R包 多个函数的打包存放 相应的R包可实现特定的分析功能 R包包含函数、数据、帮助文件、描述文件 安装 R包来源有CRAN、Bioconductor、GitHub install.packages(tidyr...jmzeng1314/idmap1") library("tidyr")#加载 devtools::install_local(“xxxx.zip”)#本地安装 安装后每次使用都要先加载，也可用来检验是否成功安装 载入包时回答提示信息尽量...no* 已经安装的包，可直接调用其中的函数 pheatmap::pheatmap(volcano)#包名::函数名 library(pheatmap) pheatmap(volcano) 学习R包的使用...browseVignettes("limma") #作者一手教程，不是每个包都有 ls("package:limma")#列出包中的函数等 引用自生信技能树 小洁老师
stringr包是Hadley Wickham大神贡献的R包之一，主要用于字符串的处理。对于经常需要对数据进行预处理的分析人员来说，简直是一把“利器”，可谓是上能屠龙，下能剔牙。...其用法相比于R自带的函数，更加简单明了。stringr包在我工作中，是属于频繁使用的R包之一。简单的用法也是深入我心，强烈推荐使用该包进行字符串的预处理。...space 分割与合并 场景：数据框中某一列按某一个分隔符分隔，需要将该列分列；或者数据框中某几列需要按分隔符合并成一列。...#替换comma 截取 场景：这个就比较特定的场景了，在公司有一个表，其中一列是规格，一列是规格与颜色合并，但是合并后也没有特定的分隔符，需要把颜色截取出来。...#提取filepath 字母大小写转换 场景：在Excel中，查找匹配不区分大小写，但是在R中区分大小写，常出现在Excel中能查到到但是R中匹配不到的情况，故先预处理统一大小写再做匹配。
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...:102),] 这里的“,”怎么理解呢，在我们上一期推文中提到，提取元素时z[x,y]指代提取z中第x行，第y列，如果我们只需要提取行，则应该写作z[x,],同理，如果只需要提取列，应该写作z[,y]...cbind()函数和rbind()函数） 需要注意：bind_rows()将行连接起来，需要两个表格的列数相同；同理bind_cols()将列连接起来，需要两个表格的行数相同。...经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。...本次以dplyr为例安装和加载R包镜像设置运行这两行代码options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options...注意返回的表的不同反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join注意返回的表的不同简单合并在相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同...，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数函数和R包的学习方式快速查看函数帮助文档?...dplylr可以用问号连接任何想知道使用方式的函数名称找R包介绍页面（善用搜索引擎，或者找帮助）##Vignettes这个单词硬翻译会翻译成“小插图”，其实就是作者写的网页版教程，不是每个R包都有的，可以运行代码试试看
在这篇文章中，我们将学习如何操控R中的字符串，主要用的是Biostrings包。...Getting started 如果你是第一次使用，请先用以下命令安装Biostrings包： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite...我们将通过实际操作一些Biostrings包提供的函数去熟悉它做的是什么，又是如何实现的。 Generating DNA alphabets R 提供了函数生成大写和小写的字母表。...要计算GC含量，我们需要对"G""C"出现的次数计数，然后除以问题中涉及的字符串长度。...如果你还没有下载好bioconductor包，可以使用下面的命令： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
安装加载R包R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor。...使用一个包，是需要先安装再加载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror...# 3 virginica 6.05 0.354管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)（加载任意一个tidyverse包即可用管道符号...y项中除非交集外的其他部分anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')## x y## 1 a 1## 2 c 3## 3 d 46.简单合并在相当于base包里的...cbind()函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(
这几天收到师兄的任务，熟悉iGRaph包的使用，通过查资料，外加自己的实践，在此做个简单的学习笔记。 以下例子均是在R 3.0.1版本下测试的。
在R语言的广泛包中，大部分可以直接install.packages()直接命令安装，但是有些包安装过程比较复杂，例如'lightgbm,ggplot2所依赖的‘rlang’包，devtools所依赖的‘...pkgload’,这三个包是我目前经常遇到的需要编译的包，安装过程比较复杂且慢。...其大致意思是，这些包需要使用C++编译环境来进行安装， 所以，我们需要下载Rtools来满足编译环境要求。...首先： 下载Rtools，根据R语言版本选择对应的Rtools 下载Rtools过程注意选择默认路径，且将Rtools下载路径加入系统变量path 重启Rstudio，重新安装上述包 getOption...('repos') install.packages("rlang", lib="D:/R.Rstudio/R/R-3.3.3/library") install.packages('devtools'
说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包来源及安装方法 1....CRAN网站 可以理解为R包的官网，凡是需要通过CRAN下载的R包，都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2....安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。...install_version("rvcheck",version = "0.1.8") 需要注意的是devtools这个方法并不适用所有的R包。 2....源码安装 在这里也许能找到你需要的R包历史版本。
plot(iris[,2],col = iris[,5]) > plot(iris[,3],col = iris[,5]) > plot(iris[,4],col = iris[,5]) #当一个代码需要复制粘贴三次...> m2d=function(x){+mean(x)+2*sd(x)} #sd()是标准差 不会是一个值 > m2d(rnorm(10)) [1] 1.738949 R包 介绍 R包都在哪里 ####...>devtools::install_github( ) #需要把用户名也写上 #如果不知道包从哪里来 先试前两个 若不行 就是github上的 # 安装完之后的加载(相当于打开软件) >library...#表格文件读到R语言中，就得到了一个数据框，对数据框进行的修改不会同步到表格文件，需重新导出 分隔符 常见的分隔符：逗号、空格、制表符（\t) 将表格文件读取到R语言中 read.table() #...file="xxx.Rdata") >load() #加载 >load("xxx.Rdata") #不需要进行赋值 如x=load("xxx.Rdata") Rdata本身含有变量的不需要再进行赋值
问题 你想安装和使用一个 R 包。...R包 remove.packages 移除一系列已安装的R包 installed.packages 将已经安装的R包更新到最新版本 setRepositories 设定当前的R包的资源库列表 通过命令行安装...R 包 R CMD INSTALL aplpack_1.1.1.tgz # 安装aplpack包 从其他资源库安装 R 包 devtools 包提供了从其他流行的 Git 资源库或其他 URL 上安装...R 包的工具。...例如，我们想安装开发版本的 ggplot2 包，可以使用下面命令： # 如果没有安装devtools，需要先安装 install.packages("devtools") library(devtools
介绍这个包扩展了ggplot2，提供了用于对齐和组织多个图的高级工具，特别是那些自动重新排序观察结果的工具，比如树形图。...create complex, publication-quality visualizations while still using the familiar grammar of ggplot2.案例安装R包...install.packages("ggalign")install.packages("ggalign", repos = c("https://yunuuuu.r-universe.dev"..., "https://cloud.r-project.org"))# install.packages("remotes")remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign
我一直认为编程语言的能力取决于它的软件库，因此本文将着重介绍我经常使用的一些关于机器学习算法的 R 包和 Python 中的替代包。...R 语言的一个缺点是每个机器学习算法都有一个相应的软件包，这大大提升了用户的学习成本。...利用这个软件包，我们仅需要一行代码就可以将 LogistiRegression 模型切换成 GradientBoostingMachines 模型。...stringr -> re+string R 语言自带的字符串操作函数非常难用，每次当我需要处理字符串时，我都会做以下两件事： 向大神 Hadley Wickham 表示感谢 导入 stringr stringr...但是对于 Python 来说，它本身就能够非常快速地处理字符串数据，所以我们不需要类似于 stringr 的第三方软件包！
R包开发 创建R包基本流程： 开发工具：devtools 运行调试 + usethis 创建修改 基本流程： create_package 创建一个R包 use_r()写函数,插入roxygen注释和...tag，使用document()生成文档 load_all()载入包 use_***_license 添加license install安装包 use_testthat() 和use_test()生成测试文件...) -> R/*.R -> 添加R函数脚本(合并因子) usethis::use_r("fbind") fbind <- function(a, b) { factor(c(as.character...: use_package() -> `DESCRIPTION`文件添加 `Imports::forcats` use_package("forcats") R包readme说明文件：use_readme_rmd...dplyr调出 创建包：usethis::create_package(path) 工作路径最好是源码包的top-level 参考： R packages 2nd edition cheatsheet
为什么学习R包 R的强大在于包含了各种各样的包，使用包非常有利于便捷开发。 一些功能在现有的包中并不存在，需要自己实现，实现后通过打包方便代码的复用。...R包的创建 预先准备 安装R包，需要执行以下代码： install.packages(c("devtools", "roxygen2", "testthat", "knitr")) install.packages...为了完成特定的功能，需要编写R函数。...R文档 对于每个R函数，需要编写R文档，包含R函数的功能、调用、使用方法等。...重新建立包，执行?hello_country即可预览生成的R文档。 测试R文件 每个R函数编写完成后，需要对其进行测试，测试的文件放在\test文件夹下。
Facebook AI 研究主管 Yann LeCun 近日表示，深度学习可能需要一种比 Python 更灵活，更易于用的新编程语言。
vignettes/tm.pdf tm手册 : http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/web/packages/tm/tm.pdf 简介 tm 即text mining，是用来做文本挖掘的一个R包...，是一个进行自然语言处理的基础包。...安装 该包的安装方法是install.packages("tm") 数据输入—文集(corpus) 文集代表一个文档集，通常一个文件就是一个文档。多个文档构成一个文集。...0 0 0 0#> 248 0 1 0 0 文档-单词矩阵的操作 有了矩阵以后，可以有很多R函数可以作用于它...为了能够处理中文，需要 图换掉缺省的reader。新的reader应该读入文章，并进行分词，然后将分词的结果保存为一个新的文件，该文件中，各中文单词以空格隔开 。
关于R和RStudio安装在这里就不再介绍了，网上有很多相关内容，如果安装过程有困难可以后台私信我。 PS.本次内容为R包安装及初识向量。 ? PART2 R包安装 问：什么是R包？...答：包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。...（对于刚接触R的同学来说可能看起来比较抽象，但是没关系，我们会在后续的学习中慢慢了解R包的概念） 1.R包安装：第一次安装一个包，使用命令install.packages()即可。...#示例：安装ggplot2包 install.packages('ggplot2') install.packages("ggplot2") 值得注意的一点是，包的名称需要放在单引号''或者双引号""...中 2.R包载入：安装完成后，想要调用这个包中的命令、数据等信息，就需要先载入这个包，需要用到的命令为library()。
其中，readr包用于读取数据，tidyr包用于整理数据，dplyr包用于数据转换，ggplot2包用于数据可视化，purrr包用于函数式编程。...函数式编程 用R写循环从低到高有三种境界：手动 for 循环，apply 函数族，purrr 包泛函式编程。...NA NA ---- 参考资料 [1] R如何实现更快读取数据——使用redr包: https://www.jianshu.com/p/71b4fd0f0a19 [2] Writing Data...[4] 数据重塑之tidyr包: https://zhuanlan.zhihu.com/p/22265154 [5] Introduction to dplyr: https://cran.r-project.org...[9] R语言| 向量化操作purrr包: https://www.huaweicloud.com/articles/f522c9f56cf2d8cca5f7b390aa3f2d7c.html [10
., add = FALSE)根据...对数据进行分组后返回，不会保存成新数据，需要另外赋值 参数：add = FALSE 原始数据基础上加新的分类 ungroup(x, ...)分组后，返回没有分组的数据
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