❝本节来介绍在 R中如何使用ggplot2结合for循环绘图并保存，下面通过一个案例来看具体操作 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(data.table) library...library(patchwork) 设置文件路径 file_name <- "loop_data.tsv" 读入数据 dat <- fread(file_name, sep="\t") 获取唯一的城市名称进行循环...cities = unique(dat$city) 创建一个空列表来保存创建的图 city_plots = list() 循环遍历并绘图保存 for(city_ in cities) { city_plots...".pdf"), width =3.04, height =3.10, units = "in", dpi=300) } 上面我们将每一张图都单独输出了，下面来介绍如何将其全部组合起来，分别介绍两种R包的方法
解决 方法一 运行 Shell 时，你可以通过使用内置的 +e 选项来控制执行你的脚本错误。这可以禁用“非 0 退出”的默认行为。...请参考如下四个示例中的测试 Shell 和测试结果 Console Output。 示例一 执行的时候如果出现了返回值为非零（即命令执行失败）将会忽略错误，继续执行下面的脚本。...示例二：测试结果 方法二 示例三 还有一种方式，如果不想停止失败的另一种方法是添加 || true 到你的命令结尾。...# 做可能会失败，但并不关注失败的命令时 $ ls no-exit-file || true ?...示例三：测试结果 示例四 如果要在失败时执行某些操作则添加 || # 做可能会失败的事情，并关注失败的命令 # 如果存在错误，则会创建变量 error 并将其设置为
在尝试安装spark R的过程中，老是碰到错误，原因就是在安装devtools过程中经常出错，找了找网上的相关资料，才发现需要额外下载几个库，因此将这个过程记录下来。...apt-get install libcurl4-gnutls-dev sudo apt-get install libxml2-dev 其实这个原因应该很简单，主要是因为直接从网络下载的包...，需要有个URL的解析库，而URL解析库又依赖于XML库。...在测试过程中，有些电脑还会出现一些错误，如gitr的错误。...其错误情况是： dependency ‘git2r’ is not available for package ‘devtools’ 这时候还要再下载安装个libssl-dev
前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub，还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。...例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。...接下来我们要做的就是将第四列中的注释信息，从转录本ID替换成相应的基因名字。我们给大家分享三种不同的方法。..._.*","\\1",bed$V4) #获取转录本号对应的基因名字 symbol=mapping[NM,1] 方法一、使用最原始的gsub函数 #先将bed文件中的内容存放在result1中 result1...参考资料： ☞R中的替换函数gsub ☞正则表达式 ☞使用R获取DNA的反向互补序列
1什么是VS Code Visual Studio Code（简称 VS Code）是一款由微软开发的跨平台编辑器，支持语法高亮，代码自动补全，代码重构等功能。...R语言安装教程 | 图文介绍超详细 3下载并安装VS Code 1️⃣ 官方网址在这里： https://code.visualstudio.com/ 大家按照自己的操作系统来选择对应的版本就行啦，...5安装 languageserver 接着我们再R中输入下面这段代码，选择好离你比较近的镜像后，安装languageserver。...install.packages("httpgd") ---- 7.2 配置httpgd 接着我们在VS Code的设置中输入r.plot.useHttpgd，启用httpgd。...1️⃣ m1 mac的小伙伴在下载VS Code的时候一定要选择ARM版本的。 2️⃣ m1 mac的R也一定也要选择ARM版本的。
经常会遇到下载的基因表达数据，是分散在多个数据文件中，而我们为了得到基因表达矩阵，则必须要做的一步就是通过R语言合并这些表达文件。...(files,read_in)) dim(data) （2）通过R循环加merge函数 time1 = Sys.time() for(i in 1:length(files)){ if(i ==...names(dt)[2] <- name temp = merge(temp, dt, by='ID_REF') }} time2 = Sys.time() time2 - time1 （3）通过R循环加...input_mat,temp) } input_mat = input_mat[,-1] time_2 = Sys.time() time = time_1 - time_2 print(time) 通过上述的步骤...我们发现sapply函数读取的速度最快，循环加merge函数读取的速度最慢，但是循环加merge函数更容易理解，且更适合单个数据文件出现行名不相同时。
❝apply 家族是 R 语言中常用的函数，用于对列表、数组或其他类型的数据进行循环操作。 ❞ apply 家族包括以下几个函数： ❝lapply：用于遍历列表中的每一个元素，并对其执行函数操作。...sapply：与 lapply 类似，但它自动将结果转换为向量、矩阵或数组。 apply：用于对矩阵或数组的行、列或其他维度进行循环操作。...❞ 例如，下面的代码使用 sapply 函数将列表中的每个字符串转换为大写： # 创建列表 x <- list("apple", "banana", "cherry") # 使用 sapply 函数对列表中的每个字符串执行...sapply(x, function(x) x^2) %>% sum [1] 55 例子 4：使用 tapply 函数根据性别分组并求平均身高 假设我们有以下数据，表示不同性别的人的身高： # 创建数据框...总结 ❝apply 家族是 R 语言中常用的函数，用于对列表、数组或其他类型的数据进行循环操作。它们包括 lapply、sapply、apply 和 tapply 函数，每个函数都有各自的用途。
大部分程序是由条件语句和循环语句控制，R 语言中的条件语句（if-else）和 C 语言中类似此处就不再介绍，循环语句包括 for 和 while 控制块。...循环是社交网络分析的主旋律，比如使用 for 循环遍历分析网络中的每一个节点。当网络规模足够大时，并行处理又变得十分必要。熟练掌握本章的内容后，你的程序将会优雅而自然。...参数上更加精简，处理完成的数据返回的结果集为向量，其定义如下： sapply(X, FUN) 其中 X 是要循环处理的数据，即向量；FUN 是循环处理的函数。.../lib/R/bin/Rscript", ncore = 4) + ) 由于 parallel 是将一个 CPU 内核作为从机，而上面的配置是按照计算机进行的，因此还需要根据 ncore 字段创建分配...SSH 登录的错误根据提示信息进行处理，包引用的错误请确保计算机之间的 R 语言版本、包的版本一致。 ✏️ 练习 1. 使用 for 循环倒序输出 0~100； 2.
经历了前面两个小挑战，你应该对R有点理解了。我们继续推进，今天的问题有点点复杂，复杂的不是R，而是一个数学概念：质数和质因子。...任何一个合数都可以被几个质数所分解，这个性质很重要，我们将用它来解决Project Euler的第三个问题。还是和之前一样的，你需要自己在R控制台中敲打下面这些命令，根据结果自行揣摩其用处。...) sapply(X=r,FUN=myfunc) # Project Euler 3 # 找到600851475143这个数的最大质因子 # 先建立一个函数以判断某个数是否为质数 findprime...本例中除了使用for循环外，还见到了sapply函数，这是R语言中非常重要的一类向量化计算函数。求质数的方法可以参考这个文章，本例使用的是其中的境界4。...实际上根据质因子的性质，本例不一定非要建立判断质数的函数，不过这个函数我们在后面会用到的。另外如果你想用其它软件找这个数字的质因子，也可以看看这里。
本文节选自张丹的《R的极客理想》系列。 1. apply的家族函数 apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数，通过使用apply函数，我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。...但是，由于在R语言中apply函数与其他语言循环体的处理思路是完全不一样的，所以apply函数族一直是使用者玩不转一类核心函数。...很多R语言新手，写了很多的for循环代码，也不愿意多花点时间把apply函数的使用方法了解清楚，最后把R代码写的跟C似得，我严重鄙视只会写for的R程序员。...apply函数可以对矩阵、数据框、数组(二维、多维)，按行或列进行循环计算，对子元素进行迭代，并把子元素以参数传递的形式给自定义的FUN函数中，并以返回计算结果。...，用for循环实现的计算是耗时最长的，apply实现的循环耗时很短，而直接使用R语言内置的向量计算的操作几乎不耗时。
写在前面： 在前面两篇文章R语言入门系列之一与R语言入门系列之二中，我分别介绍了R语言中的对象与结构、数据的输入输出及可视化。...在linux系统命令行，我们可以使用“Rscript”命令来调用运行写好的程序，并添加一些必须的命令行参数；在Windows系统的Rstudio中，可以使用source()函数来调用写好的R脚本。...1重复循环 R中的循环主要有for和while结构。...for循环重复执行一个语句，直到value值不再包含在向量vector中为止，for结构的基本语法如下所示： for (value in vector) { statements } 例如我们想要将群落数据小数值转换成百分值...在Linux系统命令行运行结果如下所示： 可以发现，前五个为R内置参数，用户输入参数从第6个开始，R脚本中的命令行参数的使用示例如下所示： 如果想忽略R内置参数，则可以如下设置： Args <- commandArgs
最近在研究excel透视图，想到好像自己在R-分组操作并不是很流畅，顺便学习分享一下。R自带数据集比较多，今天就选择一个我想对了解的mtcars数据集带大家学习一下R语言中的分组计算（操作）。...目录 1 dplyr包中的group_by联合summarize 1.1 group_by语法 1.2 summarise语法 1.3 group_by和summarise单变量分组计算 1.4...$ carb: num 4 4 1 1 2 1 4 2 2 4 ... 1 dplyr包中的group_by联合summarize 1.1 group_by语法 data为数据集 ...为分组变量...，可以是一个也可以是多个，多个的话以逗号分割group_by(mtcars, vs, am) 1.2 summarise语法 data为数据集，如果data被group_by定义分组，则根据分组变量分组计算...“点+括号中”，例如".
在NGS科研领域，做ChIP-seq/CLIP-seq等研究蛋白与DNA/RNA结合规律的时候，经常会用到peak calling的算法。...这个方法会在全基因组/转录组范围内找DNA结合位点，一般先通过确定测序数据的depth peak，然后用case vs control样本，看depth peak的改变的倍数来确定正真的peak的分布。...假如我们有一组数据，我们画它的分布曲线如下 aa=100:1 bb=sin(aa/3) cc=aa*bb plot(cc, type="l") 我们想找到那些峰的位置，那么我们可用R语言这样来实现..."l") find_peaks <- function (x, m = 3){ shape <- diff(sign(diff(x, na.pad = FALSE))) pks sapply...DNA的长度分布（胎儿游离DNA或循环肿瘤游离DNA），那么我们也可用这个函数来看在哪些位置会成峰。
很多R语言新手，写了很多的for循环代码，也不愿意多花点时间把apply函数的使用方法了解清楚，最后把R代码写的跟C似得。...简介 由于R语言的apply家族函数是用C写的，所以使用apply进行遍历的执行效率远远高于自己编写的循环语句。...apply函数可以对矩阵、数据框、数组(二维、多维)，按行或列进行循环计算，对子元素进行迭代，并把子元素以参数传递的形式给自定义的FUN函数中，并返回计算结果。...FUN: 可是R自带函数，如mean，sum等。也可以是自己编写的函数。 ... ：FUN中的额外参数。 现在假设我们需要对一个矩阵的每一行求和，那么用apply怎么实现呢？...，此外，它还可以对data.frame数据集按列进行循环，但如果传入的数据集是一个向量或矩阵对象，那么直接使用lapply就不能达到想要的效果了，lapply会分别循环矩阵中的每个值，而不是按行或按列进行分组计算
写在开头 最近在复习数据挖掘课程内容，hhh确实是兜兜转转从去年学到了今年 去年的课程笔记整理：#R语言数据挖掘 今年重新学习一遍，所以准备补充一些知识点，以及找几个GEO芯片数据实战分析一下。...隐式循环 在单细胞分析中，我们读取多个单细胞数据集时通常会用到lapply()函数，循环读取多个数据集 比如在技能树最近如何整合多个单细胞数据集推文中，就多次用到了lapply()函数 dir='GSE152938...FUN：函数,即对x的每一行/列执行FUN这个函数 simplify:表明是否应简化结果的逻辑,一般默认为 = TRUE 使用的小栗子： #循环处理数据 test<- iris[1:6,1:4] apply...Vapply类似于sapply，但它有一个预先指定的返回值类型，因此使用它可能更安全(有时更快)。...，那就需要用到function()函数——写函数的函数，因为本人的R语言基础暂时还不足以解释这个函数，所以就附上小洁老师在数据挖掘的PPT 参数 function函数
磐创AI分享 作者 | PURVA HUILGOL 编译 | Flin 来源 | analyticsvidhya 概述 数据操作是机器学习生命周期中最关键的步骤之一 让我们学习最广泛使用的...apply函数集来转换R中的数据 介绍 数据操作是机器学习生命周期中最关键的步骤之一。...因此，在Python和R中都有大量的函数和工具可以帮助我们完成这项任务，这一点也不奇怪。 今天，我们将使用R并学习在R中转换数据时使用最广泛的一组“apply”函数。...sapply() sapply()函数（simplified apply的缩写）类似于lappy函数。唯一的区别是输出的返回类型——sapply()根据返回的值简化了输出。...尾注 到目前为止，我们学习了R中apply()函数族中的各种函数。这些函数集提供了在一瞬间对数据应用各种操作的极其有效的方法。本文介绍了这些函数的基础知识，目的是让你了解这些函数是如何工作的。
更多内容请参考《R语言编程艺术》 ——————————————— 向量类型是R语言的核心。深入理解向量对R中数据结构及其操作，函数的开发和应用有着重要意义。...2向量的循环补齐 两个向量使用运算符，如果两个向量长度不同，R会自动循环补齐（recycle），也就是它会自动重复较短的向量，直到与另外一个向量匹配。...其中进行的是x中的每一个元素一次进行ifelse中的逻辑判断，返回相应的值，自动进行了循环补齐。所以ifelse是向量化的。...还有合并 apply族函数在数据框中的用法 apply lapply sapply apply 如果数据框的每一列的数据类型相同，则可以对该数据框使用apply函数。或针对数据框中的某些列应用。...(d[,-1],mean) ages score 11.0 92.5 6 因子factor 因子是R中许多强大运算和可视化的基础，暴多很多针对表格数据的运算。
今天在处理 UCSCXenaShiny 的 R 包 check 时发现报出 Note: found 162 marked UTF-8 strings 这种字符串编码问题（具体 action 报告[1]）...继续搜索发现该问题是出在包中引入的数据对象上，就是我们放在包里的数据存在编码问题。...file ", i) unlink(file.path("data", i)) print(tools:::.check_package_datasets(".")) } 发现然并卵，for 循环一直报...不过在调试中我发现 Encoding() 函数可以获取字符串编码信息： Encoding("abc") #> [1] "unknown" 所以我尝试载入数据对它的列进行编码查询，发现都是 “unknown...charToRaw %>% rawToChar }) }) 参考的问答[3] 使用 stringi 包中的 stringi::stri_enc_toascii()
\ --indep-pairwise 200 50 0.25 \ #EUR.QC.prune.in中的所有SNP都成对r2(平方)的个人，可以使用以下R命令执行此操作。...”目标数据中的等位基因来解决互补的等位基因(大多数PRS软件将自动执行翻转，因此通常不需要此步骤)。...这可以通过以下步骤实现： a.将bim文件，GIANT摘要统计信息和QC SNP列表加载到R中: library(data.table) # Read in bim file bim 中的编码等位基因是基本摘要统计中的有效等位基因） # identify SNPs that need recoding & complement com.recode sapply
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