所以今天就介绍一个综合 chip-seq，RNA-seq 综合性预测转录调控网络的数据库：GRAND: https://grand.networkmedicine.org/ 。...数据库使用 在 GRAND 当中主要包括了两个模块的功能： 1. 调控网络查询 在网络查询当中，我们可以看到基于不同的分析类型分成了，小分子物质，肿瘤，组织，细胞系四个调控网络分析数据库。...我们可以点击Vis来可视化调控网络。在调控网络当中，我们可以输入我们想要查找的基因的调控信息点击Submit就可以进行查找。例如，我们想要看TP53的调控网络。...调控网络分析 在分析的部分，主要提供了两个主要的功能，一个是基于转录因子/基因来分析具体的药物作用靶点的功能 前几天也介绍了一个药物新适应症的数据库。...基于简单的靶点+表达数据的调控网络预测和普通的靶点预测比起来相对来说要准确一些。所以有需要预测相对于转录调控靶点的，可以尝试一下这个数据库哈。
原文叙述： 在TCMSP中选择“Herb name”检索得到海藻、黄 芪、丹参、熟地黄、鱼腥草、荆芥穗的分子ADME参数信 息，由于该数据库尚未收录牡蛎相关的分子信息，故通 过查阅文献得到牡蛎相关的成分...该数据库特别的价值在于，它为每种化合物提供了药物药代动力学信息，如成药相似性（DL），口服生物利用度（OB），血脑屏障（BBB），肠上皮通透性（Caco-2） ，脂水分配系数（ALogP）和H键供体/受体
PlantCircNet数据库提供了植物相关的circRNA-miRNA-gene构成的ceRNA调控网络信息，网址如下 http://bis.zju.edu.cn/plantcircnet/index.php...该数据库包含了以下8个物种的ceRNA信息 Arabidopsis thaliana Brachypodium distachyon Glycine max Hordeum vulgare Oryza...Triticum aestivum Zea mays 官网包含以下几种功能 1. search 提供了多种检索方式，基本检索功能支持输入环状RNA来源基因的名字和miRNA的名称，来查询对应的ceRNA网络...Blast blast用于将输入的查询序列与数据库中的环状RNA序列进行比对，示意如下 ? 4....该数据库是第一个植物方面的ceRNA调控网络数据库，研究植物的ceRNA可以参考该数据库。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
程序有了URLConnection对象后，就可使用URLConnection类提供的以下方法获得流对象和实现网络连接： getOutputStream()：获得向远程主机发送信息的OutputStream...有了网络连接的输入和输出流，程序就可实现远程通信； connect()：设置网络连接。 数据库 该部分内容过于繁杂，单独学习为妙。
如果有几十个基因或是蛋白，我想制作一个它们间的互作网络图，是不是特别难？我们这种菜鸟级别的，是不是做不了。...答案是否定的，现在主流使用R语言来做，但也有很多在线网站可以完成简单这样的分析，今天就给大家介绍一款比较不错的——String数据库（https://string-db.org/）。...String是蛋白互作数据库，是Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins的缩写，该数据库中收录了已知和预测的蛋白质/基因间的相互作用关系...考虑到这一点，数据库设置有许多筛选标准，大家可根据自身需求选择。 下面我们以BCAR1为例， 详细为大家展示一下如何利用该数据库制作PPI互作网络图。...一、首先打开String数据库 1 点击Multiple proteins——2 导入数据——3 选择物种——4 点击search。 ?
LncATCdb数据库记录了疾病相关的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络数据，并提供了功能富集分析，网络图可视化，生存分析等结果，网址如下 http://www.bio-bigdata.net...mRNA-miRNA的相互作用从数据库中得到，示意如下 ?...生存分析 对于ceRNA网络中的各种RNA分子，利用TCGA数据库中的数据，进行疾病的生存分析，结果示意如下 ? ?...除此之外，该数据库还提供了一种在线工具lncACT-Get, 可以上传自己的表达谱数据，然后进行ceRNA分析。 该数据库中的信息是可以免费下载的， 提供了以下8种信息 ?...网络。
LncMAP数据库收集整理了20多种肿瘤中相关的lncRNA-TF-gene调控网络信息，网址如下 http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncMAP/index.jsp 肿瘤类型和对应的...lncRNA调控网络数量统计图示如下 ?...通过LncRNA-TF-Gene Tripet可以检索对应的调控网络，检索框如下所示 ?...每一行代表一个lncRNA-TF-gene三角关系对，点击Network按钮，可以查看对应的网络图，示意如下 ?...数据库中的信息是开发团队基于TCGA数据库中的转录组表达谱数据分析得到的，通过在线服务，我们可以方便的查看所有的lncRNA-TF-Gene调控网络结果。
Android网络与数据存储 第二章学习 ---- SQlite数据库#### 概要： SQLite看名字就知道是个数据库，Android专门为移动端内置了此种轻量级工具，并且为了方便在Java语言中进行数据库操作...； *factory 允许我们在查询数据库的时候返回一个自定义的Cursor，一般不需要； * version 表示创建的数据库的版本； */ super(context...、增删改查等操作了； 我们可以将对数据库进行的操作封装为一系列方法，如下： 0.获得数据库操作的单例： private SQLiteDatabase db; public synchronized...熟悉了这种对数据库进行操作的方法后，即使不懂SQL语言也不怕了。 5.数据库的“事务” 什么是事务呢？...，那数据库操作就会被回滚到事务开始状态； -完-
打开SQL server网络配置 image.png 3. 将TCP/IP启用，并进入属性，更改IP并启用 image.png 4....(provider: Shared Memory Provider, error: 0 - 管道的另一端上无任何进程 解决方法 在数据库中建立的登录名，需要更改权限，大家可以根据需求，自行更改。...无法Sql server登录数据库 已成功与服务器建立连接，但是在登录过程中发生错误。
RDMA网络下重思数据库高可用 摘要 高可用数据库系统常常使用用数据复制来达到容错的目的。...实验表明，active-memory比第二种协议在RDMA网络上快2倍。 引言 任何传统数据库系统都有一个关键功能：高可用。单机情况下，故障会导致数据库服务不可用并且会造成数据丢失。...关系型关系数据库中的高可用 因各种不同原因，数据库系统会发生故障：硬件故障、网络通信故障、软件bugs、人为故障等。高可用系统可以保证数据库系统发生这样故障时仍提供服务达到零宕机时间。...这样的数据库系统主要通过副本上的执行顺序解决这个问题。active-active复制为了减少网络通信需要传输日志并且和其他副本以active-passive机制进行协作。...由于支持RDMA的网络技术在以太网上变得更具成本竞争力，所以数据库中使用RDMA释放其硬件红利也更具吸引力。RDMA实现技术的三种方式：InfiniBand、RoCE和iWarp。
打开SQL server网络配置 ? 选择SQLEXPRESS的协议。 3. 将TCP/IP启用，并进入属性，更改IP并启用，更改其中的IP地址为127.0.0.1 ? 4....(provider: Shared Memory Provider, error: 0 - 管道的另一端上无任何进程 解决方法 在数据库中建立的登录名，需要更改权限，大家可以根据需求，自行更改。...无法Sql server登录数据库 已成功与服务器建立连接，但是在登录过程中发生错误。
转录因子及其下游靶基因形成的基因调控网络（ Gene Regulatory Network, GRN）在基因表达调控中起着重要作用。...然而，目前还没有一个数据库在单细胞水平上为人类和小鼠的各种正常组织和疾病提供全面的GRN信息。...来自华东师范大学联合多家机构的科研团队开发了GRNdb，一个免费的人类和小鼠数据库，旨在方便搜索和分析转录因子(TFs)和下游靶基因(称为调控子)在各种组织/条件下形成的调控网络。...基于已知的TF-target关系和从公共数据库收集的大规模单细胞转录组数据，以及TCGA和GTEx数据，研究人员系统地预测了184种不同生理和病理条件下的人和小鼠的GRNs，涉及超过633000个细胞和超过...返回的结果包括基于特定条件下确定的所有重要调控子的t-SNE图，不同细胞类型/簇的maker表达热图和注释，查询TF和下游靶基因形成的调控网络，每个细胞/样本中该TF的调节子活性，TF表达谱的t-SNE
不同的疾病具有不同的发病机制，基于高通量测序数据的疾病相关数据库，可以综合性的了解这个疾病的发病机制。因此在研究一个疾病的时候，通过这类疾病相关数据库，可以很容易寻找和这个疾病有关的研究指标。...所以今天就来介绍一个阿尔茨海默有关的综合性网络数据库：ADatlas: https://adatlas.org/ 背景数据集介绍 ADatlas的数据主要来自于一些关于AD的大规模测序数据 (基因组、...如果不了解网络基本知识的可以查看：[[9.相互作用网络分析基础]] ---- 数据库使用 ADatlas主要是通过网络图的形式来呈现数据结果。...通过点击Generate your own network来进行网络构建 点击之后，主要是通过来选择想要分析的内容。最后点击Generate就可以呈现网络了。...如果是研究AD的话，可以利用这个数据库来分析一下自己想要研究的基因。 BrainBase | 脑部疾病综合性数据库
TRRUST数据库是一个记录转录因子调控关系的数据库，不仅包含转录因子对应的靶基因，也包含了转录因子间的调控关系。...目前该数据库只存储了人和小鼠相关的调控信息，而且这些调控关系是通过文本挖掘的方法从文献中整理得到的。...该数据库最新版本为v2,网址如下 http://www.grnpedia.org/trrust/ 对于human而言，包含了800种转录因子，8444个调控关系对；对于mouse而言，包含了828种转录因子...除了查询功能，该数据库还提供了一种寻找关键的TF的功能，示意如下 ? 输入一系列的基因，比如差异分析得到的差异基因，通过费舍尔精确检验，分析在哪个转录因子中富集，结果示意如下 ?...该数据库可以免费下载，而且提供了tsv格式，方便直观，示意图如下 ? ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
操作场景： 近期有收到基础网络下线通知，腾讯云计划于2022年1月31日停止全部基础网络产品的创建，基础网络产品整体也将于2022年12月31日正式下线问题，后续无法继续使用到基础网络，需切换到私有网络...基础网络概念： 基础网络是腾讯云上所有用户的公共网络资源池，所有云服务器的内网 IP 地址都由腾讯云统一分配，无法自定义网段划分、IP 地址。...注意事项： 云数据库等产品，因迁移过程中支持双IP访问，可确保业务不中断。 云服务器需关机迁移，业务会发生短暂中断，建议选择业务闲时切换。...云数据库操作步骤： 1.进入对应资源控制台界面云数据库Mysql控制台，找到实例信息进行操作 image.png 2....按照云服务器创建私有网络VPC步骤操作，创建包含基础网络IP的VPC网络信息 3. 数据库切换到刚创建包含基础网络IP的VPC下 image.png 切换成功界面 image.png
问题描述 检查腾讯云数据库 MongoDB 是否在使用基础网络。 解决方案 基础网络是腾讯云上所有用户的公共网络资源池，私有网络是一块逻辑隔离的网络空间。...私有网络相对更加稳定和安全，建议使用私有网络。 数据库切换实例网络，并不会产品额外的费用。 能切换私有网络的前提条件 已 申请云数据库 MongoDB 实例。...云数据库 MongoDB 副本集实例或分片实例的状态为运行中。 可以参考切换实例网络来转换私有网络。 登录 MongoDB 控制台。...在基本信息区域，单击所属网络右侧的更换网络。 在弹出更换网络对话框，在网络后面的下拉列表中，选择私有网络以及相应子网。...注意事项 注意转换私有网络后，云数据库MongoDB的访问IP会变化，需要调整业务程序侧的数据库访问地址。
——《微卡智享》 本文长度为4578字，预计阅读7分钟 前言 在开发初期，当Android端嵌入在硬件中，并且本地数据库单机业务逻辑挺多，往往要分析数据是否处理正常，需要直接从数据库中查看，这时我们一般都是将数据库拷贝到...PC端后查看分析，在虚拟机中可以实现直接拷贝，但是真机无法直接访问Android端data/data/包名/databases的数据库路径，所以做了一个小Demo，通过网络将本地数据库文件传到PC端。...文章开头也说过，开发初期做业务测试的时候，往往查询功能还没做完，需要看数据库中业务逻辑做的是否对，数据是否正常，所以需要在数据库中查询。...，后期也是想通过这个方式实现本地的数据库备份。...，数据库升级都在里面，其中可以通过DbUtil类调用实现，里面的testdb是数据库名，可以外部直接定义。
第三节 初识Node-RED 开发环境简介 如图8所示，整个浏览器窗口被划分为四个部分： (1) 顶部黑色通栏，左侧显示Node-RED的LOGO，右侧显著位置...
问题描述应用反应业务慢, 怀疑是数据库问题, 应用DEBUG日志看到事务执行时间为 800+ms业务SQL为简单SQL语句, 相关表均有主键, 数据量也不大.分析过程作为DBA, 首先要排除数据库问题...如果这个值很小, 但客户端看到的很大, 就大概率是网络问题, 或者应用问题4. 应用服务器ping数据库服务器使用ping命令查看延迟. 如果延迟也很小的话, 那就是应用的问题了....应用排查检查业务逻辑, 是否存在非数据库等待. (比如IO等待)总结:应用访问慢的问题, 得一点点排查. 基本上就是那么几个信息, CPU, 内存, IO, 网络....通常OLTP不存在CPU问题, IO/网络问题 多一些. 反正就是一步步排查.附代码抓包脚本参考如下: (不支持SSL流量, 应用一般也不会使用SSL连接数据库)#!
新粉请关注我的公众号 数据库和云厂商领域已经很久没有什么特比新鲜的事情了。这两天来了一个新闻，看起来还有点大。 Cloudflare正式官宣的推出了一个叫作D1的云数据库产品。...Cloudflare在全球100多个国家有很多很多高速网络，它可以就近让客户访问你网络的内容。 又比如说，你再也不用担心各种各样的网络攻击了。...因为Cloudflare有能力在接近用户的地方抵御各种各样的网络攻击。 总之一旦你愿意让Cloudflare替你服务，你自己就再也不用担心效率，扩展性，安全等各种问题了。...这次推出来的D1产品是个分布式的Serverless数据库，其目的还是为了给APP的开发者提供一个数据库存储。其API兼容的SQLLite。 科普一下SQLLite是个开源的文件数据库。...但是就冲着其第一次发布了这样一款数据库产品，我觉得也值得我写篇文章介绍一下。毕竟一个网络安全公司出的数据库产品，想想也就挺有意思的。
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