首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

GEO数据挖掘2(分组+探针注释获取

,因子型数据可以理解为有高低顺序分类变量Group = factor(Group,levels = c("control","RA")) #level是水平,要把control组放在第一个位置获取探针注释...:啥是探针注释?...——是探针id和基因名(symbol)对应关系获取途径:1.bioconductor注释包:http://www.bio-info-trainee.com/1399.html 在该网页找到基因平台号对应...GPL号码网页,可以下载对应探针注释信息表格,下载后保存于工作目录中图片取出探针id和对应symbol两列(数据框取子集) b = read.delim("GPL570-55999.txt",...str\_detect(ids2$symbol,"///");table(k2) ##去掉对应多个基因名探针id ids2 = ids2[ k1 & k2,]并不一定所有的探针注释中开放性探针都是"

1.8K31
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    JS获取文本(HTML)摘要

    前言 在一些文章类程序中,我们直接对文章内容检索的话,数据量大,速度较慢,我们可以在保存时候获取文章摘要,方便后续检索。 根据字数获取 这种方式可以作为文章概要。...parentElement){ return ""; } // 获取要移除标签名 const removedTagNames = ['pre','figure'...]; // 例如要移除 div 标签 // 获取父级元素下所有子节点 const childNodes = parentElement.childNodes; // 创建一个新...; // 例如要移除包含样式 // 获取父级元素下所有子节点 const childNodes = parentElement.childNodes; // 创建一个新 DocumentFragment...let textContent = showDom.innerText; // 获取文本中出现次数超过2次高频词 const highFrequencyWords = getHighFrequencyWords

    30610

    学徒笔记——芯片数据注释文件获取

    下面是2021六月份学徒投稿 目前芯片数据分析流程都可以通过AnnoProbe包简单完成上游分析,包括表达矩阵获取、分组方案构建和数据注释,但是也存在一些平台数据无法被该包直接获取。...AnnoProbe获取注释信息方式是通过对信息文件中GPL字段信息,直接从数据库下载相关编号,但是意外总会发生。...二、手动下载文件 直接在 GEO 平台搜索对应 GPL 编号,通过 AnnoProbe 包 checkGPL 函数检查一下,返回 FALSE,即R包数据库里找不到这个平台注释文件,所以要去手动下载然后读取...str_detect(ids$symbol,"///"),] #去除空信息行 注释好了,做差异分析,然后转换ID准备做富集,但是注释失败,全部转换失败!意外总是有的,关键在于问题在哪儿。...然后通过读取本地注释文件方式导入流程 b = getGEO("GPL14550",destdir = "./") d = b@dataTable@table 所以这个注释实际在数据库里是收纳了,只是这个数据库不是

    4.4K22

    基于知识图谱文本自动注释(python+html)

    在探索知识图谱过程中,发现它可以做一个有趣应用——文本自动注释。在此整理并分享给大家。...这个时候,就该让文本自动注释发挥作用了,下面是注释文本(鼠标放在超链接上可以看到简介,点击则会跳转到相应百度百科页面): 央视网消息:北京时间6月30日晚22点,2018年俄罗斯世界杯1/8决赛迎来一场强强对话...q=姆巴佩 2.实体链接API 输入中文文本,输出分词后文本,以及识别的实体,json格式。...返回字段 cuts: 文本分词结果,格式为字符串列表 entities:从文本中识别的实体,格式为一个列表,列表每个元素是一个链接实体,表示为一个长度为2列表,列表第一个元素是实体在输入文本中出现位置...接下来,文本注释要做,就是把相应信息和链接放到对应文本位置上。这里我们就要使用HTML特性:在href属性上放上超链接,在title属性上则可以放上鼠标悬停时会看到注释

    94120

    详解如何获取物种所有基因对应GO注释

    Gene Ontology是研究基因功能重要数据库之一,在进行GO富集分析时,需要提供所有基因对应GO注释信息,本文介绍几种获取该信息方式。 1....从GOA项目进行下载 EBI对uniprot数据库中蛋白进行了GO注释分析,这个项目名为gene ontology annotation, 简称GOA, 在FTP也提供了物种对应注释信息,示意图如下...gene2go就是基因对应GO注释文件,这个文件包含了所有物种GO信息,可以根据物种对应tax id提取指定物种。...从Bioconductor 获取 对于常见物种,Bioconductor上也提供了对应注释包,示意如下 ?...许多做富集分析包就会从物种对应db包中读取GO注释信息。 ·end· —如果喜欢,快分享给你朋友们吧—

    9.1K20

    在 Django 中获取已渲染 HTML 文本

    在Django中,你可以通过多种方式获取已渲染HTML文本。这通常取决于你希望在哪个阶段获取HTML文本。下面就是我在实际操作中遇到问题,并且通过我日夜奋斗终于找到解决方案。...2、解决方案有多种方法可以获取已渲染 HTML 文本。一种方法是使用 render_to_string() 函数。此函数将模板字符串或模板对象作为参数,并返回一个渲染后字符串。...HTTP 响应对象包含渲染后 HTML 文本。最后,您还可以使用 RequestContext 对象来获取已渲染 HTML 文本。...您也可以使用 RequestContext 对象来获取已渲染 HTML 文本。...这些方法可以帮助我们在Django中获取已渲染HTML文本,然后我们可以根据需要进行进一步处理或显示。

    10810

    【VS Code扩展】获取编辑框中文本

    在编写VS Code扩展过程中,我们有时会需要获取编辑框中文本。...准备工作 在获取编辑框中文本之前,我们需要创建一个编辑框实例: const vscode = require("vscode") ... let editor = vscode.window.activeEditor...//获取当前激活编辑框实例 获取文本 获取整段文本 我们可以通过以下代码获取到编辑框中文本: let editorText = editor.document.getText() console.log...获取分行文本 我们可以通过以下代码获取到分行文本: let textArray = editor._documentData...._lines会返回一个字符串数组,我们可以通过textArray.length获取到代码行数,也可以通过连接它们达到与获取整段文本一样效果。

    1.5K30

    基于 Tensorflow eager 文本生成,注意力,图像注释完整代码

    (图像注释) 在暑期实习期间,我使用TensorFlow两个最新API开发了这些示例:tf.keras,以及eager function,我在下面分享了它们。我希望你发现它们有用,有趣。.../contrib/eager/python/examples/generative_examples/text_generation.ipynb)是文本生成,我们使用RNN生成与莎士比亚类似的文本。...基于莎士比亚大量作品,这个例子学会了生成听起来和风格相似的文字: ? 在训练莎士比亚写作集合30个时期后,笔记本生成了示例文本。...contrib/eager/python/examples/generative_examples/image_captioning_with_attention.ipynb)中,我们训练模型以预测图像注释...下一步 要了解有关tf.keras和eager更多信息,请密切关注tensorflow.org/tutorials(http://tensorflow.org/tutorials)以获取更新内容,并定期查看此博客和

    96920

    文本获取和搜索引擎概率模型

    无法处理用户没有看过文档以及没有过查询 企业微信截图_15626513457190.png 概率模型核心思想就是,假设当前文档是某个用户想要,那么这其中有多大概率表明这个查询是来自于此特定用户...这种计算方式,很明显是它依赖于当前语句,用处在于处理自然语言中不确定性,比如要知道某个句子“Today is”下一个单词是”Wednesday”概率。...这种模型最简单情况就是 Unigram LM Unigram LM 假设所有单词都是互相独立,那么单个句子成立概率就是每个单词出现概率。...|q|等价于整个文档库中单词在查询语句中出现次数,也就是查询语句本身所包含单词数量 函数重写后,对于排序来讲,最后一部分,所有的文档算出来值都是一样,所以可以忽略【针对所有的文档库计算...】,对于中间部分,可以看到相对长查询有一个基于因子log算法,某种程度上是对长度一种惩罚,越长可以选择较大因子,而对于第一部分来讲,可以看到,可见文档单词概率则类似于TF,不可见文档部分则相当于

    90430

    C# 获取 Excel 文件所有文本数据内容

    功能需求 获取上传 EXCEL 文件所有文本信息并存储到数据库里,可以进一步实现对文件内容资料关键字查询全文检索。...有助于我们定位相关文档,基本实现步骤如下: 1、上传 EXCEL 文件,获取二进制数据并创建副本文件。 2、将EXCEL 副本文件通过 COM API 导出到指定文本文件。...3、获取文本文件内容字符串并存储到数据库中。...Excel文件文本内容 getExcelContent 方法返回 string 类型内容,即表示EXCEL 文件文本内容,说明如下表: 序号 参数名 类型 说明 1 _filename string...总结 以上代码我们提供了一些操作 EXCEL API关键方法,后续我们可以将文本内容存储到数据库中,查询或下载,可以参考我文章: 《C# 将 Word 转文本存储到数据库并进行管理》 关于 EXCEL

    6610

    文本获取和搜索引擎中反馈模型

    反馈基本类型 relevance Feedback:查询结果返回后,有专门的人来识别那些信息是有用,从而提高查询命中率,这种方式很可靠 implicit feedback:观察有哪些返回结果是用户点击了...,有点击认为是对用户有用,从而提高查询准确率 persudo feedback:获取返回结果前k个值,认为是好查询结果,然后增强查询 Rocchio Feedback思想 对于VSM(vector...beta要大于persudo】;在使用时候注意不要过度依赖,还是要以原始查询为主,毕竟反馈只是一个小样本 Kullback-Leibler divergence Retrieval model[...KL散度检索模型] kl作为反馈运算来讲,具体操作可以是:首先提供一个预估要查询文档集,以及查询关键字,分别计算出文档和查询向量。...计算出二者距离【基本和VSM一致】,通过这样方式,会得到一个反馈集合。

    1.4K30
    领券