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BIB | 基于采样GCNmiRNA-关联

该文章中,作者开发了一种新的基于卷积神经网络的方法,用于miRNA和的关联预测(MDA)。实验结果表明,该方法不仅可以有效的预测新的MDA,还可以预测新的miRNA和新的。 许多研究证明,miRNA与人类复杂的发展高度相关。因此,鉴定的miRNA和之间的关联,不仅可以提高的机制的认,而且有助于的预防,诊断和治疗。 因此,开发MDA的计算方法是十分必要的。网络科学是探索复杂生物系统的基础,它将生物分子作为节点,生物分子之间的相互作用作为边。 因此,该研究从上述两种视角出发,首次提出了关于MDA预测问题的六个实验任务:分针对平衡和非平衡数据,预测新的MDP、新的miRNA和新的。 MDA-GCNFTG方法案例研究该研究分针对和miRNA进行案例研究,这是首次在MDA预测领域进行了关于miRNA的案例研究。对于,选择了肺肿瘤和乳腺肿瘤。

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业界 | AI医疗新突破:增强罕见的影数据集,大幅提高准确率

选自Science Daily机器之心编译参与:晓坤AI 特是深度学习在提升医疗诊断的速度和准确率上拥有相当的潜力,但在临床医师可以驾驭 AI 的能力医学(例如 X 射线影)中反映的之前 实验表明,通过数据增强,无论对常见还是罕见,系统的准确率都有大幅提高。? 摄影:Jess MacInnis由于以监督学习方式训练 AI 系统的医学非常稀少,医学中的罕见对于研究者而言一直是很有挑战的问题。 「我们正在创建模拟的但反映了特定罕见的 X 射线影,从而我们可以将它们和真实 X 射线影结合起来,以得到足够规模的数据库,来训练神经网络在其它 X 射线影这些。」 「这为我们提供了更多的训练数据,并提升了这些系统在罕见上的性能。」MIMLab 将用增强数据集获得的准确率和原始数据集获得的准确率进行对比,发现对于常见,其准确率提高了 20%。

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    人工智能“面诊”罕见遗传,准确率可达 90%

    片来源:Nature 】 近日,美国FDNA公司在国际知名医学科研期刊《自然医学》(Nature Medicine)上发布了题为《使用深度学习遗传的面部表型》(Identifying facial 在用三项典型遗传对系统进行测试的过程中,DeepGestalt表现出优于临床医师遗传的能力。 AI“面诊”罕见遗传论文提到,遗传综合症影响了世界范围内8%的人口,许多综合症具有可的面部特征。 在502张显示92种不同综合症患者的上进行测试时,Deepgestalt用了90%的时间对做出10种可能诊断,从而确定了目标。 另外也有声音质疑DeepGestalt存在种族歧视,算法对白种人的率比黑种人率要高得多。

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    . | 基于的药物发现

    通过为相关模式挖掘画分析,可以揭示出未知的生物学活性,这对于药物发现过程中的相关的可筛选表型、了解机制并预测药物活性、毒性或相互左右等许多步骤都是有用的。 2基于的画分析基于的画分析需要的不是专门的设备或试剂,而是代表不同例(例如患者的类)或治疗条件(例如化学系统、遗传系统、时间点或生物系统的其他扰动)的生物样本1)。 1 基于的画分析流程画分析的表型发现和筛选画分析的表型发现和筛选中,首先通过准备一些代表状态和健康状态的生物样本集的策略(相关的表型)(表1),然后捕获基于的画分析,并样本与健康样本之间的可重现的表型差异 最后用已处理的表型来(a)测试大量化学药品以逆转,或(b)从健康状态的化学扰动中虚拟查询现有的基于的特征数据集细胞以那些其干扰产生负相关的细胞表型。? 扩展的基于的画分析包含许多可立即记录各种和作用机制(MOA)信息的功能组合(重叠或不重叠)。

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    邓侃解读:深度学习历分析前沿进展

    ,让我们能够清晰、量化地定义表型;将也编码成张量,构建统一的患者画,完整表达情描述,实现临床导航和发预测……曾经是冷门中的冷门,正在迎来一个又一个的进展。 而且情组合与之间的关系,往往是非线性的,不能用一个静态常数来表达。也就是说,医学知谱与电子地相比,点相似,而边不同。 表型的新方法,这事儿意义重大。医学教科书对各种的表型定义,往往界定不清。同样一个情组合,可能符合多种的表型。为什么医学教科书不把多种相似之间的甄边界,描述得更清晰、更量化? 一代又一代医生,以一代又一代患者的生命为代价,自行总结的甄界定,而且这个经验往往无法分享传承。如果医学知谱的张量超点,能够精确地界定表型,功德无量。 譬如说,通过反向追溯,确定某个与哪些情描述有关。把这些情描述,组合起来,构建成医学知谱中的超点(hypernode)。

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    《自然》杂志医疗AI领域最新成果系列二:关于皮肤患者的AI解决方式

    他们还评估了该系统直接通过癌症的能力,以及更复杂的诊断灶组。数据他们使用了来自18个不同公开数据集和一个斯坦福医院的私有数据集的13万张皮肤的照片作为该深度学习系统的训练数据。 有趣的是,这篇论文中数据的标签与我之前那篇博文中的标注方法有很大的差。他们没有用分数对进行分级,而是着眼于所有的2032种皮肤。 也就是说,它不仅仅可以诊断具体是哪个,而且可以属于哪个灶组。他们在论文里提到,皮肤被诊断成三个级,分是:良性、恶性和非肿瘤。这三类下,又分细化成9个类。 本文的t-SNE可视化表明,虽然主要变类聚集在一起,但存在重叠的边缘例。 更细粒度的类的训练确实有助于正确这些令人困惑的。 Google和斯坦福团队都决定缩小他们的样本。这些决定是基于专家的知,个眼科医生的标签很可能有准确率问题,不过缩小的仍然包含有用的诊断信息。

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    【3万患者11万14类理】NIH公开大规模胸部X光数据集

    Openi 是迄今最大的公共胸部X射线数据集,由于只有4143张正面视的胸部X光片,用于胸部的深度神经网络的性能受到严重限制。 在这个数据库中,NIH提供了近期工作中使用数据集的一个增强版本(增加了6个和更多的),规模大约是Openi的正面胸部X光片数量的27倍。 这个数据集的规模,从总数和胸腔频率来看,也将会更好地促进深度神经网络的训练。详细信息:3万+患者,11万+,14类常见理,以及更多? ID,患者年龄,患者性,以及位置。 构建真正大规模医学数据集以下是吕乐博士今年5月GTC演讲《构建真正大规模医学数据集:深度标签发现和开放端》的部分PPT,从中可以了解到本次NIH公布的大规模胸部X光数据集背后的具体工作。??

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    动态 | 继DeepMind发力眼后,IBM的认知计算能诊断95%的早期青光眼

    DeepMind 比较熟悉的读者想必都知道,去年凭借 AlphaGo 战胜李世石后,DeepMind 开始发力医疗领域,与英国国家医疗服务体系(NHS)进行了二度合作,并和 Moorfields 眼科医院一同开发视觉的机器学习系统 据统计,有一半的用户都是在未经检查的情况下失明的,甚至,他们都还没来得及意到自己得了青光眼。虽然青光眼并不是无药可医,但早发现早治疗的方针不论对于什么都同样适用。IBM 研究院密切关注这一。 IBM 研究院存在的另一个挑战在于临床医师有限的经验可能很难发现视网膜的细微变化。对那些偏远地区的潜在患者而言,昂贵的交通及看难也给他们带来了不便。 机器通过训练眼球的解剖,已经学习了如何眼球的一些可能异常,以诊断青光眼一样难以察觉的眼。 近日,IBM 研究院发布了相关的研究结果,在视杯及视盘的检测上,机器达到了 95% 的准确度,并且会向疑似得了眼的患者建议做二度检查。眼分析的另一个关键点在于机器在扫描视网膜后能进行自动筛选。

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    |半监督深度聚类方法Smile-GAN:从大脑结构中阿尔茨海默症

    Nasrallah等共同发表在Nature Communications的研究成果:本文提出了Smile-GAN模型(半监督聚类生成对抗网络),这是一种半监督深度聚类方法,它能够通过神经成特征阿尔茨海默亚型 1.研究背景神经精神通常在神经影学和临床表型上具有很强的异质性,这是对精确诊断和预后的一大挑战。 在此背景下,本文提出了Smile-GAN模型,通过亚型来研究的异质性,这些亚型具有不同的发展模式,且对治疗有不同的反应。 因此,它适用于任何在成或其他类型生物医学数据中具有类似变化模式的,包括但不限于其他神经退行性和神经精神。局限性:对照组的选择,会对结果产生关键影响。 因此在实验中,微小的萎缩可能无法被模型清楚地到。

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    学术资讯|腾讯优斩获2019 MICCAI AGE Challenge三项冠军

    image.png青光眼是世界上不可逆失明的主要原因,是一种涉及眼的前部和后部的。房角的解剖结构异常可能导致眼压升高,并逐渐导致青光眼性视神经变。 这种被称为“原发性闭角型”(PACD),是亚洲青光眼的主要类型。PACD患者在房角和眼生物测定学参数方面与开角型受试者具有特征性的结构差异,包括狭窄的房角,短的轴向长度,较厚的晶状体等。 医生可以基于OCT患者属于开角型或闭角型青光眼(即开闭角分类)。同时,基于巩膜刺(SS)的定位,医生可以执行角度参数的测量,包括角度张开距离(AOD),小梁虹膜间隙区域(TISA)等。 目前,由腾讯觅影和优实验室联合推出的眼底AI筛查系统,涵盖了眼底常见种,支持包括糖尿性视网膜变、青光眼、年龄相关性黄斑变性、白内障、视网膜静脉阻塞、高血压眼底理性近视等等多种常见眼底的自动化 目前,糖网准确率97%,分期准确率85%,青光眼准确率超过了95%。 “腾讯觅影” 眼底筛查AI系统能够完成自动化质控,和输出报告等工作。

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    .| AI医疗影诊断: 慢性肾和2型糖尿检测及发预测

    (年龄、性、身高等)相结合来慢性肾(CKD)和2型糖尿(T2DM),并预测发展风险对患者进行分级。 1 背景CKD和T2DM都是流行且高风险的常见慢性,早期诊断和治疗对于减少相关并发症和死亡率至关重要,然而许多患者没有症状或只有非特异性的症状,早期和诊断仍然具有挑战性。 人眼视网膜可以快速无创获得,通过视网膜能以非侵入性的方式观察血管、神经和结缔组织,也已有早期证据表明根据眼底照片系统性和临床指标具有可行性,而目前尚未有基于标准baseline预测CKD发以及 2.3 CKD和early CKD作者结合眼底以及年龄、性、身高等临床数据进行CKD预测探索,开发了三个模型:(1)仅使用临床元数据的baseline随机森林模型;(2)仅使用眼底的深度学习模型 3 总结与展望本文模型以高度的准确性检测CKD和T2DM,并在任何临床表现之前,仅根据眼底预测未来的发展,模型不仅适用于使用专业相机获得的临床级视网膜,也适用于使用智能手机拍摄的眼底

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    心脑血管被两会重点关注,谈谈AI能帮点儿什么?

    AI医疗介入心脑血管领域,已经十分必要。心脑血管影,AI医疗产品的高地刚刚过去的冬天格外寒冷,加之春节、元宵大吃大喝的习惯,那段喜庆的节日里心脑血管反而呈现高发态势。 AI+医疗是一个宽泛的概念,如(来源:健康界):医学影占了大头,例如最近一两年,肺结节影产品扎堆上线,影的心脑血管玩家却十分稀少,该领域到目前为止仅出现一家名叫“数坤科技”的创业企业,不久前的 大蛋糕玩家少肯定是有原因的:1、技术角度:心脏砰砰跳,影更难“对付”CT简单说是通过某部位不同角度的多幅X光二维重建出立体的三维,由此确定症。 2、看菜吃饭当然舒坦,但心脑血管得自己“炒菜”心脑血管的影少有开源资源,加之心血管非常复杂,单纯的冠状动脉粥样硬化便需要诸多专业知去辅助诊断,数坤的产品组合,即冠心智能辅助诊断系统CoronaryDoc 医学界很多知、方法也是相通的,作为技术壁垒高的影,心脑血管也存在着被其他种所通用的技术,推一及百。

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    【谷歌AI以眼心】超越人类医生,从视网膜心脏

    除了从视网膜预测各种风险因素(年龄,性,吸烟史,血压等),我们的算法在直接预测心血管风险方面准确率很高。算法使用整个来量化与心脏发作/中风之间的关联。 基于两张视网膜,一张是(最多5年后)经历过重大心血管(例如心脏发作)患者的视网膜,另一张是没有突发心血管的患者的视网膜,我们的算法能够以70%的准确率出罹患心血管的患者。 我们的数据集有许多标注有吸烟状况、收缩压、年龄、性和其他变量的,但只有几百个心血管的例子。我们期待在更大和更全面的数据集上开发和测试算法。 他们还评估了严重视网膜变并检测黄斑水肿的能力。数据:他们对13万个视网膜照片进行了训练,每个级由3到7名眼科医生进行评估,最终的标签以多数票决定。 如依靠计算机视觉的智能医疗影,已经随着深度学习等技术的使用,来到了“超越人类水平”的临界点。

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    【科技】医学界新突破!通过机器学习技术可准确地预测肾脏的生存时间

    “尽管理学专家训练有素的眼睛能够判断的严重程度,并能以惊人的准确性检测出组织理学的细微差,但这种专业知并不是在所有地方都能得到,特是在全球范围内。” 人工智能和成分析是帮助理学家完成这些任务的技术。人工智能可以多GB素的案,为人类临床医生无法匹配的令人难以置信的大量数据提供了详细的分析级。 研究人员利用谷歌的Inception V3架构,对数百万张进行了预训练,以支持对可用肾活检切片的变化进行。该算法经过训练,以确定可能的肾生存率为1年、3年和5年。 结果显示,在预测3个目标时段的肾生存率时,CNN模型比理学家估计的评分系统好得多。该算法还能更准确地肾脏的个体状态。? “尽管如此,使用有经验的肾脏理学家的准确性的计算机对组织学进行分类的能力,有可能影响肾脏的实践,特是在资源有限的环境中。”

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    医疗 | 美国FDA首次批准AI诊断系统,通过视网膜照片鉴眼科

    这个名为IDx-DR的软件程序可以通过观察视网膜的照片来判断患者是否有眼科。它的工作原理是这样的:护士或医生上传人视网膜的照片,这些照片是用专门的视网膜摄机拍摄的。 IDx-DR软件首先判断照片的清晰度是否支持下一步的判断。然后,对这些合格进行分析,以确定人是否患有糖尿性视网膜变。 糖尿性视网膜变是糖尿性微血管变中最重要的表现,是一种具有特异性改变的眼底变,是糖尿的严重并发证之一。 在一项使用超过900张的临床试验中,IDx-DR正确检测到糖尿性视网膜变的准确率为87%,正确患者的准确率为90%。 开发自主诊断的算法,是当前的流行趋势。今年早些时候,科学家们训练了一种不同的算法,以学习如何与年龄有关的视力丧失和糖尿性视网膜变等。谷歌也正在训练其DeepMind AI以发现眼

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    AI首次应用于急性神经系统诊断,比人类更快

    编译:chux出品:ATYUN订阅号根据西奈山伊坎医学院进行的一项研究,一种旨在各种急性神经系统(如中风,出血和脑积水)的AI平台,可以在1.2秒内CT扫描中的,比人类诊断更快。 研究人员使用37236个头部CT扫描来训练深度神经网络,以确定是否包含关键或非关键的发现。然后在模拟临床环境中的盲配合随机对照试验,并根据严重程度对头部CT扫描进行了测试。 计算机软件测试了它和提供通知的速度,而不是放射科医生发现的时间。计算机算法对进行预处理的平均时间,运行它的推理方法,发出警报比医生读取的时间快150倍。 研究报告的共同作者Joshua Bederson博士说,“表达“时间是大脑”意味着快速反应是至关重要的治疗急性神经,所以任何工具,减少诊断时间可能导致改善人的结果。” 这项研究由Mount Sinai AI Consortium(AISINAI)来完成,该联盟是一群科学家,医生和研究人员,致力于开发医学中的AI,以改善患者护理并帮助医生准确诊断

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    吴恩达团队展示全新医疗影技术:肺炎诊断准确率超过人类医生

    研究人员在论文中表示:新的技术已经在胸透照片中肺炎等上的准确率上超越了人类专业医师。吴恩达表示,或许放射科医生们需要开始担心他们的工作了。 该数据集包含 112,120 张各自标注最多有 14 种不同胸部(包括肺炎)的正面胸透 2. CheXNet 在使用胸透肺炎任务上的表现要超过放射科医师的平均水平。 3. 使用 Class Activation Maps,ChexNet 定位了它出的变,高亮区域是分析症需要重点观察的位置。 ChestX-ray14 数据集包含 14 种的 10 万张前视 X-ray 。在实验中,4 名专业的放射科学者在测试数据集上进行手动注释,并与 CheXNet 的表现进行对比。

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    登上Nature&Science,AI「看面相」遗传准确率达91%

    近日,来自美国数字医疗公司 FDNA 的研究人员提出了一种深度学习应用 Face2Gene,可以帮助医生罕见基因。 他们还教该模型区分对第三种——努南综合征的不同基因形式进行分类。接下来,研究者们给算法输入了涵盖 216 种不同综合征的 17000 多张确诊例的。 然而,这些技术只能少数表型,因而在临床诊断中发挥的作用有限,临床诊断中需要的综合征有上百种。 最后一个实验是反应真实临床问题,而这次 DeepGestalt 在 502 张不同正确综合征的 top-10 准确率达到了 91%。 该模型是在一个包含 17000 张的数据集上训练的,这些共呈现了 200 多个综合征,通过社区驱动的表型平台进行策划。

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    华西医院副院长龚启勇:脑医学与人工智能发展前沿丨CMAI 2018

    来自全球的20多位专家学者、医生和产业界代表齐聚一堂,围绕人工智能+医疗、医学分析、机器学习等热点领域开展了历时两天的深入交流与探讨。 代表性工作“磁共振影学分析及其对重大精神脑机制的研究”和“精神影技术的基础与临床应用研究”分获2015年国家自然科学奖二等奖和2017年中华医学科技奖一等奖。 美国的“脑计划“开始于2013年4月,计划10年间投入60亿美元,从开发新技术、新工具和新方法开始,再实现从神经元普查、大脑工作动态、脑治疗、人脑研究网络等七大目标。 “一体”指的是以阐释人类认知的神经基础(认脑)为主体和核心,“两翼”指的是脑重大的研究和通过计算和系统模拟推进人工智能的研究。 举个例子,脑计划可能会使用人工智能算法来筛选脑部医学影,进而比较健康大脑和患大脑,并逐渐形成大脑数据库。 ?而分析判断脑部医学影就要用到神经放射诊断学的知

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    脸上起痘不要慌,人工智能来帮忙

    DLS的训练资料包括了一张或多张皮肤异常的临床,还有45种是年龄、性和症状等元资料,Google总共使用了17,777个去化的例,分把2010年到2017年的例当作训练资料,将2017 例原(左);以绿色突出显示 DLS 需要的重要区域(右);中间为组合,指示系统集中对脱发区域进行诊断而非针对前额皮肤他们集中研究了至少占数据 5% 的皮肤类型 Fitzpatrick II 2017年,美国斯坦福大学研究人员领衔的团队使用13万张与皮肤变相关的来“训练”人工智能程序,利用深度学习技术训练谷歌公司开发的一项人工智能程序,让它利用去分类并皮肤变处属于良性还是恶性 如湘雅大学第二医院与丁香园、大拿科技合作,实现了首个皮肤的人工智能诊断的辅助系统,并举办了新闻发布会。该系统目前主要针对红斑狼疮和皮炎等一系列准确性高达 85% 以上。 除此之外,国内其他医院皮肤科也逐渐开始应用 AI 诊断工具,如北京协和医院与北京航空航天大学合作,已经开始使用皮肤镜片的自动, 在近期的皮肤影继续教育班上进行了展示;武汉协和医院也与中国香港一家公司合作

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