sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 40976EAF437D05B5
kallisto是2016年发表在Nature Biotechnology上的一个比对工具，可以将bulk或者single-cell RNA-Seq数据的序列直接比对到转录组，然后进行转录本鉴定及定量。...kallisto的优势在于比对速度很快，这是因为用了一种伪比对方法，即将k-mers比对到参考转录组上。在用20套模拟数据与以往其他软件速度比较中，kallisto速度明显更快： ? 1....创建索引 kallisto index ${dir}/trancripts.fasta -i ${dir}/trans_index 提供fasta转录组序列生成索引文件。 3....可视化 --genomebam选项可以实现，此外还需要两个额外文件，一个是gtf文件，里面有每个转录组在染色体中的位置；另外一个是每个染色体的长度文件。
最近要复现一篇文章，里面用到了十字花科的四种参考基因组，那就顺便写一篇下载参考基因组的笔记吧！...A. thaliana 首先是拟南芥的参考基因组，上面有提到TAIR这个数据库，直接百度打开是一个非常朴素的界面 TAIR是研究拟南芥的首选数据库，其他数据库中拟南芥的基因组数据都是直接来自TAIR...C. hirsute 该物种在Table 4中提供了链接【http://chi.mpipz.mpg.de/】，同样是相当简洁的界面 然后在Assembly就能找到参考基因组了 同样的 wget...最后把四个参考基因组解压整理如下 以上参考基因组也可以按照我上面的演示去Ensemble试试~ 最后放上Ensemble的常用数据库 植物参考基因组：http://plants.ensembl.org.../index.html 动物参考基因组：http://asia.ensembl.org/index.html 其他真菌细菌等参考基因组：http://ensemblgenomes.org/ 关于Ensemble
GRC通过为人类参考基因组提供补丁、修复和高可变基因组区域的可变scaffolds以积极改善参考基因组的组装。...到目前为止，GRCh37参考基因组已成为许多突破性项目对人类遗传变异进行分类和绘制功能变异图谱的基础21-23。直到最近，人类遗传变异目录和注释才被直接比对到GRCh38上18,24,25。...我们定义了满足以下标准之一的潜在有害变异：(1) 罕见的潜在功能缺失变异（frameshift insertions/deletions, nonsense single-nucleotide variants...尽管外显子捕获区域中并不包含人类复杂疾病相关的常见非编码变异，但由于不一致的变异富集在基因组上，因此基因区域（例如启动子、3' UTR）内的常见功能变异同样受到参考序列的影响。...我们建议研究人员和临床医生在使用另一个参考基因组产生的注释数据库来解释一个参考基因组检测的变异时，要更多的关注这些基因和区域。 GRCh38组装版本是人类参考基因组的一个升级版本17。
单细胞转录组已经是非常标准化的科研技术，得益于10X的商业化的成功，以至于大家提到单细胞基本就是讨论10X的单细胞转录组。...参考： 10X单细胞转录组原始测序数据的Cell Ranger流程（仅需800元） 10X的单细胞转录组原始数据也可以在EBI下载 一个10x单细胞转录组项目从fastq到细胞亚群 一文打通单细胞上游：...，拿到表达量矩阵文件，常规的降维聚类分群，参考前面的例子：人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ，走seurat流程进行单细胞降维聚类分群，这样的基础分析，有基础10讲： 01....，比如部分小伙伴研究的是病毒感染的肿瘤，包括但不限于鼻咽癌，肝癌，宫颈癌等等，那么定量的时候就会有修改参考基因组的必要性，把特定的病毒序列加入到参考基因组一起定量。...但是我在思考一个问题，为了定量部分特殊DNA序列的表达量，而大费周章的重新改变参考基因组及其配套的基因组注释文件是否有必要，我们是否可以开发一个简单的定量单个或者少了DNA序列的独立软件呢？
在数据分析中，经常需要下载物种的参考基因组序列。通常情况下，可以考虑以下3个数据库 NCBI Ensembl UCSC 这三个数据库都是公共的大型数据库，里面存储了很多物种的基因组序列。...term=human 可以看到，基因组的版本为GRCh38.p12。对于每条染色体，提供了RefSeq和INSDC两种编号。 ?...hg38基因组序列对应的下载链接为 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz UCSC提供的基因组序列只包含chromsome...Ensembl提供的基因组序列和NCBI的Genebank数据库完全对应，human的截图如下 ?...对于同一个版本, 还提供了不同的序列类型 dna rm sm dna就是原始的基因组序列，rm和sm在原始序列的基础上标记了其中的低复杂度序列，其中rm采用了硬编码的形式，删除了基因组中的低复杂度序列
目前是没有hg39参考基因组的！ 但是最近看到一个文献里面的关于转录组数据处理过程的描述居然就出现了hg39参考基因组，如下所示： ?...Genome_build: hg38 可以看到其实是一个乌龙，仅仅是文章作者自己写错了而已，并没有实际上使用hg39参考基因组。...转录组的流程我们其实多次反复分享了：视频观看方式 视频免费在B站：https://www.bilibili.com/video/BV12s41137HY 大家学习的时候记得发弹幕交流哈。...数据库下载得到表达矩阵 一文就够 GSEA分析一文就够（单机版+R语言版） 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的 差异分析得到的结果注释一文就够 但是hg39还是有希望的 虽然并不是真正的hg39参考基因组出来了...，doi: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798 首个完整人类基因序列发布：端粒到端粒联盟小组T2T发布人类基因组的第一个完整序列。 挺有意思的，期待！
参考：http://www.bio-info-trainee.com/3991.html；https://mp.weixin.qq.com/s/l7fTh9MMFCXLWMY95eSjvg 最直接的方法是用...第五次尝试：基于gencode v32 gtf文件的GRCh37兼容版本 汇报后经前辈提醒，注意到应该使用hg19基因组，因此特意重下了gencode v32 gtf文件的GRCh37兼容版本，重新跑了一遍上面的
警告 我略微思考了一下，因为是比对，所以参考基因组的版本是无所谓的，比对不到参考基因组，肯定是物种选错了。果然，回邮件询问了一下粉丝，**把小鼠单细胞数据错当做了是人类数据，就匆匆忙忙跑流程了。...**唉··· 但是，为何我用错了参考基因组，把小鼠的单细胞转录组测序数据比对到人类上面，**但是仍然是有10%的成功率呢？...当然了，后面我仍然是选择了正确的参考基因组，重新跑了一下流程，报告如下： ?...一些思考 小鼠单细胞转录组数据里面的10%的reads是可以比对到人的参考基因组，那么做PDX模型这样的人鼠混合数据的时候就必然有一些reads天然就多比对咯？...小鼠单细胞转录组数据里面的10%的reads是可以比对到人的参考基因组，这些reads落入了几百个基因里面，这些基因进行生物学功能基因集富集，是不是有一些含义？
比如通过与参考基因组序列进行比对，检测各种变异；RNA-seq数据与参考基因组比对，进行定量。 今天给大家介绍如何下载某一个物种的参考基因组序列，分为浏览器版与命令行版2种方式。...比如我要下载人类参考基因组序列，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome ,在搜索框中输入human, 会出现很多关键词提示，我们选择第一个（这是human的双名法名字...）如下图 点击搜索，返回的结果页面包括人基因组的各种基本信息，比如每一条染色体的大小、GC含量、基因数目、假基因数目、编码的蛋白质数目。...当然我们的目的是下载参考基因组序列，其他信息先不管，结果页面最上面的部分显示了参考基因组的DNA，转录本，蛋白质三种类型的FASTA序列下载地址，如下所示 点击genome就可以下载了。...细心的同学可能会问下载的基因组版本不是我想要的啊，的确，从这里下载的都是最新的版本。
参考基因组及必备的数据库 参考基因组下载 我是从服务器上下载下来放本地电脑了 下载方式1： 直接去gatk官网下载，下载链接为ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/
---- 接下来用 BWA mem把fastq map到参考基因组 hg38 版本。 比对结果直接通过管道传给samtools处理，节省 I／O 时间。
OpenFog Consortium发布了其OpenFog参考架构，OpenFog的成员正在雾计算（fog computing）领域工作，雾计算是使用最终用户终端设备或连接最终用户设备的边缘设备，以分布式协作架构进行数据存储...OpenFog参考架构创建雾计算标准，以实现物联网（IoT）、5G和人工智能（AI）应用的数据密集型需求。...OpenFog Consortium成立于1年多以前，它是一个独立的非营利性组织，在其董事会指导下运行，其委员会以及相关的工作组由其成员管理。...雾计算与移动边缘计算（Mobile Edge Computing，MEC）在很多方面有很大的相似性，它将数据中心的功能带到网络边缘。...☘ 雾计算覆盖边缘网络，但也涵盖了边缘和云之间的访问以及可穿戴设备以及中间层 ☘ 雾计算处理移动/服务提供商之外的垂直行业 ☘ MEC标准主要是面向计算的，OpenFog Consortium的参考架构还包括存储和深度数据包网络
进到align目录 对质量好的测序数据进行比对 1. 一个个比对，生成BAM文件 align目录 sample=SRR7696207 bwa mem -t 2...
HTML5 中不支持。请使用 CSS 代替。 定义长的引用。 定义大号文本。HTML5 中不支持。请使用 CSS 代替。...HTML5 中不支持。请使用 CSS 代替。 定义下划线文本。 定义文本的变量部分。 定义可能的换行符。...HTML5 中不支持。 定义框架集。HTML5 中不支持。 定义针对不支持框架的用户的替代内容。HTML5 中不支持。... 定义表格中供格式化的列组。 样式和语义 标签 描述 定义文档的样式信息。 定义文档中的节。 定义文档中的节。...HTML5 中不支持。请使用 CSS 代替。 编程 标签 描述 定义客户端脚本。 定义针对不支持客户端脚本的用户的替代内容。
以下用户和组管理用户界面的图片和文档是假设使用XWiki企业1.2版本之后。 页面提供了方便的组和用户的管理。...它们被显示在一个动态加载的表中，从而使请求相比将被一次性全部装载所有的用户和组要花更少的加载时间。点击表格中用户或者组旁边的小图标来编辑或删除它们。你可以在input框键入用户或者组名称来过滤。
参考基因组和基因注释文件获取 通常测序生成的reads要与参考基因组或参考转录组进行比对，或Pseudo-alignment。所以首先需要获取参考基因组和参考转录组信息。...Ensembl http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html 是常用的信息齐全的参考基因组和GTF文件下载网站。...Ensembl提供的参考基因组有2种组装形式和3种重复序列处理方式, 分别是primary, toplevel和unmasked (dna)、soft-masked (dna_sm)和masked (dna_rm...下载基因功能和结构注释信息 ENSEMBL数据库的BioMart http://www.ensembl.org/biomart/martview工具为下载基因的功能信息、序列信息、结构信息、ID的转换等提供了很大的便利...Attribute中包含基因的名字、位置、注释、在不同数据库中的名字、GO注释、KEGG注释、功能域信息等，按需选择下载。 ? ? 选择好后，点击Results，获取结果 ?
10X Genomics为Cell Ranger提供了可以直接使用的人和小鼠基因组。此外，研究人员可以为其他物种创建自定义参考基因组，或向参考添加感兴趣的自定义标记基因，例如GFP。...以下教程概述了使用cellranger mkref构建自定义参考基因组步骤。...Mus_musculus.GRCm38.93.filtered.gtf \ --ref-version=3.0.0 查看运行cellranger mkref的结果是否正确 到这里自己的参考基因组就建好了...此外，也可以 将您的标记基因添加到FASTA和GTF中 参考：Build a Custom Reference With cellranger mkref
基因组选择中，不同世代不断的进展，一般后代选择表现好的个体，测量表型数据后，将其添加到参考群中，这样有可能会失去遗传多样性，今天分享一篇文献，介绍一下这方面的研究。 1....摘要 ❝基因组选择（GS）通常用于家畜，越来越多地用于植物育种。根据参考群体的表型和基因型，GS允许对只有基因型的年轻个体进行性能预测。这有望实现快速的高遗传增益，但可能会失去遗传多样性。...GS的特点 ❝如Meuwissen等人（2001）所述，基因组选择（GS）的发展是动物育种中最重要的最新创新。...在家畜育种中，GS包括对基因组估计育种值（GEBV）的估计，以及基于这些GEBV对仅有可用基因型的个体（例如，作为选择候选的年轻个体）的实际选择（补充材料，图S1）。...参考群体由具有已知表型和基因型的个体组成，基于基因组中的许多标记，用于建立预测方程和推断选择候选的GEBV。
为了实现信息源和组播组成员跨越互联网进行通讯，需要提供网络层组播，组播数据包的目的IP地址使用组播IP地址。也就是说组播源不关注接收者的位置信息，只要将数据发送到特定组IP地址即可。...一旦网络中某用户加入该组播组，则此用户就能接收以该组地址为目的地址的IP组播报文。 组播服务模型 ASM全称为Any-Source Multicast，译为任意源组播。...在ASM模型中，任意发送者都可以成为组播源，向某组播组地址发送信息。接收者加入该组播组后，能够接收到发往该组播组的所有信息。...1.如图所示，配置各设备IP地址 2.R1启用组播功能，并在g0/0/0和g0/0/1上开启pim dm。...192.168.1.254 255.255.255.0 interface GigabitEthernet0/0/1 ip address 192.168.2.254 255.255.255.0 2.R1启用组播功能
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