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生物信息重要的文本处理命令(实例命令及解释)

,不要直接cat,因为cat会一直把所有内容打印到屏幕上,造成长时间处于打印状态,如遇到这种情况,连续不间断的敲击ctrl+c组合键退出打印状态 相关衍生命令: cat还有两个常用的相关命令: 1.zcat...grep –n ‘\匹配以g开头的单词 word\> 匹配单词结尾 grep –n ‘tion\>’ regular.txt #匹配以tion结尾的单词 六.sed...过滤第二行大于20并且第三行大于30的行 awk -F ':' '{print $1}' file 以:作为域分割符,打印第一列 八.cut命令 cut命令命令从文件的列剪切字节、字符、域,并将这些字节..." | xargs -dX -d选项可以自定义一个定界符 十二.comm comm命令比较两个文件的相同和不同,下面为常用的命令举例: 命令 解释 comm1.txt 2.txt 比较两文件的不同,默认输出...2和3列,即显示1中独有的 comm -13 1.txt 2.txt 不显示2和3列,即显示1中独有的 comm -3 1.txt 2.txt |sed's/\t//g' 求两者并集 注意事项:两个比较的文件需要排序后进行

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    扫盲:”正则表达式”是什么?

    也就是说,字符串不仅要是”hello”,而且还要位于行首,需要同时满足这两个条件的字符串才算满足条件。...没错,由于regex文件中的每一行都包含hello,所以,所有行都被打印出来了。如果,我们只想要打印出”以hello开头的行”(hello位于行首的行),该怎么办呢?...由于regex文本中的第二行的hello位于行尾,所以,第二行并不符合条件,于是,只有第一行与第三行被打印了出来。“^”在正则中表示锚定行首,那么,什么符号在正则中表示锚定行尾呢?...现在,我们使用正则表达式”^hello$”,看看能不能匹配到文本中的第四行。如上图所示,我们成功额匹配到了regex文本中的第四行,并且将第四行打印了出来。...如上图所示,”\以hello作为词首的单词将会被匹配到,”hello\>”表示以hello作为词尾的单词将会被匹配到。同理,我们也可以将”\与”\>”结合在一起使用,示例如下。

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    linux中最为常用的三大文本(grep,sed,awk)处理工具

    -f 指定sed脚本的文件名 如果命令操作比较多的时候就会比较麻烦,这时候把多个子命令操作写入脚本文件,然后使用 -f 选项来指定该脚本 -n 取消默认的输出 默认情况下,sed 会在所有的脚本指定执行完毕后...反选,打印没有匹配到 hani 的行 sed -n ‘s/old/new/gp’ test 只打印匹配替换的行 6.7 sed w 将所选的行写入文件 w 命令用来将文本中指定行的内容写入文件中 格式如下...-n :显示行号   -w :被匹配的文本只能是单词,而不能是单词中的某一部分,如文本中有liker,而我搜寻的只是like,就可以使用-w选项来避免匹配liker   -c :显示总共有多少行被匹配到了...-v linuxtechi /etc/passwd -例6 使用 ^ 符号输出所有以某指定模式开头的行 Bash脚本将 ^ 符号视作特殊字符,用于指定一行或者一个单词的开始。...输出/etc/passwd文件中所有以“bash”结尾的行。

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    awk-grep-sed简单使用总结(正则表达式的应用)

    :位于一个能够用来构成单词的字符(与\w可以匹配的字符)和一个不能用来构成单词的字符(\W)之间 \B不匹配一个单词边界 #\B-\B  //匹配- 字符串边界:(用来定义字符串边界的元字符有两个:^定义字符串开头....*$  //匹配每行以//开头 ^\s*//.*$将匹配任何以//开头的若干字符,最后以$结尾 加上(?...模式包括两个特殊字段:BEGIN和END。使用BEGIN语句设置计数和打印头。BEGIN语句使用在任何文本浏览动作之前,之后文本浏览动作依旧输入文件开始执行。...(或)的整行(print $0) # awk '{if($2>70 && $3>80) print $0}' grade    打印两个成绩并集(与) awk内置变量: NF:支持记录域的个数,在记录被读之后设置...$0,substr($1,1)}' grade 打印$1列全部,2减去首字母,3减去两个

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    linux中grep如何排除过滤输出总结

    grep 是一种强大的命令行工具,用于在一个或多个输入文件中搜索与正则表达式匹配的行并将每个匹配的行写入标准输出。...排除单词和模式 要仅显示与搜索模式不匹配的行,请使用-v( 或--invert-match) 选项。...在以下示例中,字符串games出现在行首的行被排除在外: > grep -v "^games" file.txt 命令的输出可以grep通过管道过滤,只有匹配给定模式的行才会打印在终端上。...例如,要打印出系统上所有正在运行的进程,除了以用户root身份运行的进程,你可以过滤ps 命令的输出: > ps -ef | grep -wv root 排除目录和文件 有时,当使用-r或-R选项执行递归搜索时...,你可以排除基本名称与--exclude选项中指定的 GLOB 匹配的文件。

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    Sed..

    \匹配单词的开始,如:/\匹配包含以love开头的单词的行。 \> # 匹配单词的结束,如/love\>/匹配包含以love结尾的单词的行。...test的行: sed '/^test/'d file 已匹配字符串标记& 正则表达式 \w+ 匹配每一个单词,使用 [&] 替换它,& 对应于之前所匹配到的单词: echo this is a test...命令的执行顺序对结果有影响。如果两个命令都是替换命令,那么第一个替换命令将影响第二个替换命令的结果。...里的内容被读进来,显示在与test匹配的行后面,如果匹配多行,则file的内容将显示在所有匹配行的下面: sed '/test/r file' filename 写入文件:w命令 在example中所有包含...也就是把包含test与check的行互换: sed -e '/test/h' -e '/check/x' file 脚本scriptfile sed脚本是一个sed的命令清单,启动Sed时以-f选项引导脚本文件名

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    linux学习第二十六篇:正则介绍,grep,sed,awk命令

    表示任意一个字符,就是把符合r与o之间有一个任意字符的行打印出来 root:x:0:0:root:/root:/bin/bash operator:x:11:0:operator:/root:/sbin...命令:sed -n:打印出处理后的行 -r:加上-r参数就可以不加脱义字符 -e:可以实现多个行为 -i:可以对文件内容真正的修改,而不止是把处理后的结果显示屏幕上而没真正修改文件内容 -n:打印包含某个字符的行...\b 锚定词尾,其前面的任意字符必须作为单词尾部出现 \B 非单词的开头或结尾 ^$ 空白行 分组() : (ab)* : 匹配ab这个分组出现任意次 \1:引用第一个左括号以及与之对应的右括号所包括的所有内容...把两个文件中行数相同的行合并成一行 paste filename1 filename2 ? awk 中使用外部shell变量 说明:-v选项用于定义参数。...awk 合并一个文件 如把两个文件中,第一列相同的行合并到同一行中。 解释:NR表示读取的行数,FNR表示读取的当前行数。

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    grep中使用d匹配数字不成功的原因

    egrep 正则匹配文件,处理文件方法 a. grep 与 egrep 的处理对象:文本文件 b. grep 与 egrep 的处理过程:查找文本文件中是否含要查找的 “关键字”(关键字可以是正则表达式...) ,如果含有要查找的 ”关健字“,那么默认返回该文本文件中包含该”关健字“的该行的内容,并在标准输出中显示出来,除非使用了“>" 重定向符号, c. grep 与 egrep 在处理文本文件时,是按行处理的...中类型正则表达式比较 字符 说明 Basic RegEx Extended RegEx python RegEx Perl regEx 转义 \ \ \ \ ^ 匹配行首,例如'^dog'匹配以字符串...dog开头的行(注意:awk 指令中,'^'则是匹配字符串的开始) ^ ^ ^ ^ $ 匹配行尾,例如:'^、dog$'匹配以字符串 dog 为结尾的行(注意:awk 指令中,'$'则是匹配字符串的结尾...$ \匹配单词,例如:'\匹配以 frog 开头的单词 \匹配单词,例如:'\bfrog') \> 匹配单词,例如

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    linux中sed命令总结

    >或--expression=:以选项中的指定的script来处理输入的文本文件; -f文件>或--file=文件>:以选项中指定的script文件来处理输入的文本文件...\匹配单词的开始,如:/\匹配包含以love开头的单词的行。 \> # 匹配单词的结束,如/love\>/匹配包含以love结尾的单词的行。...test的行: sed '/^test/'d file 已匹配字符串标记& 正则表达式 \w+ 匹配每一个单词,使用 [&] 替换它,& 对应于之前所匹配到的单词: echo this is a test...的内容被读进来,显示在与test匹配的行后面,如果匹配多行,则file的内容将显示在所有匹配行的下面: sed '/test/r file' filename 写入文件:w命令 在example中所有包含...也就是把包含test与check的行互换: sed -e '/test/h' -e '/check/x' file 脚本scriptfile sed脚本是一个sed的命令清单,启动Sed时以-f选项引导脚本文件名

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    linux文本处理工具及正则表达式

    --output-delimiter=STRING指定输出分隔符  显示文件前10行,以“:”作为分隔符打印第1和第7个字段并分隔符换成空格输出: [root@bogon ~]# head /etc...-d  分隔符: 指定分隔符,默认用TAB   -s     所以行合并成一行显示 [root@bogon ~]# paste /etc/resolv.conf /etc/issue    ##合并输出两个文件的内容...统计字节数          -m    只计数字符总数      -L  打印最长行的长度 [root@bogon ~]# cat /etc/passwd |wc -l  ##统计文件的行数 22 [...2 113.240.250.155 1 13.0.782.215 1 185.130.5.231 文件比较: diff命令:比较两个文件之间的区别   -r  递归比较...$   空白行 \单词模式的左侧 \> 或 或 \b   词尾锚定;用于单词模式的右侧 \   匹配整个单词 \(\)    将一个或多个字符捆绑在一起

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    【数据处理】sed原理及使用举例(快速理解核心)

    $ #锚定行的结束 如:/sed$/匹配所有以sed结尾的行。 . #匹配一个非换行符的字符 如:/s.d/匹配s后接一个任意字符,然后是d。...\< #锚定单词的开始,如:/\匹配包含以love开头的单词的行。 \> #锚定单词的结束,如/love\>/匹配包含以love结尾的单词的行。...$ sed -n '/test/,/check/p' example #打印从第五行开始到第一个包含以test开始的行之间的所有行。...y: 一个字符翻译为另外的字符(但是不用于正则表达式) 用法举例 # 从文件读入:r命令 # file里的内容被读进来,显示在与test匹配的行后面,如果匹配多行,则file的内容将显示在所有匹配行的下面...# 这里引号必须为双引号 #删除最后一行 sed -i '$d' filename 打印带有hello段落(段和段之间用空隔分开) d后面的操作不执行(直接跳到下一行) 比较复杂,直接忽略: sed

    3.2K546

    【linux命令讲解大全】050.awk内置变量的使用方法和各种运算符详细解析

    NR的值就是最后一行的行号,所以END语句块中的NR就是文件的行数。...[a-z] 小写字母 [A-Z] 大写字母 [a-Z] 小写和大写字母 [0-9] 数字 单词头单词一般以空格或特殊字符做分隔,连续的字符串被当做单词 > 单词尾 正则需要用 /正则...两个都为数字才转为数值比较。字符串比较:按照ASCII码顺序比较。 其它运算符 运算符 描述 $ 字段引用 空格 字符串连接符 ?...当其左右有重定向符|或文件,由于该文件是刚打开,并没有被awk读入一行,只是getline读入,那么getline返回的是该文件的第一行,而不是隔行。...从ls的输出中读取一行,并把它打印到屏幕。

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    Awk学习笔记

    awk的处理文本和数据的方式是这样的,它逐行扫描文件,从第一行到最后一行,寻找匹配的特定模式的行,并在这些行上进行你想要的操作。...关系表达式:可以用下面运算符表中的关系运算符进行操作,可以是字符串或数字的比较,如$2>%1选择第二个字段比第一个字段长的行。 模式匹配表达式:用运算符~(匹配)和~!(不匹配)。...\Y 匹配一个单词开头或者末尾的空字符串。 \B 匹配单词内的空字符串。 \< 匹配一个单词的开头的空字符串,锚定开始。...\> 匹配一个单词的末尾的空字符串,锚定末尾。 \w 匹配一个字母数字组成的单词。 \W 匹配一个非字母数字组成的单词。 \‘ 匹配字符串开头的一个空字符串。...如$ awk '$1 ~/^root/' test将显示test文件第一列中以root开头的行。 10. 比较表达式 conditional expression1 ?

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    【linux命令讲解大全】081.sed:功能强大的流式文本编辑器

    匹配单词的开始,如:/匹配包含以love开头的单词的行。 > # 匹配单词的结束,如/love>/匹配包含以love结尾的单词的行。...test的行: sed '/^test/'d file 已匹配字符串标记& 正则表达式 \w+ 匹配每一个单词,使用 [&] 替换它,& 对应于之前所匹配到的单词: echo this is a test...:,(逗号) 所有在模板test和check所确定的范围内的行都被打印: sed -n '/test/,/check/p' file 打印从第5行开始到第一个包含以test开始的行之间的所有行: sed...里的内容被读进来,显示在与test匹配的行后面,如果匹配多行,则file的内容将显示在所有匹配行的下面: sed '/test/r file' filename 写入文件:w命令 在example中所有包含...也就是把包含test与check的行互换: sed -e '/test/h' -e '/check/x' file 脚本scriptfile sed脚本是一个sed的命令清单,启动Sed时以-f选项引导脚本文件名

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    Linux常用命令03 - grep

    grep 命令代表“全局正则表达式 print” ,它是 Linux 中最强大和最常用的命令之一。 ? grep 在一个或多个输入文件中搜索与给定模式匹配的行,并将每个匹配行写入标准输出。...命令的输出可以通过管道使用 grep 进行过滤,并且只有与给定模式匹配的行才会打印在终端上。...所有其他字符都视为非字符 如果您运行与上面相同的命令(包括 -w 选项) ,grep 命令将只返回 gnu 作为单独的单词包含的那些行。...使用此选项时,grep 将匹配内容打印到以行号为前缀的标准输出。...例如,要匹配以 kan 开头,然后有两个字符和以字符串 roo 结尾的任何内容,您可以使用以下模式: grep "kan..roo" file.txt 使用匹配括在方括号中的任何单个字符。

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    sed 命令+正则表达式

    ] 输入文件            第一行具有sed命令解释器的sed脚本文件     option如下:       n 不打印; sed不写编辑行到标准输出,缺省为打印所有行(编辑和未编辑),p命令可以用来打印编辑行...假定正在过滤一个文本文件,对于一个有1 0个字符的脚本集,要求前4个字符之后为X C,匹配操作如下:. . . .X C. . . . 2、在行首以^匹配字符串或字符序列    ^只允许在一行的开始匹配字符或单词...在行首第4个字符为1,匹配操作表示为:^ . . . 1 3、在行尾以$匹配字符串或字符    可以说$与^正相反,它在行尾匹配字符串或字符, $符号放在匹配单词后。...正则表达式可以让用户通过使用一系列的特殊字符构建匹配模式,然后把匹配模式与数据文件、程序输入以及WEB页面的表单输入等目标对象进行比较,根据比较对象中是否包含匹配模式,执行相应的程序。    .../\bbom/   因为上述正则表达式模式以“\b”定位符开头,所以可以与目标对象中以 “bomb”, 或 “bom”开头的字符串相匹配。

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    awk 的进阶使用案例

    关系表达式:可以用下面运算符表中的关系运算符进行操作,可以是字符串或数字的比较,如$2>%1选择第二个字段比第一个字段长的行。 模式匹配表达式:用运算符~(匹配)和~!(不匹配)。...如 awk '{print $1,$3}' test将打印test文件中第一和第三个以空格分开的列(域)。 域分隔符 内建变量FS保存输入域分隔符的值,默认是空格或tab。...B 匹配单词内的空字符串。 匹配一个单词的开头的空字符串,锚定开始。 > 匹配一个单词的末尾的空字符串,锚定末尾。 w 匹配一个字母数字组成的单词。 W 匹配一个非字母数字组成的单词。...如awk '$1 ~/^root/' test将显示test文件第一列中以root开头的行。 比较表达式(三元运算符) conditional expression1 ?...上式表示,在处理输入文件以前,域分隔符(FS)被设为冒号,输出文件分隔符(OFS)被设置为制表符,输出记录分隔符(ORS)被设置为两个换行符。

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    linux实战(一)

    匹配除换行符以外的单个字符  /m..y/  匹配包含字母m,后跟两个任意字符,再跟字母y的行  * 匹配零个或多个前导字符  /my*/  匹配包含字母m,后跟零个或多个y字母的行  []   匹配指定字符组内的任一字符...my将被替换为**my**  \<      词首定位符        /\匹配包含以my开头的单词的行  \>      词尾定位符       /my\>/  匹配包含以my结尾的单词的行...$ sed -n '5,/^test/p' example 打印从第五行开始到第一个包含以test开始的行之间的所有行。...从文件读入r命令 $ sed '/test/r file' example file里的内容被读进来,显示在与test匹配的行后面,如果匹配多行,则file的内容将显示在所有匹配行的下面。...\> 匹配一个单词的末尾的空字符串,锚定末尾。 \w 匹配一个字母数字组成的单词。 \W 匹配一个非字母数字组成的单词。 \‘ 匹配字符串开头的一个空字符串。

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