java通配符的使用规则 说明 1、定义in变量，使用上限通配符。 使用extends关键字。 2、用super关键字用下限通配符来定义out变量。...3、如果In变量可以使用Object类中定义的方法访问，则用无界的通配符。 4、当代码需要访问In和out变量时，不要使用通配符。...EvenNumber extends NaturalNumber { public EvenNumber(int i) { super(i); } // ... } 以上就是java通配符的使用规则
本期内容主要以整理Snakemake的简单介绍[1]视频为主。 1啥是Snakemake Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。...当你整理好流程以后，只需简单替换几个参数，就能快速开始分析一个新的数据。 Snakemake 的另一个强大特性是它的并行处理能力。...它可以根据任务之间的依赖关系，智能地并行执行可以并行执行的任务，从而加快整个工作流程的运行速度。...每个规则定义了一个任务，规定了输入、输出以及执行任务所需的命令。Snakemake 可以根据这些规则自动解析依赖关系，确保任务按照正确的顺序执行，以及仅在需要时执行，从而最大程度地提高效率。...大括号为通配符，可以为任意字符串。 当我们运行snakemake ds1_plot.pdf时，它会从规则的output中找到能与ds1_plot.pdf匹配的。
它允许用户通过简单的Python语法定义分析步骤，管理数据和代码的依赖性。Snakemake支持灵活的规则定义，可以轻松地适应各种计算环境，包括单机、集群和云。...snakemake 的基本组成单位叫“规则”，即 rule；每个 rule 里面又有多个元素（input、output、run等）。工作流是根据规则定义的，这些规则定义了如何从输入文件创建输出文件。...规则之间的依赖关系是自动确定的，从而创建可以自动并行化的作业的 DAG（有向无环图）。...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出 ，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则...，可能会发生两个工作 并行运行同一规则想要写入同一文件 3、在shell 命令中，我们可以将字符串分成多行，Python 会自动将它们连接成一行。
snakemake 的工作流可以简单概括为：1）首先定义一些规则；2）设置需要的输出类型，snakemake 将会判断需要何种软件或流程以获得对应的输出类型。...这里我们就可以针对这个程序，编写一个snakemake 流程规则trim_awesome。...rule trim_awesome_001: ..... rule trim_awesome_002: ..... 4-学会使用通配符 有为伟大的人说过，“正则是我的光；通配符是我的太阳...虽然我们知道通配符代表了我们将要输入输出文件的命名范式，但snakemake 并不知道对应哪些文件。...因为此时，snakemake 成功地将我们指定的文件对应到了规则中的通配符位置。
Computing and Bioinformatics for Conservation and Evolutionary Genomics[1] 前言 有时候，我们获得的测序数据命名并不一定是规则的...1-pandas 类似于R 中的data.frame，python 中的pandas 也提供了一套处理数据框的操作。而同样是基于python 框架的snakemake，可以帮助我们很好的将二者融合。....fastq.gz' 2-制定snakemake规则 通过python 数据框的选择，我们可以通过指定索引列来对如文件的地址进行选择。...可是我们该如何将其整合进pipeline 的规则当中呢？ snakemake 实际上会使用wildcards对象，也就是通配符，我们符号中设置的通配符内容都会以该对象的属性传入命令行段落。...这种做法有两点好处： 当输入或输出文件较多时，通过命名，我们可以将它们进行分类； 便于使用unpack() 函数，这个函数允许我们设计用于命名规则的函数； 4-使用字典和变量传递 上面的步骤提示我们，snakemake
Date : [[2022-05-29_Sun]] Tags : #工作流/snakemake 参考： Snakemake Tutorial[1] 前言 继续介绍一些snakemake的进阶操作。...同样，我们可以把线程的信息配置在规则中： rule bwa_map: input: "data/genome.fa", "data/samples/{sample...比如当bwa 规则调用了8个线程，snakemake 则会将剩下的线程分配给其他数据执行bwa 以外的线程消耗数目较少的任务。...2-配置文件 我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...output}" 这里使用匿名函数： lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample] 我们可以像字典一样去访问它，比如当我们传入A 时，即传给了通配符对应的
SQL通配符字符 通配符字符用于替代字符串中的一个或多个字符。通配符字符与LIKE运算符一起使用。LIKE运算符用于在WHERE子句中搜索列中的指定模式。...% 通配符表示任意数量的字符，甚至是零个字符。...然后是任何 3 个字符，以 "on" 结尾的城市的客户： SELECT * FROM Customers WHERE City LIKE 'L___on'; 使用 [] 通配符 [] 通配符返回一个结果...示例 返回以 "b"、"s" 或 "p" 中的任何字符开头的所有客户： SELECT * FROM Customers WHERE CustomerName LIKE '[bsp]%'; 使用 - 通配符...的客户： SELECT * FROM Customers WHERE CustomerName LIKE '_r%'; 没有通配符 如果没有指定通配符，短语必须精确匹配才能返回结果。
直接使用snakemake即可： snakemake -np mapped_reads/A.bam 同样，我们也可以在我们的规则中，使用通配符： rule bwa_map: input:...，shell 中的语法规则有所不同。...3-编写target规则 默认情况下，snakemake 会将工作流中的第一个rule 作为target，也就是将该条rule 下的output 作为snakemake 的默认输出。...，这里指定的实际上是input，而非output，如果我们在all 规则中书写的是output，则all 规则将孤立，错误的输出结果： $ snakemake -np Building DAG of jobs...-y pysam matplotlib bwa samtools bcftools snakemake graphviz 发现snakemake 也是可以直接在规则中整合使用的conda 环境的：
作者：Frederic Descamps 译者：徐轶韬 MySQL 8.0.27引入了一个新变量“innodb_ddl_threads”，用来控制 InnoDB 创建（排序和构建）二级索引的最大并行线程数...下表记录了摘要，用于查看这些变量的影响： ddl 缓冲区大小 ddl 线程 平行阅读 执行时间处理时间 1048576 4 4 9 分 0.6838 秒 104857600 8 8 4 分 8.3601...，通过增加用于 InnoDB DDL 线程的缓冲区大小来实现最佳性能。...请注意，此功能还提供了在同一个 alter 语句中为一个表并行构建多个索引的可能性： SQL alter table booking add index idx_2(flight_id, seat,...这种在 InnoDB 中处理在线 DDL 的新方法是一个非常好的改进，欢迎读者试用。
这是因为Make引入了“隐式通配符规则”(implicit wildcard rules)的概念，通过文件的后缀以及特定的符号（<，@，$.等）对输入和输出文件进行描述，从而对其进行特定的转换，解决了编译是存在的各种依赖关系...，自然也会有它的缺点： Make不能够在集群上的多个节点上分派任务进行平行化的运算，这就对于大型任务而言增加了用户的等待时间； Make的语法是限制一个通配符只能在一个规则里面使用，不同规则里面通配符不能互相识别...Implicit convention frameworks（基于Make的框架） 这类框架最典型的例子是Nextflow、Snakemake，它们在保留了make一贯的隐式通配符的风格（即用rule中定义的通配符来实现上下游文件的依赖关系...下面是Snakemake的例子： rule align_with_bwa: input: pair1 = "{sample}_1.fq", pair2 = "{sample...，那么就可以使用Implicit/Explicit类的流程，如：Snakemake、Nextflow等，而这一类的流程也比较适合刚入门生信的小伙伴们去尝试； 如果是需要进行高性能流程开发，致力于解决特定的生物学问题
安装 推荐使用conda创建python3环境安装 ❝conda install -c bioconda snakemake ❞ 命令与规则 组成规则 rule test: input:...组成，每一个rule执行一个任务，通过不同的rule串联完成流程，snakemake还支持断点重启。...rule all 一个特殊的rule，只有输入文件，为最后的要输出的结果文件，如果一个snakemake中存在多个rule需要加上这个rule否则只会输出第一个rule的结果 params 指定运行程序的参数...解析rule中的conda规则 configfile: "samples.yaml" rule bwa: input: fa = "fastq/genome.fa",...在当前目录下运行(-cwd), 投递到指定的队列(-q) # --j N: 在每个集群中最多并行N核 ❞ Reference [1] snakemake文档: https://snakemake.readthedocs.io
Snakemake展现gatk4生成正常样本的germline突变数据库流程图 这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图，整个流程是用Snakemake写的，这个图片也是Snakemake...Snakemake的使用 Snakemake是基于Python写的流程管理软件，我理解为一个框架。Snakemake的基本组成单位是rule，表示定义了一条规则。...这是Snakemake的一个优点，另外Snakemake支持“断点续行”，假如你的任务运行到一半因为某种原因中断了，你可以重新运行一下命令，Snakemake会机智的从中断的地方继续运行，已经成功运行的任务不会重复运行...；Snakemake支持并行处理任务，可以设定运行核心数或并行任务数，也可以将任务投递到集群运行。...通过添加--cores/--jobs/-j N参数可以指定并行数，如果不指定N，则使用当前最大可用的核心数。一切准备妥当，运行命令snakemake --cores 16，程序就跑起来了。
我们使用的所有层（包括文字嵌入，注意力，MLP和softmax层）可以并行操作，而尽管有这种并行机制，下面所描述的“派生预测器”,也可以实现高质量，有条理的输出转换。...DeepMind引入了ByteNet，它使用基于卷积神经网络的并行树结构来替代RNN。...“NPD”是指嘈杂的并行解码，这意味着并行地尝试几个不同的派生计划，然后选择最好的一个。自回归模型使用相同的架构和相同的模型大小; “b = 4”表示集束大小为4的集束搜索。...示例 我们模式的好处之一是有一个简单的方法来获得更好的翻译：并行地尝试几个不同的派生计划，然后从另一个同样快速的翻译模型中选择最好的输出。...下面以罗马尼亚语为英语的示例显示“噪音并行解码”过程： [图片] 图4：噪声并行解码的例子。首先，编码器在输出句子中产生几个可能的计划，如中间所示，用于分配空间。
snakemake学习笔记007~slurm的cluster提交任务 主要参考 https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/snakemake-chap.html...--cluster 'sbatch --cpus-per-task={threads}' --jobs 12 -s snakemake_hpc.py 唰一下就结束了 试了下更长的命令 snakemake...snakemake学习笔记007~slurm的cluster提交任务 image.png 我的文件存储层级如上，按照之前的通配符的写法，他会组合出PRJNA001/SRR0002_1.fastq.gz...前面组合文件夹和文件的命令还是有点多的，不知道有没有简单的的方法 看到有的解决办法里还用到了lambda函数，还得仔细看一下lambda的用法 这里换成我真实的数据集后会遇到内存不够的情况，需要再snakemake...还需要仔细看snakemake的文档 我真实数据的代码 import os raw_fastq_folder = "/mnt/shared/scratch/myan/private/pomeRTD/00
在数据中心光模块就产生了两种传输方案—并行和波分。在当前100G以及以下速率的数据中心，短距离光模块使用的更多是并行技术。图片什么是并行光学技术?...并行光学技术是一种特殊的光通信技术，在链路两端发射并接收信号，通常采用并行光学收发光模块来实现两端的高速信号传输。...在并行光学的信号传输中，链路两端的并行光模块中含有多个发射器和接收器，采用多条光纤，信号通过多条路径传输和接收，并行传输利用可支持每秒 10 至 100 Gigabit 数据速率的多个通道。...最早采用的CWDM4组件是基于薄膜滤波片TFF的Z-block技术,如图所示,8个TFF滤波片分两组粘贴在一个斜方棱镜上,一组用于波分复用,另一组用于波分解复用,各滤波片的透射波长分别为1271nm、1291nm...在应用趋势上，AWG多应用于传统光模块接收端，具备极佳的成本优势和封装优势。
图一：我们的模型的概述。我们使用的所有层（包括文字嵌入，注意力，MLP和softmax层）可以并行操作，而尽管有这种并行机制，下面所描述的“派生预测器”,也可以实现高质量，有条理的输出转换。...DeepMind引入了ByteNet，它使用基于卷积神经网络的并行树结构来替代RNN。...“NPD”是指嘈杂的并行解码，这意味着并行地尝试几个不同的派生计划，然后选择最好的一个。自回归模型使用相同的架构和相同的模型大小; “b = 4”表示集束大小为4的集束搜索。...示例 我们模式的好处之一是有一个简单的方法来获得更好的翻译：并行地尝试几个不同的派生计划，然后从另一个同样快速的翻译模型中选择最好的输出。下面以罗马尼亚语为英语的示例显示“噪音并行解码”过程： ?...图4：噪声并行解码的例子。首先，编码器在输出句子中产生几个可能的计划，如中间所示，用于分配空间。这些派生计划中的每一个导致不同的可能的输出翻译，如右图所示。
本文贡献 本文提出了一种新的压缩算法-ndzip，它基于一个快速，且并行整数近似的的知名预测器，并结合了对硬件友好的块细分方案； ndzip 的高性能多级并行实现，利用 SIMD 和线程级并行；...线程并行的 pFPC 变体允许通过以块的形式处理输入数据来进一步确定压缩吞吐量的优先级。...MPC MPC 是一种用于 GPU 的快速压缩方案。将一个简单的一维值预测器与一个位重组方案相结合，可以很好地映射到目标硬件的残差中去零位。...整数洛伦兹变换 浮点洛伦兹预测器（Floating-point Lorenzo Predictor） 对于多维数据的预测是非常高效的，但是单独位模式的残差计算需要解码器从已经解码的临近值重建每个预测，从而引入限制并行计算的依赖...CMake >= 3.15 Clang >= 10.0.0 Linux (我这里用的Ubuntu20) Boost >= 1.66 Catch2 >= 2.13.3 (可选，用于单元测试和微基准测试)
不过这样的话， 需要考虑的细节问题就有许多，比如： 路径问题，结果或日志文件的输出，需要提前创建好对应的父目录 需要自行编写特定命令实现并行运算 总线程数控制，内存资源控制 调用其他语言的脚本运行任务，...流程 Snakemake简介 Snakemake是一个工作流引擎系统，提供了基于Python的可读性流程定义语言,可重现,可扩展的数据分析的工具和强大的执行环境，无需流程更改就可从单核环境迁移到集群，云服务环境上运行...snakemake workflow 由一系列的rules 组成，每个rule为一个分析步骤，用于执行特定的功能。snakemake 流程是以输出为导向的。...snakemake wildcards ，类似于linux 的通配符,用来匹配对应的字符，这里用来匹配样本名 $ ls data/*.fastq.gz data/ENCFF035OMK.fastq.gz...shell: "fastqc -o 02fqc/raw -f fastq -t {threads} --noextract {input} 2> {log}" rule raw_fq 用于
equivalent adversarial rules for debugging nlp models」（用于调试 NLP 模型的语义等价对立规则）。...Which color), (What NOUN -> Which NOUN), (WP color -> Which color), (What color -> WP color) 因为这个过程适用于每对...专家可以看到关于规则创建的即时反馈：他们知道在 100 个示例中，有多少示例受到规则的干扰，有多少示例的预测标签受到干扰。为了进行公平的比较，他们被要求创建尽可能多的规则，并从中选出最好的 10 个。...人与机器结合的结果优于只有人或者只有机器。他们还比较了专家创建规则与评估机器创建的规则所需的平均时间（秒）。 ?...另一方面，这种方法适用于没有梯度访问的黑盒模型，因此比基于梯度的方法更通用。 本文提供了一个清晰的框架，并明确地提出了对抗性文本示例应遵循的特征。这个定义与计算机视觉中的对抗性例子非常兼容。
Bismark 将在此目录中创建两个单独的文件夹，一个用于 C->T 转换的基因组，另一个用于 G->A 转换的基因组。...创建 C->T 和 G->A 版本的基因组后，它们将使用 bowtie-build (或 bowtie2-build) 并行索引。...要创建用于 Bowtie 2 的基因组索引，还需要包含选项 --bowtie2。.../BAM 文件中的重复数据，建议用于WGBS，但不建议应用于RRS (reduced representation shotgun)，如 RRBS、amplicon or target enrichment...bedGraph 计数输出可用于生成全基因组胞嘧啶报告，该报告显示基因组中每个 CpG（可选每个胞嘧啶）的数量，报告对两条链上的胞嘧啶提供了丰富的信息，因此输出会相当大（约 4600 万个 CpG 位置或
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