前面给大家介绍了☞【R语言】rep函数的使用，今天我们来举几个数据分析中的应用，例如差异表达分析时，样本类型变量，我们就可以使用rep函数来生成。...c("normal","tumor","tumor","normal","tumor","normal","tumor") 方法二、巧用因子，事半功倍 ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞【R语言...】因子在临床分组中的应用 我们不用敲完整的样本类型名字，用数字来代替，然后再用factor转回来。...参考资料： ☞【R语言】rep函数的使用 ☞ GEO芯片数据差异表达分析 ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞【R语言】因子在临床分组中的应用
在探究基因表达、基因拷贝数等连续变量对癌症病人的预后情况的影响时，我不得不面对和处理的主要问题是如何对这种连续型的变量进行分组，然后进行相应的生存分析。...做科研分析的朋友可能都比较了解，针对变量数值分组，一般是采用中位数、四分位数或者均值这些基本描述统计量。如果更细致地，可以按百分比，例如Top/Bottom 5%啊，10%啊之类的进行划分。...第一个分组函数尽量不要改动，第二个画图函数涉及比较多的参数设定，使用时自由度更高，可以根据自己的需要进行修改。...，设定分组的方法，组名，甚至我还在内部写了一个函数去根据步长计算对应的p值（最小p值和对应的时间会返回为结果列表的一部分）。...如果你有一些R的编程基础，完全可以基于这两个函数将所有的方法算一遍，然后再去查看结果，确定合适的分组方式。
添加环境变量 打开环境变量对话框，控制面板>系统>高级系统设置>环境变量，选择“Path”这个环境变量，点击编辑，可以添加环境变量的值，添加Rscript.exe 所在的路径。 ? ? ?...在命令行中运行 Rscript 在 R 脚本文件所在的文件夹中，在空白处按住 Shift 键，并且点击鼠标右键，在弹出的对话框菜单中选择“在此处打开命行窗口”，直接进入命令行窗口界面，并进入改目录。...在打开的命令行窗口中输入Rscript test.R 运行脚本文件，如果提示找不到“Rscript”命令，则说明上面步骤中的环境变量设置是有问题的（如果重新设置环境变量，命令行窗口要重新打开）；执行成功就说明可以执行...R脚本了。
treeio) tree <- read.tree("data/20220829/fig2.nwk") ggtree(tree)+ geom_tiplab() image.png 准备表示分组的数据...("A","B","C","D","E"), group2=c("F","G","H","I","J","K","L","M")) 然后使用groupOTU()函数将分组信息和进化树组合到一起
前段时间收到来信： Hi Shixiang I am writing to you about the forestmodel package in R....我仔细看了下issue（https://github.com/NikNakk/forestmodel/issues/31），发现提问人是想要把多水平变量的p值展示在森林图上。...cox回归中，p值展示的是整个模型的结果，而ECOG这个因子变量本身建模时被拆分成了3个变量，是没法得到一个p值的。...继续的交流了解到他们就是想要进行批量的单变量分析，想要展示整个变量的p值，还给我用图形举例说明了。...想办法把上图中右侧的reference在需要时右侧添加文字就好了。通过添加一个新的参数来控制这种行为。
今天的推文重复的内容是论文中的Figure1A image.png 分组折线图 用到的数据集是链接里的dat文件夹下的 df4qx.rda文件， 首选是导入数据 load("data/df4qx.rda...span = .25)+ theme_minimal(base_size = 16) image.png 这里原始代码还设置字体了，我这里就跳过了，因为我的电脑没有这个字体 接下来做细节调整 添加一条水平辅助线...limits = c(.75, 3.5)) image.png 这一步为啥要做转化呢 有些没看明白 自定义配色 pal_safe_five <- c( "#eec21f", # default R...4.0 yellow "#009C9C", # light shade of teal: no red, equal green and blue "#df356b", # default R...("", 1, 2, 3), limits = c(.75, 3.5))+ scale_color_manual(NULL, values = pal_four) image.png 添加文本注释
之前的推文介绍过ggplot2绘图添加椭圆分组边界和圆形分组边界，借助的函数分别是 stat_ellipse() ggforce包里的geom_circle()函数 今天查找桑基图的资料的时候发现了一份介绍...ggforce这个包的使用方法的文章 https://rviews.rstudio.com/2019/09/19/intro-to-ggforce/ ，发现发现添加分组边界还有其他的实现方法，今天的推文记录一下...示例数据就直接使用R语言内置的鸢尾花数据集 首先是矩形的分组边界 使用的是 geom_mark_rect() 函数 df<-iris colnames(df)<-paste0("V",1:5) library...image.png 添加圆形的分组边界 使用到的是geom_mark_circle()函数 df<-iris colnames(df)<-paste0("V",1:5) library(ggplot2)...image.png 添加椭圆分组边界 用到的是geom_mark_ellipse（）函数 df<-iris colnames(df)<-paste0("V",1:5) library(ggplot2)
首先解决昨天的遗留问题：ggplot2画图添加文字内容的时候如何添加下划线 非常感谢下面这位的留言 文本添加下划线的小例子 df<-data.frame(A=1:10, B...expression(paste(italic("ABC"),"123"))) 下面进入今天推文的正式内容 首先是准备热图的数据 如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了，点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 R语言...ggplot2画带有空白格的热图简单小例子 接下来是准备分组颜色条的数据 下面是画这个颜色条 df2<-read.csv("example_data/ggplot2_heatmap_color_bar.csv...", legend.title = element_blank())+ scale_fill_manual(values = c("green","blue","red")) 将分组颜色条和热图拼接到一起
image.png 添加椭圆的分组边界 用到的是stat_ellipse()函数 ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length, y=...image.png 添加圆形的分组边界 用到的是ggforce这个包里的geom_circle()函数 library(ggplot2) library(ggforce) colnames(iris)...="black", fill = "transparent"))+ geom_circle(aes(x0=5,y0=3.5,r=...alpha=0.2, color="red")+ xlim(2,8)+ ylim(2,8)+ geom_circle(aes(x0=7,y0=3,r=
ggplot2 更改图例的顺序 箱线图添加误差线这个自己老是记不住，每次作图都得现查，今天的推文记录一下实现代码，方便自己以后查看。...基本箱线图 ggplot(data = dfa, aes(x=Species,y=value,fill=Species))+ geom_boxplot() image.png 添加误差线...0.5)+ scale_fill_material_d()+ theme_bw()+ guides(fill=guide_legend(reverse = T)) image.png 分组箱线图...0.5))+ scale_fill_material_d()+ theme_bw()+ guides(fill=guide_legend(reverse = T)) image.png 分组箱线图需要我们在...暂时没有想明白 今天推文的示例数据和代码可以直接留言20210929获取 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子
crisis https://www.nature.com/articles/s41586-023-05710-8 s41586-023-05710-8.pdf 大部分图的原始数据都有，争取把有原始数据的图都用R语言来复现一下...请大家批判着看，欢迎大家指出其中的错误 示例数据和代码可以给推文打赏一元获取，或者找到论文中的数据自己手动整理 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和
readr) dat01<-read_csv("newdataset/MockData_Fig_1B_microbiome_rarefaction_datatable.csv") head(dat01) 分组折线图...dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+ geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype) image.png 添加误差线
s41477-024-01654-7 论文中提供了作图用到的原始数据，我们可以试着用原始数据复现论文中的图，今天的推文我们来复现一下论文中的Figure1a image.png 今天推文比较重要的知识点是 分组添加置信椭圆...在图片上插入表格 插入表格主要想实现上图文字的效果：插入多行文字，有的文字是常规字体，有的文字带斜体上下标这种 参考这个链接 https://cran.r-project.org/web/packages.../gridExtra/vignettes/tableGrob.html 部分示例数据 image.png 加载需要用到的R包 library(readxl) library(tidyverse) library...(gridExtra) gridExtra用来在图片上插入表格 读取数据 read_excel("D:/R_4_1_0_working_directory/env001/data/20240322/...Rhizosphere bacteria", size=5,hjust=0)-> plot.a1 plot.a1 image.png (论文中的图的配色不是很好看，这里就不改配色了) 添加表格
代码和数据下载链接 https://github.com/plemey/SARSCoV2origins 今天的推文我们来重复一下论文中的 Figure 2 中的簇状柱形图 image.png 之前的推文也介绍过R语言...ggplot2做簇状柱形图的代码，这个图和之前的比较常规的簇状柱形图的区别在于多了一个贴近坐标轴的分组线段，今天的推文主要介绍的是这个的实现办法 有一个R包是ggh4x,这里有函数可以直接控制坐标轴的范围...没有找到原文的原始数据，直接自己随便构造一个数据 image.png 加载需要用到的R包 library(readxl) library(ggplot2) library(ggh4x) 读取数据...guide_axis_truncated(trunc_lower = 0, trunc_upper = 1)) -> p1 p1 image.png 最后是添加表示分组的柱子...如果不能加群的话可以添加我的微信 mingyan24 我来拉你入群 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子
使用ggplot2进行数据可视化② 添加其他变量的一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用的方法是将绘图分割为多个子图，每个子图显示一个数据子集。...要在两个变量的组合上构建绘图，请将facet_grid（）添加到绘图调用中facet_grid（）的第一个参数也是一个公式。 这次公式应该包含两个用〜分隔的变量名。 ?...在这里，geom_smooth（）根据他们的drv值将汽车分成三行，描述汽车的动力传动系统。 一行描述具有4值的点，一行描述具有f值的点，并且一行描述具有r值的点。...这里，4代表四轮驱动，f代表前轮驱动，r代表后轮驱动。 如果这听起来很奇怪，我们可以通过在原始数据上叠加线条然后根据drv着色所有内容来使其更清晰。 请注意，此图包含同一图表中的两个geom！...许多geom，如geom_smooth（），使用单个几何对象来显示多行数据。对于这些geoms，您可以将组审美设置为分类变量以绘制多个对象。 ggplot2将为分组变量的每个唯一值绘制一个单独的对象。
14,height = 6, family = "serif") print(p) dev.off() image.png 整体的思路就是Y轴的坐标轴标签去掉，用geom_text()函数添加文本注释的办法作为标签...，这样有了坐标位置添加横线表示分组就很方便了
https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19125641 今天的推文重复一下论文中的Figure1b左上角的小图 image.png 今天推文的主要知识点是如何在绘图区域外添加一些文本和线段的注释...指定列按照行来求平均值 library(tidyverse) dat01 %>% mutate(new_col=rowMeans(.[,4:6])) -> new.dat 新构造一些数据用来添加绘图区域内的文本...y=c(15,70,95,20)/100, label=c("0.03","66.83","88.97","Centromere")) 基本的分组折线图和添加文本...color="red", size=1)+ geom_text(data=dftext,aes(x=x,y=y,label=label)) image.png 在坐标轴区域添加注释
Java 很长时间都没有提供直接的数据集运算语法，写个简单的 SUM 都要很多行，更不要说分组、排序等复杂运算了。完全同样数据处理功能的代码远比 SQL 长，开发效率低下。...程序员不再为 SUM 就写很多行了，常规的分组、排序都有了现成函数。...SQL 中任何一个 SELECT 语句都会产生一个新的数据结构，可以随意添加删除字段，而不必事先定义结构（类），这在结构化数据运算中家常便饭。...解释型的动态语言才能实现 SQL 的这些特征，可以随时生成新的数据结构，也可以根据宿主函数本身决定当前参数是不是 Lambda 函数，从而没必要写个定义头，更可以根据上下文正确引用未写表名的字段。...在解释型动态语言基础上，SPL 提供了比 SQL 更完善的结构化数据对象（表、记录、游标）和更丰富的计算函数，包括 SQL 中有的过滤、分组、连接等基本运算，还有 SQL 中缺失的有序、集合等运算。
选项和修饰符 可以使用一个选项来使分组更简短。借助选项，可以指定查找模式的方式。例如 (?i) 选项让模式不再区分大小写，因此原来带选择操作的模式可以简写成 (?...为了更切合数据库的实际应用场景，先给原表增加一个ID主键列。...因此要实现 \n 分割的多行统计，需要将单行拆分为多行，再进行后续的匹配和汇总求和。...('th',@r),regexp_like('thee',@r),regexp_like('thy',@r),regexp_like('thence',@r); +-------------------...MySQL 8用两个系统变量控制匹配引擎的资源消耗。regexp_stack_limit 控制匹配使用的最大内存，缺省为 8000000 字节。
基本语法非常方便 所见即所得(快速查看结果) 语法特性发生改变时,可以快速查看 Playground Swift最基本的语法变化 导入框架 import UIKit 定义标识符时，必须声明该标识符是变量还是常量...声明标识符的格式: 变量/常量关键字 名称 : 数据类型 语句结束可以不加; 如果同一行有多个语句,则依然需要加 但是不建议一行多条语句 Swift中的打印语句:print(打印的内容) 常见注释...，Swift 的多行注释可以嵌套在其它的多行注释之中 /* 这是第一个多行注释的开头 /* 这是第二个被嵌套的多行注释 */ 这是第一个多行注释的结尾 */ 文档注释 Swift中添加文档注释较为简单...使用///可以为方法或者属性添加文档注释 /// 打电话给某人 func callPhone(phoneNum : String) { print("打电话给\(phoneNum)") } 分组注释...Swift中不可以再使用OC中的 #pragma mark - 如果打算对代码进行分组可以使用如下方式 // MARK:-
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
腾讯会议
云直播
对象存储
