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    Python3实现Two-Pass算法检测区域连通性

    技术背景 连通性检测是图论中常常遇到的一个问题,我们可以用五子棋的思路来理解这个问题五子棋中,横、竖、斜相邻的两个棋子,被认为是相连接的,而一样的道理,在一个二维的图中,只要在横、竖、斜三个方向中的一个存在相邻的情况...,就可以认为图上相连通的。...三个元素也是相连的,但是这两个区域不存在连接性,因此这个网格被分成了两个区域: array([[1, 0, 4], [2, 0, 5], [3, 0, 6]]) 那么如何高效的检测一张图片或者一个矩阵中的所有连通区域并打上标签...Two-Pass算法 一个典型的连通性检测的方案是Two-Pass算法,该算法可以用如下的一张动态图来演示: 该算法的核心在于用两次的遍历,为所有的节点打上分区的标签,如果是不同的分区,就会打上不同的标签...总结概要 在本文中我们主要介绍了利用Two-Pass的算法来检测区域连通性,并给出了Python3的代码实现,当然在实现的过程中因为没有使用到Union这样的数据结构,仅仅用了字典来存储标签之间的关系,

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    图论入门——从基础概念到NetworkX

    这种三元组被称为“开放的”,因为它们不一定构成一个闭合的三角形。连接三元组是用来计算图的集聚系数的一个重要概念。...在具体的定义中,连接三元组通常包含以下两种情况: 闭合三元组(Closed Triplet):这是图中的三个节点,它们之间的每一对节点都相互连接。换句话说,这三个节点形成了一个闭合的三角形。...在计算图的全局集聚系数时,会考虑图中所有可能的连接三元组。全局集聚系数是闭合三元组数量与连接三元组总数量的比例。这个比例说明了在所有可能形成三角形的节点组合中,有多少实际形成了闭合的三角形。...实际存在的闭合三角形的数量(闭合三元组的数量): from itertools import combinations # 获取图中所有可能的闭合三角形数量 all_triangles_count =...其他特征值的意义: 第二个特征值(Fiedler值)和特征向量: 第二个最小的特征值通常被称为Fiedler值,它在图的谱聚类和社区检测中非常重要。

    1.3K10

    人脑的结构-功能连接带宽

    我们发现高带宽直接SC-FC连接表现出密集的网络内连通性和稀疏的网络间连通性,具有双边、前后分布。高带宽SC-FC三角形在体觉运动网络中呈右超内侧分布。...应用图形度量来描述SC-FC多路复用,可以揭示单模态MRI图无法检测到的信息。例如,研究表明fMRI和EEG频段显示不同的拓扑性质。...当在单个时间序列中检测到显著的运动时,使用运动擦洗去除扫描帧。...内网连通性在直接SC-FC中最高(补充图7C;中位数= 15),然后是SC-FC三角形(补充图7C;中位数= 4)和SC-FC四边(补充图7C;中位数= 2)。...SC-FC三角形的网络间连通性最高(补充图7B;中位数= 30)(补充图7C;中位数= 28)和直接SC-FC(补充图7A;中位数= 13)。

    90630

    课程补充---空间转录组结合邻域的CNV检测

    作者,Evil Genius昨天分享的文章肿瘤异质性的空间和基因组综合分析(肿瘤克隆进化)中,有一个很有意思的分析,就是空间CNV需要考虑邻域,这个之前也分享过,在10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变...CNV检测前提为了在空间转录组学数据中识别CNP,依赖于关于数据和潜在生物学过程的几个假设:(1)测序样本包含少量肿瘤克隆,每个克隆都具有不同的CNP;(2)区分克隆的CNAs跨越多个基因,在相邻基因的拷贝数之间产生依赖性...方法的结果检验模拟数据匹配scDNA-seq和scRNA-seq的伪空间转录组学空间转录组学数据示例代码在GitHub - raphael-group/STARCH: Spatial Transcriptomics

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    【直播】我的基因组62:用Delly检测SV

    以前我对全基因组重测续的研究也大多是找到SNV即可。但这次毕竟是我自己的基因,虽然以前没有做过SV,但还是想看看。 SV(结构变异)指基因组水平上大片段的插入、缺失、倒置、易位等序列。...人类基因组中很多结构变异(Structure Variation, SV)是正常的,这种良性 SV 不会导致疾病发生。...使用Delly检测SV Delly软件的下载地址为https://github.com/dellytools/delly,下载后可以直接使用,无需安装,同时delly支持多线程运算,只需在运行命令行前加...对检测到的SV进行genomic feature的注释 根据样品检测得到的SV变异在参考基因组上的位置信息,对比参考基因组的基因、CDS位置等信息(一般在gff文件中),可以注释SV变异是否发生在基因间区

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    课前准备----空间转录组微生物检测与分析

    至于微生物检测的医学意义,大家看文章以及之前分享的文章即可,我们这里主要是研究如果从技术手段做到空间转录组的微生物检测。...我们希望分析得到的结果示例或者探针法的空间转录组获得空间微生物的分布(例如Xenium、RNAscope)其中正文中的描述是采用RNAscope成像来识别嵌入OCT块的OSCC和CRC肿瘤中细菌或核梭菌阳性的肿瘤区域...所有转录本都与人类转录组比对,以绘制整个样本的人类基因表达谱。然后通过GATK PathSeq将未映射的reads与微生物数据库比对,以确定微生物组的组成。...看起来很简单,我们如果不做原位数据,那就直接全检测微生物了。...具体的做法如下:SpaceRanger生成的bam文件(10x基因组学)通过GATK PathSeq病原体发现pipeline进行处理,以识别微生物读reads并进行分类学分类。

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    关于图算法 & 图分析的基础知识概览

    连通图与非连通图 连通图(Connected Graphs)指图内任意两个节点间,总能找到一条路径连接它们,否则,为非连通图(Disconnected Graphs)。...三角计数计算图中由节点组成的三角形的数量,要求任意两个节点间有边(关系)连接。聚类系数算法的目标是测量一个组的聚类紧密程度。该算法计算网络中三角形的数量,与可能的关系的比率。...当需要计算一个组的稳定性或者聚类系数时,我们可以使用三角计数。三角计数在社交网络分析中有广泛的应用,通航被用来检测社区。聚类系数可以快速评估特定组或整个网络的内聚性。...例如,探索网页的主题结构,基于网页之间的相互联系,检测拥有共同主题的 “网页社群”。...算法应用: 检测网络攻击:该算可以应用于大规模网络安全领域中的快速社群发现。

    3.2K30

    组会系列 | Visual Saliency Transformer: 视觉显著性检测Tranformer

    因此,将 Transformer 引入显著性检测来探索全局长范围依赖是非常可行的。 但是将 ViT应用于显著性检测并不容易。...受到先前利用边缘检测来提高显著性检测性能的方法的启发,设计了多任务解码器,通过引入显著性 token 和边缘 token 来实现同时进行显著性检测和边缘检测。...Transformer Encoder 与其他基于CNN的SOD方法类似,它们经常使用预训练图像分类模型,如VGG 和ResNet 作为其编码器的主干以提取图像特征,我们采用预训练的T2T-ViT 模型(上一篇组会系列解析的模型...此外,受SOD模型中广泛使用的边界检测的启发,作者还采用多任务学习策略来共同执行显着性和边界检测,从而利用后者来帮助提高前者的性能。...如此一来,这两个任务相关的tokens可以通过与patch tokens的交互中学习到与图像相关的显著性检测和边缘检测模式。

    1.5K20

    Neo4j中的图形算法:15种不同的图形算法及其功能

    这种极其快速的图形分割需要很少的先验信息, 广泛应用于大规模网络的社区检测。它是理解图形组织的关键方法, 通常是其他分析的主要步骤。...11.强连通 作用:查找关系网中...可以互相访问到的一组节点。它通常是从深度优先搜索中应用的。 如何使用:强连通一般用于在已识别的群集上启用并独立运行其他算法。作为定向图的预处理步骤, 它有助于快速识别断开连接的组。...12.并查集/联通分量/弱连通 作用:查找节点组, 其中每个节点都可从同一组中的任何其他节点访问, 而不考虑关系的方向。...利用这种方法对欧洲电网进行分析发现, 具有稀疏连通节点的集群对广泛的故障具有更强的适应性。 15.三角计数和平均聚类系数 作用:测量有多少节点具有三角形以及节点倾向于聚集在一起的程度。

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