首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

把bam文件读入R,并且转为grange对象

有成熟的R包可以把bam文件读入R,比如Rsamtools,很简单的代码: library(Rsamtools) bamFile="alignResults.BAM" quickBamFlagSummary...genbioconductor/html/Rsamtools.html bam <- scanBam(bamFile) bam 值得注意的是,这里我虽然不再演示了,但是作为初学者的你,应该是知道 但是把读入的数据变成...grange对象就需要一点点技巧,下面演示如何创建grange对象samtools等命令行工具有多复杂的功能和技巧, 那么这个R包就可以多复杂,如果你学习足够努力,那就发一个你比较Rsamtools和samtools...关于 grange对象 三年前我在生信菜鸟团博客就多次强调过这个重点了,在R里面处理生物信息学数据是躲不过这个定义的,有点类似于各式各样的生物信息学文件格式,是一个标准。...对这个grange对象也会有很多很多的方法,假设有一个grange对象命名为exon_txdb,来自于代码 library("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene") txdb

2.6K20

发布RemoteAPP后打开IIS报错RDWeb Page错误(拒绝访问)这样解决

发布RemoteApp完成后,还需要调试IIS里的RDWeb站点运行inetmgr打开IIS管理器,一层一层展开到RDWeb站点,右侧有"浏览*:443(https)"点一下跳转到https://localhost.../RDWeb点开详细信息 → 转到此网页忽略地址栏证书错误,直接填用户名和密码这里提一下,如果没有前面安装IIS后C:\windows\temp目录加IIS_IUSRS的完全权限的步骤,点开详细信息 →...转到此网页,会报错如下原因就是C:\windows\temp没有IIS_IUSRS用户的权限(默认有IIS_IUSRS,但一个都没勾选)用户名得带上域,例如登上后就是下面这样点一下NX10.0的图标...→ 连接不一会儿(大概10秒左右)就打开了以上测试是在域控进行的,发布RemoteApp肯定是给域成员用的,域成员验证的话,就是在浏览器里访问这个地址http://域控计算机名全名/RDWeb或者http.../RDWeb 或http://10.255.4.52/RDWeb访问的时候,http会自动跳转到https用户名:kylinchina\Administrator密码:域控的密码

85150
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    jvm对象的访问

    对象的访问 当我们使用对象时,我们需要通过虚拟机栈上的reference数据(即worker)来操作堆上的具体对象。...return worker; } 访问具体对象的方式不同虚拟机有不同的实现,主流的方式有以下两种 使用句柄池 在Java堆中专门划分处一部分内存作句柄池,reference中存储的是对应对象的句柄地址,...使用直接指针访问 直接指针访问,reference中直接存储对象地址。 ?...两种方式的比较 使用句柄池来访问最大的好处就是reference中存储的是稳定的句柄地址,在对象被移动(垃圾收集时整体空间位置)时只会改变句柄中的实例数据指针,而reference不需要任何改变。...使用直接指针访问最大的好处就是快,节省了一次指针定位的时间开销,由于对象访问在java中非常频繁,积少成多,节省这样的开销效益非常可观。

    81120

    面向对象-访问限制

    ,就变成了一个私有属性(private),只能在类的内部访问,无法在类的外部直接访问 属性前加一个下划线,这样的属性约定俗成的表示请把我看成私有的属性来用(虽然可以在类的外部直接访问),不要在外部直接访问...hljs-number">99, "good") # 在类的外部访问对象属性...__money = money # 取值,当 对象.money 时相当于访问了该方法 对象属性(实例化一个对象后,可以给对象绑定任意的属性和方法) per1.age = 55 #如果属性不存在则变为增加属性 print(per1.age) #给对象增加对象属性,只会给当前对象增加...增加对象方法 增加的既不是对象方法也不是类方法,有点类似静态方法 # def run(): # print("--------run") # per1.run = run # per1.run

    1.1K30

    数据访问对象模式

    数据访问对象模式 数据访问对象模式Data Access Object Pattern即DAO模式,用于把低级的数据访问API或操作从高级的业务服务中分离出来,准确来说数据访问对象模式不属于通常定义的设计模式范畴...,但数据访问对象模式是一种非常有用的数据访问管理构建技巧。...描述 数据访问对象模式就是对数据源的访问与存储进行封装,提供一个数据访问对象类负责对存储的数据进行管理和操作,规范数据存储格式,类似于后台的DAO层。...具体格式项目组可以自己定义,主要是便于管理,防止出现冲突,在前端方面其实主要是对于本地存储进行了一次封装,用以进行一个规范性约束,约定好规范后就可以开始定义数据访问对象了。...FAILURE: 1, // 失败 OVERFLOW: 2, // 溢出 TIMEOUT: 3 // 过期 }, // 本地存储对象

    63010

    JAVA的对象访问定位

    创建对象是为了访问对象,Java程序通过栈的引用(reference)数据来操作堆上的对象。由于reference类型在Java虚拟机规范中只规定了一个指向对象的引用。...并没有规定通过该引用怎么定位,访问堆中的对象。具体需要看虚拟机的实现。...两种访问方式: 句柄访问 直接访问 句柄访问 Java堆中会划分一个句柄池,reference存储的就是对象的句柄地址,而句柄中存放的是对象的实例数据和类型数据的地址信息。...[image-20201023232424966] 直接访问 Java堆对象布局就必须考虑如何存放访问类型数据的相关信息,reference存储的就是对象的地址。...直接访问:由于节省了一次指针开销访问速度比较快,由于对象的访问在Java堆上访问特别频繁。Sun HotSpot虚拟机采用的是直接访问。 [wx.jpg]

    1.2K00

    对象访问及其原理

    Java中的对象访问,一般会涉及到Java栈、Java堆、方法区这三个内存区域。...reference类型在java虚拟机规范里面只规定了一个指向对象的引用地址,并没有定义这个引用应该通过那种方式去定位,访问到java堆中的对象位置,因此不同的虚拟机实现的访问方式可能不同,主流的方式有两种...句柄访问方式:java堆中将划分出一块内存来作为句柄池,reference中存储的就是对象的句柄地址,而句柄中包含了对象实例数据和类型数据各自的具体地址信息。...指针访问方式:reference变量中直接存储的就是对象的地址,而java堆对象一部分存储了对象实例数据,另外一部分存储了对象类型数据。...这两种访问对象的方式各有优势,使用句柄访问方式最大好处就是reference中存储的是稳定的句柄地址,在对象移动时只需要改变句柄中的实例数据指针,而reference不需要改变。

    38110

    代理模式(控制对象访问)

    假使你需要使用批复同事转发给你的文件,你使用程序读取出文件内容,等你阅读完毕后你会往文件中加入你的意见。在批复完成后,你会将文件通过邮件回复给同事,并同事删除本地的备份。...如果你仔细阅读我贴出的代码,你会发现FileSystem类本身或其子类的访问权限都是包访问权限,而这恰恰佐证了代理模式的本质——控制对象访问。 代理模式的本质:控制对象访问。...具有控制对象访问思想特征设计模式有很多种,比如:中介、门面,甚至单例都具备该特征,代理模式在某种程度而言比其它表现方式更纯粹。...3、于是借助IWindowmanager.Stub.Proxy类,封装了远程的mRemote对象(实际就是WindowManagerService对象)并将对应的IWindowManager接口都实现数据传输接口...动态代理模式 所谓动态代理:即提供了在编译时无法确定类型的代理方式,但无论怎么变它始终没有脱离控制对象访问的本质。

    49510

    java 对象的访问定位

    建立对象就是为了使用对象,我们的Java程序需要通过栈上的reference 数据来操作堆上的具体对象。...由于reference类型在Java虚拟机中只规定了一个指向对象的引用,并没有定义整个引用应该如何去定位,访问堆中的对象的具体位置。所以对象访问方式取决于虚拟机实现而定的。...目前主流的访问方式有使用句柄和直接指针两种。 一:句柄:是间接访问对象实例数据的一种方式:采用句柄池的方式。...存放的是:到对象实例数据的指针,然后通过到对象实例数据的指针,访问Java堆中实例池中的对象实例数据。 ? 优势:reference存储的是稳定的句柄地址。在对象移动时只会改变句柄中的实例数据指针。...二:直接指针访问: ? 优势:速度更快。节省了一次指针定位的时间开销。

    1.3K10

    linux执行某些命令后或者访问某些网站资源出现错误后该如何输出到一个文件内?

    我们经常在Linux上执行某些命令后或者访问某些网站资源不定时出现一些错误、超时,但是想要统计某些错误到另一个文件内,该如何输出到一个文件内呢?...今天我们就需要使用到linux中bash的重定向功能 示例命令如下:cmd 2>>file 这个命令的意思是将标准输出的错误追加到file文件中,cmd代表任何命令都可以。...具体用法示例如下: 1、我curl www.baidu.top 可以看到是返回了http 301 状态码,进行了永久重定向,说明是可以正常访问的,没有错误 image.png 2、如果我curl 的是www.baidu.topp...curl去复现并将每次复现的错误都记录到一个文件内的话,终端去看也不太好 image.png 3、然后我们使用bash的重定向功能,将标准错误输出追加到一个指定文件内,可以看到我curl 了 5次,没有都有错误...,并且都将这5次的错误信息记录到了我指定的文件内。

    2.4K51

    用 globalThis 访问全局对象

    每个环境都有其自己的对象模型,并提供了不同的语法来访问全局对象。例如,在Web浏览器中,可以通过 window,self 或 frames 访问全局对象。...为了访问 Web Workers 中的全局对象,我们需要使用 self,它是 Window 对象的 window 属性的同义词。...介绍 `globalThis` globalThis 旨在通过定义标准的全局属性来整合越来越分散的访问全局对象的方式。...每个主机环境都有一个略有不同的对象模型。因此,要访问全局对象,你需要在不同的 JavaScript 环境中使用不同的语法。...现有的解决方法都不完美,如果不小心就可能会引入错误。 ECMAScript 正在迅速发展,你可以期望它能够更多地引入新功能。

    1.3K20
    领券