是否厌烦了GO和KEGG呢，试试看ConsensusPathDB吧，它的官网是：http://cpdb.molgen.mpg.de/ 有意思的是它对比了31个已有的 生物学功能基因集数据库，做了一个整理...包括： 31个已有的 生物学功能基因集数据库 我简单看了看，就KEGG数据库我比较熟悉，作者自己说它这个数据集是这些其它数据库资源的集大成者，包括： protein interactions signaling...MCM6,MCM5,MCM4,MCM3,MCM2,CCNB3,CCNB2,CCNB1,E2F4,E2F3,E2F2,E2F1,CREBBP 可以看到，我随意 挑选了两个基因集，居然就是简单的从KEGG数据库里面复制粘贴的...如果你不会R代码也想使用这个数据库 首先它自己的主页即可，支持用户上传自己的基因列表，官网：http://cpdb.molgen.mpg.de/ 其次，它提供一个Cytoscape的插件， With the
糖生物学基础，瓦尔基等编著，张树政等翻译 得益于现代分子生物学的发展，我们对经典中心法则基本了然于胸，大致可窥探到细胞内生物信息的流向，这也是生物信息的经典定义。...这也是分子生物学与细胞生物学之间的一种技术侧重。生物信息学会不会从以DNA为核心转移到以细胞为核心，这一点我们无力推断，无疑的是：我们将以更大的维度来理解生物信息学。...糖生物学也被描述为：后基因组研究的序曲。经典中心法则信息流是由模板驱动的，最大的魅力在于其模板的复刻确保信息的准确性。...而糖生物学的规律似乎没有那么明显，这可能也是糖生物学被系统提出来较晚的原因之一。 糖生物学基础，瓦尔基等编著，张树政等翻译 2022年十月诺贝尔化学奖颁布，为我们送来点击化学与生物正交化学的新概念。...诺奖得主之一Bertozzi的主要研究就是糖相关的生物学，曾说：我有一个想法：也许化学家会推动一场糖科学革命。
新智元报道 编辑：alan 【新智元导读】AI在生物学领域的成绩再添一笔，斯坦福大学开发的生物学基础模型，在短短6周内就发现了人类花了134年才发现的Norn细胞，生物学的AI时代正在开启。...斯坦福的这个模型是最近的几个生物学基础模型之一，它们不仅仅是整理生物学家收集的信息，而是正在发现基因如何工作以及细胞如何发育。...斯坦福大学团队在帮助建立了世界上最大的细胞数据库之一（CellXGene）后，开始研发基础模型。...从去年8月开始，研究人员利用数据库中的3300万个细胞的数据训练模型，并重点关注一种称为信使RNA的遗传信息。他们还向模型提供了蛋白质的三维结构。...在UCE发现Norn细胞后，Leskovec博士和他的同事们在CellXGene数据库中查看了细胞的来源，因为根据数据，模型有可能在肾脏外发现了Norn细胞。
4.箱线图的生物学意义 在生物医学研究中，通常需要比较具有不同分布的多个数据集。条形图或直方图基于简单的统计测量--平均值和方差，来比较数据集。
相反，细胞生物学家一直在使用一些快速发展的技术为细胞成像，这些技术不断扩大其空间和时间范围，但仍达不到理解化学的分辨率。因此，结构生物学和细胞生物学为细胞的内部运作提供了互补但又互不关联的视角。...正文 在过去的十年中，cryo-EM方法的改进提高了其通量、适用性和分辨率，极大地增强了其所能提供的生物学洞察力。...该方法的缺点是可能无法获得精确的高分辨率结构，优点是，如果蛋白质数据库中存在这种结构或可以通过计算生成这种结构，那么该方法甚至能够区分每个对象实例的不同构象状态（而无需求助于平均化和分类）。...结构数据库促进了变革性蛋白质结构预测的出现，并在结构生物学领域掀起了一场风暴。AlphaFold或RosettaFold等人工智能方法现在所能做到的，已经将结构预测提升到了一个全新的水平。...人工智能蛋白质结构预测可以成为强大的盟友，提高结构生物学的研究范围和速度。
无意中发现和尝试了 Chrome DevTools 的 Layers 面板，Get 到了庖丁解牛的新视角。不禁感叹 Web 浏览器的巧夺天工，也从此打开了浏览器...
也就是把四个时间点映射到上面的tsne坐标中，并且理论上应该是：每群细胞都覆盖到四个时间点
这里，我们以大鼠为例，演示3种方法为你的稀有物种建立生物学知识数据库，以单细胞数据分析环节的细胞通讯，CellChat为例，可以在：CellChat学习笔记【一】——通讯网络构建了解它的基础用法，**CellChat...** 有一个专门的数据库，叫做CellChatDB，这个数据库是 CellChat 的作者们通过阅读大量文献，手动整理出来的“受体-配体”对，目前有人、鼠以及斑马鱼的版本。...比如大鼠，我们演示3种方法为你的稀有物种建立生物学知识数据库。...首先看看CellChat自带的3个数据库 每个数据库文件在r里面的都是一个简单的list，所以很容易探索： library(CellChat) dbh <- CellChatDB.human lapply...反而是斑马鱼，我肉眼看了看，基因名字太诡异，这里不予考虑吧，听说是果蝇基因名字也很诡异，这样的很多上古时代的诺贝尔奖生物学家所在的领域的知识体系架构都及其的乱。。。
来源：机器之心 生物学界最大的谜团之一，蛋白质折叠问题被 AI 破解了。...该计算工作代表了在蛋白质折叠这一具备 50 年历史的生物学问题上的惊人进展，比该领域人士成功预测蛋白质折叠结构早了几十年。我们将很兴奋，它能从多个方面对生物学研究带来基础性改变。...DeepMind 团队在公开数据上训练这一系统，这些数据来自蛋白质结构数据库（PDB）和包含未知结构蛋白质序列的大型数据库，共包括约 170,000 个蛋白质结构。...由于 DNA 指定了构成蛋白质结构的氨基酸序列，基因组学革命使大规模阅读自然界的蛋白质序列成为可能——在通用蛋白质数据库（UniProt）中有 1.8 亿个蛋白质序列。...相比之下，考虑到从序列到结构所需的实验工作，蛋白质数据库（PDB）中只有大约 170000 个蛋白质结构。
我们的发现为理解生物学习和构建人工智能建立了超越反向传播的学习新基础。 信用分配问题是学习的核心。反向传播2–5作为一种简单而有效的信用分配理论，自其诞生以来，已经推动了人工智能的显著进步。...我们将预期配置定义为一种原则，这种原则被一系列具有坚实生物学基础的神经模型所隐含地遵循，即基于能量的网络。...在反向传播是生物学习的基础这一信念的指导下，先前的工作表明基于能量的网络可以非常接近反向传播。...相比之下，我们揭示了没有这些不切实际的约束的基于能量的网络遵循前瞻性配置而不是反向传播的独特原则，并且在学习效率和对生物学习数据的解释方面都是优越的。
我，哈佛教授 我，S.Kunes 哈佛大学分子与细胞生物学（Department of Molecular and Cellular Biology）终身教授 哈佛大学神经生物学学位课程委员会和生化科学导师委员会知名成员...美国和国际专利：调节记忆的成分和方法（ 专利号：60/726,318）拥有者 在哈佛大学拥有同名实验室 我研究神经系统的构建和功能，以及发育神经生物学和大脑视觉系统 我在中国“打工”。...——学员金同学 录取：剑桥大学、帝国理工学院、伦敦大学学院、多伦多大学、麦吉尔大学 如果你也对生物学、脑神经科学感兴趣，或想跟着我做科研，欢迎你成为我的学生 扫码添加学术老师 回复【科研】 获得1-1...、北卡罗来纳大学（本科直博） 如果你也对生物统计感兴趣，欢迎来加入我们 扫码添加学术老师 回复【科研】 获得1-1项目咨询规划 我，布朗教授 我，A.Salomon 布朗大学终身教授 布朗大学分子生物学终身教授...——任同学反馈 如果你对生物学、化学、药学感兴趣，欢迎你成为我的学生 扫码添加学术老师 回复【科研】 获得1-1项目咨询规划 我，牛津教授 我，Shu-Bing Qian 康奈尔大学营养科学终身教授
BKGs利用Neo4j和Virtuoso这样的图形数据库，以及资源描述框架这样的语义web标准作为其后端。...像Reactome这样的数据库包含了可表示为广义有向超图的经过良好策划的反应网络。第一问题是这些资源仍不完整，依赖手工策划。一个有前途的研究方向是分析配对图来自动推断反应。...为响应这一点，美国国立卫生研究院旨在邀请全美各地100万人帮助构建历史上最多样化的健康数据库之一，通过“我们所有人”计划欢迎各个背景的参与者。...预计通过该计划收集的数据将导致关于本文的生物学、环境和生活方式如何影响本文健康的发现。与集中在某种疾病或人群的传统研究不同，该计划旨在建立一个多样化的数据库，可为各种健康状况的成千上万项研究提供信息。...高效培训的要点包括：易用的软件工具、公共数据库、让学生接触跨学科团队。计算生物学教师的招聘和晋升也很重要。
德国马普学会副主席Herbert Jaeckle和中科院副院长李家洋共同为重点实验室揭牌 3月29日下午，中科院计算生物学重点实验室在上海生科院计算生物学所正式揭牌。...揭牌仪式由计算生物学所所长Andreas Dress教授主持。 张知彬局长代表中科院宣读了中科院计算生物学重点实验室成立的批文，李林副院长代表上海生科院宣读了重点实验室主任的批文。...大家畅所欲言、各抒己见，为促进实验室发展建言献策，专家们建议，作为一个以计算生物学研究的重点实验室，一要保持自身特色，坚持以“干性”研究为主，注重加强与兄弟所的合作，努力为生命科学研究提供工具和方法。
合成生物学：通过人工设计构自然界中不存在的生物系统来解决能源、材料、健康、环保等问题。 合成生物学中生物系统的层次： 1️⃣part（元件）：具有最基本生物功能的核酸或蛋白质序列。...因为“回路”这个词已经在生物学中有着广泛的应用，特别是神经科学中，“回路”指某一行为范式在神经系统中的传递过程，那么显然，跟我们合成生物学中的“circuit”意思完全不同。...如果翻译成“电路”，会更加符合合成生物学的理念，即把生物原件像电路一样组装，最后行使一定的生物学功能和运算 二、底盘与宿主的区别 宿主指的是让质粒发挥其功能的“中介”，目的只是在于让质粒被表达， 获得表达产物或者达到其他目的
1、细胞周期蛋白：在细胞周期的后期逐渐合成、至周期的中间阶段突然消失的周期性存在蛋白，成为细胞周期蛋白。细胞周期蛋白可分为3类：S期周期蛋白，M期周期蛋白，G1...
此外，单细胞生物学使细胞重编程与合成生物学结合成为可能。 一如不断发表的单细胞研究文章中所描述的，尽管单细胞分析做出了许多值得注意的贡献，但仍有几个问题有待解决。...单细胞生物学领域正在迅速发展，并对生物学和生物医学研究产生了广泛的影响。...我期待看到这些想法被普遍应用于人工智能，特别是单细胞生物学。 单细胞生物学领域一直由无监督机器学习方法主导，从早期的聚类和拟时序方法到数据整合或扰动模型。...相对年轻的单细胞生物学领域发展迅速。虽然标准3 ' mRNA测序已在生物医学的所有领域变得普遍，但单细胞生物学现在正变得越来越多模态和多尺度。这对分析日益复杂的数据集提出了重大挑战。...在这些问题上达成共识将对该领域产生重大影响，并将有助于推动单细胞生物学进入下一个水平。 单细胞生物学在生命科学中有许多令人兴奋的应用。
1、氨基酸残基：组成多肽的氨基酸在相互结合时，由于其部分基团参与了肽键的形成而失去一分子水，因此把多肽中的氨基酸单位称为氨基酸残基。即由肽键链接的氨基酸失水部分...
神经科学增长最快；生物信息、进化生物学、基因组学及微生物学也增长迅速。新作者数更是翻了20多倍。 ? 42%的预印本最终发表在同行评议的期刊上。并不是影响因子越高文章数就一定越少。
有了这个SingleCellExperiment对象，而且经过了合理的质量控制，并且聚类分群了，就可以开始整理它亚群并且根据抗体信号强度值对不同亚群进行生物学注释。...自动注释 目前我做cytof数据的细胞亚群的生物学自动注释的包很少，有下面的两个还在预印本： ?...基本上是根据生物学意义来的，CD4和CD8的T细胞都是高表达CD45和CD3，然后分别表达CD4和CD8。...非常容易理解， 但前提是你有这样的生物学背景知识。之所以归类为手工注释，就是说，可以直接把上面的热图结果丢给你的项目合作者，让他们首先命名后给你表格，然后你就可以走后面的代码进行合并啦！...可以看到， 细胞分群后，重新命名并不是很合理，因为生物学背景不够。 不知道看到这里，大家有没有发现其实cytof数据分析，跟单细胞转录组非常类似呢？
生物学功能注释是对特定的数量（几十个或者几百个）基因或蛋白的合集的功能进行描述和分类的过程。...GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是两个常用的生物学功能注释数据库，科学家通常是使用来超几何分布检验这个统计学算法做富集分析...如果大家对代码不熟悉，甚至可以使用在线网页工具直接完成生物学功能数据库（go以及kegg）注释（富集分析），最常见的是 3大在线分析工具:Enrichr、WebGestalt、gprofiler ，还有大名鼎鼎的...如果要更丰富就是MSigDB数据库啦 MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了非常多的已知的基因集合，包括人类和小鼠的 ： http://software.broadinstitute.org...for ac- tivity inference (PROGENy) 其实也可以仍然是理解为常规的gsea或者超几何分布检验，其中超几何分布检验是针对差异分析等拿到的基因集合（几十个或者几百个）进行生物学功能数据库注释
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