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人脐带间充干细胞的异质研究

文章信息 今天介绍的是关于人脐带间充干细胞单细胞转录组文章,探索人脐带间充干细胞的异质,文章2019年5月发表于Cell Death and Diseas。 摘要 间充干细胞(MSC)是一群多能细胞,具有通过调节再生和炎症优异的促进组织修复能力。MSCs在疾病治疗中的疗效依赖于产生的同源细胞群体的相对数量。 研究结果表明,体外扩增的UC-MSCs是一群具有以细胞周期为主的有限异质的细胞。因此,本研究为基于MSCs的疾病治疗提供了标准化的信息。 本研究中,我们采用了最新的微流体单细胞捕获系统和高通量测序技术研究人UC-MSCs的转录组学的异质。我们分析了361个UC-MSCs。其中的159个暴露与炎细胞因子中。 使用SCDE软件R包进行两个条件/组的差异表达分析(每个条件下两个生物学重复)。

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软件project(五)——可行研究

进行可行研究简化了系统分析和系统设计的过程。 二、任务 (1)进一步分析问题定义。 操作,法律四个方面细致研究它的可行。 三、步骤 背景: 在看到可行研究的步骤的时候,我想到了“活动方案”这个词,公司每年元旦都要组织一场元旦晚会。 ——研究眼下正在使用的系统 第三步,小组内每一个人出一份新方案。 ——建立新系统的高层逻辑模型 第四步,组织会议,讨论评价这些方案。 ——编写可行研究报告提交审查 四、相关图——系统流程图 1、作用:用图形符号以黑盒子的形式描写叙述组成系统的主要成分。 下篇博客会具体比較在软件开发过程中所用到的图的异同点。 五、总结 在总结可行研究的7个步骤的时候。犯难了,这么多看书看懂了,可是还没到我脑子里来啊。

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    CCDA-seq:一种单分子层级研究ecDNA染色开放的新技术

    研究背景 最近几年的研究表明,染色体外环状DNA(ecDNA)可以促进癌基因扩增,驱动肿瘤进化,并具有遗传异质,在癌症发生中发挥着关键作用[1,2,3,4]。 研究成果 该研究利用m6A MTase甲基转移酶对基因组DNA进行处理,获得单分子水平的染色开放区域的m6A DNA甲基化修饰((图1A)。 通过比较ecDNA和同源线性DNA的平均染色可及,发现ecDNA染色的可及大部分是高度开放的,并且比线性DNA的染色可及更高,强化了ecDNA扩增会导致更高的致癌基因转录的普遍观点。 接下来,通过评估核小体定位相关研究了ecDNA和线性基因组DNA的共可及模式,与线性DNA相比,ecDNA中的核小体具有更高的相关,并且ecDNA中的作用距离更远,表现出远程染色相互作用(图12 研究意义 总体来说,利用CCDA-seq,观察到了开放染色区域中ecDNA的多样,在数千碱基长度尺度上定位到了核小体的分布,以及量化了单分子分辨率下远端调控元件的染色状态的相关,揭示了单分子水平线性

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    IP匿名研究

    既然不可能做到完全匿名,我们只能提高相对匿名,从而使得自己在网络中的隐私度更高,安全更高。 一定的匿名是有必要的 互联网时代,个人隐私的保护更加复杂与困难,亟待各种保护手段的更新和创新。 在协议的设计中已经考虑了设备移动,安全和配置方面。 IP匿名测试 我们接下来基于windows10和parrot linux平台代理进行IP匿名测试,代理软件是最普通的 小飞机(ssr),值得一提的是 Electron版小飞机还不错,跨平台。 它提供了诸多用于安全测试、数字取证、软件开发及隐私防护的专业工具。 Parrot与kali类似,但比kali多很多工具。在我目前使用的情况看来,同等配置下Parrot要比kali美观流畅。 ,相对于win10匿名要提高了不少。

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    使用FitHiC评估染色交互作用的显著

    作为3C技术的升级版,hi-c也是可以直接研究某些染色之间的交互作用的,只不过由于测序和序列比对等系统误差的存在,在交互矩阵中还是有部分信息是不可靠的,为了通过hi-c技术来直接分析某些染色之间的互作 ,科学家发明了很多的算法,对交互矩阵中的信息进行评估,通过打分等形式来提取限制的交互信息,而FitHic就是其中最常用的一款软件。 该软件的用法简单,只不过需要对原始的交互矩阵进行格式化。 在此文件的基础上,经过如下两步即可得到显著评估的结果。 1. 准备输入文件 该软件至少需要准备两个输入文件,第一个文件为bin对应的染色区域,称之为fragsfile, 内容示意如下 ? 最终得到的显著评估结果可以从后缀为pass2.significances.txt.gz的文件中得到,该文件内容示意如下 ? 通过最后一列的qvaue作为阈值,去筛选得到显著的染色互作。

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    Day5 | 表观遗传组学研究:染色5转座酶可及测序(ATAC-seq)

    启动子区域的染色结构变化和开放的改变是基因表达调控的重要机制,通过研究染色开放景观,分析染色的基因序列(即启动子序列),结合生物信息学算法可预测该序列可结合的转录调控因子,从而理解转录因子通过结合启动子 常见的染色可及的检测技术 常见的染色可及的检测技术 染色开放区4种研究方法的比较 (Epigenetics & chromatin, 2014, 7(1): 33.)。 前面4 种技术虽然都能应用于染色开放的表观基因组学研究,但通病是通常需要几万至数百万个细胞作为输入材料用以平均细胞群体的异质,涉及到复杂、耗时的样品制备过程,且不能同时探究核小体定位、染色可接近和转录因子结合的相互作用 ; 单细胞ATAC组学研究可以从单细胞的角度分析特定细胞群(比如免疫细胞,间质细胞,肿瘤细胞等)表观遗传学信息的异质; 用于研究人类细胞分化过程中,染色开放景观改变,而导致的程序的转录调控信息; 常用研究思路:

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    生信软件 | Trimmomati (质量控制,修剪低和接头序列)

    phred-64 格式互相转化,目前多数Illumina测序数据为phred-33格式 安装 conda install -c trimmomati 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件 ,重要的是可以解决软件的依赖问题) : Conda 安装使用图文详解 使用 单末端测序数据 trimmomatic SE -phred33 input.fq.gz output.fq.gz ILLUMINACLIP 常用参数: -threads 线程数,最大是CPU核数 -trimlog 生成日志名,强烈建议不开这个参数,生成的log文件巨大且大多数情况下,你是不会看的 -quiet 静默模式 与其他软件命令不同

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    一文读懂染色可及与ATAC-seq

    检测染色可及 为了研究染色的这种特性,大家都先后尝试了好多测序来检测染色可及。但是目前最常用的是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. (染色开放)的测序方法。 转座酶会携带特定的已知序列,然后将这些序列插入到开放的染色区域中,最后将带有转座酶标记过的序列上机测序,通过软件计算,就能获得基因组哪些地方是开放的。 ? ATAC-Seq由于其所需样本少,建库快,重复性更高,是目前研究开发染色的主流技术方法。 2 应用 染色开放图谱绘制 找调控生物学过程的关键转录因子 找哪个转录因子调控了研究的基因 找转录因子调控的靶基因 3 技术限制 Tn5通过插入剪断DNA 并将测序接头连接到剪断的两个DNA 片段的末端

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    软件测试之发散思维

    …… 当我们从一个比较宽泛的范围去审视一个问题,通过考虑各种证据,收集各种信息,思考不同的方案时,我们就是在运用发散思维。 ? 认识发散思维 ? ? 正如其本身的特点所言,发散思维在软件测试工作中的应用,从发现的问题来看,很有创意,是一种很好的思维方法和测试方法。概括来说,发散思维在测试过程中可在以下两个阶段得到充分体现。 用以下例子介绍发散思维在软件测试中的应用。 【案例】 某嵌入式软件有用U盘导出数据的功能,请写出测试此功能点的思路。 下面给出测试此功能点的测试思路以供参考,并非标准答案。 容错 人为非法操作容错处理 容错 软件工作时,遇特殊情况-断电等的容错处理 性能 压力测试:连续导出N次后,数据的正确 性能 U盘导出速度 性能 不同USB驱动协议,对导出速度的影响 其他 不同分区格式 实际工作中软件测试不能进行穷举测试,用例对代码的覆盖做不到100%,特别是对一些条件组合语句、模块接口相互影响之间的覆盖,更难覆盖全面。

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    近期人脸对齐的实证研究

    1.2、Shape model 比较典型的就是CLM(局部约束模型),还有其他的比如RANSAC,图匹配,高斯牛顿可变性部分模型(GNDPM),混合树模型以及层次可能模型(HPM)。 图9 重要因素评价 总结: 本文献主要讲解了最近的人脸对齐方法的实证研究。首先扩展了300W数据集,并形成了300W ++数据集,并具有更实用的人脸检测。 在此基础上,对几种代表人脸定位方法,包括现成模型和重训练模型进行了敏感性分析和比较研究。还研究了级联人脸对齐中的几个有影响的方面。 从一个全面的实证研究中,得出了当前人脸对齐方法的有用结论,并为实际应用提出了深刻的见解。 由于空间有限,本次没有研究人脸对齐的几个方面:例如训练数据对模型性能的影响如何?一个方法的可扩展性如何? 如何增强对初始化变化的鲁棒?这些想法都很有趣,接下来我们都可以在未来的工作中去进行研究学习。

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    可行研究报告

    10 7.2使用方面的可行 10 8结论 11 GB8567——88 可行研究报告 1引言 1.1编写目的 说明编写本可行研究报告的目的,指出预期的读者。 2可行研究的前提 说明对所建议的开发项目进行可行研究的前提,如要求、目标、假定、限制等。 2.1要求 说明对所建议开发的软件的基本要求,如: A. 功能; B. 性能; C. 2.4进行可行研究的方法 说明这项可行研究将是如何进行的,所建议的系统将是如何评价的。摘要说明所使用的基本方法 和策略,如调查、加权、确定模型、建立基准点或仿真等。 ADP操作系统的和应用的软件; g. 数据库管理软件。 6.1.2其他一次性支出 包括下列各项所需的费用,如: a. 研究(需求的研究和设计的研究); b. 8结论 在进行可行研究报告的编制时,必须有一个研究的结论。结论可以是: a. 可以立即开始进行; b. 需要推迟到某些条件(例如资金、人力、设备等)落实之后才能开始进行; c.

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    了解中小企业实施打包软件的可行研究方法(cs.SE)

    软件工程通常不再涉及从头开始构建系统,而是集成现有软件和组件的功能,或者实现打包软件。传统的软件工程包括一组有影响力的方法,这些方法通常被认为是良好的实践,包括结构化编程和收集完整的测试用例集。 然而,这些方法不适用于打包软件(PS)的实现;因此,这种现象需要独立考虑。为了探索PS的实施,我们对打包软件开发公司进行了人种志研究,特别是了解实施PS的可行研究方法的各个方面。 通过对这些案例的分析,我们得出以下结论:第一;与传统的再可行研究相比,分析师具有更多的混合分析-销售-营销角色。 其次;使用现场场景软件演示来说服客户购买PS,可能会增加可感知的可行,并减少对PS实施的阻力。第三;用于评估PS实现所需的工作量和时间的评估标准是新特性、定制水平、软件“输出”和技术需求。 第四;实施PS的可行研究与传统的RE有很大的不同,分析员主要考虑如何处理对现有功能进行修改的要求。

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    Promoter Capture Hi-C:研究启动子区染色互作的利器

    Hi-C文库一次可以获取全基因组范围内互作的染色片段,可以从全基因组的高度来研究染色的空间结构特征。 在Hi-C图谱中,染色互作频率通过两个bin之间junction reads的数量来表示,和测序深度的概念类似,只有达到一定量的测序深度时才能够认为其代表的染色互作信息是可靠的。 如果仅仅只是分析部分染色片段之间的互作,最经典的莫过于研究promoter与其他染色片段的互作,比如研究enhancer-promoter的互作,此时利用全基因组的Hi-C文库代价太大,而传统的3C Hi-C和Capture Hi-C的关系就好比全基因组测序和全外显子测序,Hi-C可以得到更加全面的信息,但是代价高昂,而Capture Hi-C只针对目标区域进行研究,同样的测序成本可以达到更高的测序深度 在测序深度足够的情况下,可以直接得到启动子区与其他染色片段互作的可靠信息。 如果只想通过Hi-C技术来研究启动子的互作,Promoter Capture Hi-C无疑是更好的选择。

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    恶意软件命名与描述规范研究

    二、 主要概念 1.恶意软件 Malware[1] 编写者以破坏计算机系统的安全、可用、完整和正常使用为目的的软件程序,通过互联网进行传播,并可以在未经授权的情况下,在信息系统本地安装,并可通过本地运行或者互联网远程执行以达到不正当目的 为了保证“恶意软件定义”的可操作,方便广大互联网用户理解、掌握和自行判断恶意软件的特征,《细则》从八种行为特征判定恶意软件,这八种行为包括:强制安装、难以卸载、浏览器挟持、广告弹出、恶意收集用户信息 降低目前恶意软件描述的不准确和随意,并降低对签名的依赖,MAEC可以减少研究人员对恶意软件分析重复工作,能够利用以前观察到的恶意软件实例,快速进行应对策略。 根据业界标准分析成果、结合恶意软件的各种需求场景,研究并定义了恶意软件命名和描述规范。 制定恶意软件命名格式主要形式:主功能.平台.类型.家族名.变种名,即与业界防病毒厂商已有命名方式接轨,又能体现恶意软件的关键特性和新兴特点,该规范同时给出了各字段的具体枚举列表,保证不同产品、平台、系统和研究团队的理解和使用一致

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    Android Accessibility 安全研究报告

    Accessibility的安全。 对样本增长状况的研究,发现Accessibility样本大致可以划分为从一开始的合理利用时期,发展到用于提升用户体验,继而转向到灰色地带,逐步背离了安卓谷歌的设计初衷。 (二) 广告干扰 Accessibility的功能,使得广告的方式弹出方式更难以察觉、更具隐蔽。 二、 安全预警 在Android 5.0以前,接口getRunningTasks常被恶意利用来制作各种欺诈或者劫持类软件,但是由于Android5.0对该接口进行了安全的改进,使得木马作者在5.0以后的版本寻求另外的实现方式去达到原来的功能 与此同时,通过对Accessibility相关功能的深入研究,发现利用该服务可以获取到更多的细节信息,在将来可能会带来更大的安全隐患。

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    通用脑-机接口研究软件介绍

    g.BCIsys-g.tec的脑机接口研究环境 ---- g.BCIsys-g.tec基于Matlab/Simulink的系统 g.tec提供了完整的基于MATLAB的研发系统,包括数据采集,实时和离线数据分析 ,数据分类以及提供神经反馈所需的所有硬件和软件组件。 主要应用领域是:神经信息学,脑机接口,神经生理学,心理学,心血管系统和睡眠研究。BioSig项目的目的是通过为许多不同的应用提供开源软件工具来促进生物医学信号处理方面的研究。 地址:http://bbci.de/pyff/index.html BCI2000 ---- BCI2000是用于脑机接口(BCI)研究的通用软件系统,该系统包含可以获取和处理数据,提供刺激和反馈以及管理与外部设备 (如机械臂)交互的软件工具。

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    准确、公平、可解释、分布稳健和对抗性稳健的实证研究

    为了确保对人工智能模型的信任,越来越明显的是,对模型的评价必须超越传统的性能指标,如准确,扩展到其他维度,如公平、可解释、对抗性稳健和分布转移。 我们描述了一项实证研究,在几个数据集上沿着这些维度评估多种模型类型的各种指标。我们的研究结果表明,没有一个特定的模型类型在所有维度上都表现良好,并展示了在选择沿多个维度评估的模型时涉及的各种权衡。 准确、公平、可解释、分布稳健和对抗性稳健的实证研究.pdf

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    软件安全测试(连载5)

    XSS防护方法主要包括特殊字符转义和HTTPOnly。HTTPOnly上面已经介绍过,这里来介绍一下特殊字符转义。

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    软件安全测试(连载23)

    •有一些软件可监听网上的ARP回应。 如果侦测出有不正常变动时可发送邮箱通知管理者。

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    软件安全测试(连载11)

    insert into dbo.usersvalues('jerry','123456','xianggu625@126.com')

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