十一、安装 samtools 软件 十二、打开 后缀为 BAM 的文件，找到产生该文件的命令。...十四题、上面的后缀为 BAM 的文件的第二列，只有 0 和 16 两个数字，用 cut/sort/uniq等命令统计它们的个数。...十八题、下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/tmp/hg38.tss 文件，去NCBI找到 TP53/BRCA1等自己感兴趣的基因对应的 refseq数据库 ID，然后找到它们的...二十题、解析 hg38.tss 文件，统计 NM和 NR开头的熟练，了解 NM和 NR开头的含义。...又被某些变态举报了我们诱导粉丝点击广告，这次实在是太意外了，感觉总是有刁民要害朕，唉，本来准备再骂一番，想了想，作为生信界第一大号，不能丢了风度，反正一天的广告费才几十块钱。（你相信吗？）
长期更新列表： 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频...不知不觉就第5讲了，本次视频没有干货，只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的，没啥事就不用看了，反正你需要安装一些软件就可以了。...本期视频，http://v.qq.com/x/page/j066458x9yp.html ?...生信软件安装及使用 (官网，例子，conda) 多版本软件发布：NCBI的 blast以及sratoolkit 等等 二进制软件(预编译版本)：下载即可使用 C源码软件：官网，readme，安装，解决配置文件及报错...系统软件中心：ubuntu的用apt-get，centos的用yum，macOS的App Store或者brew 成熟的软件管理中心：conda 保证一个纯粹的新手，生物学的本科生，经过3个小时的折腾
SRA数据库的一个序号：SRR6208854。...可以看见这条序列的完整信息是大概有563MB。 如果用普通的ftp格式进行下载将会异常缓慢，所以我们采用aspera的fasp传输协议进行数据下载。...anonftp，EBI的为era-fasp。...host是你需要链接的主机，NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的为 fasp.sra.ebi.ac.uk。...--file-list是你的文件列表 后面跟上你所需要下载的文件的列表 --mode=string 选择模式，上传为 send，下载为 recv（这个在有file-list时为必须的） ---
精心整理了生物信息学中常用的 Linux 命令，很不容易。所有命令的用法都经本人亲自测试。掌握这些命令，是每一个生信人基本的自我修养。...ll -t # 以文件的修改时间排序，最新修改的在最前面 ll -tr # 以文件的修改时间排序，最新修改的在最后面 watch -n 3 -dc ls -l # 追踪目录内容的变化...假如一个脚本文件中有 4 条命令： # cat run.sh echo a echo b echo c echo d # 同时执行4个任务，生信中常通过这种方式并行执行多个任务 cat run.sh...Awk 官方文档是非常好的学习材料，通过man awk查看。...~右边或者内建的需要正则表达式的地方。在必要的时候，该表达式会被转变成字符串，然后作为一个正则表达式来解释。以下三行 awk 命令完成同样的功能：输出第 5 列为 10 的的行。
接前文：生信基础 | 人-小鼠同源基因之间的转换 先看看MSigDB中的基因ENTREZID是否可以全部转化为SYMBOL。...keytype="ENTREZID" ) mget(diff_ent, org.Hs.egSYMBOL, ifnotfound=NA 通过多种转换方式，发现人的...ENTREZID有3个无法找到对应的SYMBOL，NCBI上检索了一下，也没找到这3个基因。..."668131" "665343" "667941" "11641" "100039053" "100043918" [15] "100043921" 写一个函数，用于人-...HGNC.symbol # 1 mt-Atp6 MT-ATP6 # 2 mt-Co2 MT-CO2 dim(m2h) # > dim(m2h) # [1] 23075 2 ###把人基因转换为小鼠的同源基因
工作需多总结，不要惧怕遇到问题。毕竟方法总比问题多，最好的老师永远是百度和那么几个靠谱的朋友。...——《哈利波特与混血王子》 或许人只有在失去的时候，才会知道什么是弥足珍贵。 四、家庭责任 今年又带父母年前去做了体检，很开心老人身体都很好。...关于一些事情的种种，对自己冲击很大，庆幸的是，在最困难的时候，熬了过去，感谢帮助我的各位朋友。...2021的展望和目标 赚钱： 勇于尝试，勤于学习总结； 学习： 沟通能力的提升，多听少说； 健康： 多锻炼，运动，保持一个好的身体； 关键字： 多读书，多思考； 定目标: 清晰可检视可度量、拒绝三分钟热度...以上为个人总结，不喜勿喷，顺手点【赞】即可，感谢您的支持。
这一章的内容是：R中的网络爬虫 用任何语言做爬虫必须要了解的就是网页语法，网页语言无非就是HTML，XML，JSON等，因为正是通过这些我们才能在网页中提取数据，过多的就不再描述，大家可以自行参考大量的资料...用R语言制作爬虫无非就是三个主要的包。XML,RCurl,rvest，这三个包都有不同的主要函数，是R语言最牛的网络爬虫包。...rvest是R语言一个用来做网页数据抓取的包，包的介绍就是“更容易地收割（抓取）网页”。其中html_nodes()函数查找标签的功能非常好用。...相关的函数： read_html():读取html文档； html_nodes():获取指定名称的网页元素、节点； html_text():获取指定名称的网页元素、节点文本； html_attrs():...html_nodes用于获取相应节点的数据，先看下html_nodes的参数： html_nodes(x, css, xpath) x：网页信息，即read_html获取的网页信息变量； css：使用css
所有命令的用法都经本人亲自测试。掌握这些命令，是每一个生信人基本的自我修养。...ll -t # 以文件的修改时间排序，最新修改的在最前面 ll -tr # 以文件的修改时间排序，最新修改的在最后面 watch -n 3 -dc ls -l # 追踪目录内容的变化...假如一个脚本文件中有 4 条命令： # cat run.sh echo a echo b echo c echo d # 同时执行4个任务，生信中常通过这种方式并行执行多个任务 cat run.sh...Awk 官方文档是非常好的学习材料，通过man awk查看。...~右边或者内建的需要正则表达式的地方。在必要的时候，该表达式会被转变成字符串，然后作为一个正则表达式来解释。以下三行 awk 命令完成同样的功能：输出第 5 列为 10 的的行。
目录 各大生信资源的使用流行程度 生信数据库的霸主-NCBI以及Entrez检索系统 Gene查找好帮手-Entrez Gene数据库 人类基因命名委员会-HGNC Ensembl计划 NCBI非冗余序列数据库...所以，为了提高学习效率，我们首先来看看生信领域最流行使用的数据库有哪些吧，然后再针对性地去学习相应的数据库和它们的编号系统！...各大生信资源的使用流行程度 PLOS-ONE上的一篇文章利用bioNerDS工具分析了Pubmed的 5,411,968篇文献的语料库，最终得到下列生信领域的资源使用排名： ?...---- 生信数据库的霸主-NCBI以及Entrez检索系统 谈到生信数据库，就不得不提非常著名的NCBI。...所以，我们通常所说的检索NCBI数据库，其实就是在检索Entrez这个引擎系统所整合的生信数据库。
我与 Galaxy Project 的渊源可以追溯到我刚毕业，还在华大实习的那一段时间，这个项目应该是我职业生涯中最重要的一段经历。...，而 Galaxy 正是由这个团队开发的，并得到了社区的贡献。...要理解由高通量技术产生的大型数据集，就需要复杂的统计和计算方法以及强大的计算能力。这导致了生物医学研究的严重危机，因为未经信息学训练的研究人员试图进行过于依赖于计算的分析。...该站点提供了大量的 CPU 和磁盘空间，从而可以分析大型数据集。该站点每月支持成千上万的用户和成千上万的工作。...丰富的文档，优秀的社区，与时俱进的技术，使得这一开源项目越来越受欢迎。
机器之心专栏 机器之心编辑部 图像到视频生成（I2V）任务旨在将静态图像转化为动态视频，这是计算机视觉领域的一大挑战。...1%），同时具备与 Stable Diffusion [2] 社区开发的定制化 T2I 模型（DreamBooth [3]、Lora [4]）与控制工具（ControlNet [5]）的兼容性。...模型生成流畅的视频。...此外，I2V-Adapter 生成的视频有着最大的运动幅度，并且相对较低的运动误差，表明此模型的能够生成更加动态的视频并且同时保持时序运动的准确性。...定性结果 Image Animation（左为输入，右为输出）： w/ Personalized T2Is（左为输入，右为输出）： w/ ControlNet（左为输入，右为输出）： 总结 本文提出了
搞生信的很多都半路出家，我也一样，一开始并不知道自己想要什么，跌跌撞撞，走到今天。 01 我的大学 21世纪是生物的世纪，“后浪”们总是对此深信不疑。...不怕麻烦，好的东西，当然要花大的努力去得到。 02 生信！生信！ 毕业后，靠C++，我如愿以偿，成了一个码农。工作很忙，压力大，加班、熬夜是常态，一干就是两年。...陈润生院士说生信主要解决四个方面的问题： 基因组如何获得：如基因组序列的组装; 基因组里有什么：基因组注释，本质上是数学问题，比如基因识别，就属于分类问题； 比较基因组学：各种重测序项目，如肿瘤基因测序等...于是，向基因测序领域Top 2大厂投递简历，一南一北，最想去的是南方那家，但北京的先发了offer，想想帝都也挻好的，海明威说过： 假如你有幸在年轻时在巴黎生活过，那么你此后一生不论去到哪里，她都与你同在...作为生物信息工程师，日常工作是开发生信分析流程，修复BUG，以及做一些科研项目。当然，免不了出差，给各地的合作医院安装/升级生信分析流程，以及给医生们讲解临床测序数据分析的原理。
生信学习学的是什么？常识！ 学生信，不是贪多的，而是求精的！...如果未提示文件名，需要自己从命令行参数中找到文件名，再按第 1 条思路排查 不管是哪个情况，要坚信是自己提供的文件名字的问题或文件路径与自己的工作路径不匹配的问题。...要不然得到的回答还是要你先排查这一步。 截图时完整的截取运行的命令和报错信息，不要只截取报错信息或只截取自己认为的核心报错信息。最简单的截图方式：截取满屏、标记重点。...TAB键会自动补全环境变量中的程序名字和作为参数时的文件和路径名。所以下面截图中，只输入文件名就按TAB键是没有反应的。...更多的时候，会出现这样的错误，中间少点了某一句，致使程序一直未能如期运行。在Terminal运行处，出现了很多不结束的大于号(>)开头的行，很多命令都被卡住了，要么一直运行不了，要么运行报错。
第一章：与R的第一次相亲 R：为什么选择我？而不是其他高级语言，比如Python，Java，C，C++....那么多编程语言？ Y：因为我是学生信的。 R：学生信的不应该选择Python吗？...但随着大数据时代的来临，Python的位置已经很重要了，所以建议学习Python，而对于非生信专业的同学，想自己分析数据，挖掘数据，其实只要不是大数据计算，一般的分析，R已经足够了。...在另外版安装文件中,已经包含的程序包有：base一R的基础模块、mle一极大似然估计模块、ts一时间序列分析模块、mva一多元统计分析模块、survival一生存分析模块等等....R的思想是：它可以提供一些集成的统计工具，但更大量的是它提供各种数学计算、统计计算的函数，从而使使用者能灵活机动的进行数据分析，甚至创造出符合需要的新的统计计算方法。...一部分已经被内建在基本的R语言环境中，但是更多的是以包的形式提供的。由8个包是随着R一同提供的（称作标准包），其它的可以通过CRAN的成员网站获得。
面向对象是一种对现实世界理解和抽象的方法，是计算机编程技术发展到一定阶段后的产物。早期的计算机编程是基于面向过程的方法，例如实现算术运算2+3+4=9，通过设计一个算法就可以解决当时的问题。...随着计算机技术的不断提高，计算机被用于解决越来越复杂的问题。一切事物皆对象，通过面向对象的方式，将现实世界的事物抽象成对象，现实世界中的关系抽象成类、继承，帮助人们实现对现实世界的抽象与数字建模。...在定义和实现一个类的时候，可以在一个已经存在的类的基础之上来进行，使用现有类的所有功能，并在无需重新编写原来的类的情况下对这些功能进行扩展。...通过继承创建的新类称为“子类”或“派生类”；被继承的类称为“基类”、“父类”或“超类”。 多态: 指由继承而产生的相关的不同的类，其对象对同一消息会做出不同的响应。...TRUE，则同类名不能被定义 #package：定义所属包 setClass("Person", slots = list(name="character",age="numeric")) #实例化一个人,
接上一个视频教程： 生信人的R语言视频教程-语法篇-第一章：与R的第一次相亲 官网下载R安装包 下载地址为：https://cran.r-project.org 进入链接，如下图所示，在页面顶部提供了三个下载链接...R包介绍 R语言的使用，很大程度上是借助各种各样的R包的辅助，从某种程度上讲，R包就是针对于R的插件，不同的插件满足不同的需求，截至2013年3月6日，CRAN已经收录了各类包4338个。...包的安装 1 通过选择菜单： 程序包->安装程序包->在弹出的对话框中，选择你要安装的包，然后确定。...\library 文件夹中的。可以通过本参数来进行修改，来选择安装的文件夹。...="package_name") 5 查看这个包里的包有数据 data( package="package_name") 6 列出所有安装的包 library() 下面是视频教程 http://mpvideo.qpic.cn
前言 讨论视频社交还要从YouTube说起。这个名字揭示了创始人对它的定位：「You」代表社交，「Tube」代表视频，YouTube 就是要用视频的方式来颠覆社交。...上线 3 个月后，YouTube 就放弃了「视频约会平台」的想法，这并不是创始人有意为之，而是在多次试错之后的无奈之举。...简言之就是类似微信的理念，做熟人的视频沟通工具，代表如snapchat、多闪、DOV等。 ? 这五个流派总结起来是目前市场上三类产品定位：内容社区，陌生社交，熟人工具。...把视频社交拆解后做一个整合，会发现和开始列出的社交维度可以一一对应。最终的产品形态也就是产品具体的功能导入。 ? 视频社交的本质特点 从前的日色变得慢，车，马，邮件都慢，一生只够爱一个人。...对于极度敏感、特别好“面子”的中国人来说，视频社交的压力可能与线下见面差不多。 无法碎片化。因是实时同步，无法做到一边聊天一边干其他事情，必须沉浸其中。 容易太刺激。
---- 腾讯云开发者社区最新技术创作征文活动： ⏰8月4日14:30-8月27日23:59期间，腾讯云开发者社区所有新老用户按下方规则提交作品，可获创作帮帮团的点评建议支持，更有机会赢取大量好礼并获得官方流量扶持推荐...8月4日14:30-8月27日23:59期间，在腾讯云开发者社区按以下格式发布原创的技术文章（不限命题，与技术相关即可，如业务实践总结、行业见解思考、领域干货总结、技术解决思路、个人技术成长等等）： 1️⃣...获作品优审优推权，享节假日关怀福利，优先体验社区内测功能 创作帮帮团给出的针对性写文提升建议 最受欢迎 创作者 3人 JBL SD-12 BLK无线蓝牙插卡音箱 腾讯视频标准实体年卡 腾讯云开发者定制程序员四件套礼包...： 演讲主题 讲师 视频回顾 演讲材料 作为技术人，我们如何更好地写作？...图片 或工作人员将在3个工作日内，通过站内留言或微信沟通的方式，搜集您的收货信息，请留意。
，SNP等信息，它是目前为止可以获得的公开数据库里面数据相对全面的一个，在各个领域得到了广泛的应用，为肿瘤基础医学和转化医学研究者提供了海量的基因组数据和与其关联的临床数据,这为挖掘有意义的基因组变化和发现影响肿瘤起始...(GEPIA 2)GEO数据库1、GEO数据库介绍及检索：GEO数据库2、GEO2R在线分析差异表达基因GEO数据库介绍（四）：GEO2R在线分析筛选差异基因_哔哩哔哩_bilibili利用R语言进行生信分析...R语言基础及学习教程1、R语言学习学习视频可以参考生信技能树相关视频：【生信技能树】生信人应该这样学R语言_哔哩哔哩_bilibiliR语言基础知识可参考：R语言基础1-腾讯云开发者社区-腾讯云R语言基础...2-腾讯云开发者社区-腾讯云R语言基础3-腾讯云开发者社区-腾讯云R语言基础4(文件读写）-腾讯云开发者社区-腾讯云R语言基础5（绘图基础）-腾讯云开发者社区-腾讯云入门学习书籍阅读推荐：R语言实战.pdf...链接提取码：7lkd2、基于TCGA及GEO数据库的基因表达分析全部流程：GEO数据挖掘全流程分析TCGA数据库下载及全流程分析（更新中）表达芯片数据分析1-腾讯云开发者社区-腾讯云表达芯片数据分析2-
微信公众号发布的文章大多都是详细且靠谱的，毕竟作为内容博主，只有文章质量好，才能拥有更多的粉丝。 知乎。高质量内容平台。很多优质回答都在知乎。 腾讯云社区。...3、加相关技术群：比如QQ、微信群。结交一些志同道合的朋友。 4、问同事、朋友。不过建议当网上搜不到的情况下，再咨询别人，毕竟别人时间也很宝贵。 5、看视频系统学习。...我用着不错的视频学习网站有慕课网、哔哩哔哩等，视频质量有保障。 6、专业书籍学习。比如：xxx权威指南、xxx从入门到精通、xxx实战等，可以根据书籍目录阅读自己需要的内容模块。...如果觉得新技术掌握的还不错的话，可以再了解一下技术栈的竞品或者技术栈的生态圈。 8、学习笔记总结。...有好身体你才有好精力；有好精力，你才能保证工作高效。 等等 … 在这里，我推荐几本关于扩展思维的几本书： 《程序员的自我修养》 《软技能：代码之外的生存指南》 《程序员的成长课》
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