前面我们在介绍TCGA数据库数据挖掘的时候，课程中使用了人了所有miRNA的ID号。...miRNA的ID号，可能大家觉得比较麻烦。...能不能把这一部分也整合到R代码中。 接下来小编就给大家讲讲如何使用R来从miRBase数据库中下载人的最新的miRNA注释信息，然后使用R来出来提取所有的miRNA的ID号。..." #保存到本地的文件名 file="hsa.gff3" #下载注释文件并保存到本地的hsa.gff3中 download.file(link,file) #读取hsa.gff3的内容，跳过#开始的行...mature=mir[mir$V3=="miRNA",9] #根据;Alias=,;Name=,;Derives_from=来拆分第九列的内容 #提取拆分开的向量中的第二和三个元素，MIMAT0027618
前面给大家介绍了 【R语言】获取基因组上某个区域内的SNP信息 我们经常会从一些文献或者数据库里得到一些与疾病相关的SNP信息。...如下图所示，这里只有SNP的rs号，和染色体号，并没有具体的坐标信息，那么我们怎么得到具体的坐标位置呢？...今天小编就继续使用biomaRt这个R包来给大家演示一下如何通过SNP的rs号来得到具体的染色体上的坐标位置 #安装biomaRt包 BiocManager::install("biomaRt") #...SNP的rs号 snp_ids = read.table("SNP_list.txt",stringsAsFactors = F)[[1]] #attributes设置需要显示的SNP信息，包括rs号，...染色体号和起始位点 snp_attributes = c("refsnp_id", "chr_name", "chrom_start") #获取snp的相关坐标信息 snp_locations = getBM
今天给大家分享一个读者（逍遥土）开发的功能：从word里提取图片。...代码该功能已经集成到poword这个库里了，下载命令：pip install poword -U代码如下：import powordpoword.docx4imgs(word_path=r'..../out')参数该方法需要填写2个参数：word_path：需要提取图片的word路径img_path：保存图片的文件夹位置，程序会自动在指定位置，用word名创建一个子文件夹
有时候我们想提取PDF中的文本不得不借助一些转化软件，本次教程给大家介绍一下如何简单从pdf文件中提取文本的R包。 安装R包： install.packages("pdftools")。...当然如果在Windows以外的环境安装需要部署 poppler 环境。...读取文本的命令： txt=pdf_txt(“文件路径”)。 获取每页的内容，命令：txt[n] 获取第n页的内容。 获取pdf文件目录： doc=pdf_toc(“文件路径”)。...当然doc变量中的目录还不是标准化的格式，那么我们需要一个通用json格式，需要安装R包jsoblite。...也就拿到了文档的整个目录。 综上步骤，我们便可以随便获取任意章节的任意内容。那么接下来就是对这些文字的应用，各位集思广益吧。
前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub，还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。...例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。...接下来我们要做的就是将第四列中的注释信息，从转录本ID替换成相应的基因名字。我们给大家分享三种不同的方法。...=1) #读入CDs区域坐标文件 bed=read.table("5gene_CDs.bed",sep="\t") #从第四列提取转录本信息，这里用了正则表达式， #括号中匹配到的内容会存放在\\1中...参考资料： ☞R中的替换函数gsub ☞正则表达式 ☞使用R获取DNA的反向互补序列
excelperfect Q：我有一个工作表，在单元格B1中输入有数值，我想根据这个数值动态隐藏行2至行100。...具体地说，就是在工作表中放置一个命令按钮，如果单元格B1中的数值是10时，当我单击这个命令按钮时，会显示前10行，即第2行至第11行；再次单击该按钮后，隐藏全部的行，即第2行至第100行；再单击该按钮，...则又会显示第2行至第11行，又单击该按钮，隐藏第2行至第100行……也就是说，通过单击该按钮，重复显示第2行至第11行与隐藏第2行至第100行的操作。...注：这是在chandoo.org的论坛上看到的一个贴子，有点意思。...A：使用的VBA代码如下： Public b As Boolean Sub HideUnhide() If b =False Then Rows("2:100").Hidden
json对象提取对应的key去进行分析查询。...提取 vim logs/service.log打开对应的日志文件，然后:set nu设置行号显示，得到对应的日志所在行号为73019 使用sed -n "开始行，结束行p" filename将对应的日志打印出来...sed -n "73019,73019p" logs/service.log，过滤得到我们所需要的日志行。 将对应的日志保存到文件中，方便我们分析。...sz 20220616.log 使用Nodepad++打开json文件，此时打开文件还是一行数据，我们需要将json数据进行格式化，变成多行。...【插件】->【JSON Viewer】->【Format JSON】 过滤出指定Key所在的行，grep imei 20220616.log > 20220616_imei.log 最终得到了我们想要的数据
标签：Excel公式，INDEX函数，MATCH函数 有时候，工作表行中的数据可能并不在第1个单元格，而我们可能会要获得行中第一个非空单元格中的数据，如下图1所示。...图1 可以使用INDEX函数/MATCH函数的组合来解决这个问题，如果找不到的话，再加上IFERROR函数来进行错误处理。...在单元格H4中输入公式： =IFERROR(INDEX(C4:G4,0,MATCH("*",C4:G4,0)),"空") 然后向下拖拉复制公式至数据单元格末尾。...公式中，使用通配符“*”来匹配第一个找到的文本，第二个参数C4:G4指定查找的单元格区域，第三个参数零（0）表示精确匹配。 最后，IFERROR函数在找不到单元格时，指定返回的值。...这里没有使用很复杂的公式，也没有使用数组公式，只是使用了常用的INDEX函数和MATCH函数组合来解决。公式很简单，只是要想到使用通配符（“*”）来匹配文本。
查询指定路径下的进程： ps aux | grep 指定路径 实例： ps aux | grep /data/nccode/ncc2020.05_for_ylz/ 根据进程 id 杀掉指定进程...kill -9 指定进程号 实例： kill -9 640582 案例： 我再该路径下起了一个服务，我要干掉我起的这个服务。...一般的进程信息里都会显示进程启用的路径，ps aux 是查看进程，grep 就是在前面的基础上再筛选查找包含指定内容的进程。
写在开头 提取音频 安装 python 包 提取音频 分析音频 安装 python 包 读取音频 matplotlib 画信号强度图 librosa 画信号强度图 写在开头 身处数据爆炸增长的时代...我们可以使用 python 来提取视频中的音频，而这仅仅需要安装一个体量很小的python包，然后执行三行程序！ 语音数据在数据分析领域极为重要。比如可以分析语义、口音、根据人的情绪等等。...提取音频 需要用到 python 包 moviepy，这里是moviepy 的 github 地址 安装 python 包 安装 moviepy，cmd 或 bash 输入 pip install...moviepy 提取音频 假设有一个 mp4 文件路径为”e:/chrome/my_video.mp4″，我们想提取其音频保存到”“e:/chrome/my_audio.wav””，那么三行程序为： from...，就会发现音频文件已经成功提取到指定文件夹了~ 这里的视频格式和音频格式都支持其他格式，比如读取 m4v 格式视频，保存 MP3 格式音频，下面是我电脑的示例 分析音频 可以使用 librosa
通常我们会使用比对好的fasta文件构建进化树，fasta文件中大于号后的内容就是最终进化树上的文字标签。如果拿到进化树文件后你想替换掉其中的一些内容，那该怎么办呢？...本篇推文介绍一下使用R语言的ggtree包实现这个目的 这个问题是来源于公众号的一位读者的提问 ?...大家可以关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 留言相关问题，如果我恰巧会的话，我会抽出时间介绍对应的解决办法 首先你已经有了构建好的进化树文件 (Synergus:0.1976902387,(((((Periclistus...image.png 第一列x就是进化树中原本的序列名称 第二列y是想要替换成的id名称 读入进化树文件 library(treeio) tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile...image.png 把这个新的进化树写出到文件里 write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk") 这样就达成目的了 这里导出的进化树文件没有了最初的支持率的信息，我们再通过一行代码给他加上就好了
我在征求开发者：王鹏大哥的同意后，把这行代码集成到了python-office这个库里，实现了1行代码，调用这个功能~下面我们一起来学习一下，更多自动化办公的功能，大家可以在百度搜索：python-office...，进行查看~代码演示现在我们有1个Word文档，里面有N个图片，我们如何把这些图片自动化的提取出来呢？...可以使用本文的代码，该功能已经集成到python-office这个库里了，下载命令：pip install python-office -U1行代码，提取Word中图片的使用方式如下：import officeoffice.word.docx4imgs...(word_path=r'..../python-office/out')该方法需要填写2个参数：word_path：需要提取图片的word路径img_path：保存图片的文件夹位置，程序会自动在指定位置，用word文件的名称创建一个子文件夹
一、前言 前几天在Python白银交流群【膨胀西瓜汁】问了一个Python正则表达式的问题，这里拿出来给大家分享下。...后来【瑜亮老师】、【此类生物】给了一个代码，如下图所示： 后来【甯同学】又使用正则表达式，在他原来的代码基础上又摇身一变，高大上很多，代码如下图所示： 确实太秀了。 三、总结 大家好，我是皮皮。...这篇文章主要盘点了一个Python正则表达式的问题，文中针对该问题，给出了具体的解析和代码实现，帮助粉丝顺利解决了问题。...最后感谢粉丝【膨胀西瓜汁】提问，感谢【甯同学】、【此类生物】、【瑜亮老师】给出的思路和代码解析，感谢【eric】等人参与学习交流。
妈呀，自己查找，还要根据查找id找到对应string，比较坑。于是就顺带练手写了个python脚本来处理这个问题。当然编码相对不太规范，异常处理也没做。由于lz好久没写过python脚本了，相当生疏。...几乎是边查文档编写，记录写编写过程： 查找目录下所有java文件 查找Java文件中含有Toast相关的行 在对应行中找出对应的id 使用id在String中查找对应的toast提示信息。...查找Java文件中的Toast 需要找出Toast的特征，项目中有两个Toast类 BannerTips和ToastUtils 两个类。 1.先代码过滤对应的行。...找到BannerTips、ToastUtils调用的地方 2.找出提示的地方 3.观察其实项目中的id的前面均含有R.string. 可以以此作为区分。...在对应行中找出对应的id 使用id在String中查找对应的toast提示信息。 最后去重。 最后一个比较简单，可以自己写，也可以解析下xml写。
目录 1 需求 2 代码实现 1 需求 现在有两个list集合，A 集合 B集合； 两个集合里面都存储user对象， 现在要将B集合里面，不在A集合的数据过滤出来之后，得到； 就是取差集； 2 代码实现...System.out.println(item.getName()); } @Data public class UserInfo { private int id...= o.getClass()) return false; UserInfo userInfo = (UserInfo) o; return id == userInfo.id...; } @Override public int hashCode() { return Objects.hash(id, name); } }
唯一的遗憾是不知道是谁写的…… 如果我理解的没有错误的话，写信人的需求应该是这个样子的： 他的原始数据： [8vd02y0quw.png] 处理后想要得到的数据： [1k3z09rele.png] 处理代码...： set.seed(123) dd = data.frame(ID = 1:10,y1=rnorm(10),y2=rnorm(10),y3=rnorm(10),y4=rnorm(10)) dd library...(data.table) melt(dd,id=1) 代码解释： 1，dd为模拟生成的数据框数据，第一列为ID，其它几列为性状 2，使用的函数为data.table包中的melt函数 3，melt中，dd...为对象数据框，id为不变的列数，这里是ID一列，列数所在的位置为1，其它几列都变成一列，然后列名变为行名。...来信者需求： 怎么用R语言把表格CSV文件中的数据变成一列，并且行名为原列名呢，谢谢 1，csv文件，可以用fread函数读取，命名,为dd 2，数据变为一列，如果没有ID这一列，全部都是性状，可以这样运行
以前我都是使用R语言，将基因型数据读进去，将所要提取的ID文件读进去，然后，我就有很多方法提取了 ，比如用match匹配位置，然后提取写出。比如用merge或者left_join提取写出。...❝我有很多方法处理它，但是我今天想用grep函数，因为我知道grep -f file1 file2可以根据file1的内容提取筛选file2. ❞ 为什么我今天不用R语言处理了呢？...❞ 于是，我就开始准备文件，需要提取的样本编号是这样的： $ cat id1.txt Sample_ID 202797280021_R04C03 202817020006_R03C01 202817020006...这不科学，我应该能提取出来的，应该都在文件中的，于是我用其中的一个基因型ID测试： $ grep 202817020006_R10C03 total.txt 202817020006_R10C03 匹配出来了...，包括所有子文件中的文件 grep -r phenoix * 6，反向显示 -v，显示不匹配的行 grep -v phenoix * 7，打印所有匹配的行，要全部匹配，而不是包含关系 -x grep
数据描述 数据来源是我编写的R包learnasreml中的fm数据集。...r$> library(learnasreml) r$> data(fm) r$> head(fm) 「我们的目的：」 ❝提取fm的TreeID，Rep，dj，dm，h3，并重命名为：ID,...使用R语言默认的方法：列选择 这一种，当然是简单粗暴的方法，想要哪一列，就把相关的列号提取出来，形成一个向量，进行操作即可。...> names(d1) = c("ID","F1","y1","y2","y3") r$> head(d1) 结果： 「缺点：」 这种方法，需要找到性状所在的列号，然后还要重命名，比较麻烦。...还要使用select进一步的提取： 4. tidyverse的select函数 如果使用select函数，一行代码就可以搞定： a1 = fm %>% select(ID=TreeID, F1 = Rep
/html/refclones.html 截至到2015年7月已经有了205种，我爬取它们的genebank ID号，然后用python程序批量下载了它们的序列，能下载的序列共179条，都是8K左右的碱基序列...根据genebank ID或者其它ID号批量下载核酸序列的脚本如下： import sysimport timeimport randomfrom Bio import Entrezids=[]infile...@163.com")# time.sleep(t)print handle.read() 脚本的使用很简单，保持输入文件是一行一个ID号即可。...同时，根据文献我们也能得到hbv病毒提取方法当然，我当年居然写过python？？？ ? 同样，拿到下载的178条序列我们可以做一个进化树，在那篇文章中已经做好了，我就不做了。...我还用了R脚本批量下载 library(ape)a=read.table("hpv_all.ID") #输入文件是一行一个ID号即可for (i in 1:nrow(a)){tmp=read.GenBank
根据目的网络地址就能确定下一跳路由器，这样做的结果是： IP 数据报最终一定可以找到目的主机所在目的网络上的路由器（可能要通过多次的间接交付）。...从主机号借用若干个位作为子网号 subnet-id，而主机号 host-id 也就相应减少了若干个位。 ? 划分子网 ? 当没有划分子网时，IP 地址是两级结构。...划分子网只是把 IP 地址的主机号 host-id 这部分进行再划分，而不改变 IP 地址原来的网络号 net-id。 ? ?...同样的IP地址和不同的子网掩码可以得到相同的网络地址；两个例子中可划分的子网数和每一个子网数中的最大主机数都是不一样的。 使用子网时分组的转发 (1) 从收到的分组的首部提取目的 IP 地址 D。...2.路由表R1在收到一个分组后，先找路由表中的第一行，看看这一行的网络地址和收到的分组的网络地址是否匹配。 （目的网络地址和第一行子网掩码进行AND？=路由表的第一行的目的网络地址。。。
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