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序列比对:替换计分矩阵

进一步地,由于在生命系统中不同碱基或氨基酸之间发生替换的概率、实质并不相同,因此在计分中不同字符的替换应该加以区分,从而使其更加接近真实情况。...不同替换的计分规则被称为替换计分矩阵,其包含匹配得分与错配罚分的详细计分。...DNA替换计分矩阵 A:等价矩阵(unitary matrix) 最简单的替换计分矩阵,匹配得分为1,失配(也即替换)得分为0。...在现实进化过程中,转换的概率要比颠换高,因此转换计分-1,颠换计分-5。 C:BLAST矩阵 匹配的字符计分为5,不匹配的字符计分为-4。...不同的替换计分矩阵打分结果不同,序列的相似性得分与距离结果也不同,如下所示: 蛋白质替换计分矩阵 蛋白质序列由20种氨基酸组成,分子大小、水的亲和性等都影响替换概率;而且根据经验天冬酰胺(Asn)、天冬氨酸

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