本文介绍基于ArcMap软件，实现普通克里格、回归克里格方法的空间插值的具体操作。
液相色谱-质谱串联（LC-MS/MS）是一种高效且灵敏的分析技术，广泛应用于多个领域中的化合物检测、鉴定和定量。在残留化合物检测方面，LC-MS/MS能够精确识别并测定环境样品、农产品和工业产品中残留的微量化学物质，如农药、兽药和化学品等。在有机小分子检测领域，该技术凭借其高分辨率和强选择性的特性，能够有效分离和检测复杂样品中的有机小分子，为化学研究、药物开发和环境监测等领域提供有力支持。
这篇综述文章《Bioinformatics Methods for Mass Spectrometry-Based Proteomics Data Analysis》由Chen Chen等人撰写，发表在《International Journal of Molecular Sciences》上，主要讨论了基于质谱（MS）的蛋白质组学数据分析中的生物信息学方法。不过这个综述里面的蛋白质组学数据分析的上下游划分方式我不是很认可，我认为的：
人的DNA链全部展开大约有2m，需要折叠为染色质结构才可以存储到放到细胞核中。染色质的基本结构单位是核小体（由组蛋白组成），核小体再折叠最终形成高度压缩的染色质结构。一般真核生物是这种方式来存储遗传信息。
单细胞ATAC-seq技术，顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术，它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势，是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing，是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。
MBA属于深圳国家基因库（CNGB）与华大生命科学研究院共同打造的时空组专辑数据库系列，研究团队对成年猕猴大脑开展了单细胞染色质可及性测序、单细胞核转录组测序，并进行了时空组学分析，最终发布了猕猴大脑皮层的单细胞染色质可及性图谱、转录组图谱以及空间图谱。这是首次对外发布猕猴大脑皮层的细胞多组学信息（Macaque Brain Atlas,MBA），为绘制猕猴大脑的精细图谱提供基础。
在全基因组范围内的SNP位点中，位于编码基因上的SNP位点只是非常小的一部分，绝大部分都是位于非编码区。通过ENCODE， Roadmap等项目，得到了SNP位点与基因组各种元件的位置关系，然而仅仅通过位置分布来解释和预测SNP在基因调控作用中的作用是非常困难的，类似增强子的调控作用，基因调控是一个非常复杂的过程，不仅仅局限在基因组位置相近的元件之间。
能源材料研发传统的实验手段面临着「炒菜」试错的窘境，而过去的计算手段受限于算法效率，无法有效求解实际工业生产中面临的复杂问题。该行业亟需新的生产力工具的诞生，以期加速行业的转型与升级。而伴随着「AI+Science」的浪潮，计算模拟与解决实际问题之间的距离正在被大大缩短。 由深势科技与机器之心联合主办的 AI 助力能源材料计算模拟设计系列讲座即将开展新一轮分享。本轮讲座我们邀请到厦门大学闽江特聘教授程俊、上海科技大学助理教授乔博和杜克大学博士宋汝怿担任主讲人。 9 月 11 日起，北京时间每周六上午 11
作为影响免疫检查点抑制剂治疗决策的生物标志物，肿瘤突变负荷（TMB）估计的准确性、可靠性和可比性至关重要。该研究中，研究者开发了一组具有不同TMB值的福尔马林固定和石蜡包埋（FFPE）样品作为TMB估计的新参考材料。通过使用CRISPR/Cas9技术将几种临床相关变异引入人类细胞系，构建了几种典型的细胞系并进行了外显子测序验证。然后进行细胞混合和石蜡包埋，制备了新型FFPE样品。
为保障整车系统稳定性、提升汽车软件开发效能、促进汽车软件高质量发展，由中国信息通信研究院（以下简称“中国信通院”）主办的“汽车云专场沙龙暨汽车行业软件研发效能成熟度模型标准发布会”于2022年12月20日成功召开。沙龙以“车云一体，质效先行”为主题，嘉为蓝鲸DevOps首席咨询师汪珺受邀分享汽车软件研发转型策略，与车企、信通院、厂商三方专家共话车企软件研发效能与系统稳定性的关键技术演进和落地实践。
通过ENCODE等一系列大型的国际化项目，科学家对于对于人和小鼠基因组中的基因结构，调控元件有了深入认知，识别到了许多的基因调控关系，然而对于其调控的具体机制仍然缺乏充分了解。
通过Hi-C技术可以得到全基因组范围内的染色质交互信息, 在不同的分辨率下，首先得到bin之间的交互矩阵contact matrix, 通过热图的形式来展示该交互矩阵，即得到了contact map。在完整的contac matrix的基础上，可以进行A/B隔室，拓扑结构域，染色质环等不同层级空间结构单元的分析。
今天带来的这篇文章2020年2月刊登在Science Advances上，题为：Chromatin accessibility analysis reveals regulatory dynamics of developing human retina and hiPSC-derived retinal organoids 。
引言：蛋白质组是生命活动的物质基础，对蛋白质的研究能为疾病机制、治疗探究提供较基因组研究更加直接的证据。CPTAC(clinical proteomic tumor analysis consortium ，临床蛋白质组肿瘤分析协作组) 整合基因组和蛋白组的数据，为从蛋白质层面进行探究提供了丰富的资源。
本周受邀来武汉菲沙基因参加三维基因组学习研讨班，所以更新该系列该领域基础知识以及一个实战项目的方方面面，测试数据以及流程软件的解说，希望大家喜欢！
对大家来说，耳熟能详的软件就是 MaxQuant 啦，在综述文章《Bioinformatics Methods for Mass Spectrometry-Based Proteomics Data Analysis》有详细的介绍各种软件的对比汇总。
今天小编分享一篇今年5月发表在Trends in Genetics的综述文章，复习一下单细胞多组学技术的基础知识。
GitHub 粉们可以通过 Watch 仓库的 Release（提前）关注发布内容。
布鲁顿酪氨酸激酶（BTK）抑制剂依鲁替尼（ibrutinib）为慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者主要的治疗药剂。
今天为大家介绍的是来自Robert S. Langer与Daniel G. Anderson团队的一篇论文。为了充分发挥信使RNA（mRNA）疗法的潜力，扩大脂质纳米粒子的工具库至关重要。然而，脂质纳米粒子开发的一个关键瓶颈是识别新的可离子化脂质。在本文中，作者描述了一种加速发现用于mRNA递送的有效可离子化脂质的方法，该方法结合了机器学习和先进的组合化学工具。作者从一个简单的四组分反应平台开始，创建了一个化学多样性的584种可离子化脂质库。作者筛选了包含这些脂质的脂质纳米粒子的mRNA转染效率，并使用这些数据作为训练各种机器学习模型的基础数据集。作者选择了表现最佳的模型来探查一个包含40,000种脂质的扩展虚拟库，合成并实验评估了其中表现突出的16种脂质。作者得到了脂质119-23，它在多种组织中的肌肉和免疫细胞转染中表现优于已建立的基准脂质。该方法促进了多用途可离子化脂质库的创建和评估，推进了精确mRNA递送的脂质纳米粒子配方的发展。
简而言之：蛋白质组就是一个特定的生物系统中（特定时间、空间）存在的所有蛋白质及其相互作用
今天给大家介绍的 3DSNP 是一个集成数据库，通过探索人类非编码突变在基因和调控元件之间的远端相互作用来注释突变。其整合了千人基因组计划中 3D 染色质的相互作用，不同细胞类型中的局部染色质特征以及连锁不平衡（LD）信息。同时也提供了信息丰富的可视化工具，以显示局部和三维的染色质特征以及突变之间的遗传关联。这个网站也将不同功能类别的数据被集成到一个量化评分系统中，以便我们从大量数据中选择相对重要的突变。
脂滴(Lipid droplets, LDs)是一种呈球状的细胞器，也称为脂质体或油体。与其他细胞器不同，脂滴的表面是单层的磷脂膜，在哺乳动物细胞中，脂滴单分子膜的主要成分是磷脂酰胆碱(Phosphatidylcholine, PC)，高达60%，其次是磷脂酰、磷脂酰肌醇等[1]。在磷脂膜上有超过 200 种不同的结构蛋白和功能蛋白定位于 LDs 的表面，如 DGAT2、Rab18、脂滴包被蛋白(Perilipin)和 CCT 等，调节 LD 内稳态和细胞内相互作用[2,3]。脂滴的核心是中性脂质，如三酰甘油酯(Triacylglycerols, TAG)和甾醇酯(Sterol esters, SE)等，沉积在脂滴中，在白色脂肪细胞中，TAG 主要以脂类酯的形式储存在脂滴中，而在类固醇细胞中，SE 是主要成分，此外，根据细胞类型的不同，许多其他内源性中性脂质如视黄醇酯、醚脂质和游离胆固醇也储存在脂滴核内[4]。
当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。
通观2021年国自然基金项目指南，其中研究主题涉及基因表达调控的热点就有8个，其中表观遗传学、转录因子、以及组蛋白修饰等受到越来越多人的关注。
利用5kb分辨率的Hi-C基因组互作图谱，科学家识别到了chromatin loop这种染色质结构，文章发表在cell上,标题如下
DNA甲基化是细胞分裂过程中遗传的一种表观遗传标记，影响细胞的生物学功能。而单细胞水平上的全基因组甲基化分析将有助于深入了解转录调控和细胞异质性。
作者简介：中科院遗传与发育生物学研究所中丹学院博士生张泽宇，外号 “大神”，口号 “Now you see me”。 这是其刚入学时做的一个报告。 本篇介绍下蛋白质组学，如果覆盖度深的话，应该是新时代
知识回顾定量蛋白质组学一、无标定量（相对定量）1.概念2.原理参考文献3.理论基础方法一方法二4.流程5.特点二、有标定量1.概念2.原理3.种类4. ITRAQ1）参考文献2）原理3）ITRAQ4）实验流程5）峰谱结果6）特点5、SILAC1）基本原理和流程2）参考文献3）优势
1月12日，南通大学生殖医学研究院孙斐教授及其团队在《Human Molecular Genetics》期刊发表了人类精子发生过程中的单细胞ATAC测序最新进展，题为：Single cell ATAC-Seq reveals cell type-specific transcriptional regulation and unique chromatin accessibility in human spermatogenesis。
在后基因组时代，蛋白质组学在生物医学研究中发挥着重要作用。近日，Nature子刊《Laboratory Investigation》发表了一篇高通量蛋白组的mini-review，概述了高通量蛋白质组学技术、统计和算法的进展。
构建整个细胞的结构模型一直是学术界面临的一个长期存在的跨学科挑战，因为这需要多种来源的生物数据之间前所未有的集成和增强的计算建模和可视化方法。最近，科学家们展示了第一个用计算工具构建的完整的生殖支原体(MG)细胞的3D结构模型。这个模型概括了最近全细胞系统生物学模拟中描述的数据，并提供了所有MG蛋白、DNA和RNA分子的结构展示，这些数据来源于实验和同源建模的结构，以及基于晶格的基因组模型等。
Pine 发自 凹非寺 量子位 | 公众号 QbitAI 不用破坏电动汽车的电池也能够检测它的健康状况。 这个方法是日本研究团队为电动汽车下一代电池：全固态锂金属电池开发出来的。 全固态锂金属电池可以提供更高的能量密度、安全性和更低的复杂性。 但同时它也有个很严重的问题：退化严重，这也是其没有推向市场的一个重要原因。 而在以往，要了解这个电池的退化原因都得剖开电池。 现在不仅不用了，而且他们还解决了全固态锂金属电池电极与电解质材料之间的接触问题，研究成果已经发表在ACS Applied Materials
2021年8月23日，华大基因唐冲博士团队在表观遗传与染色质研究权威期刊Epigenetics & Chromatin上发表题为"Sequencing of methylase-accessible regions in integral circular extrachromosomal DNA reveals differences in chromatin structure"的论文，开发出一种单分子层级研究ecDNA染色质开放性的新技术 —— CCDA-seq。
导读 近日，国内知名测试专家朱少民老师莅临腾讯，与WeTest产品中心、Turing Lab及北极光工作室测试质量中心举行了座谈会，就当前测试行业的发展趋势及AI的探索应用展开了热烈的讨论。 WeTest还联合腾讯上海大讲堂打造了“WeTest大师公开课”系列专题，特别邀请朱少民老师于当天下午在腾讯进行了《AI在与不在，‘质效合一’都在那里》的课程分享。在课上，朱少民老师将测试干货知识与实际应用案例充分结合起来，详细的阐述了如何采取正确的测试方式、测试流程或测试策略，来达到质效合一的效果，并与
最近对青少年的纵向研究报告了MRI与青春期前瞻性焦虑症状的相关性，而青春期是焦虑障碍发病的易感时期。然而，它们的预测价值尚未确定。通过机器学习算法进行个体预测可能有助于缩小与临床相关性之间的差距。采用随机森林、支持向量机和逻辑回归算法的投票分类器，评估感兴趣的灰质体积和心理测量学评分在检测前瞻性临床焦虑中的预测相关性。研究对象为年龄18 ~ 23岁的临床焦虑患者(N = 156)和健康对照者(N = 424)。提取Shapley值对特征重要性进行深度解读。对合并焦虑障碍的前瞻性预测主要依赖于心理测量学特征，达到了中等水平(受试者工作曲线下面积= 0.68)，而广泛性焦虑障碍(GAD)的预测达到了相似的性能。仅就心理测量学特征而言，MRI局部体积并不能改善前瞻性合并焦虑症的预测性能，但它们改善了GAD的预测性能，其中尾状核和苍白球体积是贡献最大的特征之一。总之，在非焦虑的14岁青少年中，未来4-8年的临床焦虑发作可以个体化预测。心理测量学特征如神经质、绝望和情绪症状是汇总焦虑障碍预测的主要贡献因素。神经解剖学数据，如尾状核和苍白球体积，已被证明对GAD有价值，应纳入前瞻性临床焦虑预测。
基于文章主图，我们将临床蛋白质组的处理步骤分为的实验处理，质谱分析和生信分析共9步，分别进行简单介绍：
机器之心专栏 机器之心编辑部 本文首先提出了新型多模态机器学习模型 C.Origami 来预测特定细胞类型的染色质构象，并基于遗传筛选的原理提出了全新的高通量计算遗传筛选 (in silico genetic screening, ISGS) 方法。 图 0 不同种类细胞中基因组构象的差异决定了基因表达的特异性，进而决定不同细胞类型的功能差异。长久以来，从原位杂交到高通量检测如 Hi-C、micro-C 技术，基因组构象检测的实验方法通常耗时耗力、成本高昂且有很强的技术局限性。这些方法极大地限制了这些实验
人类精子发生是一个高度有序的过程；然而，DNA甲基化和染色质可及性在这一过程中的作用在很大程度上仍然未知。
大家好，今天分享一篇发表在nature metabolism上的文章“A large-scale genome–lipid association map guides lipididentification”，通讯作者是来自威斯康星大学麦迪逊分校的Joshua J.Coon教授，该课题组主要从事化学仪器技术、信息学、蛋白质组学和代谢组学等技术的开发研究，并用于探索疾病、生物能源等生物学问题。
代谢重编程是目前疾病研究比较火热的一个话题，代谢常常影响着多种疾病，以癌症为例，通过代谢通路研究，可以靶向寻找肿瘤细胞能量供应途径，从而抑制肿瘤细胞增殖，其中脂代谢可以称为疾病代谢机制研究中十分重要的一员。随着对脂质在细胞生物学，生理学和病理学中的多种生物学作用的更好的理解，脂质的研究已经发展成为越来越重要的研究领域。
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法， 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。 真核生物的核DNA并不是裸露的，而是与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体，核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构（如人的DNA链完整展开约2m长，经过这样的折叠就变成了纳米级至微米级的染色质结构而可以储存在小小的细胞核）。而DNA的复制转录是需要将DNA的紧密结构打开，从而允许一些调控因子结合（转录因子或其他调控因子）。这部分打开的染色质，就叫开放染色质，打开的染色质允许其他调控因子结合的特性称为染色质的可及性（chromatin accessibility）。因此，认为染色质的可及性与转录调控密切相关。 开放染色质的研究方法有ATAC-seq以及传统的DNase-Seq及FAIRE-seq等，ATAC-Seq由于所需细胞量少，实验简单，可以在全基因组范围内检测染色质的开放状态，目前已经成为研究染色质开放性的首选技术方法。
2022年12月20日，由中国信息通信研究院（以下简称“中国信通院”）主办的“汽车云专场沙龙暨汽车行业软件研发效能成熟度模型标准发布会”成功召开。会上正式发布了业内首个《汽车行业软件研发效能成熟度模型标准》，正式成立了云上软件工程社区-汽车云工作组，同时邀请多位知名车企专家代表和云厂商技术专家以“车云一体，质效先行”为主题，探讨汽车行业全面上云之后的汽车软件研发效能与系统稳定性的关键技术演进和落地实践。
原文题目：Single-Cell Transcriptomics Reveals Early Emergence of Liver Parenchymal and Nonparenchymal Cell Lineages
一转眼，2021就过去一半了，这半年里，乐乐的发量发生了质的变化—— 「再少不能少需求」 「再急不能急客户」 和乐乐的发量一样 发生了质的变化的 是客户在腾讯乐享上的体验 6个更新功能 为每个成员带来更畅快的体验 让管理员享受自助化的操作 助力办公效率直线提升 帮客户「快人一步」！ 一起来看看你发掘了哪些～ *PS：扫描二维码有详细的功能介绍哦！ 更贴心的升级 成员体验「快」 “第一时间参与直播互动！” “无需下载/换平台，随时演示方案” “未完成任务一目了然” 自助化的功能 管理
染色质构象捕获技术的发明，使得科学家可以通过实验手段来研究染色质的空间结构。传统的3C技术通量较低，只适用于分析one_vs_one的染色质互作，为了更加高效的进行3D基因组学的研究，科学家们在3C技术的基础上不断推陈出新，衍生出了各种技术，图示如下
近日，腾讯研究院联合北京大学数字金融研究中心、腾讯微保、三星财险、律商联讯风险信息发布了《守正创新·2024新能源车险发展报告》。报告深入分析了新能源汽车保险市场的现状、挑战与未来发展趋势，为更好理解新能源车险的新问题、新方案和新趋势提供了关键参考。
Hi-C技术的出现推动了三维基因组学的发展，利用Hi-C技术，科学家不仅证实了染色质疆域的存在，而且进一步发现了更多染色质的三维特征。
越来越多的研究表明，遗传性胚系突变和体细胞基因突变都可能促进白血病的发生发展。体细胞基因畸变，包括突变、重排、插入和缺失等，已经被证明能够通过显著促进白血病前造血细胞的生存和增殖来驱动白血病的发生。然而，遗传性白血病的风险因素，尤其是那些在内含子或者基因间位点的非编码变异的在白血病发生发展中的作用，却没有得到充分的研究。尽管全基因组关联性研究（GWAS）已经确定了超过14个基因的常见变异与急性淋巴性白血病易感相关，但这些研究很少对分子机制进行研究。究其原因，大多数与疾病或性状相关的基因突变都定位于基因组的非编码区域，如如启动子、增强子和沉默子等。这些部位的遗传突变通过调节局部或远端的基因转录，从而在疾病的发生和发展中发挥重要作用。但是，由于增强子可以在远至100万个碱基对的上游或者下游，通过染色质环与目标基因相互作用，因此，如何确定目标基因成为研究非编码调控元件的主要挑战。
研究人员Hosein Mohimani 助理教授说：“科学家们浪费了大量时间来分离已知的分子，基本上是重新发现青霉素。” “尽早检测分子是否已知可以节省时间和数百万美元，并有望使制药公司和研究人员更好地寻找可能导致新药开发的新型天然产品。”
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