本期内容主要以整理Snakemake的简单介绍[1]视频为主。 1啥是Snakemake Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。...当你整理好流程以后，只需简单替换几个参数，就能快速开始分析一个新的数据。 Snakemake 的另一个强大特性是它的并行处理能力。...Snakefile示例 入门演示 现在工作路径有以下4个文件，其中.csv为数据，myplotter为绘图脚本，Snakefile为定义好规则的文件。 通过运行以下命令可以生成对应PDF。 ....再把{csvdata}=ds1带入rule filter的input和shell中就会生成所需内容，完成绘图，输出ds1_filtered_plot.pdf。...如果我们修改了数据，程序会识别文件的修改时间判定其为一个新文件，进而重新运行命令。 3Snakemake 参数 Snakemake的参数非常多，常用的有以下几个： -p：打印运行的shell命令。
不过更主要的是，我想要一个直接分析完然后直接生成结果报告的流程。因为一开始提供给用户分析结果时，我都是手动将部分内容复制到Typora里，然后生成pdf/html的，这很麻烦，而且容易出错。...snakemake workflow 由一系列的rules 组成，每个rule为一个分析步骤，用于执行特定的功能。snakemake 流程是以输出为导向的。...没有后续程序依赖的输出，而中间步骤的输出，会有snakemake自动运行生成。...diff_peak_result 为主要的最终输出， 它之前上面的peak, bam 文件不要指定，因为diff_peak_result 的生成依赖于它们提前运行生成结果 conda 环境 上面中通过...确定一些参数，让make_report.Rmd里的程序寻找生成报告所需要的文件 script Rmd脚本路径 再workflow/scripts/make_report.Rmd， 写入以下内容 ---
ps：这里-T 参数实际也是指定的临时文件的前缀。...snakemake 是以输出为导向的。...，这里指定的实际上是input，而非output，如果我们在all 规则中书写的是output，则all 规则将孤立，错误的输出结果： $ snakemake -np Building DAG of jobs...--dag | dot -Tpng > dag.png 发现依然得显式的设置输出文件，并且要设定启动的最大核心数： snakemake --cores 4 -p results/plots/quals.svg...report却发生报错了： snakemake --report report.html 很长的报错，其中内容包括： snakemake report Failed to establish a new
灵活性：Snakemake允许用户以模块化和可重复的方式定义数据分析步骤，易于修改和重用。 可扩展性：它可以在各种计算环境中运行，从单个计算机到高性能计算集群，甚至是云环境。...可重复性：通过使用容器技术（如Docker和Singularity）和Conda环境，Snakemake支持高度可重复的科学分析，确保不同环境下的分析结果一致。...它特别强调可重复性和透明性，通过整合软件环境和容器技术，确保分析结果的一致性。此外，Snakemake还支持并行执行和错误处理，使得大规模数据分析更高效、更可靠。...snakemake 的基本组成单位叫“规则”，即 rule；每个 rule 里面又有多个元素（input、output、run等）。工作流是根据规则定义的，这些规则定义了如何从输入文件创建输出文件。...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出 ，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则
Snakemake的使用 Snakemake是基于Python写的流程管理软件，我理解为一个框架。Snakemake的基本组成单位是rule，表示定义了一条规则。...configfile: "config.yaml" Snakemake读取配置文件后会将数据保存为字典，这是一个简单的示范，配置文件也可以写的复杂，比如定义每个样本所用的bed文件或不同的分析参数。...比较特殊，只需要一个input，用来定义流程最终输出的结果。...注意：如果你的流程有不同的分支，最终会生成多个需要的结果，那么这些结果都需要在这里定义。...扩展 rule中还可以添加其他的参数，比如说threads、log，如果输出文件重要，可以添加protected参数设置为保护文件，相反，如果跑完程序就可以删除的文件，可以添加temp参数设置为临时文件
Bismark 将在此目录中创建两个单独的文件夹，一个用于 C->T 转换的基因组，另一个用于 G->A 转换的基因组。...bismark_methylation_extractor 脚本，为每个分析的单个 C 提取甲基化。...单个 C 的位置将被写入一个新的输出文件，具体取决于其context（CpG、CHG 或 CHH），其中甲基化 Cs 将被标记 (+)，非甲基化 Cs 被标记 (-）。...bedGraph 计数输出可用于生成全基因组胞嘧啶报告，该报告显示基因组中每个 CpG（可选每个胞嘧啶）的数量，报告对两条链上的胞嘧啶提供了丰富的信息，因此输出会相当大（约 4600 万个 CpG 位置或...双末端读取的另一个有用选项称为“--no_overlap”：指定此选项将仅提取一次双末端读取中间重叠部分的甲基化（使用来自第一个reads的调用，这可能错误率最低）。
rule all 一个特殊的rule，只有输入文件，为最后的要输出的结果文件，如果一个snakemake中存在多个rule需要加上这个rule否则只会输出第一个rule的结果 params 指定运行程序的参数...temp 有时我们只需要最终结果文件，或者对某些中间文件并不关心，可以使用temp 删除指定的中间文件 rule test: input: "test.py" output...，生成yaml文件，将所需的样本名或者其他信息全部写入，在运行时只要导入文件即可 configfile: "samples.yaml" rule bwa: input: fa...指定运行的核数，若不指定，则使用最大的核数 -f 重新运行第一条rule或指定的rule -F 重新运行所有的rule，不管是否已经有输出结果 ❞ ❝sankemake -np ❞ 很有用，通过假运行...，可以检查自己的文件是否正确 可视化 ❝snakemake --dag | dot -Tpdf > dag.pdf ❞ 即可输出流程图，描述了每个rule的前后关系 流程的自动部署 在其他环境下同样使用相同的流程
to come. 1-snake_make特点 传统的shell 脚本开发的流程，其是输入为导向的，以测序数据为例，数据下载、过滤、质控、比对…… 比较麻烦的是，如果其中某个步骤发生了问题，可能需要很多的事件去定位发生问题的某一个或多个步骤进行...而snakemake 则是一种以输出为导向，向后回顾backward-looking 的方法，其工作流首先确定需要的输出文件类型，接下来选择适当地输入文件及软件以得到对应的输出。...snakemake 的工作流可以简单概括为：1）首先定义一些规则；2）设置需要的输出类型，snakemake 将会判断需要何种软件或流程以获得对应的输出类型。...-n 参数为试运行，-p 则将输出信息打印到shell。 我们可以仔细解读一下上面打印的snakemake 的执行过程。...因为此时，snakemake 成功地将我们指定的文件对应到了规则中的通配符位置。
它包含了一些字段和方法，用于解析命令行参数、执行Clippy的静态代码分析和打印结果。...output_msg_summary: 记录是否输出Clippy分析结果的概要信息，用于控制结果的显示。...output_msg_lint: 记录是否输出Clippy分析结果的详细lint信息，用于控制结果的显示。...Rustfmt可以通过配置文件来自定义格式化规则。然而，Rust的配置文件只能处理静态的、具体的值，而无法处理宏定义。 为了解决这个问题，lib.rs文件中定义了一组宏，用于处理配置文件中的宏定义。...具体而言，format-diff/main.rs文件实现了针对diff的格式化功能。它读取diff文件（通常是由git diff命令生成的）并对其中的代码进行格式化。
设置为包含当前分支上文件内容的临时文件的名称; REMOTE设置为包含要合并的文件内容的临时文件的名称，MERGED设置为合并工具应写入合并解析结果的文件的名称。...-c 使用此选项，合并提交的 diff 输出同时显示每个父项与合并结果的差异，而不是一次显示父项和结果之间的成对差异。此外，它仅列出从所有父母修改的文件。...--cc 这个标志意味着-c选项并通过省略不感兴趣的帅哥进一步压缩补丁输出，其中父母的内容只有两个变体，合并结果选择其中一个而不做修改。...这允许您在当前分支之上创建单个提交，其效果与合并另一个分支（或章鱼的情况下更多）相同。 使用–no-squash 执行合并并提交结果。此选项可用于覆盖–squash。...来自与我们方不冲突的其他树的更改将反映到合并结果中。对于二进制文件，整个内容都来自我们这边。 这不应该与 _ 我们的 _ 合并策略混淆，后者甚至不会查看其他树包含的内容。
分析器根据参数向文件服务拿去对应的 gcno gcda 文件，然后生成报告。 分析器通知相关人员报告结果。...1）解析 diffFile： 一个文件的 git diff 格式如上图所示，我们根据这个格式来解析 diffFile： 根据文件名匹配规则 diff--git(.*) 将 diffFile 解析为若干个文件的...diffInfoList，并且保存文件信息 根据 diff 块匹配规则 @@(.*)@@ 将每个文件的 diffInfo 解析为若干个 diff 块的 blockInfoList，并且保存块信息 根据增...':10,'addCount':1} 2）解析 info 文件： 根据文件名匹配 SF:*end_of_record: 规则将 info 解析为若干个文件的 fileInfoList，并且保存文件信息...3.4 输出可视化数据 通过行号平移、行号标记后的覆盖率数据，经过数据可视化层处理后的结果，示例如下： 我们为增量代码覆盖率增加了以下内容： 针对所有代码新增一栏增量代码的覆盖率信息。
Scripts即脚本语言，就是利用Unix shell语言或者其他的编程语言如Python、Perl等，将所需要的分析各部分串联起来，最后达到自己想要的结果。...这种理念是我们最直观的分析逻辑，也是最常用的流程框架。通常，生信刚入门的同学们会选择这种方式，简单而暴力；段位较高的同学，则会选择将分析内容进行包装，然后提供多个参数选择，增加流程灵活性。...这是因为Make引入了“隐式通配符规则”(implicit wildcard rules)的概念，通过文件的后缀以及特定的符号（<，@，$.等）对输入和输出文件进行描述，从而对其进行特定的转换，解决了编译是存在的各种依赖关系...如下利用bwa mem进行序列比对的Make规则： REF:=GRCh38.fa %.sam : %_1.fq %_2.fq bwa mem $(REF) $^ > $@ 由于Make原本就不是为科学流程而设计的...（Galaxy WES workflow） 此外，有些功能较多的生物信息学工具（如：SpliceGrapher）也会提供一个配置文件来管理参数，这样的好处是使得参数的浏览和修改更加直观，减少命令行参数的动态修改
--incremental 以设计用于机器消耗的格式逐步显示结果。 --encoding= 指定用于输出作者姓名和提交摘要的编码。将其设置为none会使非责任输出非转换数据。...wordRegex”配置变量中指定适当的正则表达式来自定义git diff --word-diff用于分割行中单词的规则。...程序应该采用单个参数，要转换的文件的名称，并在 stdout 上生成结果文本。...merge 作为动词：将另一个分支（可能来自外部存储库）的内容带入当前分支。在合并分支来自不同存储库的情况下，这通过首先获取远程分支然后将结果合并到当前分支来完成。...remote-tracking branch ref ，用于跟踪来自另一个存储库的更改。
作为生物学家，您可能需要帮助分析所有这些数据，并且一而再再而三的考虑与计算机科学家合作。...确保文件完好无损的一种方法是使用所谓的散列。我们不是查看整个文件，而是生成文件的描述(通常是由字母和数字组成的字符串)。如果两个文件相同，则将以完全相同的方式描述它们。...计算机科学家将把这些例子变成可以重复运行的测试。这将确保即使在多次修改代码之后，特定的输入文件仍将生成特定的输出文件。...虽然所有这些工具都将使您的研究更具重现性，但请注意，真正的重现性并不是使用定义的pipeline为非常特定的输入获得非常特定的输出。...起初，生物学家甚至可能无法完全定义他们所请求的pipeline的参数，但会根据数据指导他们的决定。其他时候，需要验证中间结果，这需要时间和精力。
输出中的所有file1文件在提交之前引用文件，并且所有file2文件在提交之后引用文件。将每个更改顺序应用于每个文件是不正确的。...输出中的 reflog 指示符可能显示为ref@{Nth}（其中Nth是 reflog 中的反向时间顺序索引）或ref@{timestamp}（带有该条目的时间戳），具体取决于以下几条规则： 如果起始点指定为...--cc 这个标志意味着-c选项并通过省略不感兴趣的帅哥进一步压缩补丁输出，其中父母的内容只有两个变体，合并结果选择其中一个而不做修改。...输出中的所有file1文件在提交之前引用文件，并且所有file2文件在提交之后引用文件。将每个更改顺序应用于每个文件是不正确的。...来自与我们方不冲突的其他树的更改将反映到合并结果中。对于二进制文件，整个内容都来自我们这边。 这不应该与 _ 我们的 _ 合并策略混淆，后者甚至不会查看其他树包含的内容。
下边是snakemake中的一些概念。rule脚本中的一步小的分析叫做rule，名字可以随便起，但是不能重名，也要符合python变量命名规范。...`trimmed=temp("results/trimmed/{s}{u}.fastq.gz")`，表示生成的fastq.gz输出的文件是临时文件，当所有rule用完这个文件后，就会被删除，这样做可以节约空间...，这也刚好是我raw文件夹下的4个需要分析的文件。...文件，虽然很长，其实就是一个判断你输入内容，然后交给fastp去执行的python脚本，所以我们需要按照作者的要求提供输入和输出文件名字，以及适当的额外参数。.../raw/v1.29.0/snakemake读取config/config.yaml文件configfile: "config/config.yaml"env创建smk环境，用于运行snakemake流程
同样的，我们依然在目录中“生成”下列测序文件： mkdir -p data/raw_nasty_names for i in kcr-wiwa-885261-L002-HGGXXX_R1.fastq.gz....fastq.gz' 2-制定snakemake规则 通过python 数据框的选择，我们可以通过指定索引列来对如文件的地址进行选择。...可是我们该如何将其整合进pipeline 的规则当中呢？ snakemake 实际上会使用wildcards对象，也就是通配符，我们符号中设置的通配符内容都会以该对象的属性传入命令行段落。...这种做法有两点好处： 当输入或输出文件较多时，通过命名，我们可以将它们进行分类； 便于使用unpack() 函数，这个函数允许我们设计用于命名规则的函数； 4-使用字典和变量传递 上面的步骤提示我们，snakemake...这里我们可以就上面的fq1_from_sample和fq2_from_sample方法整合起来，并将结果以字典形式输出： # define an input function that returns
一个好的生物信息分析流程可以让你事倍功半，有效减负，同时也有利于他人重复你的数据分析结果。...图一 高通量测序数据分析项目重现性的要点 其中，使用统一的管道（pipeline）、工作流程（workflow）就是其中最重要的一环。...常见的几种工作模式： 单个脚本就是一整个流程； 多个脚本组成一个流程； 封装成可以输入参数的命令行程序； 封装成函数/模块/包（包含示例文件、文档和测试）。...这类语言/工具最核心的部分：定义每一个计算过程（脚本）的输入和输出，然后通过连接这些输入和输出，构成数据分析流程（图二，图三）（如 Galaxy, wdl，cromwell，nextflow，snakemake...还有一些”非主流“流程构建方式： 博导流： “A 同学你过来一下，我们讨论一下你的课题，你可能需要写一个 Pipeline，输入病人 DNA、RNA 的测序 fastq 文件、表型数据，输出所有可以完成的生物信息数据分析结果
图一 高通量测序数据分析项目重现性的要点 其中，使用统一的管道（pipeline）、工作流程（workflow）就是其中最重要的一环。...常见的几种工作模式： 单个脚本就是一整个流程 多个脚本组成一个流程 封装成可以输入参数的命令行程序 封装成函数/模块/包（包含示例文件、文档和测试） 前两种（1和2）是大多数生物信息学初学者（不具备封装和打包能力...这类语言/工具最核心的部分：定义每一个计算过程（脚本）的输入和输出，然后通过连接这些输入和输出，构成数据分析流程（图二，图三）（如Galaxy, wdl，cromwell，nextflow，snakemake...、访问网页APIs的方式提交数据分析任务 构建文档即重新检查数据分析进程和状态、生成相应的运行状态可视化、表格等监控结果 完成上游数据分析之后可以直接开始进行下游个性化的数据统计分析和可视化、同时撰写结题报告...还有一些”非主流“流程构建方式： 博导流： ”A同学你过来一下，我们讨论一下你的课题，你可能需要写一个Pipeline，输入病人DNA、RNA的测序fastq文件、表型数据，输出所有可以完成的生物信息数据分析结果
结果输出与您从其他--*stat选项获得的输出一致。 files 通过计算更改的文件数来计算 dirstat 数。在 dirstat 分析中，每个更改的文件都相同。...用于合并的 diff 格式 “git-diff-tree”，“git-diff-files”和“git-diff --raw”可以使用-c或--cc选项为合并提交生成 diff 输出。...git pull 使用此命令来合并来自另一个存储库的更改，并且可以手动使用此命令将更改从一个分支合并到另一个分支。...这允许您在当前分支之上创建单个提交，其效果与合并另一个分支（或章鱼的情况下更多）相同。 使用–no-squash 执行合并并提交结果。此选项可用于覆盖–squash。...来自与我们方不冲突的其他树的更改将反映到合并结果中。对于二进制文件，整个内容都来自我们这边。 这不应该与 _ 我们的 _ 合并策略混淆，后者甚至不会查看其他树包含的内容。
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