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寻找网络中的hub节点

初探mRNA、lncRNA联合分析之下游 的差异表达lncRNA共表达mRNA对应的基因 打算是进一步narrow down :一是看看PPI网络和共表达网络有什么不同,二是找出来的PPI hub gene...的overlap集中在这里,而且所有共表达的mRNA的PPI hub中5个有两个位于这里,这同时反映了表达谱特征和真实生物网络)。...看起来有点像最简单的degree 反正作者应该是直接用对整个网络找的hub,没在这之前划分子模块,所以我们后面还是对整个网络进行hub的寻找 cytoHubba: identifying hub objects...但是初始分数(log2FC的绝对值或者-lgPvalue)其实还是能在一定程度上说明节点的在真实的生物世界网络中的重要性 私以为其实可以两个都做做,先不带初始值看看hub节点是哪些,这时的hub节点都是因为在网络中占据了重要地位...但是初始分数(log2FC的绝对值或者-lgPvalue)其实还是能在一定程度上说明节点的在真实的生物世界网络中的重要性 私以为其实可以两个都做做,先不带初始值看看hub节点是哪些,这时的hub节点都是因为在网络中占据了重要地位

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关键基因和hub基因(生物网络角度)

不可能有一种方法就可以直接解决这个问题,现在只从表达网络的角度,稍后我会写一篇多个角度如何筛选关键基因的文章。,其范围要比hub小。hub不一定关键,关键不一定hub。...这里可以看出,hub基因是是在无尺度共表达网络中存在的,对应着degree,也就是说在GCN中。...现存的方法主要关注hub基因的鉴定,基于的就是GCN中的连接度,这些技术只是凭经验选择,并没有统计学标准。另外,在文献中很少有方法发现来鉴定无尺度网络的中hub nodes。...另外,一旦hub被移走,hub-bottlenecks是破坏网络最有效的节点。...Figure3.png 这样,酵母中的相互作用网络hub基于他们的partners‘表达谱,可以分为两类:date和party hubs。

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通过 Traefik Hub 暴露家里的网络服务

Traefik Hub Traefik Hub 简介 ️Reference: 你的云原生网络平台 -- 发布和加固你的容器从未如此简单。...Traefik Hub 定位: •云原生网络平台 它有 2 大核心功能,我这次体验感觉也是如此: •(易于)发布(以网站域名的形式发布容器服务)•(易于)加固 (HTTPS + 认证) Traefik...•Traefik Hub Agent(实际上是 3 个组件)•Hub Agent Auth Server•Hub Agent Controller•Hub Agent Tunnel•当你对外发布服务的时候...Hub Agent 之间建立的安全隧道,将请求转发给 Traefik Hub Agent•Traefik Hub Agent 再将请求转发给 Traefik, 最后流转到具体的服务 Traefik Hub...Traefik Hub 支持 JSON 网络令牌(JWT)、Basic Auth. ️

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《大话成像》系列之一:浅谈功能网络

在最近的一期思影fMRI培训中,我听到这样一段对话: 甲:我已经构建了网络,已经做了统计,也用BrainNet做了可视化。 乙:那你为啥还要参加基础班啊?(小小地惊讶。。)...乙:啊,好奇怪啊,不懂fMRI还把功能网络构建出来了。。 听到这里,初学者可能有一些疑惑了,这家伙甚至没做过fMRI数据的预处理,竟然已经开始做网络了。...我也有些好奇了,于是乎,我也掺和进来:“那你是用什么数据构建的网络呢?” 甲:别人给了我一些区的信号序列。 额,好吧。到这里,大家可能已经明白了,构建一个功能网络,甚至不需要我们懂fMRI!...首先,甲学员从他人那里获取了每个区的信号序列。其次,计算任意两个信号序列间的相关(皮尔逊相关)。这样,把区视为节点,相关值视为边,功能网络就构建好啦! ?...这样,包含两个节点(红色区和蓝色区)和一个连边的最小“网络”已经构建好了。当我们把任意两个区信号序列的相关计算出来后,一个完整的网络就计算好了! ? (这张图片是不是“正式”了很多!

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网络的小世界属性

图论方法在大脑网络中的应用 大脑网络结构、功能和控制的物理学 网络研究中的图论指标详解 从宏观尺度网络的角度看结构--功能关系 图论在静息态和动态连接评估中的应用:构建网络的方法 网络组织的经济性...DMN:大脑的默认网络 网络核心节点的发育 抑郁症,神经影像学和连接组学 PLOS Biology:重度抑郁症多成像中心的泛化网络标志物 Biological Psychiatry:精分患者大脑的组织体积变化与网络...Neuron:从简单映射到多维网络 网络视角下的精神分裂症 基于人脑连接组学将疾病症状映射于网络 大脑连接障碍中跨疾病的连接 现代物理评论:大脑网络中的动力学控制 图论在识别人脑网络连通性模式中的应用...但是小世界网络并不是天然的网格,如果它们严格地通过计算布线成本以最小化布线成本,那么网络就会受到拓扑惩罚,失去由增加的特征路径长度索引的综合能力,从而降低小世界属性(也就是距离较远的节点会有更长的路径长度...加权网络的小世界 尽管到目前为止二值网络分析在网络分析中占据了主导地位,但这并不能代表图论对连接组学存在方法论上的限制。

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《大话成像》系列之二:不同模态网络的构建

孔乙己知道自己不能与众人聊天,只好和我这年轻人攀谈起来,“小兄弟,你可知道不同模态网络有四种构建方式?”我说,“当然知道啊,刚才还讨论过功能网络呢。”...当我们把所有区间的GMV相关计算出来后,就得到了所谓的结构共变网络。只不过,这个网络一组被试才能构建一个。” ?...那么对每个被试的红蓝区,可分别计算出12个GMV值,对红蓝区的12个GMV值做相关即得到红蓝区间的连接值。通过这种方式,每个被试都可以得到对应的结构网络,是不是很类似于功能网络?”...同样地,每个人都可以得到一个纤维束网络,是不是也很简单?” ? (加权网络的邻接矩阵表示) “至此,你已经知道了4种网络构建方式。这里我再补充一个概念:加权网络和二值网络。...每个网络都可以表示为邻接矩阵的形式,参考上图,横轴和纵轴都是区编号,横纵交叉的地方就是相应区间的连接值(颜色随连接值大小变化),这种网络就是加权网络。” ?

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基于功率谱检测飞行过程认知网络机接口

上海交通大学吴奇团队联合东南大学基于不同认知状态下对应激活的区,建立了一种飞行过程机接口系统,由彩色功率图谱和认知状态监测网络组成。...BPM的构成 疲劳指标和功率图获得 大脑疲劳指标通过EEG获取,用功率谱密度(PSD)表示电信号能量强弱,电频率由低到高一般分为δ、θ、α、β四个节律,在不同的工作状态下各节律PSD曲线呈现各自差异...BPM网络训练 深度网络的构建需要与实际问题相一致,才能揭示实际问题的运行机制。例如使用Lenet处理手写数字识别,使用Alexnet处理Cifaar10的分类问题。...结论 本研究提供的航空机接口应用主要由两部分组成,一是大脑认知地图的生成,二是认知网络的建立。...该认知检测模型充分考虑了功率图的特点,具有良好的检测性能;最后,开发了Bayesian-OGNV方法作为参数推理工具,以减少Bpmnet网络的过拟合。此外,采用了加入动量参数等更多的优化技术。

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Sci-Hub重生了,这回用上了分布式网络

在网站域名屡次被撤销之后, Sci-Hub 创始人 Alexandra Elbakyan 在分布式域名网络 Handshake 上注册了新的网站。...此前,Sci-Hub 被多次撤销域名,推特账户又被封禁且无法申诉,传统域名系统显然不那么满足这个「盗版学术论文数据库」的需求,能够对抗审查的 DNS 成为 Sci-Hub 保持可访问状态的方法之一。...Namebase 则是为用户提供访问 Handshake 网络的平台,这个名字对于国内开发者来说不算陌生。...像 Handshake 这样的分布式(decentralized)域名系统,可能会成为分布式网络的标志性胜利。...正如 Sci-Hub 的经历所证明的问题一样,分布式的网络是出于去平台化的担忧而构建的。

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Sci-Hub重生了,这回用上了分布式网络

在网站域名屡次被撤销之后, Sci-Hub 创始人 Alexandra Elbakyan 在分布式域名网络 Handshake 上注册了新的网站。...此前,Sci-Hub 被多次撤销域名,推特账户又被封禁且无法申诉,传统域名系统显然不那么满足这个「盗版学术论文数据库」的需求,能够对抗审查的 DNS 成为 Sci-Hub 保持可访问状态的方法之一。...Namebase 则是为用户提供访问 Handshake 网络的平台,这个名字对于国内开发者来说不算陌生。...像 Handshake 这样的分布式(decentralized)域名系统,可能会成为分布式网络的标志性胜利。...正如 Sci-Hub 的经历所证明的问题一样,分布式的网络是出于去平台化的担忧而构建的。

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网络通信: 概念、模型和应用

图1 网络通信模型的核心概念。人类连接组是由白质束(网络连接)相互连接的灰质区域(网络节点)组成的宏观连接网络。是什么原理指导信号通过复杂的大脑连接进行多突触传播?...图2网络通信模型和措施的分类。当前的大脑网络通信模型可以分为三大类——扩散过程、参数模型和路由协议——从分散(上)到集中(下)策略。...成功的网络导航必须由一个距离度量来指导,这个距离度量反映了节点对形成连接的概率导航宏观网络的一个简单方法是考虑节点之间的欧几里得距离。...更广泛地说,网络通信的研究补充了其他功能模型的研究,如网络控制理论和神经动力学的生物物理模型。5.3 网络通信模型的应用和验证建议网络通信模型已经在神经科学研究的各种途径中发现了效用。...例子包括刺激因果效应的记录,神经退行性疾病进展的纵向成像,以及脑损伤或断连后结构和功能重构的评估。这些现象提供了一个机会,将注意力从对大脑网络的描述转向机械和预测的模型。

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双相情感障碍的异常子网络hub连接:多中心图论分析

本研究建立在前人对双相障碍结构和功能连接以及网络组织的研究基础上,旨在进一步阐明双相障碍神经生物学中尚未解决的问题。...局部连接障碍,以及全连接的减少,将支持双相障碍的神经解剖缺陷可能局限于特定解剖亚网络的假设。2. ...图1 网络分析方法学利用加权结构矩阵得到了BD网络连接特性的全局参数,包括度、特征路径长度、局部和全局效率以及聚类系数;作为各自90个区域估计的平均值计算。...在全层面,与对照组相比,患者显示出更长的路径,并在其网络中保持全局效率。路径长度在很大程度上受网络中较长的路径的影响,而全球效率主要受较短路径的影响。...参考文献:Aberrant Subnetwork and Hub Dysconnectivity in Adult Bipolar Disorder: A Multicenter Graph Theory

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