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    R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

    遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候,我想给进化树的枝分组映射颜色,对应的推文是跟着Nature Genetics学画图:R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的,如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...(values=colors, na.translate=FALSE)+ #scale_color_discrete(na.translate=FALSE)...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python

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    如何在 Python 中搜索和替换文件中的文本?

    在本文中,我将给大家演示如何在 python 中使用四种方法替换文件中的文本。 方法一:不使用任何外部模块搜索和替换文本 让我们看看如何在文本文件中搜索和替换文本。...然后我们将 t=read 并使用 read() 和 replace() 函数替换文本文件中的内容。...with open(r'Haiyong.txt', 'w',encoding='UTF-8') as file: # 在我们的文本文件中写入替换的数据 file.write(data) # 打印文本已替换...语法:路径(文件) 参数: file:要打开的文件的位置 在下面的代码中,我们将文本文件中的“获取更多学习资料”替换为“找群主领取一本实体书”。使用 pathlib2 模块。...','r+') as f: # 读取文件数据并将其存储在文件变量中 file = f.read() # 用文件数据中的字符串替换模式 file = re.sub(search_text

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    R语言提取PDF文件中的文本内容

    有时候我们想提取PDF中的文本不得不借助一些转化软件,本次教程给大家介绍一下如何简单从pdf文件中提取文本的R包。 安装R包: install.packages("pdftools")。...读取文本的命令: txt=pdf_txt(“文件路径”)。 获取每页的内容,命令:txt[n] 获取第n页的内容。 获取pdf文件目录: doc=pdf_toc(“文件路径”)。...当然doc变量中的目录还不是标准化的格式,那么我们需要一个通用json格式,需要安装R包jsoblite。...文本转换命令:json=toJSON(toc, auto_unbox = TRUE, pretty = TRUE)。再利用函数fromJSON(json),我们就会把目录转化成为向量。...也就拿到了文档的整个目录。 综上步骤,我们便可以随便获取任意章节的任意内容。那么接下来就是对这些文字的应用,各位集思广益吧。

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    文本或代码中 n 和 r 的区别

    \r\n"); 那你知道这些 \n 和 \r 的区别吗? 一、关于 \n 和 \r 在 ASCII 码中,我们会看到有一类不可显示的字符,叫控制字符,其中就包含\r 和 \n 等控制字符。 ?...在微软的 MS-DOS 和 Windows 中,使用“回车 CR('\r')”和“换行 LF('\n')”两个字符作为换行符; Windows 系统里面,每行结尾是 回车+换行(CR+LF),即“\r\...Linux 保存的文件在 windows 上用记事本看的话会出现黑点。这个应该很多人都看到过,比如,Keil 代码中直接显示换行符: ?...在不同平台间使用 FTP 软件传送文件时, 在 ascii 文本模式传输模式下, 一些 FTP 客户端程序会自动对换行格式进行转换. 经过这种传输的文件字节数可能会发生变化。...一个程序在 windows 上运行就生成 CR/LF 换行格式的文本文件,而在 Linux 上运行就生成 LF 格式换行的文本文件。

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    R语言中的特殊值及缺失值NA的处理方法

    通常来说,R语言中存在: NA NULL NaN Inf/-Inf 这四种数据类型在R中都有相应的函数用以判断。 NA NA即Not available,是一个长度为1的逻辑常数,通常代表缺失值。...drop_na(df,X1) # 去除X1列的NA 2 填充法 用其他数值填充数据框中的缺失值NA。...replace_na(df$X1,5) # 把df的X1列中的NA填充为5 2.3 fill() 使用tidyr包的fill()函数将上/下一行的数值填充至选定列中NA。...fill(df,X1,.direction = "up") # 将NA下一行的值填充到df的X1列中的NA 除此之外,类似原理的填充法还有均值填充法(用该变量的其余数值的均值来填充)、LOCF(last...3 虚拟变量法 当分类自变量出现NA时,把缺失值单独作为新的一类。 在性别中,只有男和女两类,虚拟变量的话以女性为0,男性为1。如果出现了缺失值,可以把缺失值赋值为2,单独作为一类。

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    【R语言】根据映射关系来替换数据框中的内容

    前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub,还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。...接下来我们要做的就是将第四列中的注释信息,从转录本ID替换成相应的基因名字。我们给大家分享三种不同的方法。...result2中 result2=bed #使用stri_replace_all_regex进行替换 #将rownames(mapping),即转录本ID替换成mapping[[1]],即基因名字 result2...bed文件中的内容存放在result3中 result3=bed #使用mgsub进行替换,将rownames(mapping),即转录本ID替换成mapping[[1]],即基因名字 result3$...参考资料: ☞R中的替换函数gsub ☞正则表达式 ☞使用R获取DNA的反向互补序列

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    用R进行网站评论文本挖掘聚类

    对于非结构化的网站中文评论信息,r的中文词频包可能是用来挖掘其潜在信息的好工具,要分析文本内容,最常见的分析方法是提取文本中的词语,并统计频率。...频率能反映词语在文本中的重要性,一般越重要的词语,在文本中出现的次数就会越多。词语提取后,还可以做成词云,让词语的频率属性可视化,更加直观清晰。 比如对于如下的网站评论信息: ?...通过一系列的文本处理和高频词汇的提取,最后结合聚类,我们可以得到如下的可视化结果。 第一类客户: ? 第二类 ? 第三类 ?...这是根据某网站成交评论制作的可视化词云,词频的统计,分词和词云的制作都是用R,最后做了聚类,将不同的用户聚成了3个类别。这个图能很直观看到,每个类别的客户的特点。...,res); #清理文本里的回车!

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    学徒讨论-在数据框里面使用每列的平均值替换NA

    最近学徒群在讨论一个需求,就是用数据框的每一列的平均数替换每一列的NA值。但是问题的提出者自己的代码是错的,如下: ? 他认为替换不干净,应该是循环有问题。...#我好像试着写出来了,上面的这个将每一列的NA替换成每一列的平均值。 #代码如下,请各位老师瞅瞅有没有毛病。...:我是这么想的,也不知道对不对,希望各位老师能指正一下:因为tmp数据框中,NA个数不唯一,我还想获取他们的横坐标的话,输出的结果就为一个list而不是一个数据框了。...)] <- tmp[nrow(tmp),i] } tmp 我的答案 不知道为啥,大家好像一直无法get到R语言编程的便利性!...(x)]=mean(x,na.rm = T) return(x) }) 大家可以对比一下,看看自己的R语言水平停留在哪一个答案的水平 学徒作业 把 melt 和dcast函数,自己写一遍自定义函数实现同样的功能

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    用R语言进行文本挖掘和主题建模

    在这篇文章中,我们将只讨论文本数据。在系列后面,我们将会谈论到其他非结构化数据. 我们阅读的书籍,博客,新闻文章,网页,电子邮件等都是文本数据。所有这些文本都为我们提供了大量的信息,并不断增长。...而且,当世界倾向于智能机器时,处理来自非结构化数据的信息的能力是必须的。对于人类和智能机器来说,从大量的文本数据中挖掘信息是必需的。...以下是我们的系列将进一步讨论的几个主题: 主题建模 文档聚类 文档分类 文字摘要 这篇文章主要关注主题建模。在接下来的帖子中,我们将深入到其他任务。...当我们在R中创建语料库时,文本会被标记并可供进一步处理。...这是一个重要的步骤,因为解释和分析文本文件,它们最终必须转换成文档术语矩阵。 DTM包含每个文档的术语出现次数。 DTM中的行代表文档,文档中的每个词代表一列。

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    一款简单的文本替换工具

    诞生缘由 本人经常阅读一些技术文章,觉得写的比较好且于我比较实用的文章,我都会转载于此博客网站。此时就会用到一些html转md工具,但是略有瑕疵。...比如代码块的转换,正常是``` 代码 ```,转换的也正常,但是我的md可以指定代码的语言,比如```bash 代码 ```。为了完美,我每次都是手动替换,这对于程序员来说,是我给程序员丢脸了。...所以用js写了一个简单的文本替换工具。 工具介绍 工具是纯js,所以我部署到GithubPage上了,网址:点击me 界面如下: 重点说明第二个和第三个红框。...比如abcabcabcabc,a出现了四次,只需要替换第一个和第三个,也就是每出现两个a,替换每两个中的第一个,所以替换的周期是2,替换位置是1。...但是,如果想每三个替换第一个,就会替换第一个和第四个a。每三个替换第二个则只会替换第一个a。 所以这款工具是循环替换的,如果每个都要替换,则可以两个选项都写1。

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