二十一世纪是生命科学和医学的世纪，在医学科研研究领域，医学信息的获取是医学研究活动的基础。与在实验室做基础医学研究的同行不一样，临床医生忙于大量的医疗工作的同时，还要花大量宝贵的时间去互联网查询资料。
2022年10月29日，由深圳国家基因库和深圳华大生命科学研究院共同研发的时空组学数据库V1.0版本（STOmicsDB）在国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）正式上线，致力于促进时空组学的数据探索和学术研究。
基因组学的科研人员正越来越多地使用云计算服务，谷歌的云计算服务就是其中之一 今年三月基因组学领域的科研工作者们迎来了一件大喜事：美国国立卫生研究院NIH取消了不准将其dbGap数据库中的基因组信息上传到云端的规定。这一规定设立于2007年，它的取消无疑为科研工作者存储和分析基因组信息提供了便利。 云计算服务通过按需付费模式提供海量的存储和计算资源。使用云服务要通过互联网，而且计算资源是共享的，这就引起了很多科研资助机构的疑虑，他们担心云计算的使用会泄露样本提供者的隐私。NIH取消不准上传到云端的规定是因
---- 新智元报道 编辑：时光 好困 【新智元导读】中科院因千万续订费停用知网，知网涨价是否伤害了中国科研环境？ 天下苦知网久矣！ 4月8日，网上传出消息，中科院因近千万续订费停用知网CNKI数据库。 4月17日，中科院回应：停用知网，续订费近千万，且连年上涨。 4月18日，知网回应：消息不属实。 从内部的邮件来看，将于4月20日停止使用知网，使用万方、维普代替知网。 目前，有中科院在读学生表示，用科技云登录知网，有的文章下不了了。 到底贵不贵？ 中国政府采购网信息显示，国内不少高校、科研机构
作为服务于国家战略的重大科技基础设施之一，在深圳国家基因库，样本资源存储、测序数字化、数据存储分析一线贯穿，确保生命科学探索能得到全方位的支撑。
12月11日，2021年腾讯犀牛鸟精英科研人才培养计划正式对外发布。计划截止申报时间为2021年1月28日24:00。 本年度精英科研人才计划将延续人工智能领域顶尖科研人才培养，发布包含机器人、AI医疗、量子计算、智慧城市等12个前沿热议方向，71项研究课题。入选学生将由校企导师联合制定专属培养计划，并获得3个月以上到访腾讯开展科研访问的机会，基于真实产业问题及海量数据，验证学术理论、加速成果应用转化、开阔研究视野。同时项目组将为学生搭建线上和线下学习、交流平台，帮助学生挖掘更多潜能。 本期小编整理了该计
说到这些E-SCI、SCI和SCI-E词汇，就不得不提一下汤森路透集团，它是全球专业的智能信息提供商。汤森路透集团最早推出了的三个期刊引文索引数据库，分别是科学引文索引『Science Citation Index Expanded, SCIE』，社会科学引文索引『SocialScience Citation Index，SSCI』和艺术与人文引文索引『Arts & Humanities Citation Index，A&HCI』。这三大类期刊引文索引数据库，就是大家俗称的“SCI”。
2022年，CNGBdb不仅在访问量、数据量、支撑文章数/单位数等服务指标上稳步上升，还获得多家国际出版机构/期刊认可及高校图书馆收录，同时开拓多领域合作，推出系列研讨会、行业竞赛等。
本文转载自清华大学计算机系校友会 范举（2007 博） 现任中国人民大学副教授。他2012年7月毕业于清华大学计算机系，获得博士学位，导师是周立柱教授。2012-2015年在新加坡国立大学从事博士后研
数据库的意义之一就是最大化科研成果的转化率以及提升科研人员的科研效率，尤其是人工整理的实验验证的数据库。
从IT时代步入DT时代，医疗大数据成为智慧医院建设的重要驱动力。经过多年信息化系统建设，很多医院已经积累了大量的医疗数据资源，但由于各业务系统间数据孤岛化严重、系统架构落后、数据缺乏深度治理等问题存在，导致现有数据深度及质量难以支撑医院临床科研和运营管理决策。如何构建全院统一的数据开放服务平台，在保证原始数据安全的前提下深挖数据应用价值，赋能临床诊疗及科研进阶，已成为推动医院高质量发展的关键。
AI 科技评论消息，11 月 8 日，美国计算机协会（ACM）公布 2018 年度杰出科学家名单，全球数据库领域领军人物、达摩院数据库首席科学家、阿里巴巴数据库事业部负责人李飞飞教授入选。
导读：为了实现医院科研工作的数字化管理，加速医院数字化发展进程。结合医院自身特点，整合科研工作所需要的各类资源，以信息共享为目标建设科研信息化管理平台。将先进的科研管理制度引入信息化管理流程，改变了传统的科研管理方式，为医院的科研管理奠定数字化基础。科研信息化管理平台规范了科研管理制度，理顺管理流程，提高管理效率。 1 序言 目前，国内外绝大多数科研管理系统从科研管理流程出发，对线下的科研流程采用信息化手段复制到线上，以管理为主要理念来完成科研相关工作。此类的管理信息系统虽然能完成科研管理的基本流程，但在实
TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)数据库也是用高通量测序(RNA-Seq表达谱)数据分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况，主要提供B cells, CD4+ T cells, CD8+ T cells, Neutrphils, Macrophages and Dendritic cells等六种免疫细胞的浸润情况。界面友好，简单易学又方便。网址：https://cistrome.shinyapps.io/timer/。
5月13日~15日，由IEEE和浙江大学主办的第十届生物信息学与计算生物学国际会议（ICBCB 2022）顺利举行，深圳国家基因库（以下简称“国家基因库”）受邀作为协办单位参与本次会议，由国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）搭建的时空组学数据库（STOMICS DataBase）亮相生物信息与组学数据分析论坛，获得生物信息与计算生物学领域研究人员的广泛关注。
生物系统和生物过程非常复杂，包含大量的相互作用和调控机制，理解和解析这些复杂性是一项巨大的挑战。 举例来说，单单一个人类，体内的生物信息就非常复杂：
人靠衣装，佛靠金装，科研成果靠图装。如今做科研不仅只需要会做实验，如何将成果美美地展示出来也是一门需要培养的技能。科研海报、项目PPT、论文插图、通路图……这些直接刺激人感官的展示都可以帮助升华我们的科研内容。
时空组学的最新技术发展使研究人员能够在单细胞水平上检测细胞的基因表达及其空间位置，从而对生物过程产生详细的生物学见解。综合数据库可以促进时空组数据的共享并简化研究人员的数据获取过程。
2022年3月3日，国家基因库于生命大数据平台（CNGBdb）发布生菜综合数据库（LettuceDB），旨在为生菜科研与育种工作提供全面的数字化资源。作为国家基因库农业数字化服务平台合作案例之一，LettuceDB的上线将进一步深化“种质→核酸→数据”三位一体的核心种质基因库模式在农业智慧育种中的创新转化和产业应用。
EndNote软件是研究人员和学生们在文献管理方面的得力助手。它可以帮助用户检索、存储和引用各种文献，包括期刊文章、会议论文、书籍、报告等，为用户进行科研工作提供了极大的便利。除了这些基本功能之外，EndNote软件还拥有许多独特的功能，这些功能可以更好地满足用户的需求。下面我们将详细介绍EndNote软件的三个独特功能。
随着社会经济的迅速发展和科学技术的全面进步，计算机事业的飞速发展，以计算机与通信技术为基础的信息系统正处于蓬勃发展的时期。随着人类基因组计划顺利实施，产生了大量的生物分子数据。只有充分利用这些数据，揭示数据内涵，才能得到对人类有用的信息，生物信息学正是在这种背景下发展起来的。
鱼羊 发自 凹非寺 量子位 | 公众号 QbitAI 华为招揽“天才少年”这事儿，这几年可谓是名声在外。 但其实，论起尖端人才，更有一群竞赛大佬，早已在扎根其中，搞起了基础研发。 听上去有点离谱的是，拿下过国际物理奥赛金牌的斯坦福应用物理学博士，竟在菊厂搞起了网络。 也不乏光学博士，敲起代码成了数据库团队的一员…… 这是怎么肥事？莫非“清北”、“常春藤”在华为的实验室里已经不够看，要“卷”还得另辟蹊径？ 还是华为对外说得好听“重视基础研究”，实际上是把高材生们搞进去“拧螺丝”了？ 我们跟华为的技术专家们面对
今天，我们和人民大学一起干了件大事！ 我们知道，数据库作为IT系统三大基础软件之一，以及卡脖子关键技术之一，它的安全可控和技术创新关乎国计民生，重要性不言而喻，在国家大力发展新基建以及倡导走“更高水平的自力更生之路”背景下，加快实现新兴国产数据库的安全可控以及升级替换已经刻不容缓。 11月25日，腾讯公司与中国人民大学共同建立的中国人民大学-腾讯协同创新实验室正式揭牌。中国人民大学副校长王轶教授、中国人民大学校长助理兼理工学科建设处处长杜小勇教授、腾讯公司副总裁王巨宏、腾讯云副总裁李纲等共同出席了揭牌
科学数据库不仅可以全面展示相关科研成果，同时还可以作为重要的数据及分析资源，最大化科研成果的转化率，提升同领域科研工作者的科研效率。12月盘点季，小编就给大家推荐几个超级实用的植物科学数据库...
如果说我看得比别人远些，那是因为我站在巨人的肩膀上（牛顿语录）。在我们科研的道路上，除了自己努力实验，数据库对我们而言就是巨人的肩膀，整理好的数据，分析可视化的图表甚至拿来就可以用于文章发表。但是数据库太多，哪里去找我们所需要的数据库呢，或者说有没有什么一劳永逸收集所有数据库呢。大多时候，只知道几个耳熟能详的数据库，比如肿瘤领域的TCGA，Oncomine，cBioportal等，但是数据库都各有优劣，怎么找到最合适的来解决自己的科研问题。
“ 编者按：腾讯公司与中国人民大学于2019年底签订成立“中国人民大学-腾讯协同创新实验室”，双方将充分发挥中国人民大学在国产数据库基础研究方面积累的优势，以及腾讯二十多年的技术创新和应用实践经验，共同建设集科研合作、人才培养、成果转化为一体的产学协同创新平台，推动国产数据库基础研究的创新与人才培育。由于疫情原因，实验室揭牌仪式于近日在中国人民大学校内举行。 ” 11月25日，腾讯公司与中国人民大学共同建立的中国人民大学-腾讯协同创新实验室在中国人民大学信息楼举行揭牌仪式。中国人民大学副校长王轶教授、中国
4月21日~23日，由IEEE, 浙江大学主办，深圳国家基因库(CNGB) 等单位协办的第11届生物信息学与计算生物学国际会议（ICBCB2023）在杭州顺利举行。国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）亮相ICBCB2023大会特邀报告，获得生物信息与计算生物学领域研究人员的广泛关注。
随着信息技术发展，教育领域中的学习方式、教学模式、教学内容均已发生重大变革，以云计算、人工智能、物联网、大数据等技术的结合，“智慧教育”的需求也变的紧迫，需要围绕“智慧教育”而产生的产品和解决方案也在迅猛发展。
生物信息学研究中，获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析，例如DAVID，但它们有些是收费的，有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间（2010-2016）没有维护数据库，最近的更新也已经两年半了。而Metascape每月更新其相关的40多个数据库，以确保提供最准确的结果。因此Metascape数据库可以作为富集分析的比较好的手段。
不做实验能否发表论文？答案当然是肯定的。对于刚进入EEG领域的同学来说，利用网上公开的EEG数据库练练手，顺便发表一些论文是个不错的选择。公开数据库对于促进科学研究的快速发展意义重大，公开数据的建立可以让全世界各国的领域内研究者对某些问题进行更深入更全面的研究。在大数据时代，数据库的开放和共享已逐渐成为研究领域的趋势之一，目前很多国外期刊杂志也鼓励投稿者共享和开放研究数据。笔者很久以前写过一篇类似的推文（《值得收藏！EEG/ MEG/MRI/ fNIRS公开数据库大盘点》），但最近笔者又搜罗了不少EEG的公开数据库网站，因此在这篇推文里笔者把目前的EEG公开数据库进行了较为全面的总结，希望对大家有所帮助。
最近，在科研狗网站看到了一个有趣的项目，使用R语言读取pubmed存入mysql数据库，之前报名没有报上，还是决心要跟着做一下，无奈R语言水平比较渣渣，只能复制别人的代码来用，悲剧的是，原代码复制过来还是报错，来一个小目标，把这段代码运行起来。花了两三天的功夫，终于实现了目标。
生信分析，无论是Oncomine，GEPIA，还是KM Plotter数据库，都不需要R语言编写代码，容易上手，基本上一个星期甚至更短的时间就可以搞定，属于菜鸟级别生信操作。并没有想象中那么难。但是简单容易不代表不重要，也不说明水平高低，而是反应了一种思路，这才是最最重要的。p<0.05就是我们前期做分析想要的结果，即使用GEO数据库、TCGA数据库做分析，甚至做芯片或测序，没有差异也是枉然。
“大数据”、“组学”、“数据挖掘”是近几年来我们经常听到的词汇，科研工作中也经常用到二代测序，不管送哪家测序公司进行测序或数据分析，结题报告中都会看到一个标准的分析套路：功能富集分析。
大家好，今天向大家分享的是2020年4月发表在Frontiers in Genetics (IF=3.517) 杂志上的一篇文献《Novel Immune-Related Gene Signature for Risk Stratification and Prognosis of Survival in Lower-Grade Glioma》。文章基于TCGA数据库和CGGA数据库中的脑胶质瘤相关数据，利用单因素、多因素Cox回归分析及Lasso算法构建了六个免疫相关基因签名（gene signature，或者叫标记基因），并建立了预后诺模图，可有效地进行风险分层和预测原发性LGG的整体生存。
在刚刚过去的2017年，我国科研论文发表数量依然呈现出持续增长的趋势。据SCI数据库最新检索至少包含一位中国作者的论文结果显示，去年中国科研人员发表SCI论文的总数已累计33万余篇，位居世界第二。其中，各高校在JCR一区期刊上发表的论文总数超过43000篇。 LetPub最新发布《2017年中国高校发表SCI论文数量排名》、《2017年中国高校发表SCI论文增长率排名》、《2017年中国高校发表ESI高被引论文数量排名》三项统计报告*，初步观察最近一年中国高校在SCI收录期刊上发表科研论文的情况，以及各
国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）被全球学术出版业巨头爱思唯尔（Elsevier）收录为组学数据归档库，并列入其推荐数据存储库列表。这标志着CNGBdb组学数据标准和数据库体系在国际认可方面迈上了一个新台阶。全球科研人员在爱思唯尔旗下期刊投稿，可以选择CNGBdb归档并共享科研数据。
建国70周年大庆即将到来，各行各业都在积极筹备迎接祖国的生日，在这个举国欢腾的时刻，我们决定以一种特殊方式来表达自己对祖国母亲的祝福:一副用R语言绘制的中国地图。
在小编的印象中，2年前纯生信文章要是发5分以上还是比较容易的。However，不知什么时候，某个审稿人大脑抽筋，要求做实验来验证，现在的纯生信文章想突破5分还是不容易啊！那么今天，我们就来欣赏这个复旦小哥哥生信文章的魅力吧！文章是今年7月15日发的(最新啊！)，题目如下：
在芒果学习的生信论文中，第28篇生信文章是cBioPortal数据库使用最多，也是用的最好的。
2022 年年初，平凯星辰入选首批工信部教育部支持联合培养国家关键软件高层次人才计划。该计划旨在探索关键软件产教融合育人模式，超常规加快培养一批急需高层次人才，以及探索关键软件联合技术攻关新模式。2022 年年底，在该计划下 平凯星辰与华东师范大学达成 4 年联合博士培养合作。
目前，在国际科学界，如何正确评价基础科学研究成果已经引起了越来越广泛的关注。而被SCI和SSCI收录的科技论文数量，被认为是衡量一个国家基础科学研究水平、科技实力和科技论文水平的重要评价指标。那么，究竟什么是SCI和SSCI？ 一、SCI
Engineering Village（EV）、Web of Science数据库使用权限
深圳华大生命科学研究院联合多家机构的研究者们，利用华大堪称“超广角百亿像素生命照相机”的时空组学技术Stereo-seq，首次绘制了四种模式生物胚胎发育或器官的时空图谱，包括和人的基因相似度高达80%的实验室明星小鼠、参与高中课本里著名的摩尔根杂交实验的果蝇、胚胎发育研究的重要模式生物斑马鱼和植物研究的“网红”拟南芥。这是首次从时间和空间维度上对生命发育过程中的基因和细胞变化过程进行超高精度解析，为认知器官结构、生命发育、人类疾病和物种演化提供全新方向。
“虽然是本科毕业,但是在看数据挖掘方面的算法理论时经常感觉一些公式的推导过程如天书一般,例如看 svm 的数学证明，EM算法，凸优化… 感觉知识跳跃比较大, 是我微积分学的不好还是中间有什么好的教材补
发表论文是快乐的，因为那是对辛苦付出最好的奖赏。我们对引文写作的介绍和总结到今天就结束了，愿对果友们有帮助。
从SCI引入中国评价体系之初，到今日提出“逐渐取消”，我们变的只是评价方式，不变的是评价宗旨——科学公正；不变的是目的，即科学精神、创新质量、服务贡献与学术初心。
在芯片、测序和组学等遍地开花的时代，前人已经积累了大量数据，而且信息是公开的、免费的。因此，如果我们用别人的数据发表自己的论文，从海量数据中挖掘点自己需要的东西，岂不是件很赚的事情。
编者按 科技成果转化是一个系统工程，其中一个很重要且必不可少的环节是“技术成果的市场价值评估”，但由于技术的复杂性和市场的不确定性，这也是一个难题。本期介绍国外先进的技术价值评估方法与案例。 “技术成果的市场价值评估”是技术成果转移转化过程中的关键环节。众说周知，由于当代技术发展呈现迅速化、交叉化、多元化等特征，技术成果的市场价值又涉及技术自身成熟度、市场接受度、企业的产业化能力、乃至消费者习惯和社会文化等方方面面，因此技术的市场价值评估是一个难题。 从2000年开始,韩国科学技术信息研究院(KISTI)为
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