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HLAminer:根据NGS数据确定HLA分型结果

HPTASRrnaseq_classI.sh HPTASRrnaseq_classI-II.sh wgs代表全基因组数据,rnaseq代表转录组数据; class I和class II分别对应HLA I型和II 型基因,根据测序数据的类型和预测的...这些bash脚本实际是把多个步骤放在一起了,实际运行时可以根据需要进行修改, HPTASRrnaseq_classI.sh内容如下 ###Run TASR echo "Running TASR...".../database/HLA_ABC_CDS.fasta 输出结果的文件名为HLAminer_HPTASR.csv,当多个样本同时运行时,由于生成的中间文件名字相同,为了保证顺利并行,必须在不同的文件夹下运行...33,3555.00,2.66e-63,625.8 HLA-B Prediction #1 - B*55 B*55:29,2960.00,2.36e-54,536.3 对于每个HLA 基因,会给出对应的分析结果...HLAminer通常能够给出2位或者4位的分型结果

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【说站】Python如何根据输入参数计算结果

Python如何根据输入参数计算结果 说明 define function,calculate the input parameters and return the result....编写一个函数,传入参数:文件路径、第一个数据行列索引、第二个数据行列索引和运算符。.../data/random_data.txt"):     """     :param file: 文件路径  为缺省参数:在调用函数时可以传 也可以省去的参数,如果不传将使用默认值测试     :param...logging.info(f"行列索引超出数据集边界,当前数据集形状为:{new_data.shape}")       # 进行运算    捕获可能的异常     try:         # eval函数...:{:.2f}".format(operator, my_result)) 以上就是Python根据输入参数计算结果的方法,希望对大家有所帮助。

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MySQL || 结果排序--聚集函数讲解

MySQL 结果排序-- 聚集函数 一、环境准备 二、查询结果排序 三、查询的分组与汇总 3.1、查一下 学生们平均年龄 3.2、查一下总人数是多少 3.3、查一下每个年龄有多少人 3.4、查出最大年龄...INTO `student` VALUES (3, '小明', '男', 20, 85); INSERT INTO `student` VALUES (4, '小张', '男', 21, 87); 二、查询结果排序...语法格式: SELECT 字段名1… FROM 表名 ORDER BY 字段名1 [ASC | DESC ] ,字段名2 [ASC | DESC ]…; 字段名1 、2 是对查询结果排序的依据。...三、查询的分组与汇总 聚集函数 函数 作用 AVG() 返回某列的平均值 (平均值) COUNT() 返回某列的行数 (统计) MAX() 返回某列的最大值 (最大值) MIN() 返回某列的最小值 (...3.5、查询出男女各多少人 select sex ,count(*) AS "人数" from student GROUP BY sex; #GROUP BY 是将结果按照 后面跟的字段名分组 3.6

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Python中的chdir函数更改工作目录利器

在Python中,`chdir`是一个内置函数,用于更改当前工作目录。今天就给大家简单介绍一下该函数的用法和一些注意事项,一起来学习一下吧。  ...`chdir`函数的使用  `chdir`函数可以用于更改当前工作目录。它接受一个字符串参数,表示目标目录的路径名。...注意事项  1、如果目标目录不存在,或者用户没有足够的权限进行更改,则会引发`OSError`异常。  2、更改工作目录时,应当确保路径名是绝对路径,否则可能会发生错误。  ...3、在更改工作目录后,如果需要返回到之前的工作目录,可以使用`os.getcwd()`函数获取当前工作目录,并将其保存下来。...然后,需要恢复之前的工作目录时,可以调用`chdir`函数并将之前保存的路径名作为参数传递。  4、在多线程或多进程环境中,应当避免在不同的线程或进程中同时更改工作目录,以避免导致意外结果

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Python 工匠:让函数返回结果的技巧

如同大部分故事都会有结局,绝大多数函数也都是以返回结果作为结束。函数返回结果的手法,决定了调用它时的体验。所以,了解如何优雅的让函数返回结果,是编写好函数的必备知识。...Python 的函数返回方式 Python 函数通过调用 return 语句来返回结果。...抛出异常,而不是返回结果与错误 我在前面提过,Python 里的函数可以返回多个值。基于这个能力,我们可以编写一类特殊的函数:同时返回结果与错误信息的函数。...作为某些“意料之中”的可能没有的值 有一些函数,它们的目的通常是去尝试性的做某件事情。视情况不同,最终可能有结果,也可能没有结果。而对调用方来说,“没有结果”完全是意料之中的事情。...分别用这两个函数来举例: re.search():从函数名来看, search,代表着从目标字符串里去搜索匹配结果,而搜索行为,一向是可能有也可能没有结果的,所以该函数适合返回 None create_user_from_name

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file_cache 使用文件缓存函数结果

file_cache 使用文件缓存函数结果 file-cache 更好的 Python 缓存,用于慢速函数调用 原文:https://docs.sweep.dev/blogs/file-cache 作者编写了一个文件缓存...这是链接:https://github.com/sweepai/sweep/blob/main/docs/public/file_cache.py 想使用它,只需将其作为装饰器添加到你的函数中, 例如:...2)) # -> 3, takes 30 seconds print(slow_function(1, 2)) # -> 3, takes 0 seconds 背景 作者在一个LLM项目中需要缓存中间结果...但内置缓存函数lru_cache 不适合, • lru_cahce将结果保存在内存中,下次运行程序时缓存失效。...函数参数更改 - 由 recursive_hash处理 2. 代码更改 为了处理 2.我们使用 inspect.getsource(func) 将函数的源代码进行哈希,在代码更改时正确地丢失了缓存。

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Python 工匠:让函数返回结果的技巧

如同大部分故事都会有结局,绝大多数函数也都是以返回结果作为结束。函数返回结果的手法,决定了调用它时的体验。所以,了解如何优雅的让函数返回结果,是编写好函数的必备知识。...Python 的函数返回方式Python 函数通过调用 return 语句来返回结果。...抛出异常,而不是返回结果与错误我在前面提过,Python 里的函数可以返回多个值。基于这个能力,我们可以编写一类特殊的函数:同时返回结果与错误信息的函数。...作为某些“意料之中”的可能没有的值有一些函数,它们的目的通常是去尝试性的做某件事情。视情况不同,最终可能有结果,也可能没有结果。而对调用方来说,“没有结果”完全是意料之中的事情。...对这类函数来说,使用 None 作为“没结果”时的返回值也是合理的。

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