start.degree = 165, start.degree = 0, gap.after=c(2,2,2,200)) 绘制热图...", legend_width = unit(8,"cm")) draw(lgd,x = unit(0.5,"npc"),y = unit(0.95,"npc")) ❝此图只是叠加了两层注释信息
❝本节来复现「nmicrobiol」上的一张图，此图有些小细节因此适用于「ggtree」绘制不需要其它扩展包；下面小编就通过一个详细的案例介绍如何绘制此图； 参考文档 ❝https://yulab-smu.top...ggtree(tree, layout="circular")+ geom_tiplab(size=2,align=T,linesize=0,color="black",offset =0.4) 导入热图数据...df % column_to_rownames(var="label") 绘制heatmap 此处使用「color=NULL」来取消热图边框颜色...,offset设置热图与进化树直接的距离 p1 % select(1),offset=0.6,width=.1, colnames_offset_y
CIRCpedia是一个综合性的环状RNA数据库，采用CIRCexplorer软件分析了来自6个物种约180多个样本的转录组数据，识别到了262782个环状RNA,网址如下 http://www.picb.ac.cn.../rnomics/circpedia/ 各个物种环状RNA的数据量汇总如下 ?...可以看到，绝大部分还是人和小鼠的环状RNA,对于这两个物种的环状RNA,提供了保守性分析的结果。通过官网的4大功能，我们可以方便的探究不同物种的环状RNA数据，分析在不同组织和样本中的表达量信息。...Download 可以方便的下载数据库中的信息，示意如下 ? 4. Tool 可以用热图或者散点图的形式展现环状RNA在不同组织或者细胞系中的表达量，示意如下 ?...通过该数据库的在线工具，可以方便的探究不同物种的环状RNA和不同细胞系中环状RNA的表达量。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
============= 任务描述： 绘制双层环状图。 技术要点： 绘制饼状图，指定半径和宽度。 运行效果： 参考代码：
circBase是一个环状RNA的数据库,收录了人类,小鼠等多个物种的环状RNA信息，采用了find_circ软件来预测去核糖体文库中的环状RNA,该数据库的 网址如下 http://www.circbase.org.../ 在该数据库中,环状RNA的ID以物种的三字母缩写开头，比如hsa_circ_0018046,记录了circRNA的头尾在染色体上的为位置，来源基因，序列等信息。...通过以下3种方式可以检索该数据库 1. 直接检索 在主页的检索框中，可以根据环状RNA的ID, 来源基因的名称，转录本名称等多种方式进行检索 ? 检索结果示意如下 ?...通过blat按钮,可以输入fasta格式的查询序列，然后和数据库中的circRNA序列进行比较，示意如下 ? 查询结果如下所示 ?...该数据库是免费下载的，可以下载物种对应的环状RNA的列表，也可以下载对应的序列，同时还提供了find_circ软件的源代码，可以用于分析自己的测序数据中的circRNA。
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友需要绘制环状热图叠加多层注释，本节来通过一个例子来简单介绍一下如何实现，主要通过「ggtreeExtra」来实现，聚类分析使用「ape」包来进行更加适用于生物信息相关的数据
❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...❞ 「sina图的主要优点是它可以清楚地显示每个数据点，而不是简单地显示数据的总体分布。这使得sina图特别适用于小样本大小的数据集，其中每个数据点的值都很重要。」...数据可视化 df %>% ggplot(aes(x=mth, y=gas_in_storage_t_wh,group=mth)) + # 使用ggforce包中的geom_sina函数绘制sina图
LeafcircBase收录了以下5种植物模式生物的环状RNA信息 Arabidopsis thaliana Glycine max Oryza sativa Triticum aestivum Zea...mays 采用以下两款软件来预测环状RNA find_circ circRNA_finder 通过官网的Browse菜单，可以浏览不同物种对应的环状RNA数据 ?...点击来源基因的名称，可以跳转到对应的数据库。点击右上角的Download按钮，可以下载所有结果，点击Datails可以查看环状RNA的详细信息，示意如下 ? 可以看到对应的软件。...如果在其他物种中存在同源，还会列出同源环状RNA的信息，示意如下 ? 通过该数据库，不仅可以查看植物中环状RNA的信息，还可以查看在不同物种间的同源性。...该数据库中的结果是可以下载的，在下载的excel文件中，还可以看到每个环状RNA对应的样本在SRA数据库中的编号。
circNet是一个环状RNA的数据库，不仅收录了cirRNA的基本信息，还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络，网址如下 http://...从SRA数据库中收集了来自26个不同组织，共464个样本的RNA_seq数据，利用find_circ软件预测其中的环状RNA,共预测到212950个环状RNA,和circBase数据库相比，其中有53687...软件预测环状RNA只会给出连接点在基因组上的位置，意味着我们只能确定环状RNA的头尾，无法直接确定中间的序列信息，为此，该数据库根据下图所示策略去注释环状RNA的序列信息 ?...图A表示对于头尾都对应exon的环状RNA,在注释序列时，将所有eoxn的组合情况都列出，作为circRNA的多个isoform;图B表示对于剪切位点在内含子上的环状RNA,注释其序列时将exon两侧的...intron序列也包含进去；图C表示环状RNA头尾位于已知基因的反义链时，直接根据头尾的染色体位置截取序列最终该环状RNA的序列；图D表示对于头尾在基因间区的环状RNA,和图C同样的做法，直接根据头尾的染色体位置截取序列最终该环状
circBank对circBase数据库中人类的环状RNA数据加以整理,根据序列信息进行了蛋白编码潜能,miRNA相互作用预测分析,并将所有结果整理成了在线数据库,方便检索和浏览,网址如下 http:/.../www.circbank.cn/ circBank制定了一套系统的circRNA命名方式,以hsa_circ加上来源基因的名字区分不同来源基因对应的环状RNA,对于来源基因相同的多个环状RNA,以数字编号的后缀加以区分...点击环状RNA的id,可以查看相关详细信息 1. 基本信息 ? 2. 在小鼠中对应的保守circRNA ? 3. 蛋白编码潜能 采用CPAT和IRESfinder两款软件进行预测,结果示意如下 ?...突变信息 提供了COSMIC数据库中相关的突变位点信息 ? 5. m6A修饰信息 ?...该数据库中的信息是免费下载的,其分析环状RNA蛋白编码潜能, miRNA互作的方法值得借鉴,另外将环状RNA与SNP, RNA修饰联系起来的思路,也为环状RNA研究提供了一个新的视角。
plantcircBase是一个植物环状RNA的数据库，网址如下 http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/index.php 该数据库包含了以下13个物种的环状RNA信息...RNA，利用物种对应的RNA_seq数据，采用了多款生物信息学软件进行预测，以拟南芥为例，每款软件预测的环状RNA数量如下 ?...通过导航栏的Browse菜单，可以浏览不同物种环状RNA的记录，示意如下 ? 拟南芥共收录了4916个环状RNA,结果示意如下 ? 点击环状RNA的name,可以查看详细信息，示意如下 ?...通过导航栏的Visualize菜单，可以通过可视化的方式查看环状RNA的结构，示意如下 ?...除了染色体位置，来源基因，序列等基本信息外，该数据库还提供了circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络信息，通过菜单栏的Network菜单，可以查看特定环状RNA的调控网络，结果示意如下
前言 ECharts 是一个使用 JavaScript 实现的开源可视化库，涵盖各行业图表，满足各种需求。...下载地址https://cdn.staticfile.org/echarts/4.7.0/echarts.min.js 开发环境下可以使用源代码版本 echarts.js 并用 标签引入...生成环形饼图 首先定义options作为环状图的参数,options.series:系列数据列表列表。...，基础饼状图只需写一个半径，环状图写2个半径 data： 饼图数据数组 环状图 <!
❝本节来介绍如何只使用「geom_segment」函数来绘制环状华夫图，这个名称也许更符合示例图表，「数据代码已经上传VIP群，请自行下载」 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library...element_rect(fill = "white", colour = "white", size = 3)) ❝本节介绍到此结束，很简单的一个案例，如果数据量较大绘制成传统图形不方便对其进行展示，那么环状化展示也是一种不错的选择
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何使用「ggplot2」来绘制环状堆砌条形图，下面小编就通过一个案例来进行展示数据为随意构建无实际意义仅作图形展示用，希望各位观众老爷能够喜欢。
❝「今天VIP群里有观众老爷询问如何绘制环状堆砌条形图」例图如下所示，既然观众老爷们有需求，那小编就来简单写篇文档进行介绍；下面来看具体案例「数据代码已经上传VIP群，请自行下载」 ❞ 例图 图形解读...❝可以看到就是一张普通的堆砌条形图只不过改为了圆形展示，通过图形我们可以看到数据分为两组，并且每一个样本数值有正负之分，因此与常见的条形图绘制方法无二，只是在于构建极坐标并合理的添加文本；由于小编手里没有合适的数据因此使用...R内置数据集来进行展示，下面来看具体细节 ❞ 加载R包 library(tidyverse) 构建数据 ❝由于例图有正负之分，「mtcars」数据集没有，因此我们人为构建一份数据 ❞ data1 <-
❝本节来介绍如何使用「ggplot2结合ggflags」来给环状条形图添加地理图标注释，下面小编通过一个案例来进行展示，图形仅供展示用，希望各位观众老爷能够喜欢。。...Wheelchair Men" = "#c9cba3", "Women" = "#ee2e31", "Wheelchair Women" = "#f4c095") 构建极坐标柱状图
之前我们已经讲过很多条形图啦，但是今天我们再来讲一种条形图——环状条形图（Circular barplot）。当厌倦普通的条形图的时候或者空间有限但是要展示较多样本的时候，都可以考虑使用环状条形图。...什么是环状条形图（Circular barplot） 条形图是科研中常用的图，但是有时候可能你会觉得普通的条形图过于平平无奇。...还有些时候展示的空间有限，数据却很庞大，这时再用普通的条形图可能就不利于展示信息了。那么要怎么办呢？不如考虑一下使用环状条形图。我们先来看几个关于环状条形图的例子。...森林覆盖率与人口密度 通过上面两个例子可以发现环状条形图是一种明明很简单，但是却让你眼前一亮，觉得好像很华丽的数据展现方式。那么要如何作图呢？...如何作环状条形图 1）需要什么样的数据 我们这次使用的数据以及代码来源Azandis的博客[1]。我根据最终的图片，整理了所需要的数据。
环状RNA具有重要的转录调控功能，越来越多的研究表明，环状RNA在许多疾病的发生与发展中扮演重要角色，circad是一个疾病相关的环状RNA数据库，网址如下 http://clingen.igib.res.in.../circad/ 该数据库中，共收录了122种疾病和相关的1000个环状RNA,包含了618个基因，是目前最为全面的疾病相关的环状RNA数据库。...第一列是环状RNA的名字，第二列是别名，第三列是环状RNA来源基因的名字，第四列为环状RNA的基因组位置，第五列为物种，第六列为疾病对应的ICD-10编码，第七列为疾病的名称。...点击环状RNA的名字，可以查看详细信息，结果示意如下 ? 会给出对应的检测方法，参考文献，以及在患病者中的表达趋势。 目前数据库对应的文献还没有正式发表，发表之后这数据库就会公开下载链接。
前言 Python中常用来表示百分比的绘图形式就是饼图，使用matplotlib中的plt.pie即可完成。 这种绘图过于单一，由其在默认配色下显得不够美观。...由此想到了对饼图进行改造，形成更加美观的环状图。其关键要点就是在原来饼图的基础上画一个半径更小的白底同心圆。 可以使用plt.Circle((0,0),0.70,fc='white')类似方法。...为了更贴近实际使用，本篇文章获取相关台风数据进行简单的统计分析，并使用环状图进行可视化展示。
circ2Traits是一个环状RNA相关的疾病或者特殊性状的数据库，通过分析环状RNA与那些疾病相关的miRNA的相互作用，从而在环状RNA和疾病之间建立起关联。...同时为了进一步分析环状RNA在疾病中的调控路径，还构建了circRNA的ceRNA调控网络。...该数据库的网址如下 http://gyanxet-beta.com/circdb/ 数据库的构建需要依赖以下4种信息，对应的来源描述如下 从miR2disease数据库得到疾病相关的miRNA信息 从Memzcak...等人的研究中得到环状RNA与miRNA的相互作用关系 从starBase数据库得到miRNA-mRNA的相互作用信息 从miRCode数据库得到miRNA和lncRNA的相互作用信息 目前官网只提供了数据下载的功能...通过该数据库，可以得到疾病相关的环状RNA信息，同时其分析疾病相关的环状RNA的思路和将circRNA,ceRNA，SNP信息整合的策略都值得借鉴。
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