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如何获取目标基因的转录因子(上)——Biomart下载基因和motif位置信息

科研过程中我们经常会使用Ensembl(http://asia.ensembl.org/index.html) 网站来获取物种的参考基因组,其中BioMart工具可以获取物种的基因注释信息,以及跨数据库的...在参考基因组和基因注释文件一文中有详细介绍如何在Ensembel数据库中获取参考基因组和基因注释文件。(点击蓝字即可阅读) 生信分析中,想要找到感兴趣基因的转录因子结合位点,该怎么做呢? 1....文件准备 首先需要准备以下3个文件,后面两个文件可以在ensembl网站中下载: 感兴趣基因的名称列表(1列基因名即可) 基因组中各基因位置信息列表(6列的bed文件) 基因组中各转录因子结合位点信息列表...ID Gene name Strand 染色体的名称(例如chr3) Gene起始位点 Gene终止位点 Gene stable ID Gene name 定义基因所在链的方向,+或- 注:起始位置和终止位置以...将上述下载的两个文件分别命名为 GRCh38.gene.bed和 GRCh38.TFmotif_binding.bed ,在Shell中查看一下: 基因组中每个基因所在的染色体、位置和链的信息,以及对应的

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【IOC 控制反转】Android 事件依赖注入 ( 事件依赖注入具体的操作细节 | 获取 Activity 中的所有方法 | 获取方法上的注解 | 获取注解上的注解 | 通过注解属性获取事件信息 )

文章目录 前言 一、获取 Activity 中的所有方法 二、获取方法上的注解 三、获取注解上的注解 四、通过注解属性获取相关事件信息 前言 Android 依赖注入的核心就是通过反射获取 类 / 方法...; 拦截相应的 onClick , onLongClick , onTouch 方法 , 执行自己的方法 , 其它方法正常执行 ; 一、获取 Activity 中的所有方法 ---- 通过反射获取...Activity 类 , 然后调用 Class 的 getDeclaredMethods 方法 , 获取 Activity 中的所有方法 ; // 获取 Class 字节码对象 Class<?...); 二、获取方法上的注解 ---- 获取方法的所有注解 , 获取的是 @OnClick({R.id.textView}) // 事件注入 注解 ; 调用 Method 方法的 getDeclaredAnnotations...三、获取注解上的注解 ---- 遍历上个步骤获取的注解数组 , 每个注解上可能有多个修饰注解的注解 , 如下注解是 OnClick 上的 3 个注解 ; @Target(ElementType.METHOD

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    用数学思维实现雷达分析图

    回顾两个知识点: 在一平面中,确定一坐标原点(0,0),水平向右为x轴正方向,竖直向上为y轴正方向,从右上方开始顺时针依次为第一象限、第二象限、第三象限和第四象限。...从效果图来看,我们应该把view区域按照数学中的平面坐标来区分,雷达图中心点(外接圆圆心)为坐标原点,水平向右的半径为x轴正方向,竖直向上的半径为y轴正方向,从右上方开始顺时针依次为第一象限、第二象限、...在计算好大小和位置后,在onDraw中进行绘制。 关键的是:我们的目标是将各数据绘制在各半径上,最后链接起来构成完整区域,那就需要将各半径上所有点计算出,找到对应数据对应的点的坐标,然后绘制。...所以,横坐标x的值,应该是对应半径*角度的余弦值乘以百分比,当然,此图中的原点实际为外接圆的圆心,并不在屏幕的原点上,所以需要在+圆心的横坐标。 计算y值也是如此。...D、计算每条边上的结点位置,计算各数据对应点 ? 以上就用到了刚刚创建的根据百分比获取坐标的方法。 注意:x轴正方向为第一条轴线,顺时针旋转。 其实我们只是将每条半径上的所有节点的坐标进行了计算。

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    路径布局-基于数学函数的视图布局方法

    @end MyCoordinateSetting就是一个对坐标进行抽象的类,从类的定义中我们可以看出一个坐标设定的所有元素: 其中的origin用来指定坐标的原点在平面区域的位置,这里的值是一个相对值,...函数 当坐标轴设置完成后,我们就需要指定在坐标轴上的曲线了。...我们知道在二维坐标系中的一条曲线由无数个点组成,一个点组(x,y)分别表示x轴上的数字和y轴上的数字,这些点是服从某些规则来进行排列的,而这个规则我们是可以用数学函数来描述,也就是一条曲线将对应一个数学函数...*/ @property(nonatomic, strong) UIView *originView; 来设置原点视图,设置的原点视图将不会参与到路径曲线的排列中去,而是放置在坐标轴的原点区域位置。...beginSubviewPathPoint方法中的full参数表明缓存的点是所有的路径上的点还是所有子视图的点。

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    三维重建技术综述

    主要包括直接利用测距器获取程距信息、通过一幅图像推测三维信息和利用不同视点上的两幅或多幅图像恢复三维信息等三种方式。通过模拟人类视觉系统,基于视差原理获取图像对应点之间的位置偏差,恢复出三维信息。...注意到,相机坐标系和世界坐标系的坐标原点重合,因此相机坐标和世界坐标下的同一个物体具有相同的深度,即zc=zw.于是公式可进一步简化为: ?...以相机的光心为坐标原点,X 轴和Y 轴分别平行于图像坐标系的 X 轴和Y 轴,相机的光轴为Z 轴,用(Xc, Yc, Zc)表示其坐标值。...以图像平面的中心为坐标原点,X轴和Y 轴分别平行于图像平面的两条垂直边,用( x , y )表示其坐标值。图像坐标系是用物理单位(例如毫米)表示像素在图像中的位置。...以图像平面的左上角顶点为原点,X 轴和Y 轴分别平行于图像坐标系的 X 轴和Y 轴,用(u , v )表示其坐标值。数码相机采集的图像首先是形成标准电信号的形式,然后再通过模数转换变换为数字图像。

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    6_机械臂运动学_刚体转动的描述

    使用球坐标系的定义式,我们可以得到所有的三维空间R3的右手系标准正交基的数学表达式为: 其中 0≤θ ≤ π , 0≤ φ ≤2 π。...旧坐标轴上的基本单位向量i和j变为新坐标轴上的基本单位向量i'和j', i' = Γ i , j' = Γ j。实际上,此时的旋转效果是最终对坐标系{xoy}和向量 oP一起做了旋转θ角的操作....i,j,k变为新坐标轴上的基本单位向量i’、j’、k’....而一般运动可以分解为平动和定点转动的组合.平动是3个自由度,定点转动是3个自由度.而刚体定点转动可以看做是笛卡尔坐标系绕原点旋转(不共原点的坐标系可通过平动达到同一原点),而这种旋转关系可以用3×3矩阵描述...但9个数的矩阵却只有3个自由度。定点转动进一步可以分解为绕坐标轴的3个轴转动。 机器人学中对转动称为姿态,平动称为位置。

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    数车的机床坐标系和工件坐标系

    数控车床使用X坐标轴、Z坐标轴组成的直角坐标系进行定位和插补运动:Z坐标轴规定为主轴轴线方向,且以刀具远离工件的方向为正方向;X坐标轴在刀具或工件的定位平面内,,一般在水平面内,并与Z轴垂直,且以刀具远离工件的方向为正方向...卧式数控车床的坐标系如图1所示。 图1   卧式数控车床的坐标系是以机床原点为坐标原点建立起来的X、Z轴直角坐标系。机床原点是机床上的固有点,机床一经设计和制造出来,机床原点就已经被确定下来。...机床参考点也是机床上的一个固有点,该点是刀具退离到一个固定不变的极限点。当刀具返回参考点的工作完成后,操作面板上的显示器即显示出机床参考点在机床坐标系中的坐标值,此表明机床坐标系已经建立。   ...编程原点尽量与零件的设计基准或工艺基准重合,一般选择工件右端面与轴线的交点处为编程原点,如图2所示。...为了使零件加工程序不受刀具安装位置的影响,必须在加工程序执行前,调整每一把刀的刀尖位置,使刀架转位后,每把刀的刀尖位置都重合在同一点,且都以编程原点为零点,这一过程称为数控车床的对刀。

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    Laya 中缩放的实现

    在对容器进行绑定时有下面两种方式: 方法一:根据事件对象获取(不推荐使用) mySprit.on(Laya.Event.MouseDOwn, this, this.Scale); public Scale...(e: Event) { // 此种形式获取 sp, 并未明确指定绑定事件的 sp,触发事件时,需冒泡查找, 不推荐使用 let sp = e.target as Laya.Sprite...这样可以避免同一个对象多次绑定的问题, 在 laya 中,事件管理器是允许同一个对象的同一个方法事件进行多次绑定的,这样容易造成许多意向不到的 bug, 所以务必 只在使用时进行绑定,用完立马解除绑定...向右为 x 轴正向,向下为 Y 轴正向。所有容器创建时坐标原点默认为 (0,0), 此处需要注意: 所有容器的原点坐标都是相对于其父容器原点的坐标,是局部坐标,而非全局坐标。...50 : newScale); // 获取在缩放比例下,光标相对偏移位置 sp.x = sp.x - (x - sp.x) * (newScale - oldScale) / oldScale

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    数控机床指令G53和G28回归原点区别,有多少人知道?不会的看过来

    对于机器来说也是同样的道理,在机器的每个轴上设定一个固定而且精密的开关,当这个开关被触发时,意味着机器此时已经回到了那个特定的位置,在这之后的所有动作都可以根据这个点作为参考,即使加工途中遭遇断电的情况...不会的看过来 机床的控制系统也会在再次通电之后要求执行一次回原点的操作,否则机器的自动加工功能将无法使用,控制系统也会在显示屏上发出“未回原点”的警告,直到机床的各个运动轴都能准确的停留在那个特定的参考原点否则这个警告会一直持续...由于开关的使用寿命会受到外部环境的影响,在维修或者其他原因导致更换原点开关后,原点的位置也将会产生变化,这时候会产生一个新的原点,并且接下来的所有动作将会基于这个新的参考原点,在新参考原点之前所设定的坐标位置...这是因为之前的G55是参考原来的原点坐标,而现在这个原点已经发生了偏移,而且从此之后的所有移动,参考的也会是这个新的原点坐标,所以必须重新设定G55的坐标才能继续执行加工程序。...X轴 Y轴的优先级是同样的,由于离原点的距离不同,X轴Y轴回参考点所花的时间也会不一样,这很可能会出现和你预期不一样快速进给的轨迹,造成安全上的重大损失,所以花时间了解各个轴移动的移动顺序是非常有必要的

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    Android自定义系列——13.Matrix Camera

    我们的手机屏幕是一个2D的平面,所以也没办法直接显示3D的信息,因此我们看到的所有3D效果都是3D在2D平面的投影而已,而本文中的Camera主要作用就是这个,将3D信息转换为2D平面上的投影,实际上这个类更像是一个操作...坐标系 2D坐标系 3D坐标系 原点默认位置 左上角 左上角 X 轴默认方向 右 右 Y 轴默认方向 下 上 Z 轴默认方向 无 垂直屏幕向内 3D坐标系在屏幕中各个坐标轴默认方向展示: 注意y轴默认方向是向上...当View和摄像机不在同一条直线上时: 当View远离摄像机的时候,View在缩小的同时也在不断接近摄像机在屏幕投影位置(通常情况下为Z轴,在平面上表现为接近坐标原点)。...关于旋转,有以下几点需要注意: 旋转中心 旋转中心默认是坐标原点,对于图片来说就是左上角位置。...,实际上设置相机位置基本可以使用translate替代。

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    Android自定义系列——4.Canvas操作

    本次缩放可以看做是先根据缩放中心(坐标原点)缩放到原来的0.5倍,然后分别按照x轴和y轴进行翻转。...,然后放入特定的栈中 saveLayerXxx 新建一个图层,并放入特定的栈中 restore 把栈中最顶层的画布状态取出来,并按照这个状态恢复当前的画布 restoreToCount 弹出指定位置及其以上所有的状态...,并按照指定位置的状态进行恢复 getSaveCount 获取栈中内容的数量(即保存次数) 状态栈:这个栈可以存储画布状态和图层状态。...画布和图层:画布是由多个图层构成的 实际上我们之前讲解的绘制操作和画布操作都是在默认图层上进行的。...restoreToCount 弹出指定位置以及以上所有状态,并根据指定位置状态进行恢复。

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    【愚公系列】2023年04月 WPF运动控制平台-002.运动控制平台知识点学习

    运动控制系统多种多样,但从基本结构上看,一个典型的现代运动控制系统的硬件主要由上位机、运动控制器、功率驱动装置、电动机、执行机构和传感器反馈检测装置等部分组成。...【轴停止代表碰到限位】 int axisStatus; do { // 获取轴1的状态值 Check(GT_GetSts(1, out axisStatus...// 必须运动到偏移量位置,停止之后在低速回到原点位置 do { // 获取轴1的状态值 Check(GT_GetSts(1, out axisStatus..., orginPos, 3, "低速回原"); // 等待回原完成后判断编码器位置是否与捕获原点位置相同 double encPos; do { // 获取轴...1的状态值 Check(GT_GetSts(1, out axisStatus, 1, out uint clk), "GT_GetSts"); // 获取编码器位置

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    自定义 View 系列(一)-坐标系和视图坐标系

    View 的简介 View是Android所有控件的基类,接下来借鉴网上的一张图片让大家一目了然(图片出自:http://blog.51cto.com/wangzhaoli/1292313) ?...在Android中,将屏幕最左上角的顶点作为Android坐标系的原点,从原点向右是X轴正方向,从原点向下是Y轴正方向: ?...image 系统提供了 getLocationOnScreen(intLocation[]) 这样的方法来获取 Android 坐标中点的位置,即该视图左上角在 Android 坐标系中的坐标。...视图坐标 Android 中除了上面所说的这种坐标系之外,还有一个视图坐标系,他描述了子视图在父视图中的位置关系。这两种坐标系并不矛盾也不复杂,他们的作用是相辅相成的。...与 Android 坐标系类似,视图坐标系同样是以原点向右为X轴正方向,以原点向下为Y轴正方向。

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    Android 自定义 View 基础知识篇

    ViewGroup Android 中 View 的简介 View 类是 Android 中所有组件的基类,包括ViewGroup Android 中所有组件都由 View、ViewGroup 组成 View...---- Android 中的坐标系 原点 O:屏幕的左上角为原点 X 轴:原点向右为 X 轴增大方向 Y 轴:原点想下为 Y 轴增大方向 ? 数学坐标系与 Android 屏幕坐标系的区别 ?...---- Android 中 View 位置的设置 View 的位置由4个顶点决定,分别为 A、B、C、D ?...---- Android 中 组件位置获取方式 View位置的获取:通过view.getxxx() 方法获取: // 获取Top位置 public final int getTop() {...---- Android 中的「角度(angle)」与「弧度(radian)」 自定义 View 实际上是将不同的形状通过计算并组合到一起形成的效果。

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    JS 3D 模型

    这是一个简单的 JS 3D 模型,能跑在包括 IE6 的所有浏览器上,结合一下 tween 缓动算法,理论上已经可以完美模拟像 http://www.cu3ox.com/ 这个网站上方 banner 的各种变换效果了...坐标系 我们通常用一根带原点和正方向箭头的直线来表示数轴,数轴就是一个一维坐标系,两条在原点处相交并互相垂直的数轴就形成了二维坐标系,也叫平面直角坐标系,它用两个参数 x,y 来表示平面上一个点的位置,...在平面直角坐标系上,加入一条经过原点且垂直于该平面的数轴就形成了三维坐标系,它用三个参数 x,y,z 来表示空间中一个点的位置。...x 轴、y 轴和 z 轴旋转。...这里涉及一个问题,离观察者越近的物体会挡住或部分挡住离得远的物体,同样的,在同一个物体上的多个面,离观察者越近的面会挡住或部分挡住离得远的面。

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    什么样的数控编程可提高数控机床的加工精度?

    解决问题的办法有2种: 1) 按基本尺寸编程,用半径补偿考虑公差带位置 即仍然按零件基本尺寸计算和编程,使用同一车刀加工各处外圆,而在加工不同公差带位置的尺寸时,采用不同的刀具半径补偿值。...编程时按调整后的基本尺寸进行,这样在精加工时用同一把车刀,相同的刀补值(本例加工轨迹与X轴、Z轴平行,可不刀补),就可保证加工精度。...图2 2 消除机床间隙的影响   当数控机床长期使用或由于其本身传动系统结构上的原因,有可能存在反向死区误差。这时,可在数控编程和加工时采取一些措施,以消除反向死区误差,提高加工精度。...图4 图5 2、如图6所示,工件的①、②、③、④孔的孔距要求精确,设编程坐标系原点在工件中心点,对刀点(程序起点)也为同一点。...如刀具移动路线为:原点O→①→②→③→④孔,则会产生反向间隙,如改为:原点O→A→①→②→③→④,即X方向和Y方向的尺寸保持连续递减或递增趋势,如保持连续递增和递减编程有困难.则应加过渡点,如图7中的B

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    C# 提取PDF中指定文本、图片的坐标

    获取PDF文件中文字或图片的坐标可以实现精确定位,这对于快速提取指定区域的元素,以及在PDF中添加注释、标记或自动盖章等操作非常有用。...本文将详解如何使用PDF库通过C# 提取PDF中指定文本或图片的坐标位置(X, Y轴)。 用于操作PDF文件的第三方库为Spire.PDF for .NET。...页面上坐标系的原点位于内容区域的左上角,x 轴从原点开始水平向右延伸,y 轴从原点开始垂直向下延伸 (如下图所示)。 通过指定坐标XY轴,我们可以在PDF页面指定位置处绘制文本、图片、表格等元素。...C# 获取 PDF 中指定文本的坐标 要指定文本的坐标,主要分为两步实现: 首先需要使用 PdfTextFinder.Find() 方法查找PDF文件中所有指定文本; 查找到文本后,再通过 PdfTextFragment.Positions...PDF 中指定图片的坐标 与获取文字坐标类似,获取图片坐标主要也分为两步: 首先使用 PdfImageHelper.GetImagesInfo() 方法获取某个PDF页面中所有图片信息; 获取图片后,

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    自动驾驶中的时空坐标系

    从二维图像中获取三维距离信息 如果需要获得物体在世界坐标系中的位置,则还需要知道摄像机在世界坐标系中的位姿。...激光雷达坐标系系统 激光雷达是自动驾驶,特别是无人驾驶中最重要的传感器之一。目前世界上几乎所有L4级别以上的自动驾驶试验测试车都配备了不同型号的激光雷达。 激光雷达的基本原理非常简单。...如下图,旋转式激光雷达一般选择激光发射中心作为坐标系原点,向上为Z轴正方向,X轴Y轴构成水平平面。图中红色线条为激光雷达发出的激光束,在任意静止时刻形成平行于Z轴,垂直于XY平面的扇形扫描区。...坐标原点为地球质心,其地心空间直角坐标系的Z轴指向BIH (国际时间服务机构)1984年定义的协议地球极(CTP)方向,X轴指向零子午面和CTP赤道的交点,Y轴与Z轴、X轴垂直构成右手坐标系,称为1984...硬件同步触发 一些设备的数据采集可以通过外部触发的方式进行激活,于是可以使用同一个外部信号,同时激活多个传感器,从而得到同一个时间点上的环境信息。

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    双目视觉之相机标定

    由于摄像机与被摄物体可以放置在环境中任意位置,这样就需要在环境中建立一个坐标系,来表示摄像机和被摄物体的位置,这个坐标系就成为世界坐标系 相机坐标系 也是一个三维直角坐标系,原点位于镜头光心处,x...因为我们相机坐标系可以将图像的世界点联系起来 啥是世界点?一般情况下我们是需要测量物体到机器人的距离和位置关系,因此世界坐标系一般定在机器人上,或者是机器人工作的场景中。...世界坐标系与相机坐标系的关系就是相机的外参 像素坐标系、图像坐标系 像素坐标系uov是一个二维直角坐标系,反映了相机CCD/CMOS芯片中像素的排列情况 原点o位于图像的左上角,u轴,v轴分别于像面的两边平行...像素坐标系中坐标轴的单位是像素(整数) 图像坐标系 像素坐标系不利于坐标变换,因此需要建立图像坐标系XOY 其坐标轴的单位通常为毫米,原点是相机光轴与相面的交点(称为主点),即图像的中心点 X轴,Y轴分别与...u轴,v轴平行,故两个坐标系实际是平移关系,即可以通过平移就可以得到 图像坐标系转换为像素坐标系 畸变参数 在几何光学和阴极射线管(CRT)显示中,畸变是对直线投影的一种偏移 简单来说直线投影是场景内的一条直线投影到图片上也保持为一条直线

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