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空间数据库SpatialTME与空间主要分析

空间转录组学(ST)的最新进展在空间水平上彻底改变了对TME的分子理解。...这些细胞以空间结构排列,表现出微环境生态位、营养梯度和细胞间相互作用。近年来,空间转录组学(ST)研究使研究人员能够捕捉到TME内空间结构和细胞定位的复杂性。...对于Slide-seq平台的幻灯片,使用stLearn应用Leiden算法来定义ST数据的空间cluster 空间表达模式 空间表达模式包括单个基因或感兴趣基因的空间分布。...为了可视化,使用Seurat软件包中的“SpatialFeaturePlot”函数生成单个基因或感兴趣基因的表达图或平均表达图 空间差异表达分析 利用Cottrazm中的FindDiffGenes功能计算每个样品在不同空间结构或空间...对296张ST玻片进行了形态学调整聚类,以获得不同的空间聚类。SpatialTME还可以显示单个基因或一组基因的空间表达分布。

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空间数据库-msyql空间数据大纲

空间数据库,提到空间数据库,首先想到的一定是Esri公司的ArcSDE(SDE即Spatial Database Engine,空间数据库引擎),ArcSDE主要支持的数据库包括Oracle,SQL Server...功能好,性能好,但是收费ArcGIS 空间数据库官方学习资料非常齐全,网上资料也很多开源MySql,PostgreSQL等数据库才是主流——反正程序员不啥钱MySql支持的类型点 POINT(15 20...AsText(pnt) FROM `gis` WHERE MBRWithin(pnt,GeomFromText('Polygon(1 1,0 30,30 30,30 0,1 )'))参考资料:MySQL空间数据库...https://blog.csdn.net/gaojingyuan/article/details/79004990Mysql gis 空间数据库功能详解学习 https://blog.csdn.net...转载本站文章《空间数据库-msyql空间数据大纲》,请注明出处:https://www.zhoulujun.cn/html/GIS/GIS-Science/8162.html

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PostGIS空间数据库简明教程

(地理)空间数据类型。...当我们开始使用空间对象和操作来解决现实世界的问题时,这将派上用场。1.1 矢量 - Vectors与图形设计软件类似,空间矢量数据支持基本的几何形状,如点、线串和多边形。...与一个像素是屏幕或纸上的一个点的常规栅格不同,空间栅格具有定义像素宽度和高度的空间分辨率。 因此,空间栅格的每个像素都覆盖了地图上大小一致的矩形。...FROM book bWHERE b.publisher_id = 12345;然而,对于空间数据,我们通常没有真实世界的用例要求我们通过相等性过滤空间对象或通过使用相等性比较器匹配空间对象来连接表。...空间索引需要以一种允许我们从与给定空间对象相交的空间对象集合中有效地找到空间对象的方式构建。

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Oracle表空间数据库文件收缩

这里主要说的场景是磁盘空间本身很大,但表空间对应的数据文件初始化的时候就直接顶满了磁盘空间,导致经常收到磁盘空间满的报警。...【发生时间】2018.07.04 09:12:21 二、错误原因 上述错误一看大致就知道是由于磁盘空间不足,导致归档无法完成所致,我们只需要清理足够的磁盘空间即可。...但在磁盘清理的时候发现磁盘空间本身可清理的不多,被很多很大的数据文件占用,而实际使用的segment大小总共不足400G,磁盘空间本身1T,所以我们可以通过收缩数据文件的方式回收磁盘空间。...第二种初始化方法按需增长,比较好的监控实际使用磁盘空间,所以推荐初始值很小,使用自动扩展慢慢增长的方式。 三、处理步骤 1.查看磁盘空间大小 2.查看数据库表空间大小 #!...四、总结 针对oracle的数据文件收缩(磁盘空间收缩),我们一般可通过当前磁盘空间查看(df -h)——>执行可直接收缩的查询命令和收缩命令——>执行大表高水位收缩——>执行表空间高水位收缩(降低文件高水位线

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一篇文章带你玩转PostGIS空间数据库

一篇文章带你玩转PostGIS空间数据库 一、空间数据库介绍 1.什么是空间数据库 人类理解世界其实是按照三维的角度,而传统的关系型数据库是二维的,要想描述空间地理位置,点、线、面,我们就需要一个三维数据库...,即所谓空间数据库。...postGIS就是一个空间数据库。 2.空间数据库是怎么存储的 除了普通数据库所具备的字符串、数值、日期等,空间数据库增加了空间数据类型。...这些空间数据类型抽象并封装了诸如边界(boundary)和维度(dimension)等空间结构。 可以这么理解,空间数据库内置了许多属性,这些属性用于描述空间结构信息。...并且,空间数据类型按类型层次结构组织。每个子类型继承其父类型的结构(属性)和行为(方法或函数)。 3.空间数据库有索引吗 普通数据库有索引。空间数据库也有空间索引,它有什么作用呢?

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地理空间数据库复习笔记:概论、关系模型与关系代数

空间数据库:以空间目标作为存储对象的专业数据库 空间数据:分为矢量数据和栅格数据 矢量数据:用点、线、面等基本空间要素来表示人们赖以生存的自然世界的数据 栅格数据:把地理空间中的事物和现象作为连续的变量或体看待...,其时间周期长短不一 空间数据库的要求: 按一定的数据模型组织、描述和存储,具有较小的冗余度、较高的数据独立性和易扩展性,并可为各种用户共享 空间数据库三大要素: 空间数据(Spatial Data Type...) 空间分析(Spatial Analysis) 空间索引(Spatial Indexing) 空间数据库的特点: 数据量大(要求在二维空间上划分块或图幅、在垂直方向上划分层来进行组织) 空间数据与属性数据集合...应用广泛 空间数据库管理系统(SDBMS):由空间数据库及其管理软件、应用软件组成,是存储介质、处理对象和管理系统的集合体 空间数据库与相关学科的关系 三种不同的视角: 地图学视角 (Map View...能够直接存储和管理非结构化的空间数据 现有空间数据库标准简介 开放地理空间信息协会 (Open Geospatial Consortium, OGC) 地理信息简单要素的SQL实现规范 Simple

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空间数据库基础理论 GIS空间数据处理分析涉及的基本概念

空间数据库既要能处理空间参考对象类型,也要能处理非空间参考对象类型。...空间数据库的作用空间数据处理与更新海量数据存储与管理空间分析与决策空间信息交换与共享GIS空间数据库与传统数据库差异1.信息描述差异(1)在空间数据库中,数据比较复杂,不仅有与一般数据库性质相似的地理要素的属性数据...(5)空间数据库有许多与关系数据库不同的显著特征。...传统数据库的更新频度较高,而空间数据库的更新频度一般是以年度为限。(2)数据更新的角色不同。空间数据库更新一般由专人负责,一是因为要保证空间数据的准确性,二是空间数据的更新需要专门的技术。...传统数据库每次访问的数据量较少,而空间数据库访问的数据量大,因而空间数据库要求有很高的网络带宽。(4)数据更新的策略不同。

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geotrellis使用(十一)实现空间数据库栅格化以及根据属性字段进行赋值

Geotrellis系列文章链接地址http://www.cnblogs.com/shoufengwei/p/5619419.html 目录 前言 安装空间数据库 空间数据库栅格化 根据属性字段进行赋值...总结 一、前言        前面写了一篇文章(geotrellis使用(八)矢量数据栅格化)讲解了如何使用Geotrellis将Shape文件栅格化,并许下了后续会写一篇文章讲解空间数据库栅格化的诺言...二、安装空间数据库        目前有许多数据库添加了空间支持,如SQLSERVER、Postgre、Sqlite等,本文选择开源的Postgre,其空间支持名称为PostGis。        ...四、根据属性字段进行赋值        在geotrellis使用(八)矢量数据栅格化一文中介绍的栅格化方式只能给栅格化后的空间对象赋同一个值,无论是Shape file还是空间数据库,有时候往往需要读取另一个属性...五、总结        以上就是利用周末时间完成的读取空间数据库栅格化以及为空间对象赋对应的其他字段的值的实现方法,都很基础。

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构建自己的地理信息空间数据库及与客户端简单交互

最近研究了下postgresql数据库及其空间地理信息拓展插件——postgis。...postgis作为新一代空间数据存储标准模型,将空间地理信息数据结构规范为关系型数据库可以承载的sp模式(simple features),这样,使得之前门槛颇高的gis空间数据存储模式变得通俗易懂、简单明了...最重要的只要接触过SQL语言,就可以利用postgis的SQL语法便捷的操纵装载着空间信息的数据框(数据表),这些二维表除了被设定了一个特殊的空间地理信息字段(带有空间投影信息、经纬度信息等)之外,与主流数据管理系统所定义的各种字段并无两样...方法一实在是太麻烦了,sf包的导入函数中封装了更加简便高效的导入函数: 直接指定连接池和测试库中空间数据表表明即可。...写入空间数据: 写入空间数据时,一般要以sp格式写入(就是之前用的最多的,maptools、rgdal包导入的默认格式),但是好在sf包中提供了一键转化sf和sp对象的函数,所以这里的写入数据格式转换非常高效

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地理空间数据库复习笔记:关系数据库标准语言、几何对象模型与查询

空间数据模型: 空间信息的一种数据组织方式 对象模型、场模型、网络模型 GIS中常见的两大数据模型:栅格模型、矢量模型 矢量模型的优点: 数据结构紧凑,冗余度低,表达精度高,图形显示质量好,有利于网络和检索分析等...z值仅用于记录点在坐标空间中第3个坐标轴的测量值。...,这些数据类型的解释和维护由DBMS负责 相关空间数据访问方法作为扩展函数嵌入到DBMS中 与空间数据引擎(如ArcSDE)的区别 基于numeric和BLOB的实现,要素表(Feature)、几何列表...Geometry表:Numeric类型 将几何类型的空间坐标作为数值对存储在表中,每行最多可存储MAX_PPR个空间坐标 Geometry表:BLOB类型 将空间数据以WKB(...(PostGIS 1.5前测试实际相等性) boolean ST_Equals(geometry A, geometry B);几何在空间上相等则返回true,不考虑点的顺序。

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元宇宙体育俱乐部 #kodeclubs 基于threejs的网页版虚拟空间

元宇宙空间可以是与现实世界无参照对应的完全虚拟世界,也可以是某一现实空间的虚拟映射(数字孪生)。...有现实空间参考的元宇宙不同于数字孪生的“完全复制”,除了拥有现实空间的功能外(学校、医院、体育场等),用户在空间中活动时可拥有不同于线下的全新功能与社交体验。...kodeclubs的虚拟形象制作还挺可爱~ kodeclubs 的空间支持访问者鸟瞰模式与场景模式快速切换,俱乐部体验者可以短时间内熟悉俱乐部的各个部分的空间功能组成。...kodeclubs 全景俯瞰图 kodeclubs 篮球场 mixlab kodeclubs 空间是如何与现实空间结合的?用户在虚拟空间的趣味性体验如何体现的呢?...完成任务后会有相关荣誉勋章的获得,用户也可以在空间游玩的过程中 “偶然” 获得勋章,在增强用户了解俱乐部的同时也增强了空间体验的趣味性。 与任务npc对话交流的过程中熟悉俱乐部。

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(数据科学学习手札93)利用geopandas与PostGIS进行交互

,可以帮助我们有效管理和固化空间矢量数据,以及开展空间数据分析,而geopandas作为Python生态中优秀的空间数据分析处理工具,自然在与PostGIS进行交互方面开发了相应的功能。   ...本文就将针对如何利用geopandas向PostGIS空间数据库写入及读取矢量数据进行介绍。 ?...PostGIS建立连接,请确保以下3个库已经安装: pip install sqlalchemy, psycopg2, geoalchemy2   接下来我们需要保证postgresql中存在可以连接的空间数据库...图4   在弹出的界面中输入CREATE EXTENSION postgis;并执行,成功之后我们的数据库就变成了空间数据库,支持空间相关的各种功能: ?...2.2 利用geopandas从PostGIS读取数据   从PostGIS中读取数据要用到另一个API,对应geopandas的read_postgis(),其主要参数如下: sql:字符型,对应从空间数据库中提取数据的

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利用geopandas与PostGIS进行交互

」的拓展功能,可以帮助我们有效管理和固化空间矢量数据,以及开展空间数据分析,而geopandas作为Python生态中优秀的空间数据分析处理工具,自然在与PostGIS进行交互方面开发了相应的功能。...本文就将针对如何利用geopandas向PostGIS空间数据库写入及读取矢量数据进行介绍。...PostGIS建立连接,请确保以下3个库已经安装: pip install sqlalchemy, psycopg2, geoalchemy2 接下来我们需要保证postgresql中存在可以连接的空间数据库...,在对应数据库上右键打开查询工具: 图4 在弹出的界面中输入CREATE EXTENSION postgis;并执行,成功之后我们的数据库就变成了空间数据库,支持空间相关的各种功能: 图5 至此我们的准备工作就已结束...2.2 利用geopandas从PostGIS读取数据 从PostGIS中读取数据要用到另一个API,对应geopandas的read_postgis(),其主要参数如下: ❝「sql」:字符型,对应从空间数据库中提取数据的

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智能生活管家项目之一-系统简介

其中GIS相关技术基本采用Supermap Gis相关软件产品实现:其中地图的制作及发布使用Supermap idesktop 9D(2019),用到了分级配图、专题配图、空间数据库对接、地图发布等功能...;云GIS相关功能使用Supermap iServer 9D(2019),使用了iServer的云地图服务、数据服务以及使用iServer和空间数据库对接等功能;移动GIS开发则全部使用Supermap...由于篇幅有限,在这里着重介绍基于空间数据库及网络通信技术的网络地图服务,“智能生活管家”使用的地图全部自主完成,具有极高的灵活性及可定制性,同时与系统数据可以更好的对接融合,大大提升了用户体验和可操作性...,系统使用了空间数据库及网络通信技术的网络地图服务,下面将会详细介绍: ?...于是我们就想到了效率更高、管理更方便的空间数据库。 ?

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除了 MySQL,这些数据库你都认识么?

就像你完全可以用电脑自带的记事本软件来查看和编辑 HTML 网页文件,但是往往会选择一个更专业的开发工具来替代它。...空间数据库 空间数据库是专门用于存储和处理 地理空间数据 的数据库系统。...空间数据库不仅是地理信息系统(GIS)的核心组件,还能用于实现位置导航、城市路面规划等场景。...对于具体的空间数据库技术,我了解得不多,只知道可以用 PostGIS 插件来为 PostgreSQL 支持空间数据管理能力,朋友们可以帮忙补充下。 至于空间数据库的底层实现,最关键的部分依然是索引。...常见的 空间索引 结构有 R 树、Quadtree 等,这些结构可以对空间数据进行划分、聚合和编码,从而加速空间范围的查询处理。此外,空间数据库涉及大量的空间分析算法,比如最近邻查询、空间关系查询等。

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