读取R中的txt文件时出错:make.names中出错(col.names，unique = TRUE)_读取java中的excel文件时出错_读取txt文件时出错:列表输入中项目的整数错误 - 腾讯云开发者社区

我们有一个文件，里面写了一些中文信息，命名为chinese.txt，内容为 Train Time 转录组开课时间 2021/10/29-2021/10/31 临床基因组学开课时间 2021/11/...12-2021/11/14 宏基因组开课时间 2021/11/19-2021/11/21 扩增子开课时间 2022/01/07-2022/01/09 尝试读入R，报错 line 2 did not...have 2 elements 很诡异的提示！！！...dec = dec, : line 2 did not have 2 elements 解决方案1：指定编码格式正确的读了进来 train <- read.table('chinese.txt', fileEncoding...有时在read.table中即使指定了fileEncoding = "utf-8"参数后依然解决不了问题的文件，用readr毫无压力。

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读取excel文件的辛酸之旅

无法安装R包安装xlsx包时总是报错： unable to access index for repository https://cran.mtu.edu/src/contrib: cannot...安装JDK jdk就是java开发软件，有些软件运行的时候需要java环境，需要安装JDK，安装方法，百度JDK 下载安装，需要主要：版本需要与r对应：R是64位的则需要安装64位的JDK，32位的...R就安装32位的JDK....编码问题当Excel文件中有汉字时一定会出现编码问题，使用read.xlsx()函数会报错： Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : invalid...= "UTF-8") 一定要把Excel文件放在工作目录下，而不仅仅是和r文件通一个目录，因为工作目录不一定在是在该目录。

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【数据分析 R语言实战】学习笔记第二章数据的读取与保存

2.1数据读取 2.1.1读取内置数据集 R本身提供了超过50个数据集，同时在功能包(包括标准功能包)中附带了更多的数据集。R自身提供的数据集存放在自带的datasets程序包中。...Excel数据在R中打开Excel表格数据有多种方式，最简单的一种是从剪贴板中读取数据。...> a=file("C:/Program Files/RStudio/2.txt") 2.2.2保存为文本文件通常我们会把R中的向量、矩阵、数据框和列表等对象写入一个文本文件中并保存起来，例如扩展名为....txt的文件，因为一般文本文档可以被各种软件读取，具有很强的普适性。...最好是矩阵或数据框;quote是逻辑值，TRUE表示变量名等字符、因子要用双引号括起来:sep指定分隔符;row.names/col.names也是逻辑值，TRUE表示将行名/列名写入文件中。

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运行耗时比较长的代码就需要后台运行了

以下是一个例子，假设你的R脚本名为myscript.R： nohup Rscript myscript.R > output.txt & 在这个命令中： nohup命令让你的R脚本在后台运行，并且即使你关闭了终端也不会停止...Rscript是一个可以运行R脚本的命令行工具。 myscript.R是你要运行的R脚本。 >符号将你的R脚本的输出重定向到一个文件中，这个例子中是output.txt。...假设我们有一个简单的R脚本，名为myscript.R，它的任务是读取一个CSV文件，计算一些统计数据，然后将结果保存到另一个CSV文件。...的CSV文件中的数据。...比如上面的脚本，我们在文件里面写入了读取的文件是input.csv，但是很多情况下，我们并不想每次打开脚本去修改灵敏度内容，所以我们会使用一个参数给这个脚本，来每次个性化的赋予文件名字。

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生信入门课DAY5--向逸一

第1个和第5个元素x[x==10]#等于10的元素x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素数据框(即常说的表格）（补充：一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况...('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框colnames(X) #查看列名rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4......colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改X<-read.csv(file = "huahua.<em>txt</em>",sep ...="test.RData")#保存其中一个变量load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令⑤提取元素- X[x,y]#第x行第y列- X[x,]#第x行- X[,y]#第y列- ...①大小写问题，更改大小写②是否赋值给X，赋值对象可能出错，重新赋值一次

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infercnv输入文件的制作

有粉丝反映跟着我们的教程：使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异，但是第一步3个输入文件就制作失败，值得单独写教程强调一下这个解决方案。...就是GSEA要求的基因表达芯片数据，文本文件格式（* .gct）这里面的表达矩阵，就是 R里面的 read.table 可以读取的即可。...然后基因在表达矩阵的行，所以顺序跟基因坐标文件的示例文件 gencode_downsampled.EXAMPLE_ONLY_DONT_REUSE.txt 里面保持一致。...文件写出基本上来说，大家自己制作好表达矩阵，分组信息这两个R语言里面的数据框是没有问题的，比较麻烦的可能是基因信息文件。...='geneFile.txt' write.table(geneInfor,file = geneFile,sep = '\t',quote = F,col.names = F,row.names =

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巧用R语言实现各种常用的数据输入与输出

R语言支持读取众多格式的数据文件，excel文件，csv文件，txt文件和数据库（MYSQL数据库）等；其中，excel和csv是我们最常遇到的数据文件格式。...目录 0 设置工作目录【很重要】 1 read.table() #读取带分隔符的文本/数据文件 2 read.csv() #读取.csv格式的数据，read.table的一种特定应用 3 excel...R语言中数据的输入需要设置数据读取的路径，一般将数据文件放到工作目录下，这样直接就可以通过read.table等读取数据文档（不许要设置路径）。...方法二：通过R-gui菜单栏设置（文件-改变工作目录） ? 1 read.table() #读取带分隔符的文本文件 read.table()函数是R最基本函数之一，读取带分隔符的文本/表格文件。...()函数将数据加载到R中。

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R语言读CSV、txt文件方式以及read.table read.csv 和readr（大数据读取包）

TXT read.table 默认形式读取CSV（×）与TXT(效果理想) ① > test<-read.table("C:/Users/admin/Desktop/test.txt",header...③使用file.choose()，弹出对话框，让你选择文件位置。 header来确定数据文件中第一行是不是标题。...整数：开始读取数据前跳过的数据文件的行数。参数：check.names logical....如果TRUE然后检查数据框中的变量的名称，以确保它们是语法上有效的变量名。如果有必要，他们调整（make.names），使他们，同时也确保没有重复。参数：fill logical....字符串：如果非空的声明文件（未连接）上使用这样的字符数据可以被重新编码的编码。看到“编码”部分，帮助file“R数据导入/导出手册”和“注意”。

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R数据读取（数据文件解析）

nrows = -1最大读入行数，即读入前多少行，“-1”表示都读入 skip = 0跳过文件的前n行（skip = n） check.names = TRUE＃检查变量名在R中是否有效 fill =！...为了读取这样的文件，必须设置参数fill = TRUE strip.white = FALSE如果设置了分隔符，字符扩展起始和收尾处的空白会作为分段部分看待的。...## 14->stu13 70 154 2.3 ## 15->stu14 71 159 2.4 ## 16->stu15 72 164 2.5 close(con) perl中的写法会出错...= TRUE) readLines(con) # gets both ## [1] "abc def" close(con) 1.1.5函数scan（）该函数从键盘或文件中读取数据，并存入向量或列表中...c("A", "B"), "tmp") #将文件夹拷贝到tmp文件夹中 ## [1] TRUE TRUE list.files("tmp") # 查看文件夹tmp中的文件名 ## [1] "A" "B

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R语言读CSV、txt文件方式以及read.table read.csv 和readr（大数据读取包）

TXT read.table 默认形式读取CSV（×）与TXT(效果理想) ?...③使用file.choose()，弹出对话框，让你选择文件位置。 header来确定数据文件中第一行是不是标题。...整数：开始读取数据前跳过的数据文件的行数。参数：check.names logical....如果TRUE然后检查数据框中的变量的名称，以确保它们是语法上有效的变量名。如果有必要，他们调整（make.names），使他们，同时也确保没有重复。参数：fill logical....字符串：如果非空的声明文件（未连接）上使用这样的字符数据可以被重新编码的编码。看到“编码”部分，帮助file“R数据导入/导出手册”和“注意”。

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Day——5 数据结构

逻辑值，指示表格是否包含文件第一行中的变量名称 sep 分隔数据值的分隔符。...使用sep =“,”来读取被逗号","分隔的文件，使用sep =“\t”来读取制表符分隔的文件 col.names 如果数据文件的第一行不包含变量名（header = FALSE），则可以使用col.names...读取数据时的值为NA colClasses 分配给列的类的可选向量。...默认情况下，这是双引号"或单引号' skip 在开始读取数据之前要跳过的文本文件中的行数。...此选项对于跳过文件中的标题注释很有用 stringsAsFactors 逻辑值，指示是否应将字符变量转换为因子。除非被colClasses覆盖，否则默认值为TRUE。

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R语言读CSV、txt文件方式以及read.table read.csv 和readr（大数据读取包）

TXT read.table 默认形式读取CSV（×）与TXT(效果理想) ① > test<-read.table("C:/Users/admin/Desktop/test.txt",header =...③使用file.choose()，弹出对话框，让你选择文件位置。 header来确定数据文件中第一行是不是标题。...看到scan引号中嵌入引号的行为。只考虑读的性格，这是所有这些，除非colClasses指定的列引用。参数：dec 字符用于在小数点文件。参数：row.names 向量的行名。...参数：nrows 整数：最大数量的行读入负和其他无效值将被忽略。参数：skip 整数：开始读取数据前跳过的数据文件的行数。参数：check.names l 逻辑。...如果TRUE然后检查数据框中的变量的名称，以确保它们是语法上有效的变量名。如果有必要，他们调整（make.names），使他们，同时也确保没有重复。参数：fill 逻辑。

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R语言的数据导入与导出(write.table,CAT)

不过值得指出的是R语言能够导出的数据格式是有限的，比如在基本包中，我们能够导出数据的格式只有txt，csv。...下面介绍几个常见参数： x:数据集 file：文件的路径，包括文件名如：”D:/R/data/data1.csv” quote:数据在写入文件中时我们常用引号将其隔开，当参数为F时，文件中的数据不再用引号修饰...如： > cat(“i = “, 1, “n”, file=”d:/R/data2.txt”)如果指定的文件已经存在则原来内容被覆盖。...加上一个append=TRUE参数可以不覆盖原文件而是在文件末尾附加，这很适用于运行中的结果记录。当然cat（）的用法比较丰富，也可以用来查看文件，与format合用控制输出格式等。...Header：读取文件的第一行是否用作变量名 Sep：分隔符，参数为“，“时等价于read.csv（） Scan（）函数也是一个读取数据比较好的函数，但是参数较为复杂，我们可以说，read.table（

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评分卡上线后如何进行评分卡的监测

模型分数分布稳定性：监测模型的打分结果的分布是否有变化，主要将评分卡上线后的样本RealData与建模时的样本Train_Data比较。...PSI 计算步骤：假设我们要比较样本A与样本B中某一变量Y的分布，首先按照同一标准将Y分为几个区间（通常分为10段），计算样本A和样本B中每个区间的占比。...duplicated(old_score_card$申请编号),] # 从OverDueDate报表中读取9个月时的逾期状态 Dates中日期需更新至最新一月一号 OverDueDate报表需保存成csv...将每个变量对应的差值从高到低排序，输出头三个不同的拒绝原因。例如，最近120天内查询这个变量，根据其样本中的取值，可以分为5组，每组中的平均分数如下： ?...# 读取拒绝原因需更新至最新 RJ_REASON <- read.table("D:/sissi/评分卡监测/20171017/V_RJ_REASON_DETAIL.txt", header = TRUE

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R语言读CSV、txt文件方式以及read.table read.csv 和readr（大数据读取包）

③使用file.choose()，弹出对话框，让你选择文件位置。 header来确定数据文件中第一行是不是标题。...看到scan引号中嵌入引号的行为。只考虑读的性格，这是所有这些，除非colClasses指定的列引用。参数：dec 字符用于在小数点文件。参数：row.names 向量的行名。...参数：nrows 整数：最大数量的行读入负和其他无效值将被忽略。参数：skip 整数：开始读取数据前跳过的数据文件的行数。参数：check.names l 逻辑。...如果TRUE然后检查数据框中的变量的名称，以确保它们是语法上有效的变量名。如果有必要，他们调整（make.names），使他们，同时也确保没有重复。参数：fill 逻辑。...参数：fileEncoding 字符串：如果非空的声明文件（未连接）上使用这样的字符数据可以被重新编码的编码。看到“编码”部分，帮助file“R数据导入/导出手册”和“注意”。

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R语言︱文件读入、读出一些方法罗列（批量xlsx文件、数据库、文本txt、文件夹）

source #读取R代码 dget #读取R文件 load #读取工作空间 ———————————————————————————————— SPSS-STATA格式的读入包——foreign...可能是R在读取路径时，对x86这样的文件夹不大好识别吧，我第一次装在x86里，读取是失败的。 2、在R中加载环境，即一行代码，路径要依据你的java版本做出更改。...就算你找了IT去安装java，但是一些内部应用可能会因为版本号兼容问题而出错，得小失大。 2、用xlsx包读取数据，在数据量比较小的时候速度还是比较快的。...——需要read.xlsx这一步骤 ##批量读入文件夹中的xlsx文件 #如何批量读取一个文件夹中的各种txt文件 micepath <- "C:/Users/long/Desktop" micefiles...4、到此，打开合并后的f:\111.txt，即可看到多个Txt文件都已按顺序合并到F盘的111.txt文件中。

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如何获得FPKMRPKM计算需要的基因长度（考虑exon之间的overlap）

使用R语言,输入为基因的GTF文件包的安装依赖data.table, IRanges,rtracklayer install.packages("data.table") if (!...requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install...exon_number"),c("Chr","ExonStart","ExonEnd","Gene","Exon_number")) #mkdir bin and mean by bin Exon_region <- unique...= T) fwrite(gene_len, file = "All_hg19gene_len.txt", sep = "\t", col.names = T) ~ 结果文件基因长度文件链接：https...://pan.baidu.com/s/1NtfM_ESyNyaT-kVaKu0MyQ 提取码：gy88 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦合并后的外显子区域文件链接：https

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RNA-seq(6): reads计数，合并矩阵并进行注释

参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来。 3.对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。...对每个基因计数之后得到的count matrix再后续的分析中，要注意标准化的问题。...这些软件要处理的难题就时转录本亚型（isoforms）之间通常是有重叠的，当二代测序读长低于转录本长度时，如何进行区分？这些工具大多采用的都是expectation maximization（EM）。...熟悉python的朋友可以参考这篇文章我用R中的merge命令来处理，参考这里和这里先启动R_studio (1) 载入数据，添加列名再看下原始数据,可见59和61和control，60和62...)数据整合 merge进行整合 gencode的注释文件中的gene_id（如ENSMUSG00000105298.13_3）在EBI是不能搜索到的，所以用gsub功能只保留ENSMUSG00000105298

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R语言基础教程——第8章：文件的输入与输出

24 34 读写文件 1 从文件中读取数据库获矩阵 read.table()函数是R最基本函数之一，主要用来读取矩形表格数据。...或者要读取的表中包含行名称的列序号或列名字符串。在数据文件中有行头且首行的字段名比数据列少一个的情况下，数据文件中第1列将被视为行名称。...除此情况外，在没有给定row.names参数时，读取的行名将会自动编号。可以使用row.names = NULL强制行进行编号。（8）col.names 指定列名的向量。...读取数据时忽略的行数。（14）check.names 逻辑值。该参数值设置为TRUE时，数据框中的变量名将会被检查，以确保符在语法上是有效的变量名称。（15）fill 逻辑值。...当此参数设置为TRUE时，数据文件中没有包围的字符串域的前边和后边的空格将会被去掉。（17）blank.lines.skip 逻辑值，此参数值设置为TRUE时，数据文件中的空白行将被忽略。

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R+中文︱中文文本处理杂货柜——chinese.misc

，以什么为后缀 ) 以上函数可以实现直接从文件夹里面读入文件并分词，分词时利用jiebaR来进行分词的。...它可以读的包括.txt、.rtf、.R、.py等等是普通文本的文件，以及没有后缀名的文件。...scancn( x, #一个文件名 enc = "auto", #编码，enc是你的文件的编码 read_2nd = TRUE #是否尝试读取两次 ) # enc,尝试读入了日语...# UTF-8文件但实际上并不是且无法正常读取的文件进行二次读取。..., #是否要读取的必须是txt文件 na_in_txt = NULL # 你的独立文件里的什么内容会被视为缺失值 ) 必须以csv结尾，不要尝试xls/xlsx na_in_txt，有的网页返回的是

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R中读取包含中文字符的文件时这个诡异的错误你见过吗?

读取excel文件的辛酸之旅

【数据分析 R语言实战】学习笔记第二章数据的读取与保存

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