利用SCENIC寻找每个成纤维细胞亚型特异的基因调控对，FOXO1和MSC调控的基因在Cluster1中下调，而MEF2C和ELK3调控的基因在Cluster2中上调，说明不同来源的成纤维转录因子调控对的获悉不同...在滤泡型B细胞亚群中，负责氧化磷酸化、细胞增殖以及生物产能的基因marker在肿瘤中表达减弱，而肿瘤相关的滤泡型B细胞转录本表达普遍更低，说明在肿瘤中滤泡B细胞出现了耗竭。...朗格汉斯细胞簇在肿瘤和非肿瘤中数目类似。 通路分析在发现来源于肿瘤的巨噬细胞簇中炎症反应减弱、TNF-a诱导的细胞增殖能力不足，活性氧产生的通路下调，呈现出M2-like的巨噬细胞特征。...CD8+T细胞的亚群中，表现出较强的增殖能力、移植排斥的反应，Myc活性等，且免疫检查点抑制剂的表达也较高。...将不同部位的肿瘤细胞与每种类型细胞数目做线性拟合，发现大多数的基质细胞亚型富集在肿瘤边缘，并且处于常氧的环境中。
（CTCs）是起源于上皮来源的原发性或转移性肿瘤并脱落到血液循环系统中的具有高活力和高转移潜能的肿瘤细胞。...单细胞测序技术的出现很好地解决了这个问题。CTCs单细胞测序可用于比较外周血CTCs、肿瘤原发灶和转移灶、转移淋巴结中单细胞基因组、转录组和表观遗传组的差异，减少肿瘤异质性的干扰。...肿瘤之间的异质性源于肿瘤细胞对基因组和表观遗传修饰的反应不同以及源自不同肿瘤分层的不同肿瘤细胞亚群引起的不同肿瘤表型。此外，肿瘤间质异质性也与肿瘤微环境中细胞和细胞外基质的异常调控有关。...这些因素都在肿瘤的恶变中起重要作用 肿瘤内异质性：指同一肿瘤中存在不同的癌细胞亚群，由肿瘤内不同细胞之间的基因和表型差异组成；肿瘤内部的异质性使肿瘤细胞既具有时间异质性（原发性肿瘤与继发性肿瘤不同），也具有空间异质性...通过多功能机器人系统自动检索单细胞和细胞克隆，实现单细胞分选，直接机械分离目标细胞或克隆，不影响细胞活力，实时、高精度观察细胞图像进行细胞分选；但是，这种方法很耗时 单细胞全基因组扩增 单个细胞的DNA
下面是粉丝（队长_是我）的随机投稿 Welcome to ToppGene (cchmc.org) 这是一个神奇的网站，除了常规的基因富集分析，还能进行细胞类型的富集分析。...在做单细胞分析中，进行细胞分类时，偶尔会出现一些奇怪的亚群。 image.png 如图中箭头所指，内皮细胞被分成了两个群。我们想知道他们为何被分成两群。首先拿到两群各自的高表达基因。...（lymphatic endothelial cells, LEC） C4: 4群为血管内皮细胞(endothelial cells) 除此之外，图中21群被注释为Tissue_stem_cell。...我也想看看它的真实身份是什么。...可知21群是周细胞或者平滑肌细胞。
特别是，配体-受体对可用于从其同源基因的协调表达中推断细胞间的通讯。 细胞相互作用类型 细胞互作的类型主要包含四类，分别是自分泌、旁分泌、近分泌和内分泌。...自分泌信号转导是指细胞内通讯，细胞分泌配体，这些配体用于通过同源受体诱导同一细胞上表达的那些分子的细胞应答；旁分泌细胞间的通讯不需要细胞间的接触，而是取决于信号分子在分泌后从一个细胞扩散到另一个细胞；近分泌依赖于接触的细胞间通讯依赖于间隙连接或膜纳米管等其他结构...该文章对8例膀胱癌肿瘤样本和3例配对癌旁样本进行了高通量单细胞转录组测序，绘制了膀胱癌肿瘤微环境细胞图谱，通过细胞互作分析强调了肿瘤相关成纤维中iCAFs亚群的作用并提出了膀胱癌治疗的潜在靶点。...原理 主要步骤： 1.计算基因在细胞类型中的加权平均表达量，减弱极值影响： 注：Q1,2,3是一个基因在一个细胞群中表达分布的四分位点； 2.计算相互作用基因pairs： 注：i：细胞群ID； LA...cellphoneDB和CellChat等工具用细胞类型作为研究对象，而实际组织中的细胞相互作用是以细胞为单位的，同种细胞类型，分散的部位，可能有不同的相互作用。
异常磷酸化过程与肝细胞癌进展有关 TCGA 369例HCC+ GEO（GSE149614)中50个癌旁样本，在 HCC 组织中鉴定出 1,477 个上调基因和 720 个下调基因，发现上调的基因不仅富集在细胞分裂...、T 细胞受体信号通路和其他在肿瘤发生过程中已被证实的特定通路，而且还富集了一些磷酸化-相关的 GO term，包括蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的负调节、细胞周期蛋白依赖性蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节和...，但不在免疫细胞中。...在所有肿瘤相关细胞，如恶性细胞和芽肝细胞中，一定程度上都会检测到一些PRGs的表达。...有趣的是，在所有 2795个 EPCAM + 肝 CSCs 中，大多数至少表达 9 个基因中的一个，而只有 106 个细胞仅表达EPCAM，这表明 9 个 PRGs 在肝 CSCs 中的关键作用。
---- scran包cyclone函数是利用‘marker基因对’表达来对细胞所在周期阶段进行预测的方法Scialdone (2015) “maker基因对”由作者根据训练集细胞（已注释了cell...cycle）的基因表达特征产生，我们可以直接使用。...对于每一细胞周期阶段（人/鼠）都有一组“maker基因对”集合。...package="scran")) str(mm.pairs) head(mm.pairs$G1) 这里默认提供marker基因对是ensemble格式，如果Seurat对象中表达数据提供的是其它类型的基因...下面是对小鼠的基因对进行转换。
而且确实目前做一个单细胞项目从经费上来说已经不再是下血本了，比如某公司推出来的2个分组的单细胞项目标准分析，一般来说每个分组是3个单细胞10x样品，也就是说6个单细胞样品从送样，建库，测序(100G)数据量...，平均每个10x的单细胞转录组样品出8000个左右的细胞。...我相信你肯定是有自己想探索的生命科学领域问题，如果你不知道这样的2个分组的单细胞项目标准分析可以出哪些图表，得到哪些生物学问题，这里可以跟我们一起读一下2021年5月发表的文章，标题是：《Single-cell...去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较 细胞亚群比例差异...这个文章的图表非常的粗糙，如果我们来展现各个单细胞亚群的细胞比例变化，会比它好看百倍！
使用AUCell识别单细胞rna数据中具有活性“基因集”(i.e. gene signatures)的细胞。...AUC分数在所有细胞的分布允许探索signatures的相对表达。 AUCell允许在单细胞rna数据中识别具有活性基因集(如gene signatures、基因模块)的细胞。...thresholds 其实我们发现在SCENIC 包的分析过程中，已经封装了AUCell。...在单细胞数据的下游分析中往往聚焦于某个有意思的基因集(gene set)，已经发展出许多的富集方法。...往期回顾 Network在单细胞转录组数据分析中的应用 CNS图表复现06—根据CellMarker网站进行人工校验免疫细胞亚群 ---- ---- ----
结论: 文章的研究对结肠癌中浸润B细胞的情况和相关临床结果提供了深入的见解。阐明B细胞的特征将扩大我们对其在结肠癌TME中的作用的理解，并支持开发新的B细胞靶向免疫策略。...在结肠癌中浆细胞肿瘤微环境中抗体类别切换为IgG 与正常组织相比，肿瘤组织中IgG/IgA浆细胞的比例从整体都有所增加。...img 在拟时序分析中，Naïve B细胞位于起始位置，浆细胞位于末端，在这一过程中，不同时期的B细胞所起到的作用不同。 此外，根据转录因子分析确定了某些转录因子在B细胞分化过程中的变化。...针对结肠癌中B细胞的类型的研究。...文献阅读感想 文献中运用了大量的数据分析流程对于结肠癌中的B细胞进行了深入的分析确定了CD20+ B细胞和IgG 浆细胞在疾病中的作用。
)是一种用于估计新鲜组织中单个细胞的细胞组成和转录谱的有效技术。...snRNA-seq中结肠上皮细胞和肝脏肝细胞比例较高，scRNA-seq中免疫细胞比例较高。这种差异可能是由于scRNAseq过程中细胞质内容物的破坏导致粘附基因表达分数的变化。...结肠组织上皮细胞转录差异明显 实体瘤中细胞比例的差异可能与黏附结构的特点和分离过程中的凋亡应激有关。...根据snRNA-seq, LGR5是在上皮细胞中富集的肠道干细胞标志物，而ASCL2是另一个干细胞标记物，根据scRNA-seq, ASCL2是在上皮细胞中富集的。...虽然该文章结论与之前的研究一致，表明两个平台在识别细胞类型方面是一致的，但作者揭示了一个平台在不同情况下比另一个平台的条件优势。首先，由于这些平台显示不同的细胞分布，某些细胞分类可能指向一个平台。
DOI号：10.1016/j.immuni.2023.10.002 背景介绍 成人的消化道中聚集着大量的免疫细胞，既有髓系又有淋巴系的细胞。...过去认为，肠道中的免疫细胞是来自于骨髓造血干细胞（HSCs）。但是，近年来的动物研究表明，很多器官在胚胎发育中的纳入的组织驻留型巨噬细胞是独立于HSC的，来自于胎儿前巨噬细胞。.../巨噬细胞的scRNA-seq数据，这些数据都可以在GEO数据库中通过GSE240363获取。...HCO中的巨噬细胞在转录上与人类胎儿结肠中的巨噬细胞相似 小鼠的谱系追踪研究表明，前巨噬细胞和胎儿单核细胞可以在发育早期定植器官，并产生组织驻留巨噬细胞，这种巨噬细胞持续到出生59岁，并贯穿一生。...与胎儿的数据进行比较也发现，HCO中的巨噬细胞在基因转录特征上与胎儿结肠中的组织驻留巨噬细胞高度类似。
导语 GUIDE ╲ 拷贝数变异（CNV）在癌症的发生和发展中起着重要作用。...}”区分，在聚类分析中可以选择是否根据不同肿瘤细胞来分类。...由于只有在注释文件中列出的细胞才会被分析，因此如果我们只对某一部分细胞感兴趣的话，可以通过修改注释文件来达到subsetting的目的，而不需要对表达矩阵，就方便很多。 3....该文件中的染色体号出现顺序与输出图中的染色体顺序是一致的，所以建议在这里按照染色体号从小到大的顺利排列。 基因的位置信息可以从gtf文件中获取。...，可以修改参数ref_group_names；当没有参考细胞时，参数ref_group_names可设置为NULL，此时对于每个基因，参考表达值为该基因在所有细胞中的表达平均值。
scRNA-seq使我们能够彻底检查肿瘤细胞和正常细胞之间的差异，跟踪细胞生长和分化的路径，并阐明细胞之间的通信网络。 细胞间通讯涉及通过介质将信息从一个细胞传递到另一个细胞以引起反应。...TME中的细胞通过受体和配体进行交流，在癌症中形成一个复杂的信号网络，该网络与多种行为密切相关，包括癌细胞增殖和免疫逃逸。破坏或干扰细胞间通讯中的恶性信号转导是未来癌症治疗策略的关键靶点。...鉴于目前的研究状态和细胞间通讯信号在肿瘤中的重要作用，本文的研究重点是在ccRCC发展过程中肿瘤细胞间信号通路。...在第 0、3、5、6 和 12 簇中，肿瘤细胞和上皮细胞之间的标记基因表达存在重叠，导致 ccRCC 组织中肿瘤细胞和上皮细胞的不准确区分（图 1B 中的上皮和肿瘤）。...鉴定ccRCC样本中具有两种不同转录谱的肿瘤细胞 为了准确区分ccRCC组织中的“上皮/肿瘤”，文中使用四种方法对ccRCC组织中的4252个“上皮/肿瘤”细胞和正常肾脏组织中的1604个上皮细胞进行了深入分析
取材干细胞分化过程中不同时间点的样本，做单细胞测序，看整个过程中的转录组变化。本研究使用的分化protocol A 需要8天。第八天66% 的细胞共表达CD31和CD144....文章主图: Fig1: 单细胞测序分析分化成内皮细胞不同时间点的样本 Fig2: 分化过程中的变化 Fig3:伪时序分析 Fig4: 换另一个分化protocol后的单细胞测序结果。...Fig2F用了另一个细胞系RC11相同分化protocol测序后的聚类图，分群结果类似H9分化结果。 Fig2: 分化过程中的变化 两种不同细胞系伪时序轨迹见Fig3A-B....总共测序27225个细胞，聚类分群结果见Fig4. 鉴定出protocolA 中不存在的上皮细胞等(Fig4D)。Fig4E 展示了分化轨迹。...Fig4: 另一个分化protocol后的单细胞测序分析 4 伪时序分析看分化过程中的转录因子变化 见Fig5。
细胞自杀的机制 对细胞用于杀死自身的分子机制的阐明为恶性肿瘤的起源、正常和恶性细胞对治疗的敏感性、以及对治疗的抵抗性发展提供了新的见解。更为重要的是，这些发现确定了新的抗癌治疗目标。...细胞无法杀死自己的最有力证据来自在多种癌症中发现了编码细胞凋亡调节因子的基因中的反复突变。...也许这样的药物能够通过激活两种凋亡途径，与BH3模拟药物协同杀死癌细胞。 非凋亡程序性细胞死亡途径在肿瘤发展和抗癌治疗中的作用 自噬在癌症中的作用仍在争论中。...然而，对于焦细胞凋亡在肿瘤发生中的作用以及癌细胞对化学疗法的反应，还知之甚少。...据我们所知，迄今尚未在整个癌症基因组研究中鉴定出gasdermin D，其为细胞凋亡的重要介体，它是抗癌治疗中的肿瘤抑制因子或耐药因子。
我想要继续学习文献提供的源代码，刚好文章也提供了细胞注释信息。所以现在有一个需求是将文章中的注释信息增加到我现有的seurat对象中，下面具体来看看吧。 首先是读入seurat对象和文章中的注释信息。...## 得到文章中细胞的注释信息：phe2 dir='.....变量内容如下： 发现文献的细胞名字和我在seurat对象中的细胞名字不一样： head(colnames(all.merged)) # [1] "TBB011_singlecell_count_matrix.txt_AAACCCAAGAGCCGTA...all.merged变量中的细胞名字比phe2中的更长，我把all.merged的名字变短会简单一些。...AAACCCACATGACGGA" "TBB011_AAACCCACATGGAATA" "TBB011_AAACCCACATTCATCT" # [6] "TBB011_AAACCCAGTAATGATG" 最后，将文章中的细胞注释信息合并到
通过单细胞 RNA 测序技术在基因工程小鼠模型的 PDA 进展的不同阶段对细胞异质性进行分析。...发现**除了具有增加炎症特征的不同巨噬细胞群外，癌细胞的上皮向间充质转变伴随着肿瘤进展；**正常小鼠胰腺中存在三种不同的成纤维细胞分子亚型，最终在晚期 PDA 中产生两种不同的成纤维细胞群；癌细胞和成纤维细胞可能受到表观遗传机制的动态调节...文章复现： 此次复现的图为文章Figure 1 的B-E图，是3个单细胞样品各自独立的降维聚类分群并且进行生物学命名： image-20211104152226887 可以看出文章中的是将Normal...接下来进行文章复现： 数据概览： 文章中处理的数据集是GSE125588，其中包括5个样本： （1）数据读取质控过滤： 数据读取之前需要将每个样本的标准10X文件整理成如下格式： image-20211105174422303...&最少表达细胞数的基因 selected_c 300) # 每个细胞中基因表达>300 selected_f
，收集了人和小鼠的单细胞数据，目前共计包含来自1300+例样本、250+种组织的550万+细胞数据，另外还有6000多个marker基因可以用来做细胞注释。...musculus 5603 6 SRA689041 SRS3166675 Colon 10x chromium Mus musculus 2878 获取细胞组成...=> getMarkers 比如要筛选两种特定类型的内皮细胞亚型：淋巴内皮细胞(LEC)是 PECAM 和 PDPN 阳性，而血液内皮细胞(BEC)是 PECAM1 和 VWF 阳性，但 PDPN 和...features across 1124 samples within 1 assay Active assay: RNA (39551 features, 0 variable features) 要获取该数据的...750 Endothelial cells 17 Lung proximal airway stromal cells Homo sapiens 如果要单独获取每个数据的
正文重点 首先由于小鼠脑膜免疫细胞数量很少，实验选择了混样策略，这点在动物或者某些穿刺样本中很常见，当然由于人类个人变异性，对于人类穿刺样本建议进行标记后再混样。...这篇文章中每组相同处理的3只小鼠脑膜细胞经CD45分选后进行混样，共测了5例样本，整个分析过程也是主要基于Seurat，标准一篇单细胞文章。.../packages/release/bioc/vignettes/CHETAH/inst/doc/CHETAH_introduction.html 回到这篇文章中，对脑膜免疫细胞分类7个大群：border-associated...和 Pf4 的表达定义，而新生小鼠脑膜 BAM 簇也表达了典型的特征标记物 Mrc1、Lyve1、Ms4a7和Pf4 ，表明新生儿脑膜中的 BAM 共享胚胎小鼠 BAM 群体共有的特征基因。...Linear methods在不同的逆时分析方法学对比中给的评价也很好，代码也比较简单： library(SCORPIUS) data(ginhoux) expression <- ginhoux$expression
图片同时也表征了空间数据，这里的空间数据经过了过滤，注释采用了Seurat 的方法进行单细胞空间的联合分析图片图片图片内容2、牛皮癣皮肤中不同的角质细胞分化状态反映了牛皮癣中不同的细胞因子反应上述PP中单独存在的群将是研究的一个重点...结果表明，角质形成细胞有最多的免疫细胞邻居(T细胞和骨髓细胞)，成纤维细胞分布在许多其他细胞类型中，内皮细胞与免疫细胞相邻。...图片因此，通过整合scRNA-seq数据、上游调节因子分析、配体受体结果和不同细胞类型的空间位置，能够创建一个模型，突出成纤维细胞在牛皮癣皮肤中的作用。...在牛皮癣中，SFRP2+成纤维细胞从纤维化状态转变为炎症状态。这些成纤维细胞表达CCL13和CCL19，能够招募相关的趋化因子受体表达细胞:CCR2+髓细胞和CCR7+ LAMP3+ cDC2A。...在表皮中，由Tc17分泌的IL-17诱导炎症，并被supraspinous layer内的IL-36环进一步放大，触发释放可招募CCR6+ Tc17的CCL20以及可招募中性粒细胞的CXCL1和cxcl8
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