正在尝试将Ensembl ID转换为R (biomaRt)中的基因名称 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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玩转 ENSEMBL 数据库（一）

今天我们先不聊ENSEMBL官网界面，先聊一下怎么在R中访问ENSEMBL资源，这是一个R包：BiomaRt, Bioconductor R package。...BiomaRt是一个用于访问生物信息学数据库的R包，特别是 Ensembl 数据库。它提供了一个方便的接口来查询和检索基因组数据。..."函数将提供给定 mart 和物种的可用属性列表 > ensembl = useEnsembl(biomart="ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl") >...步骤 1：选择数据库和 R 包中选择 mart 对象一样步骤2: 选择查询信息比如我们想知道获取映射到人类 Ensembl 基因 ID "ENSG00000139618" 的 Ensembl 基因...步骤4: 输出结果拓展 2 ：转换基因 ID 在 R 中，我们可能需要将 ENSEMBL GENE ID （例：ENSG00000139618）转换为 SYMBOL ID （例：BRCA2）或者ENTREZ

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RNAseq-GO、biomaRt转换ID

job_id=1625924324108758969 只更新到 2015年，支持 LOC ID 将MSU ID（LOC）转换为 Uniprot ID，PlantGSEA 将Uniprot ID粘贴到PANTHER...各种分析输入的基因号有指定要求，ID转换至关重要。.../index.html)， RIGW(http://rice.hzau.edu.cn/rice/) biomaRt RAP转entrezgene_id（NCBI） MSU转RAP转entrezid，MSU...转uniprot（plantGSEA）转entrezid（david） biomaRt #1.Installation BiocManager::install("biomaRt") library(biomaRt...它描述了从有限N个物件（其中包含M个指定种类的物件）中抽出n个物件，成功抽出该指定种类的物件的次数（不放回）。拿不到结果？

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您找到你想要的搜索结果了吗？

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biomaRt包实现不同物种之间同源基因转换

在之前，我介绍过生物学中常听见的各种ID名称【参考文章：常用生物信息 ID的介绍】，然后介绍了这些ID名称之间的转换。...所以在这里我给大家介绍一下，不同物种之间的同源基因名称转换，这种转换是基于物种间基因的同源性的。同源基因是由一个共同祖先在不同物种中遗传的基因。...当然跟人类亲缘关系最近的物种是黑猩猩。好了，我们正式介绍如何把小鼠的gene ID进行同源性映射到人的基因上去？我们用到的R包是biomaRt包。...bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口，能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库。可以进行各种基因转换。没有安装过的需要先安装包。 if (!...getLDS函数是biomaRt查询的主要功能，连接两个数据集，并从这些链接的biomaRt数据集检索信息。在Ensembl中，这转化为同源映射。我这里有一串小鼠基因。mouse.gene ?

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R语言ggtree：将进化树中的序列id改成物种名称

通常我们会使用比对好的fasta文件构建进化树，fasta文件中大于号后的内容就是最终进化树上的文字标签。如果拿到进化树文件后你想替换掉其中的一些内容，那该怎么办呢？...本篇推文介绍一下使用R语言的ggtree包实现这个目的这个问题是来源于公众号的一位读者的提问 ?...大家可以关注我的公众号小明的数据分析笔记本留言相关问题，如果我恰巧会的话，我会抽出时间介绍对应的解决办法首先你已经有了构建好的进化树文件 (Synergus:0.1976902387,(((((Periclistus...image.png 第一列x就是进化树中原本的序列名称第二列y是想要替换成的id名称读入进化树文件 library(treeio) tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile...image.png 把这个新的进化树写出到文件里 write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk") 这样就达成目的了这里导出的进化树文件没有了最初的支持率的信息，我们再通过一行代码给他加上就好了

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RNA-seq 详细教程：注释（15）

数据库我们从存储信息的必要数据库中检索有关过程、途径等（涉及基因的信息）的信息。您选择的数据库将取决于您要获取的信息类型。...注释工具在 R 中，有许多流行的包用于基因/转录本级别的注释。这些软件包提供的工具可以获取您提供的基因列表，并使用上面列出的一个或多个数据库检索每个基因的信息。...—可以创建你自己的 annotables 可用于人类和模式生物的基因级特征信息超级快速和简单的基因 ID 转换、生物型和坐标信息静态资源，不定期更新 biomaRt Ensembl BioMart...在我们的例子中，我们正在寻找最新的 Ensembl 版本，以便注释是最新的。...如果您查看我们返回 NA 的查询中的一些 Ensembl ID，它们会映射到假基因（即 ENSG00000265439）或非编码 RNA（即 ENSG00000265425）。

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第二次RNA-seq实战总结(3)-用DESeq2进行基因表达差异分析

DESeq2是一个用于分析基因表达差异的R包，具体操作姚在R语言中运行 1.R语言安装DESeq2 >source("https://bioconductor.org/biocLite.R") >biocLite...，只能是ENSMUSG00000024045的整数，没有小数点，所以需要进一步替换为整数的形式。...#将_后面的数字替换为空赋值给a >aid) #将.后面的数字替换为空赋值给ENSEMBL >ENSEMBL bioMart对ensembl_id转换成gene_symbol > library("biomaRt") > library("curl") > mart <- useDataset...results #这里可以看到有78个基因上调，15个基因下调 #将分析结果输出 > write.csv(res,file="All_results.csv") 提取差异表达基因这里我用的方法是倍差法

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常用生物信息 ID的介绍

Entrez Gene ID 就是一系列数字, 也比较容易辨识。R 或网站都有众多的工具可以帮助从不同的 ID 转换为 entrez id 或者反向转换。 ?...需要注意的是，同一基因，不同物种之间可能有相同名称，但Gene ID不同。狗中TP53的Gene ID是403869，他们都有着相同的Official Symbol：TP53。 ?...需要注意的是HGNC数据库中也给基因一个 ID,叫HGNC ID，他和gene ID不一样，尽管都是数字。 ? 此外NCBI的RefSeq数据库id，一般是两个大写首字母，加下划线，后面接数字。...此外还有Ensembl ID，其所代表的是在Ensembl数据库中对基因的命名，常见的物种前缀：“ENS“表示Homo sapiens (Human)，”ENSMUS“表示Mus musculus (Mouse...UniProt ID就是Entry，是UniProt的给每个蛋白质赋予的独一无二的ID号，而Entry name通常是基因名称加物种名称。 ?

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RNA-seq 详细教程：注释（15）

数据库我们从存储信息的必要数据库中检索有关过程、途径等（涉及基因的信息）的信息。您选择的数据库将取决于您要获取的信息类型。...当获得新的基因组时，基因组特征（基因、转录本、外显子等）的名称和/或坐标位置可能会发生变化。...注释工具在 R 中，有许多流行的包用于基因/转录本级别的注释。这些软件包提供的工具可以获取您提供的基因列表，并使用上面列出的一个或多个数据库检索每个基因的信息。...图片在我们的例子中，我们正在寻找最新的 Ensembl 版本，以便注释是最新的。...如果您查看我们返回 NA 的查询中的一些 Ensembl ID，它们会映射到假基因（即 ENSG00000265439）或非编码 RNA（即 ENSG00000265425）。

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可能是个生物信息学数据超市吧

biomaRt这个包很久以前我就给它写过教程(点击阅读)，但是排版不好，可读性很差，所以我用R Markdown重新来一个。...当然了，它本身有官方的英文版教程(点击阅读)，我在翻译的基础上面，加入了自己的理解，下面是正文： biomaRt是一个超级网络资源库，里面的信息非常之多，就是网页版的biomaRt的R语言接口。...简单讲几个例子咯： Ps：这些都是在线注释，所以都是要网络的，网速慢的会非常坑几个实用的例子一．对几个芯片探针的ID号，注释它所捕获的基因的entrezID # ensembl = useMart(...) 可以看到结果里面已经成功的把affymetrix的芯片探针ID，转为了对应的基因的entrez ID 二．对刚才的那三个探针ID号进行多个内容注释，每个探针都对应着基因名已经染色体及起始终止坐标。...) 三．对给定的基因ID号进行GO注释 # library("biomaRt") # ensembl = useMart("ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl

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RNA-seq(6): reads计数，合并矩阵并进行注释

对每个基因计数之后得到的count matrix再后续的分析中，要注意标准化的问题。...）从上面看出需要至少做两步工作才能更好理解和往下进行分析第一，需要把4个文件合并；第二，需要把ensembl_gene_id转换为gene_symbol;（这一步不进行也行，后面还需要）所以，上一步得到的...# 第一步将匹配到的.以及后面的数字连续匹配并替换为空，并赋值给ENSEMBL >ENSEMBL id) # 将ENSEMBL重新添加到raw_count_filt1矩阵 >row.names(raw_count_filt) ENSEMBL...-获取gene_symbol 以下两种方式可以进行第一：去这里或这里的网页版，输入列表即可输出，不再赘述第二：用bioMart对ensembl_id转换成gene_symbol > library

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BioMart下载多个基因的同源基因

引言上期介绍了怎么通过Ensembl网站下载单个基因的同源基因序列，这期顺着上期的留言介绍一下怎么通过Ensembl网站下载多个基因的直系同源基因，用到的工具是Ensembl网站的Biomart功能。...01 进入BioMart 首先还是先进入Ensembl网站(www.ensembl.org), 点击网页上的Biomart选项，具体位置为下面网页中红框圈出的位置。 ?...然后是将基因列表输入到Filters里，具体操作是先点击左边的Filters，然后再点击右边的GENE, 之后勾选中Input external references ID list，最后在右边输入栏里输入基因...ID，或者导入基因ID的文件。...三个选项中第一个是GENE,这个选项是配置一些输入基因的属性；第二个是ORTHOLOGUES, 这个选项是配置选择物种在Ensembl数据库里其他物种中的直系同源基因的一些属性，第三个是PARALOGUES

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Gene ID 转换工具

拿TCGA的数据举例，TCGA RNA-seq的数据比对的基因是ID是Ensembl数据库的ID号，如果我们拿到这样的ID号的话，有一些分析是进行不下去的，所以需要转化为传统意义上的Gene Symbol...基因ID转换的工具很多，各个数据库不同的还是在于背景数据库的问题。有时候我们拿到的基因的ID是新的ID号，但是使用的的数据库里面的数据是旧的结果就导致很多ID没办法转换为基因名。...biomart 之前在某一个帖子里面提到过id转换的话推荐使用biomart，这次就介绍一下biomart这个数据库。...这个数据库是ensembl数据库里面进行id转换的一个工具，数据库的网址是：https://m.ensembl.org/biomart/martview/ 我们进入数据库之后第一步是选择我们要转换的物种...网络版本的转换工具有一个不好的地方在于如果我们转换的ID过多的话，有可能卡，或者说就查过它的最大限制了。这个时候往往使用一些代码行的工具可能刚好用一些。代码行的话，biomart也是有相对于的R包的。

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生信基础 | 人-小鼠基因之间的比较

接前文：生信基础 | 人-小鼠同源基因之间的转换先看看MSigDB中的基因ENTREZID是否可以全部转化为SYMBOL。...") mouse biomaRt::useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", dataset...ENSMUSG00000000028 Cdc45 protein_coding 3506 # 4 ENSMUSG00000000031 H19 lncRNA 2460 ###把小鼠基因转换为人的同源基因...# 1 mt-Atp6 MT-ATP6 # 2 mt-Co2 MT-CO2 dim(m2h) # > dim(m2h) # [1] 23075 2 ###把人基因转换为小鼠的同源基因...total_after_hsa和total_after_mus：进行基因转换后的基因个数 hsa_mus_con_len：人和小鼠共有的基因个数 hsa_uniq和mus_uniq：人和小鼠中各特有的基因个数

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RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（二）

差异分析将基因计数导入 R/RStudio 工作流程完成后，您现在可以使用基因计数表作为 DESeq2 的输入，使用 R 语言进行统计分析。 7.1....注释基因symbol 经过比对和总结，我们只有带注释的基因符号。要获得有关基因的更多信息，我们可以使用带注释的数据库将基因符号转换为完整的基因名称和 entrez ID 以进行进一步分析。...单基因图 # 将所有样本转换为 rlog ddsMat_rlog <- rlog(ddsMat, blind = FALSE) # 获得最高表达的基因 top_gene <- rownames(results...通路富集从差异表达基因中寻找通路通路富集分析是基于单个基因变化生成结论的好方法。有时个体基因的变化是难以解释。但是通过分析基因的通路，我们可以收集基因反应的视图。...logFC 条目的名称 names(gene_matrix) <- results_sig_entrez$entrez # 查看基因矩阵的格式 ##- Names = ENTREZ ID ##- Values

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三阴性乳腺癌预后预测：基于TCGA数据库的生存分析

接下来我想利用这些基因看看它们在TNBC中的预后意义。...duplicated(colnames(exp_matrix))] ##去除重复样本这里有一步额外的基因转换： # 加载 biomaRt 包 library(biomaRt) # 连接到 Ensembl...数据库 ensembl ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") # 获取基因 ID 列表 rownames(exp_mat)..., filters = "ensembl_gene_id", values = gene_ids, mart = ensembl ) # 将 gene_info 与 exp_mat 合并...expression_data <- log_exp_mat[rownames(log_exp_mat) %in% gene_list, ] 合并临床数据和基因表达数据 # 将表达数据转置，使样本在行中

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单细胞专题 | 10.细胞周期分析

转换为鼠对应的基因名，当做后者的cell cycle related gene（因为鼠和人类基因的高度相似性)。...提到的solution就是采用biomaRt包转换一下。这在我之前的教程中有介绍。...【生信基础 | 人-小鼠基因之间的比较】【biomaRt包实现不同物种之间同源基因转换】 convertHumanGeneList <- function(x){ require("biomaRt...包网络不是很稳定，有人也直接提供了转换后的结果（https://github.com/satijalab/seurat/issues/462），直接下载导入到R里即可，下面演示的代码就是用的该结果。...这里默认提供marker基因对是ensemble格式，如果表达数据提供的是其它类类型的基因ID，比如：SYMBOL，那么我们需要转化一下ID。

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人生第一次下载Reactome 基因集

图片Step2 根据基因集编号进行下载Step2.1 打开下载PDF文件根据PDF文件中的基因集编号下载，该PDF文件中存在三个亚基因集合，分别是 Cell junction organization...基因功能分析/mm_Cell_communication.csv')Step3 修改基因ID由于 Reactome 存放的基因id为Enterze id，需要将其转换为常用的Symbol idStep3.1...", #fromType是指你的数据ID类型是属于哪一类的 toType = c("ENSEMBL", "SYMBOL"), #toType是指你要转换成哪种ID类型，可以写多种...，也可以只写一种 OrgDb = org.Hs.eg.db)#Orgdb是指对应的注释包是哪个Step3.2 使用Ensembl数据库信息进行ID互换Ensembl 数据库存放多种基因...ID，下载到本地实现ID互换Step3.2.1 下载相关信息进入BioMart 选取需要的基因ID图片选取需要的Symbol ID Entrez Id进入Result 进行下载得到所有信息TXT文件图片

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如何获取目标基因的转录因子（上）——Biomart下载基因和motif位置信息

科研过程中我们经常会使用Ensembl（http://asia.ensembl.org/index.html）网站来获取物种的参考基因组，其中BioMart工具可以获取物种的基因注释信息，以及跨数据库的...在参考基因组和基因注释文件一文中有详细介绍如何在Ensembel数据库中获取参考基因组和基因注释文件。（点击蓝字即可阅读）生信分析中，想要找到感兴趣基因的转录因子结合位点，该怎么做呢？ 1....文件准备首先需要准备以下3个文件，后面两个文件可以在ensembl网站中下载：感兴趣基因的名称列表（1列基因名即可）基因组中各基因位置信息列表（6列的bed文件）基因组中各转录因子结合位点信息列表...ID Gene name Strand 染色体的名称（例如chr3） Gene起始位点 Gene终止位点 Gene stable ID Gene name 定义基因所在链的方向，+或- 注：起始位置和终止位置以...BioMart数据下载 1. 进入Ensembl主页后点击BioMart ? 2.

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生信中各种ID转换

，本文主要第通过R语言进行ID转换。...ID与基因名称之间的图谱 8.org.Hs.egGO Entrez ID与基因本体论(GO) id之间的映射 9.org.Hs.egMAP Entrez ID和细胞遗传学图谱/条带之间的映射 10.org.Hs.egOMIM...其他的也就是照葫芦画瓢啦。 1.org.Hs.egGENENAME对象这个对象用于Entrez ID与基因名称的对应关系。我们读入一个要转换的基因文件。这个文件自己准备吧。...%>% as.character() symbol <- gene$Gene.symbol 我读入的文件中Entrez ID是一个数值，我们要转换为字符串，这个大家要注意一下。...我们再看看将ENSEMBL转换整SYMBOL，在TCGA中的转录组数据的行名通常是ENSEMBL，我们经常要转换成SYMBOL。我们就读入一个病人的RNASeq的counts数据。

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NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件

ENSEMBL中基因组和GTF文件中染色体的名字都没有添加chr，最好收到添加，以保持与UCSC或下游操作一致。...下载基因功能和结构注释信息 ENSEMBL数据库的BioMart http://www.ensembl.org/biomart/martview工具为下载基因的功能信息、序列信息、结构信息、ID的转换等提供了很大的便利...注意在BioMart的Attribute选项里如果选择了蛋白相关的选项，得到的结果中只有蛋白编码基因的信息。如果要下载所有基因信息，请不要选择蛋白相关的选项。...如果下载全部的基因信息，Filters部分可以略过不填。如果只想下载比如说某个GO通路的基因或给定列表的基因信息，可以在Filters中指定对应的GO ID。 ?...Biomart下载很方便，但一个点击也比较麻烦，可以看到截图中存在XML按钮，点击打开看到选择的下载信息都记录在了这个文件中。 ?

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