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视频 | 机器之心线上分享:用于序列生成的推敲网络

在这样的框架中,编码器将长度为 m 的源输入 x 编码成一个向量序列 {h1,h2,· · · , hm}。编码器(通常是一个 RNN)则基于来源的向量表征和之前生成的词来逐个词地生成一个输出序列。...注意机制[1,35]则是在生成每个目标词时动态地关注 x 的不同部分,该机制可被整合进编码器-解码器框架中,从而提升长序列的生成质量 [1]。...之后,推敲解码器 D2 以 x、yˆ 和 sˆ 为输入,输出经过精细处理后的序列 y。...当 D2 生成第 t 个词 y_t 时,还有一个额外的注意模型被用于给每个 yˆ_j 和 sˆ_j 分配一个自适应权重 β_j,其中 j ∈ [T_yˆ];而且 ? 被馈送给 D2。...未来还有多个可以探索的有潜力的研究方向。首先,我们将研究如何将推敲的思想应用于序列生成之外的任务,比如改善 GAN [5] 生成的图像的质量。

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kalign:适用于基因组规模的多序列比对工具

之前提到的clustalo, muscle, mafft 适用于几千到几万条序列的多序列比对,在比较基因组学的分析中,需要对不同基因组的序列进行多序列比对。...对于基因组规模的多序列比对而言,之前的工具运行速度上就不够理想了。 kalign 是一款针对大规模序列的多序列比对工具,无论是运行速度,还是比对的准确度,都令人满意。...官网如下 http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi 在对应的文献中,利用测试数据集,评估了不同软件的运行速度和多序列比对的准确度,结果如下 ?...kalign支持核酸和蛋白质的多序列比对,软件的安装过程如下 wget http://msa.sbc.su.se/downloads/kalign/current.tar.gz tar xzvf current.tar.gz.../configure make 编译好的可执行文件的名字为kalign, 基本用法如下 kalign input.fa > out.fa 默认输出fasta格式的多序列比对结果,也支持clustalw,

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    技术 | 如何在Python下生成用于时间序列预测的LSTM状态

    在完成本教程的学习后,你将了解: 关于如何为合适的 LSTM 预测模型预置状态的开放式问题。 如何开发出强大的测试工具,用于评测 LSTM 模型解决单变量时间序列预测问题的能力。...运行该示例,以Pandas序列的形式加载数据集,并打印出头5行。 然后就可生成显示明显增长趋势的序列线图。 洗发水销量线图 接下来,我们将看一下本试验中使用的LSTM配置和测试工具。 3....以每次一个的形式运行测试数据集的每个时间步。使用模型对时间步作出预测,然后收集测试组生成的实际预期值,模型将利用这些预期值预测下一时间步。...这模拟了现实生活中的场景,新的洗发水销量观察值会在月底公布,然后被用于预测下月的销量。 训练数据集和测试数据集的结构将对此进行模拟。我们将一步生成所有的预测。...具体来说,就是将数据组为输入和输出模式,上一时间步的观察值可作为输入用于预测当前时间步的观察值。 转化观察值使其处在特定区间。

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    【Python】循环语句 ⑤ ( range 语句 | for 循环本质遍历序列 | 生成由 0 开始到 n 的序列 | 生成由 m 到 n 的序列 | 生成由 m 到 n 的步长为 k 的序列 )

    一、for 循环本质遍历序列 for 循环 中 , 语法如下 : for 临时变量 in 数据集: 循环操作 上述语法中的 数据集 是 序列类型 , 该类型变量 用于存储一系列有序的元素 , 常见的序列类型有...: 字符串 String 列表 List 元组 Tuple 范围 Range for 循环本质是 遍历 序列类型 , 范围 Range 也是一种序列类型 , 是元素为数字的序列类型 ; 二、range...- 生成由 0 开始到 n 的序列 range 语法 1 : 生成 由 0 开始到 n 的序列 , 不含 n 本身 ; range(n) 代码示例 : """ range 代码示例 """ my_range..., 2, 3, 4, 5] 执行结果 : [1, 2, 3, 4, 5] 3、range 语法 3 - 生成由 m 到 n 的步长为 k 的序列 range 语法 3 : 生成 由 m 到 n 的步长为...k 的序列 , 不包含 n ; 下面的代码是 生成 0 到 10 之间的偶数序列 , 不包括 10 本身 ; 代码示例 : """ range 代码示例 """ my_range = range(0

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    干货 | 中科大夏应策:推敲网络——用于序列生成的网络结构

    在该研究中,我们将推敲过程加入到了编码器-解码器框架中,并提出了用于序列生成的推敲网络(Deliberation networks)。...推敲网络具有两阶段解码器,其中第一阶段解码器用于解码生成原始序列,第二阶段解码器通过推敲的过程打磨和润色原始语句。...标准的 NMT 模型由一个编码器(用于编码源句子)和一个解码器(用于生成目标句子)组成,因为可以使用我们提出的推敲网络加以改善。...此外,在 WMT' 14 英语→法语翻译任务上,通过将推敲应用于深度 LSTM 模型,我们实现了 41.50 的 BLEU 分值。 ? 文本摘要,即将长文章归纳为短摘要的任务。...在这项研究中,我们提出了用于序列生成任务的推敲网络,实验表明我们的方法在机器翻译和文本摘要任务上可以实现比几种基准方法更优的结果。 未来还有多个可以探索,具有潜力的研究方向。

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    chatGPT实战之「基于你的数据库,为你智能生成SQL」

    chatGPT为你生成SQL的落地效果演示 这几天很很多粉丝进行了深度交流,发现大家对于SQL学习或者编写都遇到过困难,因此勇哥突发奇想是否可以借助chatGPT来帮一下大家呢?...,于是我就在我的产品中按照第2中模式开发了一个对大家有帮助的功能:“基于你自己的数据库结构,通过一句中文,自动生成SQL语句”,演示效果如下: 第一种生成方式:单独窗口生成SQL,操作步骤: 1...、选中生成SQL可能要用到的表,这个将作为上下文,发送给chatGPT 2、在打开的窗口中用中文描述你想要的SQL的需求,然后点击RUN按钮 3、生成成功后的SQL会在右中面板中显示出来,同时你可以直接点运行...,查看生成SQL语句的执行结果 通过多张表,通过中文生成SQL 第二种生成方式:查询器中生成SQL操作步骤: 1、随便打开一个数据库表的查询器 2、在查询器中写一句描述要生成...sql语句的中文,选中后右键点击【Sq lGenerator】菜单,即可生成 3、选中生成的SQL语句,即可执行查看结果 通过中文注释来生成SQL chatGPT为你生成SQL

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    使用Mysql中的concat函数或正则匹配来快速批量生成用于执行的sql语句

    背景介绍 今天需要给一张表里面补数据,需要按照行的维度进行update,如果是个别数据那么直接写update语句就可以了,但是场景要求的是将整表的数据进行update,要实现这个需求就不能只靠蛮力了,...实例演示 以下面的场景作为示例进行讲解: 学生表: 一张简单的学生表,其中记录了学生ID、名称、班级ID 借阅表: 一张简单的借阅表,当中记录了借阅的书籍和对应借阅学生ID,但是每行中的学生名称和班级...ID是空的。...目标:快速生成update语句将book_borrow表中的student_name和class_id更新为正确的数据。...,如下图所示: 最后我们把sql拷出来直接执行就可以了。

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    个人永久性免费-Excel催化剂功能第36波-新增序列函数用于生成规律性的循环重复或间隔序列

    使用场景 有时需要生成一些有规律的序列如123456,13579等等,通过Excel原生的向下填充功能,可以生成等差等比或自定义序列的内容。但没法再生成其他有循环重复结构的数据。...传统的函数实现 间隔循环序列 间隔循环序列,公式为=MOD(ROW(A1)-1,3)+1,已经涉及到好多的知识点,有时想写出来还写老半天写不准,当然好多教材不亦乐乎地大谈特谈这些技巧。...间隔循环序列 重复循环序列 重复循环序列,公式为==ROUNDUP(ROW(A1)/3,0) 同样的不足之处也类似上面的间隔循环序列的函数 ?...重复循环序列 本人觉得最大的问题是对普通用户来说,理解和掌握它并非易事 Excel催化剂自定义函数实现 间隔循环整数 用于生成类似123451234512345这样的数据结构的数据 通过5个参数一目了然地进行控制...列字母的序列生成 重复循环整数 同样地另一场景是重复循环,生成111222333444555这样的数据结构 5个参数的输入和上述的间隔循环类似 ?

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    检测snp和InDel的工具:snippy~可用于检测两条fasta序列之间的变异生成vcf格式文件

    自己一直有一个困惑是snpeff这个软件对snp的注释结果到底该怎么看?大家有相关的教程吗? 这个软件还有一个用处是:可以计算两条fasta序列之间的snp和indel位点。...这一点做叶绿体基因组的研究就非常方便了,比如自己测了一个叶绿体基因组,和一个已经发表的近缘种来比较,直接用这个软件就方便很多。...divergence time estimation, and phylogenetic analysis (本地存储文件名是 1-s2.0-S1055790317307212-main) 两条叶绿体基因组序列序列号...-c conda-forge -c bioconda -c defaults snippy 安装好使用就比较简单了,需要准备的数据是 参考基因组 genbank格式 自己的序列fasta格式 使用命令...image.png 包括变异类型,如果snp在编码区,还会给出基因的名字,位置和对应的氨基酸变化 这里遇到一个问题是:如果有多条序列一起检测变异应该如何做。

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    ASP.NET (Web) + C#算法 | 生成随机数字序列(随机数字+每个数字取随机不重复的位置和颜色)

    关于今天的一个关于ASP的课后作业,是要求在ASP上实现随机生成数字序列: 具体要求: 随机位置:每个数字的位置相对随机; 随机颜色:每个数字的颜色随机且不重复; 随机数字:从0到9随机取出四个数;...minValue, int maxValue, int count) { int[] intList = new int[maxValue];//创建一个以 最大值大小 为长度的数组...for (int i = 0; i 的内容:最小值+(从 0 到 最大值减一 ),及intList为一个特殊规律的不重复的递增数组...//intList的一个运行模拟序列: //0 1 2 3 4 n = listlength = 5,取到1 //0 4 2 3 | 4 n = listlength = 4,取到4...//不断用最后面的值来覆盖选中到的值,再把最后面的值去掉(通过n--实现,抽象意义上“截短”提供数字的intList),由此实现不重复序列 详细解析见以上的代码截图。

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    YashanDB其他模式对象

    当SQL语句中涉及视图的查询时,数据库会先将原始SQL中的视图改写为一个子查询(该子查询即视图定义的查询语句),再解析改写后的SQL并生成执行计划。...即使用户编写的SQL语句中使用物化视图,数据库在生成SQL执行计划时,仍然会考虑是否可以使用物化视图代替原始SQL中的部分,以提高性能。...因此运维人员为某些耗时较长的SQL语句创建物化视图后,业务开发人员也无需改写业务中使用的SQL语句。 序列序列(Sequence)是由数据库维护的一个自动生成整数序列的模式对象,通常用于为表生成主键。...在共享集群部署中,所有实例维护的是同一份系统表,但每个实例都有独立的序列缓存。...由于YashanDB在初始化数据库阶段为SYS.USER_TABLES视图创建了公共同义词,因此user1可以执行以下语句来查询属于自己模式的表:sql 代码解读复制代码SELECT * FROM USER_TABLES

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    ASP.NET中各命名空间及作用

    每个代码生成器可根据“代码文档对象模型”(CodeDOM) 源代码模型的结构(由 System.CodeDom 命名空间所提供的元素组成),用特定的某种编程语言生成源代码。 ...SQL Server .NET Framework 数据提供程序描述了用于在托管空间中访问 SQL Server 数据库的类集合。 ...System.Runtime.CompilerServices  为使用托管代码的编译器编写器提供功能,以在影响公共语言运行库的运行时行为的元数据中指定属性。此命名空间中的类只用于编译器编写器。 ...消息对象携带一组命名属性,其中包括操作标识符、代表信息和参数。  System.Runtime.Remoting.Metadata  包含可用于为对象和字段自定义 SOAP 的生成和处理的类和属性。...System.Runtime.Serialization  包含可用于序列化和反序列化对象的类。序列化是将对象或对象图转换为线性的字节序列以存储或传输到其他位置的过程。

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    【Biorvix】四篇好文简读-专题1

    最近由牛津纳米孔技术公司提供的用于长读RNA序列数据的单分子测序技术,使直接检测分子上的RNA修饰成为可能。...每个模型都用一组特征进行训练 从牛津纳米孔MinION设备生成的原始信号中重新提取,以及从生成的Nano推断RNA序列的相应基k-mer 孔隙信号。...这是首次整合来自不同组织和疾病的不匹配公共样本的两组学层数据的研究,本文的结果突出了整合来自多种分子表型的公共数据集的问题和潜力。...本文确定的 eQTMs 可以用作表观基因组全关联的注释资源,本文的集成管道可以用作公共数据集未来组学集成分析的框架。...作者们进一步验证了生成的序列,将生成的抗病毒肽的物理化学特性与手动整理的高活性训练数据进行了比较。

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    万字综述|一文掌握深度学习与语言模型在微生物组研究中的应用

    3.1 蛋白质语言模型用于新蛋白质生成 蛋白质语言模型如ProGen和ProtGPT2通过学习已知微生物蛋白中氨基酸的依赖结构,以自回归方式生成人工的、潜在的新蛋白序列。...3.2 蛋白质语言模型用于功能和结构预测 与生成新蛋白质序列的任务相关但不同的是,预测重点的蛋白质语言模型主要关注基于氨基酸残基序列预测蛋白质的生物学属性(例如,3D结构、功能)。...以提供通用的“基础”模型为目标,模型如DNABERT和NT旨在提供有意义的、上下文化的基因组规模DNA序列表示,可用于预测其功能属性和分子表型。...这些基因组序列数据为BGCs挖掘提供了丰富的资源,使研究人员能够更好地了解细菌的功能潜力,并发现新的次级代谢产物或天然产物。已经开发了基于机器学习的算法用于检测微生物基因组中的BGCs。...NIH人类病毒组计划预计将生成大量病毒组序列,以在纵向、多样化的队列中表征人类病毒组,这些数据可以用于开发病毒组特定的模型。

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    PostgreSQL 教程

    完全外连接 使用完全连接查找一个表中在另一个表中没有匹配行的行。 交叉连接 生成两个或多个表中的行的笛卡尔积。 自然连接 根据连接表中的公共列名称,使用隐式连接条件连接两个或多个表。 第 4 节....数据分组 主题 描述 GROUP BY 将行分成组并对每个组应用聚合函数。 HAVING 对组应用条件。 第 5 节. 集合运算 主题 描述 UNION 将多个查询的结果集合并为一个结果集。...EXISTS 检查子查询返回的行是否存在。 第 8 节. 公共表表达式 主题 描述 PostgreSQL CTE 向您介绍 PostgreSQL 公共表表达式或 CTE。...序列 向您介绍序列并描述如何使用序列生成数字序列。 标识列 向您展示如何使用标识列。 更改表 修改现有表的结构。 重命名表 将表的名称更改为新名称。 添加列 向您展示如何向现有表添加一列或多列。...UUID 指导您如何使用UUID数据类型以及如何使用提供的模块生成UUID值。 数组 向您展示如何使用数组,并向您介绍一些用于数组操作的方便函数。

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    类关键字SqlTableName,StorageStrategy,System,ViewQuery

    第三十七章 类关键字 - SqlTableName指定此类投影到的SQL表的名称。仅适用于持久类。...最后编译值为0(零)的类。详解该关键字建立类组,每个类组与不同的值和优先级相关联,其中在进入下一个优先级之前,对每个优先级执行完整的类编译过程。...CompileAfter和DependsOn关键字在具有公共系统值的类中工作,以确定全局解析的顺序。 一旦所有具有公共System值的类都解析了它们的全局变量,然后对所有类进行例行编译。...因此,如果B类需要在B类的方法生成器中运行A类的方法(也就是说,在B的编译过程中),那么A必须比B具有更高的优先级。这意味着A的System关键字的值必须是小于b的值的非零整数。...对子类的影响此关键字不是继承的。默认默认值为0(零)。第四十章 类关键字 - ViewQuery指定此类的SQL查询。仅适用于视图定义类。

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