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读取文件时的大坑(python的scanpy库)

基于《python的scanpy库读取几种常见的格式的单细胞数据文件汇总》的文章,不知道有没有细心的小伙伴发现,在使用scanpy读取单细胞数据txt文件或者其他格式文件时,得到的AnnData数据对象有点奇怪...我们查看代码结果的第一行,如下: AnnData object with n_obs × n_vars = 700 × 765 表明看上去是不是也很正常,没什么奇怪的啊!...在使用scanpy的read_text()进行读取txt文件时,要注意了哦!...注意:如果你使用的scanpy的其他的读取文件函数进行读取不同格式的文件,一定要小心了哦,一定要查看读取后Anndata的obs是不是存储细胞信息,var是不是存储基因信息!..."填坑" 如果你也使用scanpy的read_text()这个函数来读取txt文件,或使用scanpy别的读文件函数读取别的格式文件,读取后的AnnData也出现上述的这种情况,别慌!

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    matlab 行 读取文件 跳过_Matlab读取TXT文件并跳过中间几行的问题!!

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 #!MLF!...245.424423 9500000 9500000 sp -1.203973 9500000 9900000 ih -343.396576 information 如上边TXT文档内容有三组数据,我不想要这三组数据的两行标题...,只想要从0到information中间的矩阵。...请问编程才能跳过这两行标题不读,直接读取矩阵? 每组数据都要计算,就是说读到第一个information后开始计算前边的数据,然后跳过两行在读取第二组数据并计算。...计算内容就是矩阵的第二列减第一列 版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。

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    python3读取文件指定行的三种方案

    其中关于内存映射技术的一些应用,在前面的这2篇博客1和博客2中有所介绍,而本文将要介绍的是从文件中只读取特定行的内容的3种解决方案。...行遍历实现 在python中如果要将一个文件完全加载到内存中,通过file.readlines()即可,但是在文件占用较高时,我们是无法完整的将文件加载到内存中的,这时候就需要用到python的file.readline...因此如果是对于性能有一定要求的场景,是不建议采用这个方案的。...命令行sed获取 我们知道用Linux系统本身自带的sed指令也是可以获取到文件指定行或者是指定行范围的数据的,其执行指令为:sed -n 50000000p filename即表示读取文件的第50000000...总结概要 本文通过4个测试案例分析了在python中读取文件指定行内容的方案,并得到了一些运行耗时的数据。

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    详解Pandas读取csv文件时2个有趣的参数设置

    导读 Pandas可能是广大Python数据分析师最为常用的库了,其提供了从数据读取、数据预处理到数据分析以及数据可视化的全流程操作。...其中,在数据读取阶段,应用pd.read_csv读取csv文件是常用的文件存储格式之一。今天,本文就来分享关于pandas读取csv文件时2个非常有趣且有用的参数。 ?...01 sep设置None触发自动解析 既然是csv文件(Comma-Separated Values),所以read_csv的默认sep是",",然而对于那些不是","分隔符的文件,该默认参数下显然是不能正确解析的...此时,当然可以简单的通过传入正确的分隔符作为sep参数来实现正确加载,但如果文件的分隔符是未知的呢?实际上,我们可以无需传入分隔符,而交由解析器自动解析。...; 传入嵌套列表,并尝试将每个子列表中的所有列拼接后解析为日期格式; 出啊如字典,其中key为解析后的新列名,value为原文件中的待解析的列索引的列表,例如示例中{'foo': [1, 3]}即是用于将原文件中的

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    c# IO操作(带进度的文件复制器,读取文本文件的指定行)

    带进度的文件复制器      基本原理就是通过Stream的BeginRead来异步复制文件,同时刷新进度条的状态 代码 读取文件的指定行 1、通过StreamReader的Readline 通过StreamReader...读取 StreamReader sr = new StreamReader("E:\\abc.txt"); Console.WriteLine("Peek读取"); var i = 0; while ...于是我们可以定义一个类,将每行开始的offset找出来,有了每行开始的offset,读取就自然不成问题了 Code  public class ReadByLine     {         public...        ///          public long Position { get; set; }         /**////          /// 文件的行数...///          public string FileName { get; set; }         /**////          ///  行位置列表

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    盘点一个文件读取时utf-8错误的解决办法

    一、前言 前几天在Python白银交流群有个叫【大侠】的粉丝问了一个Python读取文件的时候报错的问题,这里拿出来给大家分享下,一起学习下。 二、解决过程 看上去代码有报错,截图如下。...这个错误倒是很常见,因为数据没有给utf-8编码,或者读取的时候,没有指定utf-8编码,都会报类似的错。 上图是他的代码,15行那里指定一下编码就可以了。 指定编码之后,就完美解决啦!...这篇文章主要分享了一个文本文件读取时utf-8错误的解决办法,针对该问题给出了具体的解析和代码演示,帮助粉丝顺利解决了问题。 最后感谢粉丝【大侠】提问,感谢【dcpeng】给出的具体解析和代码演示。

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    如何在不导致服务器宕机的情况下,用 PHP 读取大文件

    很少情况下我们可能需要走出这个舒适的地方 ——比如当我们试图在一个大型项目上运行 Composer 来创建我们可以创建的最小的 VPS 时,或者当我们需要在一个同样小的服务器上读取大文件时。...让我们设想一下,对于第一种情况,我们希望读取一个文件,并且每10,000行创建一个独立排队的处理作业。我们需要在内存中保留至少10000行,并将它们传递给排队的工作管理器(无论采取何种形式)。...逐行读取文件 有许多操作文件的函数,我们把部分结合到一个简单的文件阅读器中(封装为一个方法): 我们读取一个文本文件为莎士比亚全集。文件大小为5.5MB,内存占用峰值为12.8MB。...现在让我们用一个生成器来读取每一行: 文本文件大小不变,但内存使用峰值只是393KB。即使我们能把读取到的数据做一些事情也并不意味着什么。...我知道这是不一样的格式,或者制作zip存档是有好处的。你不得不怀疑:如果你可以选择不同的格式并节省约12倍的内存,为什么不选呢?

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    R中读取包含中文字符的文件时这个诡异的错误你见过吗?

    我们有一个文件,里面写了一些中文信息,命名为chinese.txt,内容为 Train Time 转录组开课时间 2021/10/29-2021/10/31 临床基因组学开课时间 2021/11/...宏基因组开课时间 2021/11/19-2021/11/21 扩增子开课时间 2022/01/07-2022/01/09 尝试读入R,报错 line 2 did not have 2 elements 很诡异的提示...如果我们一直去数列数,这是怎么都不会发现问题的。考虑到大多数程序语言对非英文支持不好,考虑是编码格式问题。..., what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 2 did not have 2 elements 解决方案1:指定编码格式 正确的读了进来...有时在read.table中即使指定了fileEncoding = "utf-8"参数后依然解决不了问题的文件,用readr毫无压力。

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    【C 语言】文件操作 ( 配置文件读写 | 读取配置文件 | 函数接口形参 | 读取配置文件的逐行遍历操作 | 读取一行文本 | 查找字符 | 删除字符串前后空格 )

    文章目录 一、函数接口形参 二、读取配置文件的逐行遍历操作 1、读取配置文件的逐行遍历操作 2、读取一行数据 3、查找字符 4、删除字符串前后的空格 5、完整代码示例 一、函数接口形参 ---- 函数作用...指向的内存中 ; 代码示例 : /** * @brief read_config_file 读取配置文件 * @param filename 文件名 * @param key 键 *...read_config_file(char *filename /*in*/, char *key /*in*/, char *value/*in out*/, int *value_len /*out*/) 二、读取配置文件的逐行遍历操作...---- 1、读取配置文件的逐行遍历操作 读取配置文件的逐行遍历操作 : 读取一行文本数据 先判断该行数据中, 是否包含 ‘=’ 字符 然后查找该行数据中 , 是否存在 Key 关键字字符串 如果存在...使用两个指针分别指向 Value 字符串两侧 ; 2、读取一行数据 // 获取一行数据 fgets(line_buffer, MAX_LINE, fp); 3、查找字符

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    C语言教程:逐行读取数字的方法

    C语言教程:逐行读取数字的方法在C语言的编程开发中,经常需要处理字符串或文本文件,并从中提取出数字。本文将介绍逐行读取数字的方法,帮助初学者更好地理解和运用。...C语言 逐行读取数字的方法一、引言数字在计算机编程中扮演着重要的角色,应用广泛。而在处理字符串或文本文件时,需要将其中的数字提取出来,进行计算或其他操作。...,并使用fgets函数逐行读取文件内容,存储到line字符数组中。...三、使用strtol函数strtol函数是C语言中的字符串转整数函数,其功能强大。我们可以使用strtol函数逐行读取数字,并进行错误处理。...四、使用正则表达式正则表达式是一种强大的模式匹配工具,在C语言中,通过regex.h头文件提供了对正则表达式的支持。我们可以使用正则表达式逐行匹配并提取数字。

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    18G的大文件,PHP咋按行读取?

    引言 想逐行读取文件,完全避免把这个文件加载到内存中。如果文件太大(比如 18G),无法在内存中打开,还是要硬来的话,会抛出异常。 大小的编程语言都提供了文件的按行读写,PHP 怎会没有!...我们更推荐的是下面的这种写法。使用 PHP 5.1 之后提供的 SplFileObject 对象处理文件。...比起我们常用的一些文件操作函数: fgetss() - 从文件指针中读取一行并过滤掉 HTML 标记 fread() - 读取文件(可安全用于二进制文件) fgetc() - 从文件指针中读取字符 stream_get_line...() - 从资源流里读取一行直到给定的定界符 fopen() - 打开文件或者 URL popen() - 打开进程文件指针 fsockopen() - 打开一个网络连接或者一个Unix套接字连接 stream_set_timeout...比一个个的操作函数,有更强的可扩展性。 写在最后 通过一个大文件的按行读取,我们引出了 SplFileObject 这个文件操作对象,希望大家仔细地学习一下,可以大大提升功力。

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    ☀️ 学会编程入门必备 C# 最基础知识介绍(六)——接口、命名空间、预处理指令、正则表达式、异常处理、文件的输入与输出

    且在一行上,只有空白字符可以出现在预处理器指令之前。预处理器指令不是语句,所以它们不以分号(;)结束。 C# 编译器没有一个单独的预处理器,但是,指令被处理时就像是有一个单独的预处理器一样。...处理当方法指向超出范围的数组索引时生成的错误 System.ArrayTypeMismatchException 处理当数组类型不匹配时生成的错误 System.NullReferenceException...Throw e } ---- C# 文件的输入与输出⛄️ 一个 文件 是一个存储在磁盘中带有指定名称和目录路径的数据集合。当打开文件进行读写时,它变成一个 流。...从根本上说,流是通过通信路径传递的字节序列。有两个主要的流:输入流 和 输出流。输入流用于从文件读取数据(读操作),输出流用于向文件写入数据(写操作)。...---- C# I/O 类 System.IO 命名空间有各种不同的类,用于执行各种文件操作,如创建和删除文件、读取或写入文件,关闭文件等。

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