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ICLR 2022 under review|化学反应感知的分子表征学习

今天给大家介绍一篇关于分子表征学习的文章。分子表征学习(MRL)旨在将分子嵌入到实向量空间中。然而,现有的基于SMILES(简化分子线性输入系统)或GNN(图神经网络)的MRL方法要么以SMILES字符串作为输入,难以编码分子的结构信息,要么过度强调GNN结构的重要性,而忽视了其泛化能力。因此,作者提出使用化学反应来协助学习分子表征,其核心思想在于保持分子在嵌入空间中的化学反应的等价性,即强制让每个化学方程式的反应物嵌入和生成物嵌入的总和相等,该限制在保持嵌入空间的有序性和提高分子嵌入的泛化能力中被证明是有效的。此外,该模型可以使用任何GNN作为分子编码器,与GNN结构无关。实验结果表明,这种方法在各种下游任务中都达到了最佳性能,超过了最佳基线方法。

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