热图是科研论文中一种常见的可视化手段，因其丰富的色彩变化和饱满的信息涵盖量，往往是一篇文章中最引人注目的所在之一。上至CNS顶刊，下至1到2分小文，可以说热图无处不在，堪称文章C位。...如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服editor和reviewer的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。 ?...什么是热图，比如上图是来源于两篇CNS级别文章中截取下来的主图，一眼看去，一张合格的热图主要由四大部分组成，一个是像浴室瓷砖一样的小色块铺成的色板，也可以称作热图本身，是热图必不可少的部分，一个是色板上面的聚类树...使用color颜色更改颜色变化尺之后的热图会更好看啦。我们可以参考文章中的绘图颜色，这样会让我们的热图更富有视觉效果。 ?...参考科研期刊中的文章热图，还有一个重要的部分，就是样本的附注，用来标注哪些样本是实验组，哪些样本是对照组。那么如何实现在热图中添加标注呢？代码如下： ? ? 本期干货 ！！绘制热图代码！！
ComplexHeatmap包可提供灵活的热图展示及高度自定义的注释图形。 1.1 设计理念 一个完整的热图由热图主体和热图组件构成。...热图主体可以被分为不同的行和列，热图组件包括行/列标题，聚类树，行名/列名，行注释条/列注释条。...热图列表由多个热图主体和热图注释组成，但不同的热图主体和注释被有序排列，使得彼此之间具有较好的可比性。...单个热图 介绍单个热图的组成 3. 热图注释 热图注释概念，如何绘制简单注释和复杂注释，简单注释和复杂注释的不同 4. 热图列表 如何绘制多个热图和注释，它们的位置排布是怎样安排的 5....交互式热图 12. 更多例子 第二章 单个热图 单个热图是最常见的可视化图形，虽然ComplexHeatmap包的闪光点是可以同时绘制多个热图，但是作为基本图形，对单个热图的绘制也是很重要的。
一、前言 KMP 算法可以说是我学过的算法里最让我印象深刻的一个算法了。初学 KMP 的时候真的是抓耳挠腮，硬啃了一下午的博客才勉强可以自己独立推一遍算法的整个流程。...因为无法知道 P 的那些子串需要用到最长的相同的前缀后缀长度，所以最稳妥的方法就是预处理出P串的每个前缀子串的最长的相同的前缀后缀长度。...于是引出 next 数组的定义：next[i] 表示 P 串下标为 **0 到 i-1 **的子串 x 的某个前缀与 x 的后缀相同，记录最长的长度（注意记录的是0到 i-1 的子串...其实 fail 指针指向的就是当前搜索的串的后缀可以匹配的所有以根节点为起点的子串的前缀的最大值，假设我们有一个匹配串 S 在匹配的过程中的某个位置发生失配了，那么以失配位置为结尾的这段字符串的一部分有可能成为某个单词...q.push(p); } } } } 继续鸽，有空再解释 四、参考文献 从头到尾彻底理解KMP（2014年8月22日版）（v_JULY_v大佬的超详细博客
MySql 下载、压缩包安装、配置、详细讲解，带步骤图 一、MySQL介绍（关系型数据库管理系统） MySQL是一个**关系型数据库管理系统*，由瑞典MySQL AB 公司开发，属于 Oracle...点击系统变量下的path 然后新建一个变量 路径就是解压后的 mysql下的bin的路径 ３、编辑mysql配置文件 注意：替换文件中的路径 换成自己电脑上的 [mysqld] basedir...就是初始化的时候用的 #号就是注释符号 最后最后 一定要记得要重启mysql 才能生效的，不然mysql是不会认的你的。...测试 出现下面这样的图就是成功啦。 当然 如果照着上面一步一步来，理论上是没有问题的。 如果你以前安装过的话，需要重装的话，一定一定要把环境清理干净。...之后找到时间再来一篇完全卸载mysql 的博客。 日常自言自语 今天的摸鱼任务完成了完成了。 在写这篇博客的时候，我脑海中竟然出现一种要把我自己电脑上的mysql卸掉重装的想法，并且已经开始转存数据。
标签：Excel图表，瀑布图 瀑布图已经出现有很长一段时间了，然而要对图表着色有点麻烦。下面制作一个有3种不同颜色的图表，红色代表下降趋势，绿色代表上升趋势，无色来帮助强调变化。...图1 颜色会自动添加到上面的图表中，如果每个月都有变化，则会计算出底部的变化。蓝色是起点，红色是任何负的变化，绿色代表任何正的变化。 以下是上面瀑布图中的一些示例数据。...图2 蓝色文本是每年的实际数据，而偏差列中的数据仅显示了同比的变动。 技巧是创建3列（这里为标签创建了第4列），并使用公式捕捉变化。...图3 白色、红色和绿色列显示了上一年的变化，每个列都是图表上的一个系列。标签与上图2所示的示例数据的值相对应。 如果有兴趣，可以到知识星球App完美Excel社群下载示例工作簿研究。
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。...批量修改 左边工具栏有个nodes，直接点击即可 然后就以这种形式显示全部已有种类，修改是即时生效的，不用做刷新之类的操作。...从源设备的哪个接口连接目的设备的哪个接口），选好以后点击save 线就连好了 注： 删线 如果鼠标放这点击右键没反应，不能删除线，去浏览器的Internet设置里面中安全设置里面脚本该启用的全启用...软件抓包 想抓哪个设备的哪个端口，就选择哪个，比如我现在想抓Router2的e0/0端口的包： 然后会弹出下面2个窗口，在shell界面输入“y” 回车 即可（第一次抓包才需要输入y确认，后面使用不需要确认...CRT软件； 我安装的是中文版本的。
目前基于热图的绘制需求越来越高，让我们想到的事情逐渐成熟，却已经有人开始实现了这个功能，并上传到了CRAN。...复杂热图的绘制长期以来都是基础包omplexHeatmap来实现，现在可以使用了tidyHeatmap了.但是这也不是基于ggplot的版本，所以差强一步。...安装tidyHeatmap 遗憾的是，cran中包存在问题，我检查发现是版本问题，因此在github上的例子只能安装github版本的tidyHeatmap。...treate~ Ant2 2575 treated paire~ Intracel~ 0.329 ## # ... with 494 more rows 复杂热图...首先一定要明白，R语言是以长格式的数据来绘图的； 参数解释： .data “tbl”格式的数据框 .horizontal ：在热图中水平显示的列的名称 .vertical 在热图汇总垂直展示的列名称
当我们想要在一幅图中展示多个热图时，采用传统的一页多图的方式，会导致排版的混乱，第一个例子，同时展示两幅热图以及对应的图例，代码如下 >>> import matplotlib.pyplot as plt...可以看到，默认的宽高比情况下，图例的高度大大超过了热图的高度，这种情况相下，可以通过调节figure的宽高比来使得图形显示比例正常。...此时排版同样很混乱，而且无法通过简单的调整输出图像的宽高比来解决问题。 对于多副热图的排版问题，在matplotlib中，可以通过ImageGrid方法来调节。...通过ImageGrid，不仅可以解决图例的排版问题，还可以排版多副大小不一的热图，代码如下 >>> data1 = np.random.rand(50).reshape(5, 10) >>> data2...对于多副热图的排版而言，通过ImageGrid可以大大提高处理的简便性。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 原创不易，欢迎收藏，点赞，转发！
火山图（Volcano Plot）常用于展示基因表达差异的分布，横坐标常为Fold change（倍数），越偏离中心差异倍数越大；纵坐标为P value（P值），值越大差异越显著。...二 ggplot2绘制火山图 2.1 绘制简单的火山图--点图 ggplot(data = data, aes(x = logFC, y = -log10(adj.P.Val))) + geom_point...呐，到这里除了数据不一样，基本实现了文献中的火山图，是不是以为到这就结束了？NO!NO!NO! 实现上述静态的就可以发paper去了！...三 plotly绘制交互式火山图 1）plot_ly函数画散点图 library(plotly) plot_ly(data,x = ~logFC, y = ~-log10(adj.P.Val),text...那可不可以在“paper”级静态火山图的基础上，实现交互式呢？当然可以！！！ ?
导语 GUIDE ╲ 热图是一种流行的可视化高维数据的图形方法，其中一个数字表被编码为彩色单元格的网格。矩阵的行和列按顺序排列以突出显示模式，并且通常伴随有树状图。...背景介绍 热图可以说是我们在日常可视化中最常用到的图形之一了，绘制热图的R包和工具也是数不胜数，我们也介绍过许多常见的工具，比如pheatmap、complexheatmap等等，今天小编给大家介绍一个可以交互式绘制热图的...R包--heatmaply，交互式热图允许通过将鼠标悬停在单元格上来检查特定值，以及通过在相关区域周围拖动矩形来放大热图的区域，使用起来非常灵活方便。...heatmaply( mtcars, cellnote = mtcars ) 将热图保存到文件中 由于我们的图片是交互式的，我们可以用以下代码将热图的交互式版本保存到 HTML 文件中： dir.create...R包中的一员，heatmaply可以绘制交互式的热图，其许多参数设置也和ggheatmap、pheatmap等常用的R包有联动，在色彩的美观度上也是非常优越，通过zoom in/zoom out也可以让我们方便的查看热图的细节
今天要跟大家分享的图表是带涨跌箭头的柱形图！ 在簇状柱形图的两个数据条标签上，带上表示涨跌符号的箭头，可以清晰的展现出数据的实际涨跌趋势。...首首先还是来看一下我们作图所需要的数据： D列数据是C列与B列数据的同比增长率，下面的三列数据是作为辅助数据，模拟涨跌符号位置的。（+1是为了让涨跌箭头符号与柱形数据条分离。）...我们使用原始的A、B、C列数据做簇状柱形图； 将默认输出的簇状柱形图格式化至如上图所示： 然后新添加两个数据序列，并更改为散点图。...将 这两个数据序列横轴指定为辅助数据中的X轴，纵轴为Y轴1、Y轴2。 插入两个小等腰三角形，一个朝上填充绿色，一个朝下填充红色。...将绿色三角形复制，黏贴入Y轴2的散点中，将红色散点复制黏贴入Y轴1的散点中去。 使用散点图标签工具为各散点添加标签。 最后，使用散点图标签移动工具，将四个标签移动至合适位置。
今天的文章投稿人是方哥，对，就是那个方哥 大家好，我是方哥 这几天项目由于学习需要，在自己电脑上安装了一些环境，就整理了一下 Win10下Anaconda、TensotFlow安装和Pycharm配置详细教程...所以步骤是：先下载Anaconda，再在Anaconda中安装一个Python，（你的电脑里可能本来已经装了一个Python环境，但是Anaconda中的Python是必须再装的），然后在下载安装tensorflow...Anaconda下载与安装 （1）根据自己的系统，以及系统的位数，选择需要的版本。 我的电脑是Windows64位系统。...你可以根据自己需要安装相对应的版本。...(1)打开Pycharm，点击“file”菜单下的settings （2）点击“Project：Pycharm”中的“Project Interpreter”，点击右侧的小三角下的“Add”按钮，添加安装
多分组的PCA图和top基因热图在转录组和蛋白组的差异分析中，我们常常在质控阶段需要做一下样本的PCA图和标准差top 基因的表达，来评价组内差异和组间差异。...以前主要做的二分组的比较，要想把多个分组的信息放在一张PCA图或者热图上，只需修改下Group值就行。...= F)#不以因子变量读取options(scipen = 20)#不以科学计数法显示load("step1_input.Rdata")exp 图-...# 2.top 1000 sd 热图---- g = names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),200)) #day7-apply的思考题n = exp[g,]library(pheatmap...：匹配最后一个点号之前的所有内容。替换为空，保留最后一个点号后的内容。sub("\\d+$", "", ...)\\d+$：匹配末尾的所有数字。替换为空，去除末尾的数字。P1P2
大家对热图应该都不陌生，但是混合的复杂热图在我们的应用中并不是太多见。今天给大家介绍一个绘制复杂热图的R包ComplexHeatmap。...我们看下包的主要功能，其主要通过以下布局将箱线图、散点图等整合到一起。 ? 这是其中主要的两个进行布局的功能类： HeatmapAnnotation()主要是构建绘图的annotation部分。...#下面是中间的热图提供数据，此处直接可以不绘制热图只绘制我们想要结合在一起的图。...其中主要的函数是： oncoPrint（）其为绘制热图的核心函数，其主要可以对热图的中的cell进行分割，更加细致显示数据的分布。其主要参数如下： ?...运行这个函数可以允许我们在绘制的图形中进行选择对应的区域以及此区域包含的值。 ?
有的时候需要获取单细胞umap图中的部分点的坐标，并对其进行后续操作。 本文提供一种方法用于实现这个目的。 以Seruat的pbmc数据为例。 1....查看umap plot，检查需要去除的点 pbmc_small % RunUMAP(dims = 1:10) DimPlot(pbmc_small) 查看降维图...，并考虑获得右上角的点的坐标。...使用plotly手动绘制可交互的umap plot 使用plotly手动实现这个umap plot散点图。...将交互式的umap plot使用shiny打开，并可以使用套索工具获得选区边界 library(shiny) library(plotly) ui <- fluidPage( plotlyOutput
今天小编和大家分享一下“组合图”的绘制，在我们的日常生活工作当中，通常都会遇到需要去绘制“组合图”，例如折线图和直方图的组合，那么如何将“组合图”绘制的高颜值一点、通俗易懂一点呢？...01 准备工作 首先导入需要用到的模块 import numpy as np import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt import plotly.graph_objects...as go %matplotlib inline 创建需要用到的数据集，数据集中的数据都是随意捏造的，包含了“苹果”公司近几年的营收和利润， Apple_Financials ={'Year': [2009...可以看到上面的图画的十分的简单、粗糙，X轴上面的标记都没有完全显现出来，字体标记上面的字比较小，看不清，直方图上面都没有标识，因为我们无法直接看到直方图上的值，所以我们下一步便来优化一下上面的代码 fig...最后出来的直方图柱子的颜色就美观了许多，希望对大家有所帮助！
作者：中科院微生物所 陈亮博士 本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node信息表格制作带有barplot信息节点的网络图。以安装文件夹下的样例数据为例。...新一期的易生信 - 转录组专题分析第4期开课啦也会讲解Cytoscape+WGCNA在转录组分析中的应用。...若想制作pie图，此处选择pie chart选项。 ? 7. 现在你可以根据自己需要来选择Node table中要展示的数据了。Available Columns窗口展示了所有可以用于作图的数据。...点击右下角的Apply应用按钮，被选择的数据将以bar plot的形式展示在节点上。 ? 9....修改结点颜色和形状 从图上可以看出圆形的节点并不适合展示bar plot图，因此我们可以将节点的形状改为正方形，填充颜色改为白色。
今天跟大家分享的是带数据等级评定的柱形图！ ▽▼▽ 在传统柱形图中，如果能够在图表中加入优良差等数据等级评定的区域，那么读者在阅读起来就容易许多，不用自己心里去揣摩每一个数据处在什么样的等级范围内。...我们首先来添加辅助数据，选中C2：C4数据，插入簇状条形图。 ? 此时你会看到图表中一无所有，没关系，打开设置数据序列格式选项，将横坐标轴与纵坐标轴的坐标轴交叉选项都设置为最大值。 ? ?...将条形图数据系列间距调为零，横轴最大值设置为1。 ? 然后将条形图三个数据条填充为三个同系列灰色。 ? 再添加新序列，加入A、B数据序列，并更改为柱形图。 ? ? ?...再次调整柱形图数据序列间距，并为柱形图指定新的横轴标签。 ? 最后局部修饰之后就完成了！ ?
我在生信技能树多次写教程分享WGCNA的实战细节，见： 一文看懂WGCNA 分析(2019更新版) 通过WGCNA作者的测试数据来学习 重复一篇WGCNA分析的文章（代码版） 重复一篇WGCNA分析的文章...（解读版）（逆向收费读文献2019-19） 关键问题答疑：WGCNA的输入矩阵到底是什么格式 其中有一个是“老米”投稿：手把手10分文章WGCNA复现：小胶质细胞亚群在脑发育时髓鞘形成的作用 , 里面是有...TOM矩阵热图，就是配色很奇怪。...奇怪的配色 但是官网配色是： ? 官网配色 首先，这个差异其实并不重要，当然了这个TOM矩阵热图本身就可有可无，仅仅是因为教程里提到了而已，大部分情况下，就是凑图。...或者说是搜索技巧： https://www.biostars.org/p/394615/#394743 简单的配色代码即可解决： TOMplot(plotTOM, geneTree, moduleColors
seurat.object_copy), levels= my_levels) VlnPlot(seurat.object_copy, features = c("some_gene")) 因为顺序变了，要是想保持原来每个样本对应的颜色的话...，也要改变小提琴的颜色.如： 原始的样子 VlnPlot(=combined,features = T,log = F,slot = "data",pt.size = 0) ?...如果不知道原来的颜色： library(scales) show_col(hue_pal()(4)) Heatmap调整热图颜色为scale_fill_gradientn() DoHeatmap(object...image.png Heatmap调整上面bar的颜色 DoHeatmap(subset(combined_copy,downsample = 100), features = combined.markersTop50...image.png 如果要修改gene的顺序的话，修改level后重新运行FindAllMarkers.
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