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数据处理|数据查重怎么办?去重,就这么办!

数据清洗过程典型问题:数据分析|R-缺失处理、数据分析|R-异常值处理和重复处理,本次简单介绍一些R处理重复用法: 将符合目标的重复行全部删掉; 存在重复行,根据需求保留一行 数据准备 使用...2)选择性删除 A:删除某一存在重复行 data2 <- data[!duplicated(data$ID_REF),] ? 删除了ID_REF存在重复行,搞定!...删除了ID_REF和GSM74876均重复行,Done! 择“优”录取 存在重复,但是不想完全删除,根据数据处理目的保留一行。...保留其最大如下即可: data3 <- aggregate( . ~ ID_REF,data=data, max) 2 dplyr函数 A : ID_REF重复行,保留其均值,同aggregate函数结果一致...表达量去重 芯片表达数据,会存在一个基因多个探针情况,此处选择在所有样本中表达量之和最大探针。

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ggalluvial|炫酷桑基图(Sankey),你也可以秀

桑基图(Sankey diagram),是一种特定类型流程图,图中延伸分支宽度对应数据流量大小,通常应用于能源、材料成分、金融等数据可视化分析。...载入R包,数据 本文使用TCGA数据集中LIHC临床数据进行展示,大家可以根据数据格式处理自己临床数据。也可后台回复“R-桑基图”获得示例数据以及R代码。...#install.packages("ggalluvial") library(ggalluvial) library(ggplot2) library(dplyr) #读入LIHC临床数据 LIHC...绘制桑基图 1 宽数据示例 对临床数据进行简单处理,得到后四个变量频数,整理成宽数据:以下处理过程可参考数据处理|R-dplyr,数据处理|数据框重铸 #分组计算频数 LIHCData <-...函数即可转换 #to_lodes_form生成alluvium和stratum,主分组位于key LIHC_long <- to_lodes_form(data.frame(LIHCData),

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【组合数学】不定方程解个数问题 ( 多重集r组合数 | 不定方程非负整数解个数 | 生成函数展开式 r 次幂系数 | 给定范围系数 情况下不定方程整数解个数 )

6 ; ---- 不定方程解个数 x 取值范围为 ( 0 ~ n ) 该情况下 与 多重集 r- 组合数是等价 ; 此时多重集中每个元素个数 是限定在 0 到 某个数 n...之间 ; 这是是之前多重集排列公式无法计算情况 , 此处使用生成函数可以统计 多重集 r- 组合数 ; 以下三个是等价 : ① 不定方程 x_1 + x_2 + \cdots..., 指定某元素 a_i 个数 ; ---- 不定方程解个数 x 取值范围为 自然数 ( 0 ~ ∞ ) 符合多重集组合公式计算情况 该情况下 与 多重集 r- 组合数是等价...; ③ 多重集问题在这里就不太适用了 , x 取值有可能是负数 ; 生成函数 y 幂从 i 到 j ; ---- 不定方程解个数 x 取值范围 ( 给定一个范围 并带系数 )...; ③ 多重集问题在这里就不太适用了 , x 取值有可能是负数 ; 注意不定方程带系数情况下 , 生成函数需要使用 y^{系数} 替代 y , 生成函数 y^{系数} 幂从

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R语言基础提升与总结

library(dplyr)arrange(test, Sepal.Length) #从小到大arrange(test, desc(Sepal.Length))2.2 distinct()按照某一去重复...}重点 ifelse函数ifelse(x,yes,no)x:逻辑或者逻辑向量yes:逻辑为TRUE时返回no:逻辑为FALSE时返回ifelse函数支持单个逻辑,也支持多个逻辑组成向量...m=list()m[[1]]=iris[1:50,]m[[2]]=iris[51:100,] #列表新建另一种方式m0=list(iris[1:50,],iris[51:100,])identical...,按拼接成为一个矩阵 do.call完成批量操作4 表达矩阵画箱线图4.1 表达矩阵概念基因表达数据通常使用表达矩阵来表示其中矩阵行代表某个基因在不同样本(不同处理,或时间点等)表达水平列表示某个样本各个基因表达水平...——applyapply(X,MARGIN,FUN…)X:数据框/矩阵名称MARGIN:取值=1表示行;取值=2表示FUN:具体函数对X每一行/每一进行FUN这个函数test<- iris[1:6,1

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UseGalaxy.cn生信云|零代码使用Tiverse优雅地处理数据集

Dplyr Count the observations count 函数用于统计数据框各个组频数,可以对指定变量进行计数,得到每个类别的观测数目,支持根据需要对结果进行排序。...Dplyr Distinct keep unique rows distinct 函数用于去除数据框重复观测,仅保留唯一观测。它可以基于指定对数据框进行去重操作,确保每个观测都是唯一。...Dplyr Select keep or drop columns select 函数用于选择数据框特定,可以保留感兴趣变量,并且能够根据列名、位置或条件表达式进行灵活变量选择操作。...Tidyr Pivot Longer from wide pivot_longer 函数用于将宽格式数据转换为长格式数据,能够根据用户指定将数据框多个整理成一对 “名-” 对,便于进一步分析和处理...Tidyr Pivot Wider from long pivot_wider 函数用于将长格式数据转换为宽格式数据,能够将数据框分成多个根据指定列名进行展开,使得数据以更直观宽格式形式呈现

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R语言第二章数据处理③删除重复数据目录总结

duplicated(x)] ## 1, 1 2,4, 5, 6 根据某一删除数据框重复 # Remove duplicates based on Sepal.Width columns my_data...包删除数据框重复行 函数distinct()[dplyr package]可用于仅保留数据帧唯一行。...根据所有删除重复行(完全一样观测): my_data %>% distinct() 根据特定删除重复 my_data %>% distinct(Sepal.Length, .keep_all...= TRUE) 根据删除重复 my_data %>% distinct(Sepal.Length, Petal.Width, .keep_all = TRUE) 选项.kep_all用于保留数据所有变量...总结 根据一个或多个删除重复行:my_data%>%dplyr :: distinct(Sepal.Length) R base函数从向量和数据帧中提取唯一元素:unique(my_data) R基函数确定重复元素

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手把手教你R语言方差分析ANOVA

(变量水平数减1)和残差自由度(观察总数减1和自变量水平数减1); Sum Sq显示平方和(即组均值与总体均值之间总变化)。...;Mean Sq是平方和平均值,通过将平方和除以每个参数自由度来计算;F value是F检验检验统计量。这是每个自变量均方除以残差均方。...F越大,自变量引起变化越有可能是真实,而不是偶然; Pr(>F)是F统计量p。这表明,如果组均值之间没有差异原假设成立,那么从检验中计算出F发生概率大小。...另一种方法:t-test仅仅适合2组比较,因此需要筛选data_ttest % dplyr::filter(D %in% c("B", "C")) #%>% #dplyr...,根据分布情况决定是否采样方差分析方法。

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生信技能树- R语言-day7

(dplyr)arrange(test, Sepal.Length) #默认根据这一从小到大给整个数据框排序arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小distinct...elseif(一个逻辑,不可以是多个逻辑组成向量){code1} else{code2}如果逻辑是FALSE,就执行else里codeifelse支持单个逻辑,也支持多个逻辑组成向量...,根据逻辑向量生成有两个取值字符型向量ifelse() + str_detect()samples = c("tumor1","tumor2","tumor3","normal1","normal2...else2, ifelse(,,ifelse)在ifelse里加一个ifelse补充 case_when练习题1.加载deg.Rdata,根据a、b两,按照以下条件生成向量x:load("deg.Rdata...对列表/向量每个元素实施相同操作lapply(1:4,rnorm)两个数据框链接merge可以合并inner_join:交集都存在取inner_join(test1,test2,by="name

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R语言之 dplyr

其中结果变量 bwt 是新生儿体重(单位:g),变量 low 是将 bwt 取值以 2500g 为分点转换成一个二分类变量。...下面的命令将数据框按照变量 bwt 从小到大进行排序后显示: arrange(birthwt, bwt) # 默认升序 在上面的输出,第 6 行和第 7 行变量 bwt 都是 1588,在这种情况下如果还想将数据框按照第二个变量排序...例如,下面的命令将数据框按照变量 bwt 从小到大排序,在 bwt 取值相等情况下再按照第二个变量 age 从小到大排序。...使用 select( ) 选择 函数 select( ) 用于选择数据框(变量)。 # 下面的命令选择数据框里面的 bwt、age、race 和 smoke 这 4 个变量组成新数据框。..., NA, wt), # 将变量wt0和大于99变成NA ht = ifelse(ht == 0 | ht > 300, NA, ht) # 将变量ht0和大于300变成

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R数据科学-2(tidyr)

R数据科学-2 是用于清洗数据工具,如dplyr一样,其中每一都是变量,每一行都是观察,并且每个单元格都包含一个。...“ tidyr”包含用于更改数据集形状(旋转)和层次结构(嵌套和“取消嵌套”),将深度嵌套列表转换为矩形数据框(“矩形”)以及从字符串列中提取值工具。...它还包括用于处理缺失(隐式和显式)工具。 今天就介绍以下在数据清洗工作时,经常会遇到三个问题: `1....宽数据变成长数据(ggplot画图常用) 长数据变成宽数据 根据生成重复列数据 ` 这些都是为数据画图,或者分析做准备工作。...,如上述例子, 上海id=1有2个,然后重复shanghai2次,5次,3次,形成新增一

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R语言第二章数据处理④数据框排序和重命名目录

=================== 这一篇主要介绍如何通过一个或多个(即变量)对数据行进行重新排序。...您将学习如何轻松地: 使用R函数arrange()[dplyr包]按升序(从低到高)进行排序 使用arrange()结合函数desc()[dplyr package]以降序(从高到低)对行进行排序 library...按Sepal.Length按升序重新排序行 #根据Sepal.Length排序(升序) my_data %>% arrange(Sepal.Length) #根据Sepal.Length排序(降序)...my_data %>% arrange(desc(Sepal.Length)) #根据Sepal.Length排序(降序) arrange(my_data, -Sepal.Length) #根据Sepal.Length.../Sepal.Width排序(升序) my_data %>% arrange(Sepal.Length, Sepal.Width) 使用dplyr :: rename()重命名列 将Sepal.Length

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收藏 | 提高数据处理效率 Pandas 函数方法

,例如我们针对数据集当中“room_type”这一来进行处理 pd.factorize(df['room_type']) 结果返回是元组形式数据,由两部分组成,其中第一部分是根据离散映射完成后数字...,另一部分则是具体离散数据。...: 3},但是有时候离散取值之间没有大小意义,例如颜色:【红色、蓝色、黄色】等,而这个时候用上述方法就不太合适了,我们会使用独热编码方式来对离散进行编码。...所谓独热编码,就是将离散型特征每一种取值都看成一种状态,若某一个特征当中有N个不相同取值,则我们就可以将该特征抽象成N不同状态。...,则会对其进行替换,替换成所设定范围上限与下限,例如下面的例子,我们针对数据集当中“price”这一进行极值处理 df['price'] = df['price'].clip(100,140

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最大熵模型(MaxEnt)

当对数不为2而是其他大于2整数r时,我们称信息熵为r-进制熵,记为 ,它与信息熵之间转换公式为: 信息熵用以描述信源不确定度, 概率越大,可能性越大,但是信息量越小,不确定性越小,熵越小。...定义如下:设 , 是随机变量X取值两个概率分布,则p对q相对熵为: 在信息理论,相对熵等价于两个分布信息熵(Shannon entropy)差值。...X 1...Kpp1...pK 根据上面熵定义,我们知道我们要做其实就是: 概率相加为1这个条件肯定得是天然满足,换成求最小: 同样利用拉格朗日乘子法,我们令: 我们让L对 求导得:...3.2求解概率分布 那么我们最终要求解就是: 其中 已知。利用拉格朗日乘子法,我们令: 其中 是一个常数, 是一个向量, 也是一个向量,它们都是Q维。...我们让L对 求导得: 于是我们就得到了 具体,也就是x具体分布。剩余参数可以通过KKT条件来求,这里就不再叙述了,具体可以参考:SVM系列(一):强对偶性、弱对偶性以及KKT条件证明

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R语言入门(一)之数据处理

air.hole <- c(10,12.5,12.5,12.5,……) #产生向量,将(10,12.5,12.5,12.5,……)赋予到air.hole length(air.hole) ?...x = xtabs(air.hole ~ chemical + repeats, data = a1) #xtabs(forula,data)根据一个公式和一个矩阵或数据框创建一个N维联表; #波浪号...duplicated(a1$Species) #duplicated函数是一个可以用来解决向量或者数据框重复函数,它会返回一个TRUE或FALSE向量,以标注该索引所对应是否是前面数据所重复...);variable.name:为新变量取名; value.name:对应所在变量名 ?..." = "Journal")) #merge 函数类似于 Excel Vlookup,可以实现对两个数据表进行匹配和拼接功能;by.x,by.y:指定依据哪些行合并数据框,默认为相同列名

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生信学习-Day6-学习R包

dplyrfilter()函数中使用时,它可以用于筛选数据框匹配给定集合任一行。这行代码作用如下: filter(test, ...): 在test数据框筛选行。...z = c("A","B","C",'D'): 类似地,这部分代码创建了另一个名为z,包含四个字符:'A'、'B'、'C'和'D'。...这意味着函数将查找 test1 和 test2 列名为 "x" ,并基于这两匹配来合并行。只有当两个数据框中都存在 "x" 且某些行在这一相等时,这些行才会出现在最终结果。...内连接特点是只包含两个数据框中键值匹配行。如果 test1 某行在其 "x" 在 test2 "x" 没有对应,则这行不会出现在结果,反之亦然。...y = test2:表示要与test2数据框进行semi-join操作,即保留test1与test2匹配行。 by = 'x':指定要根据哪个进行匹配。在这里,使用x来进行匹配。

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机器学习| 一个简单入门实例-员工离职预测

最后再调用Rmisc包multiplot()函数将这四幅图合并在一个绘图区域,col=2代表排版时一行放置二。所以合并之前请先下载和安装Rmisc包。...其中针对收入水平变量,我们通过dplyrmutate()函数和forcats包fct_relevel()函数将数据集中salary变量按照指定低、、高顺序进行排列,因此在调用之前先安装和加载...因此基于这五个特征以及分类条件,便可以根据已有的员工特征,按照决策路径得到叶子结点来预测其是否会离职。...2.模型建立 首先在R安装和加载e1071包,然后利用e1071包svm( )函数,通过给定自变量与因变量,同时给出训练数据,并将参数type设置为”C”以表示进行分类,由此建立起可用于处理二分类问题支持向量机模型...其中参数gamma取值为0.05263158,cost(成本)取值为1。 3.初始模型评价 选用predict()函数,利用初始模型fit.svm对测试集进行预测。

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深入了解MySQL索引

MySQL内置存储引擎对各种索引技术有不同实现方式,包括:B-树,B+树,R-树以及散类型。...尽管B+树支持B-树索引所有特性,它们之间最显著不同点在于B+树底层数据是根据被提及索引进行排序。B+树还通过叶子节点之间附加引用来优化扫描性能。...(3)非叶子节点相当于是叶子节点索引,叶子节点相当于数据层。 3.散 散列表数据结构是一种很简单概念,它将一种算法应用到给定以在底层数据存储系统返回一个唯一指针或位置。...另一个不同点在于非主码索引当前可以包含主键,并且可以不是索引必须有的部分。...根据B-树不同深度,B-树索引在个别操作的确可能比散算法快。

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