spades这款de novo基因组组装软件, 适用于细菌/真菌等小型基因组的组装,不推荐用于动植物基因组的组装。该软件主要用于illumina,IonTorrent reads的组装,也可以进行PacBio, Oxford nanopore, Sanger reads的组装。
今天的推文简单介绍一下使用GeOrganelle这款软件利用全基因组重测序数据组装叶绿体基因组的过程
选自GitHub 作者:Wayde Gilliam 机器之心编译 本文作者详细描述了自己组装深度学习服务器的过程,从 CPU、GPU、主板、电源、机箱等的选取到部件的安装,再到服务器的设置,可谓面面俱
在前面的直播基因组系列,我们讲解过那些比对不少我们人类的参考基因组序列的数据,其实可以细致的进行探究。 直播】我的基因组(十五):提取未比对的测序数据 这里主要参考这篇文章的图4:http://ww
VMWare就是虚拟机软件。目前最新版本是VMware Workstation Pro15。使用VMWare就是使用软件来模拟一台真实的计算机。由于虚拟机安装在当前计算机中,所以虚拟机硬件配置上限就是当前计算机硬件配置。
作为一种编程语言,本身是谈不上工作原理的,实际上C语言所有的语法,正是C语言编译器的工作原理或者工作机制的具体实现。要细致的讨论起来是不可能,但是作为C语言程序员,必须了解这个大致的流程。一个程序,从C语言源码,到系统可执行的文件,一般经历四个过程。
如果你想DIY一台属于自己的无人机,那么接下来可以阅读这篇文章,阅读完毕之后也许对你会有启发。 这个项目主要用到的零件主要来自Erle Robotics(一个使用Linux系统的开源四轴飞行器项目)。本文的作者并不为这家公司工作,如果对该场景感兴趣也可以关注以树莓派相关联的基础项目,例如 Dexter Industries以及PiBOT。 另外在一些相关网站上也更多的教程可以观看。在今年 Robotics是向爱好者提供了相对廉价而又易上手的一次机会,可以在芯片上烧录程序同时可以不断添加新硬件,这一切可以
对于热衷于复古游戏及开源掌机的极客玩家来说,开源硬件的普及,让更多极客可以有机会体验到亲手DIY掌机的乐趣,属于开源掌机的圈子也由此应运而生。
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程!
长话短说 这台密码破解机既不需要任何的“黑魔法”,也不需要你花大量时间和精力去组装各种乱七八糟的零配件。如果你按照这篇文章给出的方法来进行设备组装的话,你应该可以在三个小时之内搭建出一台密码破解工作站
比如最近有粉丝咨询肺吸虫(Paragonimus westermani)也称“卫氏并殖吸虫”的转录组数据分析,我就顺手查了一下,发现ensembl等数据库并没有它的参考基因组信息。其中 2014 Aug 12. doi: 10.7717/peerj.484 发表了它的线粒体基因组,然后 January 2019, giy146, https://doi.org/10.1093/gigascience/giy146 有它的全基因组信息。
参照: https://www.cnblogs.com/juno3550/p/15846151.html
对于同一个物种而言,会存在不同的基因组组装版本,以human为例,UCSC有以下多个版本
.NET Core是适用于 windows、linux 和 macos 操作系统的免费、开源托管的计算机软件框架,是微软开发的第一个官方版本,具有跨平台 (Windows、Mac OSX、Linux) 能力的应用程序开发框架 (Application Framework),未来也将会支持 FreeBSD 与 Alpine 平台,也是微软在一开始发展时就开源的软件平台 ,它经常也会拿来和现有的开源 .NET 平台 Mono 比较。
现阶段还是重点关注完整线粒体的组装方法,原文数据公开,还公布了组装使用的shell脚本,争取重复组装过程
Linux 的命名空间和控制组分别解决了不同资源隔离的问题,前者解决了进程、网络以及文件系统的隔离,后者实现了 CPU、内存等资源的隔离,但是在 Docker 中还有另一个非常重要的问题需要解决 - 也就是镜像。
@JnanZhang:“每一项科学突破都始于一个问题。我们可能无法立即提供所有答案,但也许共享问题并与他人进行对话,是一个很好的起点。”
近日,工信部高层官员出面表态:工信部大力支持发展国产Linux操作系统,可是,Linux又是什么呢?假设依照工信部的说法,发展所谓“国产Linux”。恐怕要给国家带来麻烦。
由于三代 nanopore 测序质量比较低,原始数据中存在大量测序错误,即使拼接前进行了纠错,组装结果中仍会存在错误,用长读长或短读长的数据对组装结果进行矫正可以,提高准确率,减少 Miscalls,Indels,改善由错装(mis-assemblies)导致的低比对区域。因此,序列拼接完需要对拼接结果进行优化,根据文献报道,经过 polish 之后,拼接结果与真实基因组(其他测序数据拼接结果)的一致性可以达到 99.99%以上。即使组装工具带有纠错功能,仍建议再次进行一轮或多轮的矫正。
在前面,我的 前端工程师应该选择什么操作系统 一文中已经说过了,mac os系统 是目前主流的前端工程师的选择。那么,这里就涉及到一个问题,那就是你必须有一台mac电脑。
Canu软件是Celera Assembler基因组组装软件的一个分支,能利用测序错误率较高的三代测序数据(PacBio或Nanopore)进行基因组De novo组装。该软件的命令行运行方法非常简单,运行速度较快且比较稳定,并能得到较好的基因组组装结果。
劳动节放假了,给大家分享一个轻松的开源项目,一个基于 Electron + Vue 开发的音乐软件。项目的一大特色就是多平台搜索歌曲,并支持下载功能(有些平台的vip歌曲也可以哦!)。
对于程序员而言,选择macOS,主要是因为Windows自带的命令行工具太难用,而macOS的命令行工具,非常接近Linux,一行命令搞定开发环境,非常省心省力,但Windows10推出了wsl2和Terminal后,可以在Windows系统中,任意路径下,无缝进入Linux终端,比macOS还方便,教程https://www.v2fy.com/p/2021-02-10-zsh-win-1612954923000/ 对于程序员而言,macOS的开发体验和Windows的wsl2已不分上下。
大约是在2000年的时候,老码农还很年轻,当时希望将Linux 作为手机的操作系统, 于是才有了进行内核裁剪的想法并辅助实践,效果尚好,已经能在PDA上执行手机的功能了。一晃20多年过去了,Linux 已经有了太大的变化,内核裁剪的技术和方式也有了较大的不同。
经过长久的折腾,除非我们是在 ESXi 或者 PVE 这类虚拟机环境中维护操作系统,否则不论是购置新硬件设备,还是计划着手对家里的老设备进行系统翻新,系统安装盘总归是绕不开的一个话题。
大致意思就是打开了debug模式,会将日志存放到deamon.debug中, 然后只要在syslog.conf中将deamon.debug显示就行了。
我原来有一台基于英特尔Atom 525的NAS,一直勤勤恳恳地正常服役,突然有一天毫无征兆地挂了,只能换一台新的。
上面所有的这些网络指标都可以通过Linux的图形化的监控来获得, 这样就可以拿到实时的数据,帮助我们来分析对应的问题。我们使用的是开源的软件,性能也非常强大。
0x01 背景 很多时候,在我们历经千辛万苦挖掘出一个漏洞或者找到一个利用点的时候,却因为一些egg hurt的限制,导致get shell或者send payload无法成功,其实很多高手都是有一些
优势:保证功能健全的同时体积不到传统Raspberry Pi尺寸的一半。但是最主要的优势是:
看透了如此多的秘密,我们已停止相信尚有不可知之物。然而,那不可知之物却仍然坐在那里,冷静地舔着自己的嘴唇。
背景:在使用linux的时候,打开终端输入命令是最常做的事,时间长了基本积累有挺多的shell脚本文件,即便文件目录管理及其方便, But每一个文件独立开执行始终是一件苦逼的事情。然而我就花了苦逼的时
前面介绍了NBIS的单细胞数据分析研讨会,其实他们也有转录组学分析研讨会。大家感兴趣的话,也可以看下。
CIRCexplorer是一款环状RNA预测软件,专门用于预测exonic circRNA,网址如下
通过将各个磁盘组合到特定配置的虚拟存储设备中,RAID阵列可提供更高的性能和冗余。在Linux中,该mdadm实用程序可以轻松创建和管理软件RAID阵列。
从入职互联网公司到现在,整好四年了,我正式接触虚拟化是零九年,花了三年,终于实习工作的鞭打下驶入了虚拟化赛道,在虚拟化赛道期间我又前前后后做了十几个项目,终于在两年积累下驶入了IaaS,并在业内朋友的支持下加入了第一家互联网公司,结合五年经验,在这家互联网公司落地了VMCloud的神兽计划(点击直达介绍),虚拟化跟IaaS也算在那时就结束了。
最近,油管上一位完全「编程小白」的小姐姐,在发现树莓派推出了一款新的相机模块后,心血来潮决定DIY一款数码相机。
生物信息学是真正的大数据专业,对计算资源要求较大,很多时候需要在服务器上分析数据,而 Linux 是最常用的服务器操作系统。
如果你的旧 iPhone 已经无法支持你日常使用了,你会怎么处理这部 iPhone 呢?卖掉还是留起来收藏呢?近日,国外一名 16 岁的小开发者在 YouTube 上发布了一则视频,展示了自己是如何将 Linux 移植到一部无法使用的 iPhone 7。
我们都知道Linux操作系统,一般没有标配桌面窗口。使用 Bash 与操作系统对话。同时,Linux 操作系统,秉持了UNIX操作系统的“一切皆文件”的哲学思想,把各种类型的数据归纳为文件。
该mdadm实用程序可用于使用Linux的软件RAID功能创建和管理存储阵列。管理员可以非常灵活地协调各自的存储设备,并创建具有更高性能或冗余特性的逻辑存储设备。
那下载哪个基因组呢?先了解一下: https://bitesizebio.com/38335/get-to-know-your-reference-genome-grch37-vs-grch38/
Python 中可以进行网页解析的库有很多,常见的有BeautifulSoup和lxml等。在网上玩爬虫的文章通常都是介绍BeautifulSoup这个库,我平常也是常用这个库。
这是RNA-Seq 上游分析的大致流程,比对+定量。当然实验目的若只需要定量已知基因,也可以选择free-alignment 的流程工具如kallisto/Salmon/Sailfish,其优点是可用于RNA-seq的基因表达的快速定量,但是对于小RNA和表达量低的基因分析效果并不好(2018年刚发表的一篇文章对free-alignment 的工具进行了质量评估,doi: https://doi.org/10.1101/246967)。基于比对的流程,比对工具也有很多选择,如Hisat,STAR,Topha
conda config --set show_channel_urls yes这一步是搜索时显示通道地址
其中小电视和树莓派掌机瞬间燃起了我的强烈兴趣,小电视可以当是一台超小mini pc主机,主机支持运行Linxu系统和window10.加上最近一直在入坑开源掌机折腾系统,于是决定入坑玩玩.
作者 | 褚杏娟 从 10 月 2 日 Linux 内核 6.0 发布起,为期两周的合并窗口现已关闭,当地时间 10 月 16 日,Linus Torvalds 发布了 Linux 内核 6.1 版的第一个候选版本,并准备好让测试者、早期采用者和尝鲜用户使用,最终版本预计在 2022 年 12 月初或中旬发布。 Torvalds 在每周内核更新状态中宣称,6.1 版“实际上并不是一个特别大的版本:在这次合并窗口期间,我们‘只有’1.15 万次非合并提交,而上一次是 1.35 万次。”因此,他评价 6.1
开启特权模式(--privileged)的容器,在使用nvidia GPU时,无法通过cAdvisor获取GPU相关的metrics信息。Google大法可以搜到相关的Issue,于2018年提出,至今仍处于Open状态(给cAdvisor贡献代码的机会),由于涉及到的内容较多,分为三篇来讲。
选自Medium 作者:Slav 机器之心编译 参与:Quantum Cheese、Lj Linjing、蒋思源 在用了十年的 MacBook Airs 和云服务以后,我现在要搭建一个(笔记本)桌面了 几年时间里我都在用越来越薄的 MacBooks 来搭载一个瘦客户端(thin client),并已经觉得习以为常了。所以当我涉入深度学习(DL)领域后,我毫不犹豫的选择了当时最新的 Amazon P2 云服务。该云服务不需要预付成本,能同时训练很多个模型,并且还能让一个机器学习模型慢慢地训练自己。 但随着时
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