今天和大家分享的是2020年1月发表在Cells（IF：4.366）上的一篇文章，“Computational Detection of Breast Cancer Invasiveness with DNA Methylation Biomarkers ”，作者在3个数据集中筛选了差异甲基化CpG位点，用4种不同的降维方法处理数据后构建分类器，并结合临床特征进行富集分析评估分类器的预测能力，为临床侵袭性乳腺癌的诊断提供帮助。
知乎上有这么一个提问： 如果真的出现了金刚狼、蜘蛛侠这样的“超级英雄”，你觉得这个世界变得更好了，还是更糟糕了？ 有人觉得，如果需要一群自认为正义的“义警”来维护和平，那世界一定法制崩坏，烂透了。 这个问题没有结果，因为现实世界可能永远不会出现超级英雄。然而，网络空间却真的上演了类似情节： 一个名叫 Mirai 的恶意程序席卷了全世界超过100万台设备，对互联网设备肆意发起攻击。最严重时，造成了大半个美国断网事件（2016年10月美国大面积断网事件） 正当所有人对它无能为力，另一个奇特的程序出现了，它同样迅
2023年6月，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在《Cell Research》发表。该研究成果题为 “An invasive zone in human liver cancer identified by Stereo-seq promotes hepatocyte-tumor cell crosstalk, local immunosuppression and tumor progression”，研究团队利用超高精度空间转录组技术（Stereo-seq）精准谱绘了肝癌空间异质性，重点聚焦肿瘤交界区，首次发现横跨肝癌和癌旁组织交界线上两侧各250µm的特殊带状区域（共500µm），突出表现为局部免疫抑制微环境、肿瘤细胞脂肪代谢增强和严重肝细胞损害状态，并将该区域定义为肿瘤侵犯前沿区（Invasive zone），该研究可为探索恶性实体瘤的侵袭转移机制，研发肿瘤治疗新策略提供新的角度和依据。
黑色素瘤的分期通常基于肿瘤的厚度（Breslow 厚度）、是否有溃疡、淋巴结受累情况以及是否有远处转移。分期系统如 AJCC（美国癌症联合委员会）TNM 分期系统，会使用 T（肿瘤大小）、N（淋巴结受累情况）和 M（远处转移）来描述黑色素瘤的进展。
不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，很幸运聚集了五个小伙伴携手共进，我们承诺不间断更新5个月，把我们这两年的学习成果全部掏出来给大家，包括5个栏目：
打开 RTCA software， 可看到三个用户权限 ID，本次实验我们用 administrator 登录，密码为小写的 administrator。user one 和 user two 登录时无需密码。点击确认后，可根据实验需求进行选择适当的 cradle。
APT（Advanced Persistent Threat）是指高级的、持续性的渗透攻击，通常针对具体公司或特殊机构。是黑客以窃取核心资料为目的，针对企业发 动的网络攻击和侵袭行为。其目标是访问企业网络、获取数据，并长期地秘密监视目标计算机系统。
前言：发生转移的第一步是获得局部侵袭能力，需要原发瘤的癌细胞发生许多表型改变。如前所述，本节主要讨论的还是上皮组织来源的肿瘤。为了获得运动和侵袭能力，癌细胞必须丢掉许多上皮细胞的表型，改变表型、脱离上皮层、发生一系列显著的改变，这个过程称为上皮间叶转化(EMT)。今天这一小节主要先来学习两个部分的内容：“EMT的标志物”和“激发EMT的基质信号”
这里分享一篇利用数据挖掘+实验的文章，这篇文章发表在BMC Cancer上，IF为3.28。
Abnormal overexpression of G9a in melanoma cells promotes cancer progression via upregulation of the Notch1 signaling pathwayG9a的过表达经由上调Notch1信号通路介导黑色素瘤恶化
我在我在04-转录组笔记推文任务列表（半年期）里面安排了6个经典综述和10篇转录组应用文献给大家，可惜愿意沉下心了认真苦学的并不多。（https://share.mubu.com/doc/14uneHKvPg）
今天跟大家分享的是2020年2月发表在Aging（IF：5.515）杂志上的一篇文章。在文章中作者通过重新分析癌症基因组图谱TCGA-PAAD（胰腺癌）数据库，发现了一个与转移相关的lncRNA。然后，验证了ENSG00000254041.1的表达情况和预后意义。而后功能检测显示，ENSG00000254041.1增强了PC细胞的增殖、迁移、侵袭和耐药能力。
AG-825 是一种选择性、ATP竞争性，抑制酪氨酸磷酸化的 ErbB2 抑制剂，其 IC50 值为 0.35 μM。AG-825 具有抗癌活性。AG825 能明显加速人中性粒细胞的凋亡。AG-825 是一种潜在的克服锰诱导的神经毒性或阿尔茨海默病 (AD) 发展的药物。
尼古拉斯·纳文（Nicholas Navin）于2003年在斯基德莫尔学院取得细胞生物学学士，随后进入冷泉港实验室和石溪大学进行了研究生培训，师从美国国家科学院院士迈克尔·威格勒 (Michael Wigler)，并于2010年取得分子遗传学博士学位，随后担任冷泉港实验室癌症遗传学博士后研究员。
国自然 国家自然科学基金，自从读了硕士研究生每到大年三十都是眼望着春晚，听着鞭炮声，惦记着锅里的饺子，写着国自然标书~从青年基金到重点项目，从申请书到结题报告~一路走来过年不写两本国自然都觉得像是没看过春晚 大概的教程目录 真的是大概的目录，我只想把写自己写国自然的经验记录下来，都是一些实用技巧。目录大致为：题目、摘要、立项依据~~~~~就是国自然上面需要写啥都会提到主要是因为最近被国自然折磨的没有生信教程更新了所以既然写着国自然，不如就带着大家一起写吧教程适用于：青年项目和面上项目（其他的hold不住）
标书的题目就是科学假说，这个时间如果你的科学假说已经明确，那么不要着急，在不过好年、不看春晚的煎熬中，你肯定能完成一份标书，最重要的就是关注这个公众号，手把手带你写标书哦~~~
按照新零售的经典逻辑，打通线上和线下是其最为关键的部分。正是因为如此，当新零售行业的发展开始进入到深度洗牌阶段的时候，越来越多的玩家开始通过布局线下店的方式来寻找线上和线下打通的可能性。无可否认的是，新零售玩家的这一转型其实是非常正确的。但是，如果仅仅只是为了迎合新零售而去照本宣科，做一些并无任何创新意义的尝试，或许仅仅只是病急乱投医而已。
美国黄石国家公园13日遭洪水侵袭，路桥毁坏，电力中断，游客撤离，公园所有5个入口34年来首次全部关闭。
英文标题：Plasma ctDNA is a tumor tissue surrogate and enables clinical-genomic stratification of metastatic bladder cancer
无论是以阿里、腾讯、京东为代表的头部互联网玩家们，还是以区块链、元宇宙、web3.0为代表的新生物种，几乎都将关注的焦点聚焦在了与实体经济的深度融合上。不断地从这样一种深度融合上找到新的发展突破口，以摆脱「互联网+」式的以规模和效率为主导的发展模式，日渐成为一种潮流和趋势。
今天给大家分享的是一篇发表在Aging(Albany NY) (IF=5.515)上的文章A nomogram combining long non-coding RNA expression profiles and clinical factors predicts survival in patients with bladder cancer，作者通过TCGA数据库筛选出膀胱癌中与预后相关的lncRNA，并基于三个lncRNA建立了可定量预测膀胱癌患者预后的列线图。
「英文标题：Identification of the tumour transition states occurring during EMT」
该技术的出现为肿瘤病人提供了一项选择，而不是必须进行活检。 肾脏等器官上长有肿瘤（尤其是长在不易察觉的肝脏等部位）的病人，他们的检查过程一般是这样：CT--->核磁共振--->活检。因为CT作为医院的初步检查措施，它只能帮助医生粗略判断出是否有肿瘤的存在；而核磁共振可以进一步判断大小；但是根据大小，医生很多时候不能确定其是良性还是恶性的，所以需要通过切取、钳取或者穿刺来取出病变组织，以用于病理学检查。 但是活检会给患者带来非常痛苦的检查体验，并且因其是侵入性的，存在一定的风险性。针对这一问题，西南医疗中心肾
2015年是非常具有代表性的一年，既是对上一阶段我国电子商务发展成绩的一个考核年，同时也是对电子商务行业发展的前瞻年。在此期间，电商线上线下的O2O融合与冲突初露端倪，物流大战爆发后的衍生价值开始显现，价格战开始偃旗息鼓……这意味着电商在格局和模式上会发生转变。下面我们就从用户、业务模式、市场拓展、产品服务、品牌及营销等方面来对2015年电商的十六大趋势做一次总结与预测。
P21 活化蛋白激酶（p21-activated protein kinase, PAK）作为一类保守的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，是 Rho 家族中的小 GTP 酶 CDC42 及 Rac1的效应蛋白，介导其下游信号通路的转导。 PAK4 是 PAKs 中的一员，当 PAK4 表达异常时，细胞发生癌变。Wang C 等研究表明[1]，PAK4 在肺癌、结肠癌、前列腺癌、胰腺癌和乳腺癌细胞中的表达含量远远高于正常细胞，对肿瘤的发生、发展、侵袭和迁移产生重要影响。因此，PAK4 抑制剂的开发是多种肿瘤治疗行之有效的策略之一。
文献精读（多组学联合分析）：Integrative analysis of genomic and epigenomic regulation of the transcriptome in liver cancer
用于将药物精确递送到深部肿瘤中的肿瘤低氧响应性大小可切换纳米系统显示出以高特异性和最小侵入性杀死癌细胞的巨大前景。深圳大学副校长张学记院士、北京科技大学董海峰、杨洲教授合作报道了一种新型的低氧响应性铜金属有机骨架纳米颗粒（Cu-MOF NPs），用于化学动力疗法和声动力疗法（CDT / SDT）。
背景：使用一名乳腺癌的69岁女性患者(oestrogen90%, progesterone<5%,Ki67 60%,HER2 2+ without amplifcation)来源类器官（PDO）临床前模型来研究新辅助化疗和手术前后的肿瘤演变。 方法：从新辅助治疗前（O-PRE）和治疗后（O-POST）处理后收集组织，通过组织学、免疫组化、透射电子显微镜、扫描电子显微镜、共聚焦、流式、实时荧光定量PCR、RNA-seq、scRNA-seq和药物筛选等手段对PDO培养物进行表征。 结果及结论：与O-PRE相比，O-POST的增殖率更高，Ki67增殖指数显著提高，表现出侵袭性。O-POST中HER-2表达降低，EGFR表达增加，PI3K/Akt 信号通路的失调，上皮倾向于管腔成分，上皮-间充质转化细胞类型减少。新辅助治疗后留下对治疗不敏感的管腔表型细胞群。
目前空间多组学技术已用于研究几种类型癌症中肿瘤免疫微环境的转录组、蛋白质组和代谢组，从这些方法获得的数据已与免疫组化和多参数分析相结合，以产生癌症进展的标记物。2022年《Journal of Biomedical Science 》发表了一篇综述文章，回顾了前沿空间组学技术、它们在肿瘤免疫微环境研究中的应用，以及存在的技术挑战。
这篇Cancer Cell几乎是纯测序+生信分析，一般这类文章都会以Resource Article出现，这篇之所以没有，绝大部分原因可能是样本数量极少只有143例。
今天分享一篇2019年发表在EBioMedicine（IF:6.68）上的文章，标题是Identifification of candidate diagnostic and prognostic biomarkers for pancreatic carcinoma（胰腺癌诊断和预后生物标志物的识别）。
2022年，文章Turning cold tumors hot: from molecular mechanisms to clinical applications提出效应免疫细胞布控（effector immune cell deployment，EICD）的概念，是指效应免疫细胞在淋巴结、外周血和肿瘤微环境中的启动、激活、循环、募集、浸润和生存。其中，效应免疫细胞包括适应性免疫的T淋巴细胞和天然免疫的NK淋巴细胞，它们各司其职，联手对肿瘤细胞布下“天罗地网”。
IKBKE是三阴性乳腺癌（TNBC）中的致癌基因，IKBKE小干扰RNA（siRNA）可抑制TNBC细胞的增殖，迁移和侵袭。尽管针对肝脏的siRNA治疗药物最近取得了成功，但将siRNA递送至实体瘤仍然存在巨大挑战。在这里，密苏里大学堪萨斯城分校药学院程坤教授团队报道了一种混合纳米复合物，可将IKBKE siRNA和卡巴他赛共同递送至TNBC，以实现最佳的抗肿瘤作用，并用透明质酸修饰纳米复合物以靶向TNBC细胞上的CD44。
我们都知道单细胞转录组测序的关注点一直是 （1）异质性； （2）发育； （3）新亚型
一则有关“ofo名下已无可执行财产”的消息再次将我们关注的焦点拉回到了共享单车这个曾经带给我们无限遐想的行业。作为移动互联网后半段出现的物种，共享单车曾经是资本追捧的对象，各大共享单车平台贴身肉搏的乱象让我们再次见识了千团大战的盛况。
翻译是科研狗日常最常做的工作，中译英写文章，英译中看文献，可以说是无处不在。目前大家常用的是百度翻译，或者谷歌翻译，尤其是谷歌翻译一度被封神，但各位一定不能迷信，它毕竟只是直译，不会给你纠错，不会考虑语境，更不会给你联想。
利用 Gateway API 作为你可信赖的盾牌,保护你的 Kubernetes 王国。
MicroRNA (miRNA) 是什么？“micro”“mi”是微小的意思，顾名思义，miRNA 就是小的非编码 RNA，长度约 23 个核苷酸 (nt)，它在转录后的基因调控中发挥关键作用，包括疾病的发生、细胞分化与组织发育，细胞凋亡等等。
「英文标题：」 Precancerous neoplastic cells can move through the pancreatic ductal system
胃癌(GC)虽然根治性切除和全身化疗已经有了很大的改善，但由于恶性增殖和转移，其预后仍然很差。因此，迫切需要阐明胃癌进展的潜在分子机制，这将有助于靶向治疗的发展。M6A甲基化是真核mRNAs中最普遍的修饰之一。之前的研究报道，m6A修饰的作用包括调节mRNA的稳定性、剪接和翻译。甲基转移酶3(METTL3)是一种催化酶，能促进mRNAs的m6A修饰。今天笔者带来一篇文章详细研究了METTL3介导BATF2的m6A修饰影响胃癌进展。这篇文章发表于2020年7月发表在Molecular Cancer（IF=15.3）上，文章研究思路清晰，实验结果交叉验证，细致又严谨，对于梳理肿瘤和m6A思路是一篇非常好的研究。
小站VIP群里有中标标书的摘要，不过大家使用的并不全面站长挑选几个研究热点的摘要，本期的主题是LncRNA与其他热点的交叉，因为用lncRNA作为单点创新已经没有那么充分了。 LncRNA+ lncRNA+自噬-1* LncRNA异常表达与胃癌发生发展密切相关，但确切机制亟待阐明。前期研究发现lncRNA Hxxxxx在胃癌组织中高表达，表达水平与胃癌分期、肿瘤大小呈正相关；在胃癌细胞株中沉默Hxxxxx，细胞增殖和迁移能力明显抑制，自噬负调控信号mTOR下调、自噬相关基因ATGxx、ATxxxB上调，自
几个月前的NGS创新者大会在杭州碰到了联川生物的沈总,说非常希望可以跟我们单细胞天地合作共同推广单细胞技术,就有了这个系列.
近期，项目开发任务驱使我需要深入了解NAT网关的核心特性。为此，我搜集了一些网络上的NAT技术干货，并计划通过本公众号逐步推送翻译内容。若对此话题抱有浓厚兴趣，欢迎持续关注我们。当然，读者也可以直接拉至文末，点击“阅读原文”。
直到从树上摘下装着美林（小儿退烧药）的塑料袋，李先生的手还在抖。 一小瓶药，此刻在他手上却重逾千斤。 不满两岁的女儿体温已经升到了38.5度。在这之前，他已经跑遍了周边十几家药店，试过了能找到的所有电商平台，仍然一无所获，直到他在朋友圈发现了这个小程序——“新冠防护药物公益互助”。 抱着试试看的心态，他在小程序上写下需求，没想到短短几分钟就收到了回复。为了减少接触，好心人把药挂在了碰面地点的一棵树上，他甚至没办法当面表达感谢。 给女儿喂完药，他兴奋地对着药瓶拍了一张照发朋友圈：“是真的！真的有药！” 有
上篇介绍高通量测序后的实验验证手段的帖子中，小编主要介绍了表达量验证、RNA结合蛋白、亚细胞定位。
2017年4月，UP2017腾讯互动娱乐年度发布会在京举办，公布了31款新品游戏的发布计划，其中手游19款，占60%之多，可见手游市场中成熟品类的上升空间仍未见顶，优质手游将进一步拓展市场容量，精品化已成不可逆趋势。 Up2017腾讯互动娱乐年度发布会上发布的19款手游新品 （部分） 为了和整个精品化战略同步，腾讯游戏内部在2017年升级了手游质量标准和发布流程。作为腾讯自研游戏品质保障“连接器”的腾讯WeTest测试平台，为了更好地帮助手游开发者理解腾讯游戏如何在实战中进行品质管理和提升，于近日出品《
继平台跑路、P2P爆雷的风潮之后，互联网金融行业的发展开始陷入沉寂。曾经带给我们无限想象，并且风生水起的行业开始进入到前所未有的寒冬期，从当初的万千宠爱到现在的谈之色变，互联网金融所经历的或许只有身处其中的人们才会真正知道。无论如何，互联网金融的发展进入到调整期已经是一个不争的事实，如何找到新的破局方式，从而让互联网金融的发展真正步入到安全、理性的发展期或许是所有互联网金融的参与者们都在思考重要课题。
早期诊断有利于肺癌患者生存率的提高，但大多数患者是在转移后诊断的。尽管可利用细胞游离 DNA (cfDNA) 对肺癌患者进行早期诊断，但目前其检测早期肺癌的敏感性并不令人满意。
MicroRNA（miRNA；miR）与肿瘤的发生、发展密切相关，在多种肿瘤中异常表达。控制癌症相关miRNAs的表达有望成为新一代药物模式，用于晚期癌症的治疗。
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