image.png R方 R方的取值范围是0到1，所以它给出的信息是一个相对的RSE值，计算方式如下。如果R方越接近于1，越是说明RSS即残差平方和足够小。...列出模型参数的协方差矩阵AIC（）输出赤池信息统计量Plot（）生成评价拟合模型的诊断图Predict（）用拟合模型对新的数据集预测响应变量值 residuals(fit)#拟合模型的残差值 绘制带回归线的散点图...(x=height,y=weight))+ geom_point(aes(size=Abs_Residuals,color=Abs_Residuals))+ # 根据残差大小绘制点...scale_fill_continuous(low = "black", high = "red") + geom_abline(slope=myslope,intercept=myintercept)+ #添加回归线...= height, yend = predicted), alpha = .2)+ #添加纵向残差线 theme_classic() image.png 用geom_smooth方法绘制回归线
R 的传统绘图遵循画家模式。 高级绘图函数 + 低级绘图函数才能让图形丰富多样起来。...text() 还可以接受 R 表达式。...所以在绘制时一定要额外注意，相比于传统图形绘制， ggplot2 和 lattice 包会自动映射，更为方便。...下面举一个定制坐标轴的例子： 开始绘制一个初始图形，并且绘制 y 轴的尺度是摄氏度。接下来再绘制一个华氏温度的 y 轴。x 轴使用特殊标签，而不是默认刻度线的数值位置。...ann) { title(main=main, sub=sub, xlab=xy$xlab, ylab=xy$ylab, ...) } } ---- 资料：《R绘图系统
$predictions: num [1:200] 0.613 0.364 0.432 0.14 0.385 ...
接下来示例中，我们绘制一项探索类风湿性关节炎新疗法研究的结果。数据已经包含在随vcd包分发的Arthritis数据框中。...par()函数能够让你对R的默认图形作出大量修改，这里只给出一个示例： par(mar=c(5, 8, 4, 2)) # 增加y边界大小 par(las=2) # 旋转条形的标签...此图可以由vcd包的函数spine()绘制。...car_mil_data_plot.png 交叉因子箱线图 为多个分组因子绘制箱线图。...mpg_dis_plot.png 点图 点图提供了一种在简单水平刻度上绘制大量有标签值的方法。
plot3D包的scatter3D()函数等都可以绘制三维散点图。...绘制箱子型box = TRUE;旋转角度为theta = 60, phi = 20;透视转换强度的值为3d=3;按照2D图绘制正常刻度ticktype = "detailed";散点图的颜色设置bg="...同理，我们绘制出以鸢尾花不同类别作为第四个变量的三维散点图。通过该图可以清晰看到不同类别的鸢尾花特征非常不同。...参考资料 [1] R语言数据可视化之美: https://github.com/EasyChart/Beautiful-Visualization-with-R [2] plot3d(): http:/...: https://www.r-graph-gallery.com/3-r-animated-cube.html
mfrow 和 mfcol 都由 2 个数字指定，一个表示行数、一个表示列数。如果使用 mfrow，那么图像区域会被按行依次使用；如果使用 mfcol，那么图像...
R.package heatmap():用于绘制简单热图的函数 heatmap.2():绘制增强热图的函数 d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包 ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的...R&bioconductor包（非常适用于基因组数据分析） 首先使用ggplot2画简单热图 data <- as.data.frame(matrix(rnorm(9*10),9,10)) rownames
今天跟大家介绍下此图在R语言中的绘制。首先我们看下在R语言中实现双标图的绘制所需要的包ggbiplot和GGEBiplotGUI。...两个包各自有各自的优势，GGEBiplotGUI绘制的图形界面比较简化，但是包含多种绘制形式；ggbiplot借用了ggplot2的优势可以使得图像更加美化，但是呢，绘制形式比较单一。 ?...接下来我们看下如何绘制双标图： 首先看下GGEBiplotGUI这个包的，我们直接看实例，因为就只有一个命令： data(Ontario) GGEBiplot(Data = Ontario) ?...从上面的例子我们也可以看出，虽然此包包含了的很多样式的绘制，但是最为可以拿得出手的科研图来说，还是有点太过简单了，接下来我们看下一个更加美观的双标图的绘制包ggbiplot。...此包包含的功能也是很单一，就三个函数绘制双标图（ggbiplot），绘制碎石图（ggscreeplot），及一个数据集（wine）。那么我们就直接入主题，来看下函数ggbiplot： ?
今天我们介绍在R语言中如何绘制Circos图。 首先我们看下Circos的官网（http://circos.ca/），其实他们提供了自己的绘制工具包，为了更加方便绘制Circos。...我们利用了R语言中的circlizeR包进行Circos的绘制。 ? 1. Install.packages(“circlize”)#安装R包。 2. R包的载入之后的状态 ? 3....我们看下R包中可以实现的功能函数列表。...，cell也是矩形 circos.polygon 绘制多边形，或者说是阴影区域 circos.segments 绘制两点之间直线 circos.axis,circos.xaxis,circos.yaxis...circos.genomicInitialize 基因染色体分布图形绘制不带条图 circos.genomicHeatmap 绘制热图 circos.genomicDensity 基因密度图绘制 circos.genomicLabels
今天，我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包：EnhancedVolcano ，该包拥有强大的绘图功能，用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象...使用 EnhancedVocalno 包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表，可以说非常简单又实用的一款神器了。 1. 下载与安装 R 版本：3.6.1。...c('Spp1','S100a11','Mgp','LOC498555','Sh3bgrl', 'Ring1','Apoe','Tcn2','Ager','Mc1r'...c('Spp1','S100a11','Mgp','LOC498555','Sh3bgrl', 'Ring1','Apoe','Tcn2','Ager','Mc1r'...EnhancedVolcano 包绘制火山图就先介绍到这里。
今天我们给大家介绍一个绘制抖动散点图的R包ggbeeswarm，但是呢，如果真正多样化绘制还需要ggplot2的协助。...那么也就是我们需要两个包来完成我们抖动散点图的绘制：ggbeeswarm和ggplo2。具体安装我们不再赘述，ggplot2的使用可以参考我们前面的《R语言绘图之ggplot2》。...接下来我们看下是如何绘制，首先我们准备好前期工作包的载入以及数据的生成。...library(ggplot2) library(ggbeeswarm) set.seed(12345) n<-100 dat<-rnorm(n*2) 接下来我们绘制简单的抖动散点图： labs绘制出来很好看，这就需要我们自己去实践，下面是对不同个数样本的数据的绘制，到时候可以根据自己的数据选择是否适合，毕竟美观才是我们的目的。
今天小编就来跟大家聊一聊，R中绘专门绘制箭头的arrows函数。函数的用法和参数如下： 我们结合几个具体的例子来深入的解析一下这个函数。...#绘制散点图 plot(1:5, 1:5, xlim = c(0,6), ylim = c (0,6)) #添加一个箭头，从二维空间中（1，1）到（4，4） arrows(x0 = 1, y0 = 1,...x1 = 4, y1 = 4) 效果如下 我们也可以同时绘制两个箭头 #绘制散点图 plot(1:5, 1:5, xlim = c(0,6), ylim = c (0,6)) #同时绘制两个箭头
使用pheatmap包绘制热图 一般而言，pheatmap较heatmap.2等更为简洁以及易于理解，对于初学者而言是一款不错的热图绘制软件。
在Meta分析中森林图比较常见，其主要是是以统计指标和统计分析方法为基础，用数值运算结果绘制出的图型。...接下来我们介绍其是如何在R语言中实现的。 首先我们需要导入R包forestplot。具体的安装载入不再赘述。 下面我们看下其主要的函数forestplot。 ?
今天我们介绍关于R语言绘制热图的一种方法，那就是利用pheatmap包进行热图的绘制。...通过bioconductor安装： source("http://biocoundctor.org/biocLite.R") biocLite("pheatmap") 2 R包的调用：...3 热图的绘制函数就是pheatmap函数，对其参数做以下介绍： 官方的参数初始情况如下图： ? 我们看到它的参数设置和其他的heatmap绘制函数基本一致。...那么我们今天主要讲里面几个主要的参数，具体的热图绘制，调用函数的时候注意以下参数默认值即可。...毕竟绘制heatmap一个函数就可以了。 ? 欢迎大家学习交流
箱线图的绘制方法是：先找出一组数据的最大值、最小值、中位数和两个四分位数；然后， 连接两个四分位数画出箱子；再将最大值和最小值与箱子相连接，中位数在箱子中间。...数据 使用R自带的数据 代码 导入数据,不想解释各行各列没什么意义，分为两类，一个单一箱图，一个并列的箱图 input1<- mtcars[,c('mpg')] input2 <- mtcars ?
不过，我们今天的主角是R包---igragh。相比Cytoscape，igragh的便利之处就是你不用趴在电脑上很痛苦的去一一调整节点的大小，颜色等属性。接下来，我就开启小白学习之旅了。...一、安装并加载所需R包 install.packages("igraph") library(igraph) 二、使用方法 对于图 graph 这种数据结构而言，最基本的元素包括节点（node） 和 边...（edge，节点之间的连线）; igraph这个R包提供了很多种创建graph的方式，我们先看一个最简单的例子： g1 <- graph( edges=c(1,2, 2,3, 3, 1), n=3, directed...（1）构建graph数据结构： 前面已经说过，igraph这个R包提供了很多种创建graph的方式。...graph_from_literal() graph_from_data_frame() graph_from_incidence_matrix() graph_from_adjacency_matrix()等 在R中
今天，我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包：EnhancedVolcano ，该包拥有强大的绘图功能，用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象...使用 EnhancedVocalno 包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表，可以说非常简单又实用的一款神器了。 1. 下载与安装 R 版本：3.6.1。...c('Spp1','S100a11','Mgp','LOC498555','Sh3bgrl', 'Ring1','Apoe','Tcn2','Ager','Mc1r'...c('Spp1','S100a11','Mgp','LOC498555','Sh3bgrl', 'Ring1','Apoe','Tcn2','Ager','Mc1r'...coord_cartesian(xlim=c(-6, 6)) + ggplot2::scale_x_continuous( breaks=seq(-6,6, 1)) EnhancedVolcano 包绘制火山图就先介绍到这里
本节目标： （1）总结常用的绘制ROC和PR曲线的R包 （2）生存预测模型的时间依赖性ROC曲线 第一部分：总结常用的绘制ROC曲线的R包： （1）ROCR - 2005 ROCR包已经存在了近14年...，是绘制ROC曲线最常用的工具，这个也是我本人最喜欢用和最常用的R语言包。...下面的代码使用包附带的合成数据集并绘制默认的ROCR ROC曲线。在本文中，我将使用相同的数据集。...#################################### #ROCR包绘制ROC曲线 #################################### library(ROCR
前面给大家讲了☞【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比，有小伙伴对文中的两个堆积柱形图比较感兴趣。那么今天我们就来聊聊这两张图是如何绘制出来了。...我们还是以☞【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比中的数据为例 #读入数据 a <- read.table(file="sample_bacteria_percentage.txt",sep="\...删除之前的堆积柱形图 png(file="before.png",width=560,height=400) #设置图片右边空白宽度，稍微宽一些，可以放置图注 par(mar=c(5,4,4,10)) #绘制堆积柱形图...删除之后的堆积柱形图 png(file="after.png",width=540,height=400) #设置图片右边空白宽度，稍微宽一些，可以放置图注 par(mar=c(5,4,4,10)) #绘制堆积柱形图
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