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系统比较Seurat和scanpy版本之间、软件之间的分析差异

Seurat和Scanpy是实现这种工作流的最广泛使用的软件,通常被认为是实现类似的单个步骤。下面我们就需要比较一下软件之间、以及不同版本之间的数据分析差异。...Seurat和Scanpy在默认的scnaseq工作流中显示出相当大的差异下图显示了使用PBMC 10k数据集与默认设置比较Seurat v5.0.2和Scanpy v1.9.5的结果,展示了“标准”单细胞...下采样比较考虑到软件之间引入的可变性,一个自然的问题是如何对这些差异的大小进行基准测试。为此,在生成过滤UMI矩阵之前,模拟reads和细胞的下采样,并比较了沿下采样分数梯度引入的差异与全尺寸数据。...将Seurat v5与v4进行比较,在重要差异基因、marker和logFC估计值集方面存在相当大的差异。logFC计算的差异源于不同版本间伪计数应用程序的变化。...这些版本之间的logFC计算和调整后的p值没有差异。比较使用默认设置的Cell Ranger软件v7和Cell Ranger v6生成的计数矩阵也揭示了所有DE指标之间的差异。

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    比较一下以“反射”和“表达式”执行方法的性能差异

    为了让大家能够和直观地理解两种(直接利用反射和利用表达式编译后的委托对象)方法执行在性能上的差异,我们来做一个简单的实例演示。...三个静态属性Target、Method和Executor分别代表执行的目标对象、目标方法和表达式编译后生成的委托对象,后者通过调用静态方法CreateExecutor方法创建。...在作为程序入口的Main方法中,我们先后三个调用Test方法,并将执行目标方法的次数分别设置为100,000(十万)、1,000,000(百万)和10,000,000(千万)。...运行程序后我们会在控制台上得到如下所示的输出结果,可以看出直接采用反射方式执行某个方法确实在性能上要差一些,但是差异其实不算明显。

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    【linux命令讲解大全】058.comm命令:比较和分析已排序文件的行差异

    comm 按行比较两个已排序的文件。 概要 comm [OPTION]... FILE1 FILE2 主要用途 按行比较两个已排序的文件。当FILE1或FILE2为-时,读取标准输入。...111 222 hhh ttt jjj 输出的第一列只包含在aaa.txt中出现的行,第二列包含在bbb.txt中出现的行,第三列包含在aaa.txt和bbb.txt...> bbb1.txt 比较结果: [root@localhost ~]# comm aaa1.txt bbb1.txt 111 222 aaa bbb ccc ddd eee hhh...jjj ttt 交集 打印两个文件的交集,需要删除第一列和第二列: [root@localhost text]# comm aaa.txt bbb.txt -1 -2 bbb ccc 差集 通过删除不需要的列...,可以得到aaa.txt和bbb.txt的差集: aaa.txt的差集: [root@localhost text]# comm aaa.txt bbb.txt -2 -3 aaa ddd eee 111

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    比较copykat和infercnv这两个从单细胞转录组数据推断肿瘤拷贝数变异技术差异

    在 CNS图表复现专辑第二波开启 可以看到前面的降维聚类分群,就是不知道为什么T和B这样的淋巴细胞和髓系都是有轻微混入了,而且它们跟上皮细胞居然在umap上面并不是泾渭分明的。...我们把一个肿瘤单细胞转录组数据进行初步降维聚类分群,并且各个单细胞亚群独立保存成为了seurat对象,接下来就很容易去抽取T和B淋巴细胞对象里面的表达量矩阵作为从单细胞转录组数据推断肿瘤拷贝数的正常二倍体参考细胞...其实我们在教程:CNS图表复现09—上皮细胞可以区分为恶性与否 提到了五千多个上皮细胞里面只有三千七百左右是恶性细胞,但是 copykat 和 infercnv这两个从单细胞转录组数据推断肿瘤拷贝数变异技术差异还没有被探索过

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    四种免费英汉电子词典软件简评

    电子词典是我最常用的软件之一,尤其是屏幕取词功能,我几乎每天都会使用。 下面是我对四种常见的英汉电子词典软件的使用感受。 1. 金山词霸 ? 老牌的词典软件,口碑一向很好,多年来我一直使用。...与完全版本相比,好像只少了《现代英汉词典》和《美国传统辞典(双解)》这两本词典,其他功能都有。我觉得值得推荐。 网址:http://cp.iciba.com/ 2. 有道桌面词典 ?...但是词典资源丰富,据我所知,它好像是现在唯一一个公开词典格式的软件,所以它的扩展性能很好。...功能齐全,提供的词典资源多,几乎没有明显缺点。只可惜不是开源软件,词典格式保密。 网址:http://www.lingoes.cn/ 5. 总结 推荐使用金山词霸和灵格斯。...前者制作精良,后者词典资源多。 (完)

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    中文情感分析 (Sentiment Analysis) 的难点在哪?

    但在中文领域,判断积极和消极已经有不少词典资源,如Hownet,NTUSD但用过这些词典就知道,效果实在是不咋滴(最近还发现了大连理工发布的情感词汇本体库,不过没用过,不好评价)。...中文领域难度在于:词典资源质量不高,不细致。另外缺乏主客观词典。 第二步,就是识别一个句子是积极还是消极,是主观还是客观。 有词典的时候,好办。...分成积极和消极也好办,还是上面那个例子。5颗星的评论一般来说是积极的,1到2颗星的评论一般是消极的,这样就可以不用人工标注,直接进行训练。但主客观就不行了,一般主客观还是需要人来判断。...就可以计算一句话的积极和消极情感值。但我没用过,具体效果不清楚。 到了第三步,情感挖掘就升级到意见挖掘(Opinion Mining)了。 这一步需要从评论中找出产品的属性。...作为句子和篇章级的应用问题,感觉中英文处理不会有本质的区别,不如好好阅读这个领域的两本经典文献,然后再考虑具体的研究问题: 1.

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    生物信息数据分析教程视频——13-3种R包(DESeq2、edgeR和limma)进行RNAseq的差异表达分析与比较

    参考文章: 超详细的DESeq2和edgeR包的基本原理和实战案例 一文就会TCGA数据库基因表达差异分析【过后付费当赞赏】 基于count数据的基因差异表达分析万能代码【和本文代码差不多】 代码:...vn_pcDEG,vn_lncRNA_DEG,file = paste0(opt_deg,"all-DEG-DESeq2-edgeR-limma.Rdata")) ###===========3种方法的差异分析结果比较...:该函数在前面文章【基于count数据的基因差异表达分析万能代码】中有提到,获取方式在最早的差异分析教程文章中获取【一文就会TCGA数据库基因表达差异分析】,现在分享一下这个函数。...size = 4, segment.color = "black", #连接线的颜色,就是名字和点之间的线 show.legend...xlab(expression(log[2]("Fold Change"))) + geom_vline(xintercept = c(-cutFC, cutFC), #加垂直线,在-1和+

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    程序员新手的大麻烦-堆栈

    如下: (图片来自:https://www.merriam-webster.com/dictionary/stack) 英译英的词典上尝试找到英语语种环境下的本源的含义(避免中文翻译过程中对于意思的曲解给中文群体的人带来的困惑...当我中文博客的解释还不能完全说服自己的时候,我又去找了两本数据结构的书和一个《Intel® 64 and IA-32 Architectures Software Developer’s Manual》...紧接着,再去找两本英文原版的数据结构上去看一看,stack究竟是不是数据结构中的栈。 第一本是《DATA STURCTURES and ALGORITHMS in C++》的第4版。...A Practical Introduction to Data Structures and Algorithm Analysis Third Edition (C++ Version)》 从上面两本书对于...在内存中强调的是基于内存的堆栈结构对于内存的使用和分配方式。 在数据结构中描述的数据stack,也就是栈,它是和散列表、队列等常常凑在一起比较的一种的存储数据的方式或者说是设计思路。

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