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了解NGS临床数据仓库VSWarehouse—出完报告是否分析人员的工作就能翻篇了

refer=cp_1026 了解NGS临床数据仓库VSWarehouse—出完报告是否分析人员的工作就能翻篇了 Varseq学习兴趣小组 2017-12-10 21:44 当回到岗位上，你会发现还需要考虑这些问题...体会一下这位软件工程师的设计理念：我们自己所掌握的数据和信息要有形成数据库的意识，这样的数据库里的信息是我们自己的数据和分析结果，可以被用于一批数据的单次分析，但是仅仅满足于分析完成单批次的数据还远远不够...每个人的对变异/CNV的评估经验是参差不齐的，通过数据仓库把别人对变异/CNV的评估分享给组织的其他人看到也是很有必要的。...alternate allele（C/A,C/T）,和距离此变异周围的其他变异(前面的C/T和后面的G/C)。...我们如果只是在报告中声明，实验检测有哪些局限性是不够的。既然有局限性，就要想办法去在以后的工作中，来不断的完善整个分析流程和系统。

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SQL调优系列文章之—SQL调优简介

假定您具有下表中显示的知识和技能。表1-1 所需知识所需知识说明数据库架构数据库体系结构不仅仅是管理员所要了解的内容。...1.4 SQL调优的任务和工具在确定调优会话的目标后，例如，将用户响应时间从三分钟缩短到不到一秒，问题就变成了如何实现此目标。...自动索引管理通过执行以下任务解决了此问题：不断监控工作负载创建新索引重建索引，然后将其标记为不可用或不可见删除索引检查自动索引管理对性能的影响索引功能实现是自动任务，以固定间隔在后台运行。...EXPLAIN PLAN 通过此SQL语句，您可以查看优化程序在不实际执行语句的情况下用于执行SQL语句的执行计划。...AUTOTRACE SQL * Plus中的 AUTOTRACE 命令生成有关查询性能的执行计划和统计信息。此命令提供磁盘读取和内存读取等统计信息。

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MySQL SQL语句是如果被执行的？（1）原

实际上还是在解析的时候报错，解析SQL的环节里面有个预处理器。它会检查生成的解析树，解决解析器无法解析的语义。比如，它会检查表和列名是否存在，检查名字和别名，保证没有歧义。...或者说数据库最终执行的SQL是不是就是我们发送的SQL？这个答案是否定的。一条SQL语句是可以有很多种执行方式的，最终返回相同的结果，他们是等价的。...如果我们想知道优化器是怎么工作的，它生成了几种执行计划，每种执行计划的cost是多少，应该怎么做？优化器是如何得到执行计划的？...optimizer_trace='enabled=off'; show variables like 'optimizer_trace'; 优化器得到的结果优化完之后，得到一个什么东西呢？...） ref 列与索引的比较，表示上述表的连接匹配条件，即哪些列或常量被用于查找索引列上的值 rows 估算出结果集行数，表示MySQL根据表统计信息及索引选用情况，估算的找到所需的记录所需要读取的行数

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Spark SQL底层执行流程详解（好文收藏）

我们要了解Spark SQL的执行流程，那么理解Catalyst的工作流程是非常有必要的。...而Catalyst优化器在执行计划生成和优化的工作时候，它离不开自己内部的五大组件，如下所示： Parser模块：将SparkSql字符串解析为一个抽象语法树/AST。...在这个过程中，会判断SQL语句是否符合规范，比如select from where 等这些关键字是否写对。当然此阶段不会对表名，表字段进行检查。步骤2....此过程就会判断SQL语句的表名，字段名是否真的在元数据库里存在。步骤3....CBO：基于代价的优化就是在SparkPlanner对优化后的逻辑计划生成了多个可以执行的物理计划Physical Plan之后，多个物理执行计划基于Cost Model选取最优的执行耗时最少的那个物理计划

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Mysql-一条SQL查询的执行过程

此后，会先去查看缓存，如果缓存命中，就直接返回数据，不需要执行后面的操作了；如果没有命中，当后面的查询执行完之后，会将查询结果放到缓存中。...，以避免注释对后续的分析和执行产生干扰；处理特殊字符和转义：确保特殊字符被正确处理和解释；进行一些简单的语法检查和预处理：例如检查表中的列是否存在，表是否存在，检查是否存在不符合规范的字符组合等。...优化器优化器的主要作用是为给定的SQL语句生成最优的执行计划，生成一个预计执行成本最低、效率最高的执行计划，具体来说，优化器会考虑以下几个方面来确定最佳执行计划：表的连接方式：对于涉及多个表的查询，决定是使用嵌套循环连接...具体来说，对于示例 SELECT student_name FROM students WHERE student_id 的工作包括：按照执行计划确定的数据读取方式，从存储引擎中获取数据...提取所需的列：按照 SELECT 子句指定的 student_name 列，从符合条件的行中提取出相应的数据。将最终的结果返回给客户端：将处理得到的结果集返回给发起查询的客户端应用程序。

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【MySQL 系列】MySQL 架构篇

如果查询的语句命中查询缓存，那么就会直接返回 value 给客户端。如果查询的语句没有命中查询缓存中，那么就要往下继续执行，等执行完后，查询的结果就会被存入查询缓存中。...预处理器：检查 SQL 查询语句中的表或者字段是否存在；将 select * 中的 * 符号，扩展为表上的所有字段；优化器：化器会根据语法树制定多个执行计划，然后确定最优的执行计划。...，如果命中返回给客户端，否则交给解析器；解析器在拿到 SQL 语句后会判断语法是否正确，正确会生成 SQL 语法树交给优化器，否则报错给客户端；优化器会根据 SQL 语法树生成一个最优的执行计划交给执行器执行...如果我们所需要的数据是随机分散在不同页的不同扇区中，那么找到相应的数据需要等到磁臂旋转到指定的页，然后盘片寻找到对应的扇区，才能找到我们所需要的一块数据，依次进行此过程直到找完所有数据，这个就是随机 IO...假设我们已经找到了第一块数据，并且其他所需的数据就在这一块数据后边，那么就不需要重新寻址，可以依次拿到我们所需的数据，这个就叫顺序 IO。

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查询优化器基础知识—SQL语句处理过程

该语句的执行计划的哈希值 SQL 语句可以在共享池中具有多个计划。通常，每个计划都有不同的哈希值。如果相同的 SQL ID 具有多个计划哈希值，则数据库就会知道此 SQL ID 存在多个计划。...在这种情况下，优化环境的会话设置可以影响执行计划生成，如工作区大小或优化程序的设置（例如：优化器模式）。...该计划采取步骤组合的形式。每个步骤都返回一个行集。下一步要么使用此集合中的行，要么最后一步将行返回给发出 SQL 语句的应用程序。行源是执行计划中的步骤返回的行集，以及可以迭代处理行的控制结构。...行源树显示以下信息：语句引用的表的排序语句中提到的每个表的访问方法对语句中的连接操作影响的表的连接方法数据操作，例如过滤，排序或聚合示例3-1执行计划此示例显示启用 AUTOTRACE 时...该语句查询姓氏字母以 A 开头的所有员工的姓氏，职位和部门名称。此语句的执行计划是行源生成器的输出。 3.1.4 SQL执行在执行期间，SQL引擎执行行源生成器生成的树中的每个行源。

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SQL审核：OR展开与子查询优化案例详解

下面来查看此 SQL 的执行计划：执行计划中，可以看到在谓词信息部分有多个 FILTER，在执行计划中有3个 FILTER，但是在 SQL*PLUS 中，只有两个 OR，所以需要弄清楚哪些 FILTER...那到底怎么判断有 FILTER 时，SQL 是的性能是否好呢？其实觉得可以根据主查询返回行数很少时，使用 FILTER 性能可能很好，主查询返回的行数很多时，走 FILTER 性能肯定不好。...可以看到平均返回一行，消耗的逻辑读是2076324：通过 SQL 每次执行返回的逻辑读与 SQL 关联的表占用的大小，可以间接的推断此 SQL 由于不停的轮询消耗大量的逻辑读，可以知道主表返回的行数肯定很多的...SQL 改写现在知道原因了，那么这个 SQL 优化基本完成70%的工作了，现在就是想办法来怎么处理了：让 SQL 不走 FILTER。...SQL性能优化效果修改后的 SQL 的执行计划：从执行计划中，我们已经没有看到 FILTER 信息了。

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工具|Explain 使用分析

一简介性能优化是一个开发或者dba不可少的工作内容，工欲善其事必先利其器，本文介绍一个辅助我们查看sql执行计划是否优化的工具，通过explain的结果，我们可以确定sql是否利用正确的索引。...走完查t3后，顺序执行，有一个，derived是衍生的意思，意思是在执行完t3查询后的s1虚表基础上，中的2，就是id为2的。最后执行的查t2表。...3.6 key 此字段是 MySQL 在当前查询时所真正使用到的索引。...也即从只访问索引即可获取到所需的数据，而不用回表。...其实就是仅仅通过访问索引不能满足获取所需的数据，需要访问表的page 页。 ? 如果和Using index 同时出现，说明where条件通过索引定位数据，然后回表，再过滤所需要的数据。 ?

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Oracle SQL性能诊断与调试信息采集方法

经常见到有人在QQ群和微信群发SQL代码和(或)简单执行计划的截屏咨询优化问题,如果是比较简单的SQL,也没问题; 如果是稍微复杂一点的SQL, 特别是一些根因分析类问题, 建议收集尽可能详细的信息...下图就是用上面方法获取的执行计划信息的一个实例: 两个大红框之外的信息,对sql优化的诊断和调试,非常重要....,就在当前目录下生成了sqlmon.html 文件,即为所需sql monitor文件....补充信息的收集,可以在sqlplus下完成,也可以在pl/sql developer下实现: pl/sql developer 工具使用F5得到的执行计划信息,适合分析简单的SQL,不适合分析复杂SQL...dbms_output.put_line(x.plan_table_output); end loop; rollback; end; / 然后可以在"output"页面得到所需真实执行计划信息

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执行计划：如何手工创建Profile维持SQL计划的稳定性

的执行计划。..._2959412835.sql，然后运行这个脚本，就会创建出稳定执行计划所需要的 SQL Profile，SQL Profile 的名字为：coe+sql_id+plan_hash_value，这里为...有3种办法，一种是调整统计信息，这个不建议使用，因为比较复杂、不稳定可靠（统计信息可能会重新收集），影响面广（会影响其他访问此对象的 SQL）。第二种是使用 OUTLINE，这种方法比较复杂。...最后我们运行 coe_xfr_sql_profile_gmvb9bp7f9kqd_2959412835.sql 这个脚本文件：这样就完成了我们所需要的 SQL Profile 的创建。...下面再看看原来的 SQL 执行情况（这里我故意将 like 条件改了一下，以查看 force match 是否起作用）：可以看到 SQL Profile 起作用了。

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查询优化器概念：关于优化器组件

序号操作描述 1 Query Transformer 优化程序确定更改查询形式是否有帮助，以便优化程序可以生成更好的执行计划。...注：Selectivity在执行计划中不可见的内部计算。 Cardinality（基数）基数是执行计划中每个操作返回的行数。此输入对于获得最佳计划至关重要，对所有成本函数都是通用的。...Cost（成本）该度量表示使用的工作单元或资源。查询优化器使用磁盘I/O，CPU使用率和内存使用量作为工作单元。如下图所示，如果统计数据可用，那么估算器使用它们来计算度量值。...2.2 Cardinality（基数）基数是执行计划中每个操作返回的行数。例如，如果优化器估计全表扫描返回的行数为100，则此操作的基数估计为100。基数估计出现在执行计划的Rows列中。...| 5 (0)| ---------------------------------------------------------------------- 访问路径决定从基表获取数据所需的工作单元数

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论配置化系统的配置

达到配置化的先决条件是系统内部有个”引擎“模块，引擎读取配置信息把业务流程生成出执行计划，这个执行计划根据业务形态可以是 DAG、链表、树或是其他。...继续探究一下所谓的”配置“。咋存第一个问题是系统的配置存在哪里。配置化系统的本质是：引擎解析配置信息，生成operator执行计划操作DB和计算行为。...有了配置化系统之后，开发日常的工作就变成了写配置，然而在mysql里通过SQL写配置并不一定比写代码轻松愉快......稍微拓展一下上面的例子： “用户每次完单后统计其总完单量，完单量达到不同阈值后给用户下发不同的成就。...配置是否符合规范。

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Oracle 执行计划查看方法汇总及优劣比较

最后 Note 部分，执行计划的额外补充信息，是否动态采用(dynamic sampling)、是否 Cardinality Feedback、是否 SQL Profile 等等。...OMem ：当前操作完成所有内存工作区（Work Aera）操作所总共使用私有内存（PGA）中工作区的大小，这个数据是由优化器统计数据以及前一次执行的性能数据估算得出的。...lMem ：当工作区大小无法满足操作所需的大小时，需要将部分数据写入临时磁盘空间中（如果仅需要写入一次就可以完成操作，就称一次通过，One-Pass；否则为多次通过,Multi-Pass ）。...该列数据为语旬最后一次执行中，单次写磁盘所需要的内存大小，这个是由优化器统计数据以及前一次执行的性能数据估算得出的。...OPTIMAL) OMem、 lMem 为执行所需的内存评估值，OMem 为最优执行模式所需内存的评估值， lMem 为 one-pass 模式所需内存的评估值。

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自动化策略六步走

要实现此目的，将需要准备合适的的测试自动化策略。第一步：测试自动化范围在开始之前，最好先清楚一点。对于项目的每个模块，应该从自动化的角度定义时间表和里程碑。对于任何特定项目，请首先定义其范围。...第四步：测试自动化环境在准备好生产软件之前，请建立一条具体的管道以供使用。这就是测试自动化环境的定义方式。您需要清楚地了解数据将存储在何处以及是否可以重复使用。必须有一个稳定且可预测的测试环境。...例如，对于要进行自动化测试的特定项目，您需要计划测试周期，准备测试用例并预测所需的测试时间。测试自动化基础架构应该使任何人都可以轻松创建，维护，运行，并进行测试和获取测试结果。...第五步：执行计划执行计划是自动化测试的基础。在回归测试套件之前运行单个测试用例，并确保它们运行良好。避免错误的结果并导致测试失败。执行计划应包括日常任务和程序。...可以使用工具来安排执行时间，一定要讲及时反馈作为工作的目标。第六步：审查与分析筛选消耗更多时间的测试用例，并对其进行分析以进行优化。审查整个测试自动化策略，并从所有相关人员那里获取反馈。

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MySQL 性能调优——SQL 查询优化

SQL MySQL 慢查询日志是一种性能开销比较低的获取存在性能问题 SQL 的解决方案，其主要的性能开销在磁盘 IO 和存储日志所需要的磁盘空间。...服务器检查是否可以在查询缓存中命中该 SQL，如果命中，则立即返回存储在缓存中的结果，否则进入下一阶段； 3.MySQL 服务器进行 SQL 解析，预处理，再由 SQL 优化器生成对应的执行计划； 4...这里提供一个可以完成这样工作的 MySQL 存储过程的实例： DELIMITER $$ USE 'db_name'$$ DROP PROCEDURE IF EXISTS 'p_delete_rows'$...，然后重新命名新表为老表的名字，最好删除重命名的老表，这样就完成了大表表结构修改的工作。...3.如何优化not in和查询 MySQL 查询优化器可以自动的把一些子查询优化为关联查询，但是对于存在not in和这样的子查询语句来说，就无法进行自动优化了，这就造成了会循环多次来查找子表来确认是否满足过滤条件

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Nebula 架构剖析系列（二）图数据库的查询引擎设计

这个空闲时长是可以配置的。客户端的每个请求都必须带上此 session ID，否则 Query Engine 会拒绝此请求。...例如，典型的 action 可以是获取某个节点的所有邻节点，或者获得某条边的属性，或基于特定过滤条件筛选节点或边。当抽象树 AST 被转换成执行计划时，所有 ID 信息会被抽取出来以便执行计划的复用。...最后，优化过的执行计划可能和原始执行计划完全不一样，但是优化后的执行结果必须和原始执行计划的结果一样的。...执行层的每个执行器一次只处理一个执行计划，计划中的 action 会挨个一一执行。执行器也会一些有针对性的局部优化，比如：决定是否并发执行。...针对不同的 action所需数据和信息，执行器需要经由 meta service 与storage engine的客户端与他们通信。

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SQL调优系列文章之—SQL性能方法论

良好的游标使用和管理维护用户连接对于最小化系统上的解析活动同样重要。解析是解释SQL语句并为其创建执行计划的过程。此过程有许多阶段，包括语法检查，安全检查，执行计划生成以及将共享结构加载到共享池中。...如果单个用户在理想条件下无法达到可接受的性能，则多个用户在实际条件下无法实现可接受的性能。获取并记录所有SQL语句的计划。获取每个SQL语句的执行计划。...使用此过程验证优化器是否获得了最佳执行计划，并且可以根据CPU时间和物理I/O来理解SQL语句的相对成本。此过程有助于识别将来最需要调优和性能工作的大量事务。尝试多用户测试。...此过程难以准确执行，因为用户工作负载和配置文件可能无法完全量化。但是，应测试执行DML语句的事务以确保不存在锁定冲突或序列化问题。使用正确的硬件配置进行测试。使用尽可能靠近生产系统的配置进行测试。...Big Bang方法依赖于以所需规模对应用程序进行可靠测试，但具有最小化数据转换和与旧系统同步的优势，因为它只是被关闭。

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一文读懂MySQL 8.0直方图

直方图怎么工作2. 同时有索引和直方图会怎样3. 如何提高直方图的统计精确度 0. 什么是直方图直方图（Histogram）是数据库提供的一种（索引之外的）基础统计信息，用于描述列上的数据分布情况。...创建完直方图之后，再看这个执行计划： [root@yejr.run]> explain select * from t1 where seq = 1234; +------+--------------...所以说，直方图还是很有意义的，当然了，直方图还是无法代替索引，只在一些特定的场景里比较有用。 1. 直方图怎么工作 MySQL支持两种直方图模式：等宽、等高。...1235412（1.17MB）主要就是由于创建直方图所需的内存。...全文完。

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一文读懂MySQL 8.0直方图

直方图怎么工作2. 同时有索引和直方图会怎样3. 如何提高直方图的统计精确度 0. 什么是直方图直方图（Histogram）是数据库提供的一种（索引之外的）基础统计信息，用于描述列上的数据分布情况。...创建完直方图之后，再看这个执行计划： [root@yejr.run]> explain select * from t1 where seq = 1234; +------+--------------...所以说，直方图还是很有意义的，当然了，直方图还是无法代替索引，只在一些特定的场景里比较有用。 1. 直方图怎么工作 MySQL支持两种直方图模式：等宽、等高。...1235412（1.17MB）主要就是由于创建直方图所需的内存。...全文完。

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