：把搜狗专业词库添加进自己的用户自定义词典中。...需要注意的是，cidian包没有发布在CRAN中，而是发布在github.com中，安装需要使用install_github()函数。...注：github是世界上最大的第三方开源代码托管网站，许多R包的作者都把自己的代码放在github上进行托管与共享。 因为cidian没有经过CRAN发布，所以需要首先获得开发者工具才能进行安装。...("pbapply") 4> install.packages("Rcpp") 5> install.packages("RcppProgress") 1> “devtools”是一个R的开发者工具，...经过了这些铺垫，我们就可以安装cidian包了： library(devtools) install_github("qinwf/cidian") 其中，install_github()是用来从github
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