::opts_chunk$set(echo = TRUE,message=F,warning=F) R Markdown head(iris) plot(iris$Sepal.Length) 引用自生信技能树
Esc退出进入命令模式 : #进入行末模式 Esc退出进入命令模式 wq #在行末模式下,输入wq(退出保存) vimtutor zh_CN#查看中文帮助文档 3 生信常见格式...#官网安装包地址 wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #生信技能树安装包软链接地址...info -e conda env list # 每次运行前,激活创建的小环境rna conda activate rna # 退出小环境 conda deactivate 在小环境rna中安装生信软件
x1 = read.csv("C:/Users/win10/Desktop/x.csv")
[]中括号里面的可以是逻辑值判断,可以是具体的值(即下标),可以是函数,可以是向量
#10.把前面读取的样本信息表格的样本名字根据下划线分割看第3列元素的统计情况。第三列代表该样本所在的plate#plate指384孔PCR板,编号分别是48号...
后起之秀奔涌而至,欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会!...ssGSEA GSEA分析,jimmy老师在《生信技能树》公众号多次讲解: GSEA分析一文就够(单机版+R语言版) GSEA的统计学原理试讲 GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 但实际上
2.在R包homologene里有张基因对应表 同时已经有可以转换的代码可用 homologene(genes, inTax, outTax) genes...
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、文件读写1.
arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小 desc()
(参考B站生信小技巧获取runinfo table) SraRunTable <- read.table("http://www.bio-info-trainee.com/tmp/5years/SraRunTable.txt
如果代码可以运行但是不出图,可能是因为画板被占用,可以多次dev.off()关闭画板
因为是癌症方面,自己不研究这一方面,所以不常用,但是GEO的转录组数据,是根据这个文件改写的
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、函数和R包1.
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、数据框、矩阵和列表1.
---title: "生信技能树学习笔记"author: "天空"date: "2023-01-04"output: html_document---R语言综合应用1....[17] "test2.Rdata" ## [18] "\u0094\u009f信\u008a\u0080\u0083\u0091\u0094记day7.html" ## [19] "\u0094\u009f信
ggpubr http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/
数据包: ALL, CLL, pasilla, airway 软件包:limma,DESeq2,clusterProfiler 工具包:reshape2 ...
x2 = str_split(x," ")[[1]];x2 #是list 所以用[[]]
unexpected,一般是代码有误some tips1 Tab-打出前几个字母即出现提示,按↑↓翻动,按Tab补全2 光标放在>后面,按↑键,即可修改上一条命令,按回车重新运行图片图片(格式重于内容)引用自生信技能树
见帮助文档export(ex1,file = "ex1.xlsx")注意:一定要经常检查数据,注意读取之后是数据框还是矩阵,取完列里面是数值还是字符,处理完是什么类型等等R语言能够读取多种文件格式 引用自生信技能树
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