当然也把TCGA来自肿瘤组织的miRNA数据下载和整理了一下。在做分析的同时发现这方面没有非常系统的数据库，已有的数据库/网页工具提供的分析和可视化功能也比较有限，于是就有了自己开发一个数据库的想法。...另外，CancerMIRNome数据库中收集的所有数据 (miRNA表达数据和样本表型数据) 都以ExpressionSet的形式存储在.RDS文件中，用户可以非常方便的下载这些数据并在R中读取用于更个性化的分析...关于Shiny app开发 是否要选择使用Shiny开发数据库/网页工具 我自己只会用Shiny，看到其他人用更“高端”的工具开发数据库也会着实羡慕一下。尤其是UI，简直太好看了。...另外有很多针对advanced Shiny app开发的R包可以直接拿来学习和使用。...表格-DT 绘图-基本图形 绘图-ggplot2 绘图-交互图plotly 绘图-交互图echarts 用户上传数据 用户下载数据-图表 用户下载数据-程序产生的文件 网页表格收集数据 调试-控制台
shiny introduction Shiny 是一个可以从R中方便地构建交互式的WEB应用的R包 作为一个实例展示， Shiny 中内置了一些例子，我们可以通过运行 runExample() 来探索...使用fluidPage函数来创建一个自动适应用户浏览器窗口的展示界面，通过将一些元素放到这个函数里面来对APP的UI进行布局 最流行的两个元素为titlePanel和sidebarLayout sidebarLayout...image-20201107234150921 Use reactive expressions 当shiny需要进行耗时的运算或者数据下载时可以通过响应式的表达式来减少不必要的重复计算 下面是一个展示股票走势的例子...R基础 网页 R脚本 Shiny提供了3个函数来使用网络上公开的shiny app: runUrl runGitHub runGist runUrl runUrl可以直接下载并启动shiny app，需要提供...>")来进行运行 runGitHub 可以在github上建一个仓库存放我们的shiny app文件(app.R和其他的附属文件) 通过运行runGitHub( "<your repository name
，任坤大神开发了formattable包来实现这样的特性，它能够使数据框中的单元格显示更多的比较信息： install.packages("formattable") 下面使用看看： library(formattable...下面说说如何嵌入图。 一般的图非常简单，和平常写R代码一样，不过不在.R中写，而是在.Rmd中写，将你的代码写入如下的代码框中，使用Control+Alt+i可以直接插入一个代码框。...这个包的语法有点像ggplot2，最好配合管道符号使用。 还有一个扩展包dygraphs专门用于绘制交互功能的时间序列数据。...一个shiny应用程序基本由两个重要部分组成：一个是Web浏览器交互的HTTP服务器，另一个是HTTP服务器交互的R会话。...下面我们写一个最小的shiny应用程序，写一个R脚本定义它的用户界面和服务器逻辑，用户界面是一个boostrapPage，它包含一个numericInput用于接收一个整数表示样本容量，一个textOutput
前言 shiny官网(https://shiny.rstudio.com/) 在R for data science这本书中，作者提出数据分析的一个流程，在数据转换、可视化以及建模之后，来到数据分析的新阶段...R for data science 有不少文章在发表的最后也会附上数据探索的一个Shiny程序，方便读者再利用文章的数据。...特别是，当实验室有好几个师弟师妹，研究不同的通路一会画一个小提琴图一会画一个tsne图，为什么不给你们实验室写一个Shiny！ 其实，并不难。...image 根据自己的喜好，我选择的是Multiple File（ui.R/server.R），主要是给人一种前端和后端分开的感觉，其实app.R也是一样的通过两个函数来分别控制，我起的名字是seuratreport...其实我们可以把他写更符合我们的需求，界面不仅可以展示图片，还是显示图表。其实在降维图那里我的本意是要写一个可以更改每个cluster名称的功能，这个留作课后作业吧·^_^·.
上面是shiny团队的稿件 l5-更复杂的反应app 创建一个更复杂的依赖R脚本和额外数据的有灵魂的（能反应的）app 使用R脚本和数据 此篇旨在展示如何载入数据，R脚本，包，用来构建app。...构建一个复杂的数据，可视化美国的人口普查数据 看起来像下图 counties.rds counties.rds是一个包含美国每个县人口统计数据的数据集，使用R包UScensus2010收集，也可从这下载...helpers.R是一个帮助你使用地区分布图的R脚本，就像上面的图。...地区分布图使用颜色展示变量的地区差异 此例中，helpers.R 将会创建一个percent_map ，一个设计用于匹配counties.rds数据的函数，下载 脚本将会使用maps和mapproj包，...第一次启动应用，Shiny会运行整个脚本，R会处理server函数 shiny会保存server函数直到下一个用户到达，每次新用户到来都会从新运行server函数。
现在我们将内容转向对于 Shiny 服务端的讨论，它会让我们在运行时中使用R代码让用户界面栩栩如生。 在 Shiny 中，我们使用响应式编程表达服务逻辑。...为了达到这样的目的，Shiny 每次启动一个新的会话，都会调用一次 server() 函数。就像其他任何 R 函数一样，每当 server 函数被调用时，它都会创建一个新的独立局部环境。...input 参数 input 参数它是一个列表结构的对象，它包含了从浏览器发来的所有输入数据，根据数据的 input ID 进行命名。...不过，有时候动态地修改界面显示是有必要地，之后我们会介绍通过像 updateNumericInput() 这样的函数来进行更新。 关于 input 有另外一个重要的事情：允许读取它是有选择性的。...render 函数做了两项工作： 它建立了一个特殊的响应式语境用于自动捕获（追踪）输出使用的输入 它将 R 代码的输出转换为了 HTML 内容用于网页展示 像 input 一样，output 对使用方式也很挑剔
前端中每一个输出控件函数对与后端的一个 render 函数对应。Shiny 中有 3 类输出控件，对应你报告中经常会使用到的文本、表格和图形。...renderPrint() 显示代码打印的文本。 为了帮助读者理解它们的区别，我们看下下面这个函数。该函数打印 a 和 b，并返回 "c"。R 中一个函数能够打印很多的东西，但只能返回单个值。...中有两个办法以表格的形式展示数据框。...图 任何类型的 R 图（基础、ggplot2 或其他）读者都可以使用 plotOutput() 和 renderPlot()： ui <- fluidPage( plotOutput("plot",...下载 读者可以使用 downloadButton() 或 downloadlink() 创建下载功能，但它们需要后端新的技术支撑，后面我们再进行学习。
换句话说，使用shiny包能让你的数据分析结果“表达能力”更强。...例1 第一个小例子首先让大家体验一下shiny包的功能，是关于数据集iris的k-means聚类结果展示。...大家需要拿到后台代码才能在本地运行本例，没有安装shiny包的同学需要先安装并载入shiny包 代码文件保存在文件夹kmeans下的app.R中，在R中运行（*此时R中的路径应在app.R的上一级，即和文件夹...图6和图7分别展示了在ui和server function中常用的函数和它们对应的显示结果。 图6，在ui端添加R object的函数列表。 ?...shiny包借鉴了很多编写网页的思想和方法，从而实现了网页应用和R语言的“双剑合璧”，同时它也能和Markdown包、CSS、JavaScript等方法联合使用，是一种非常优秀的数据可视化方法，希望能成为大家日后数据可视化的新工具
一、简介 shiny是R中专门用于开发轻量级web应用的框架，在本地写一个shiny应用并调用非常方便，但如果你希望你的shiny应用能够以远程的方式提供给更多人来使用，就需要将写好的shiny应用部署到服务器上...这里输入的账户和密码与服务器登录账户与密码一致，这里不得不吐槽一下Rstudio Server的傻逼设定，这里登入的账户和密码不能已获取超级用户权限，没关系，我们新建一个没有超级用户权限的用户： sudo...这时可以发现右侧下方的应用没有正常显示，但这里并没有明确显示具体的报错信息，为了在shiny应用出错时能显示具体的错误信息，我们需要修改shiny server的配置文件，执行下列命令打开shiny server...这时可以看到对应的应用都已正常显示，而这两个应用所在的路径在shiny server的配置文件中有说明： ? ...打开对应路径可以看到hello和rmd两个文件夹，每个文件夹代表一个应用，其内部拥有标准的shiny应用的ui.R和server.R，有时也会有global.R来辅助程序运行： ?
我们生信技能树已经有多位大神发表了自己的网页工具，其中基于R语言的shiny框架是比较适合初学者的，而且手把手的教程不少： 把你的shiny网页工具部署在云服务器 手把手教你使用shiny创建一个网页工具...（基于Windows） Shiny app开发， AWS上部署Shiny app，绑定域名 尤为重要的是随着单细胞转录组的流行，它附带的大量数据的探索和展示也开始需要独立的网页工具，也就是说一篇单细胞文章就得开发一个网页工具...但是R语言的shiny框架能让你在起步的时候突破网页工具的开发技术限制，简单的几句R代码，一个活灵活现的网页工具就出现在你眼前。...-ggplot2 绘图-交互图plotly 绘图-交互图echarts 用户上传数据 用户下载数据-图表 用户下载数据-程序产生的文件 网页表格收集数据 调试-控制台 调试-shinyjs-runcodeUI...R包，它允许用户创建交互式的Shiny APP来 可视化单细胞数据:https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab209 ?
p4：分享 Shiny 将所有脚本和材料保存到一个目录，目录下代码通常以以下 2 种方式之一存储： app.R ui.R & server.R ? ? ?...p10：使用 reactive 表达式模块化 Shiny 回顾上一部分的学习中，当多处使用同一随机数据时，不同地方的数据将变得不一致。...p11：使用 isolate() 隔离响应表达式 如何在不更新图的情况下更新标题呢？这就需要使用 isolate() 了。 isolate() 创建一个非响应对象（看作 R 常规值）。...（注意这里虽然图更新了，但绘图数据并没有更新） ?...p13：使用 eventReactive() 进行延迟响应 除了直接使用 observeEvent() 响应按键的更新，我们还可以使用 eventReactive() 依据按键创建一个响应值，然后复用这个响应值对结果进行更新
library(shiny) library(vroom) library(tidyverse) 数据 我们将探索美国国家电子伤害监视系统（NEISS）的数据，它由 由消费品安全委员会收集。...该应用程序的第一个问题是它在表格中显示了很多信息，我们可能只需要突出显示。要解决此问题，我们首先需要弄清楚如何截断表。...我选择结合使用 forcats 函数来执行此操作：我将变量转换为因子，按级别的频率排序，然后将前 5 个级别之后的所有级别汇总在一起。...比率 vs 计数 到目前为止，我们仅显示一个图，但我们希望为用户提供可视化的受伤人数或人口标准化率之间的选择。首先，我们向 UI 添加控件。...在之前 R 代码中，我们一次采样了多个叙述，但没有理由在可以进行交互式浏览的应用中进行该操作。 解决方案分为两部分。首先，我们在 UI 底部添加一个新行。
shiny 学习3 概述 正文 使用R脚本和带入数据 数据集：counties.rds是美国每个县的人口统计数据集，由UScensus2010 收集。...需要另外下载 https://shiny.rstudio.com/tutorial/written-tutorial/lesson5/census-app/data/counties.rds 下载后是一个...rds文件，需要在之前介绍的app文件夹中建立data文件，然后将数据集移动到data中 脚本：help.R: https://shiny.rstudio.com/tutorial/written-tutorial...# 各县的数据绘制成地形图。...# 接下来使用shiny控件 library(shiny) ui <- fluidPage( titlePanel("censusVis"), sidebarLayout( sidebarPanel
在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...tibble：高效的显示表格数据的结构 stringr：一个字符串处理工具集 lubridate：用于处理日期时间数据 xts：xts是对时间序列数据(zoo)的一种扩展实现，提供了时间序列的操作接口...data.table：用于快速处理大数据集 vtreat：一个对预测模型进行变量预处理的工具 stringi：一个快速字符串处理工具 Matrix：著名的稀疏矩阵包 统计建模与推断 下述R包是统计建模最常用的几个...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...：提供了一个执行非负矩阵分解的算法和框架 crayon：用于在输出终端添加颜色 RJSONIO：rjson是一个R语言与json进行转的包，是一个非常简单的包，支持用 C类库转型和R语言本身转型两种方式
；•以干净和用户友好的方法来捕获和报告错误；•问题和表格数据采用 R 列表格式；•支持的问题类型：文本，数字，复选框；•能够多次提交同一表单（在表单信息列表中使用 multiple = FALSE 参数以禁止多次提交...validations 参数）；•可选加入“重置”按钮，用于重置表单中的字段（在表单信息列表中使用 reset = TRUE 参数）；•问题可包含提示文本，显示在标题下方（在问题列表中使用 hint...再举一个例子 此示例与上一个示例相似，但进一步说明了其他的一些功能。它显示了如何在一个应用程序中插入两个表格，以及如何使用管理员查看功能。...第一个表格使用了 password 参数，这意味着如果在 URL 中添加 ?admin=1，即可查看所有收集结果。 ? ?...如何将收集结果保存至 Google Sheets 在此示例中，我们将首先创建一个新的 Google 表格文档。
星巴克的杯子那么多，最受欢迎的究竟是哪一个？来自纽约数据科学院的Amy使用网络抓取了星巴克的3698款马克杯，通过数据可视化和K-means聚类算法，对全世界的星巴克爱好者们进行研究。...所以我想使用网络抓取，数据可视化和K-means聚类算法（非监督学习算法），对全世界的星巴克爱好者们进行研究。...▍马克杯的可视化分析 数据清理是很有必要的一个步骤，可以让我们得到更真实更准确的数据。 由于Fredorange在注册帐户时没有城市和国家/地区的选项，而是需要用户手动进行输入。...Shiny App的最后两个选项卡，我选择了四个版本和六个国家/地区来进行研究。大家可以仅选择版本或感兴趣的国家来可视化每个杯子的供应和需求。将鼠标悬停在每个数据点上，即可查看杯子的详细信息。...文中使用了python的BeautifulSoup、pandas包，以及R的shiny、dplyr、plotly、countrycode包。
该文章调研了不同计算机编程语言在生物学网络应用程序构建中的应用，总结了基于R/Shiny构建生物学网络应用程序的最新进展，介绍了使用R/Shiny构建生物学网络应用程序的基本框架和流程，总结了使用R/Shiny...随着高通量测序等技术的快速发展，产生了海量的生物学数据。如何准确、方便、省时地进行数据挖掘，对没有生物信息学基础的科研工作者提出了挑战。...2012年，RStudio公司开发了Shiny程序包，为使用R快速构建网络应用程序提供了一个强大的框架。...ui.R收集用户在网页前端输入的信息后，传递给server.R进行处理，处理后的结果通过ui.R输出到网页前端，实现了网页应用与数据处理的无缝衔接。...R/Shiny可用于快速搭建动态网络应用程序进行数据分析和可视化，将极大促进交互式网络应用程序在生物数据分析领域中的应用。
前情：「R」Shiny：响应式编程（一）server 函数 一个网页应用仅有输入控件或输出控件无疑是枯燥的。Shiny 真正的魔法在于它同时包含两者。...这是我们在 Shiny 中使用的编程方式。 惰性 Shiny 中声明式编程的一个优点是它允许应用非常的懒惰。Shiny 应用会尽量做最小的工作以完成对结果控件所需的更新。然而惰性也带来了重要的问题。...在大多数 R 代码中，你可以通过从头到尾阅读代码搞懂程序执行的顺序。然而这在 Shiny 中是没有用的，因为 Shiny 按需运行。...对于每一个输入和输出控件，响应图都有对应的符号，当一个输出控件需要访问输入控件的数据时，我们就将它们连接起来。这个图告诉我们当 name 改变时，greeting 需要重新进行计算。...我们可以使用 reactlog 包绘制响应图。 ?
在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...tibble：高效的显示表格数据的结构 stringr：一个字符串处理工具集 lubridate：用于处理日期时间数据 xts：xts是对时间序列数据(zoo)的一种扩展实现，提供了时间序列的操作接口。...data.table：用于快速处理大数据集 vtreat：一个对预测模型进行变量预处理的工具 stringi：一个快速字符串处理工具 Matrix：著名的稀疏矩阵包 统计建模与推断 下述R包是统计建模最常用的几个...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...crayon：用于在输出终端添加颜色 RJSONIO：rjson是一个R语言与json进行转的包，是一个非常简单的包，支持用 C类库转型和R语言本身转型两种方式。
在我们知道如何创建一系列输入和输出控件之后，我们需要学会如何在一个页面中对它们进行排列，以达到比较好的展示效果。这正是布局函数的工作，布局函数提供了一个应用高层次的可视化结构。...带侧边栏的页面 结合 sidebarLayout() 和 titlePanel()、sidebarPanel() 和 mainPanel()，我们可以轻易创建一个 2 列布局的页面，左侧显示输入，右侧显示输出...带侧边栏 Shiny 应用的基本布局 下面是一个使用布局函数的简单实例，它用于演示中心极限定理。...技术实现 可能会有读者惊讶我们上面使用了一个 R 函数 theme_demo() 来创建 Shiny 的 UI。...这样可行的原因是Shiny 代码本质上就是 R 代码，读者可以使用 R 中已知的任何工具增强效率、减少重复。请谨记三的原则：当你拷贝和粘贴代码超过 3 次，就应该考虑编写一个函数或者 for 循环。
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