在人和小鼠中，已经识别到的转录因子有几百种之多。众所众知，转录因子的调控作用是具有细胞或者组织特异性的，在某种特定的组织或细胞中，发挥调控功能的只是一小部分转录因子。...dbCoRC是一个核心启动因子数据库，通过超级增强子关联的转录因子来鉴定不同组织或者细胞中的CRC。...识别到超级增强子之后，首先利用TRANSFAC/MEME数据库下载转录因子motif信息，通过FIMO软件进行motif scan分析，在超级增强子区域内寻找转录因子结结合位点。...点击转录因子的ID, 可以查看该转因子在其他转录因子SE区域的结合位点，示意如下 ? 同时还提供了该转录因子在TCGA等不同数据库中的表达量信息，示意如下 ?...dbCoRC侧重于分析超级增强子区域关联的转录因子间的调控关系，如果只是单纯的分析超级增强子，更加推荐SEdb数据库。
JASPAR是一个免费公开的转录因子数据库，在该数据库中收录了转录因子的mitif信息，可以用来预测转录因子与序列的结合区域。...网址如下 http://jaspar.genereg.net/ 在该数据库中，提供了以下9种不同来源和类别的转录因子信息 1....JASPAR CORE 该类别下都是从文献中收集的，有实验证据支持的真核生物转录因子motif信息，而且经过了人工核对，是一个非冗余的，高质量的转录因子motif数据库，所以也是整个数据库中的核心。...Collection FAM 该类别下保存的是转录因子的类别class信息，多个转录因子可以拥有相同的调控序列，将调控序列相同的转录因子归为一类。每个class的编号以MF开头，示意如下 ? 4....通过JASPAR数据库，我们只能获取转录因子的motif信息，然后通过软件去预测和DNA序列的结合位点，即TFBS。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
这个数据库能够预测结合特定DNA位点或基序的转录因子，以及可能被特定DNA结合蛋白识别的DNA基序或位点。...Cistrome DB（http://cistrome.org/db/#/）是目前最全面的研究ChIP-seq和DNase-seq的数据库,共收录了30451人和26013小鼠的转录因子、组蛋白修饰和染色质可及性样本...不同数据库中收集的转录因子的信息有所不同，接下来，我们以下列三个数据库：AnimalTFDB 3.0、The Human Transcription Factors 和RcisTarget包自带的motifAnnotations_hgnc_v9...数据库为例，为大家展示一下这三个数据集所含转录因子的信息差异： ****读取不同数据库下载得到的TFs列表 #1_来源于AnimalTFDB3，下载链接：http://bioinfo.life.hust.edu.cn.../ 这两个数据库关于转录因子的收录，都是接近于2000个基因。
这个数据库收录了目前公共数据库当中敲减该转录因子后做的表达谱（芯片、二代测序）的数据，进而来反映这个转录因子变化后对于基因表达的影响。 ?...左边主要是数据纳入的基本信息，包括数据来自的数据库、样本种类和转录因子；右边是每个数据集的详细信息，包括数据集ID、涉及转录因子、敲除的方式和实验组织等等 我们可以看到数据库主要纳入了GEO和ENCODE...由于是敲减的表达谱，变化的基因不一定是受到这个转录因子的影响，也可能是这个转录因子影响别的基因进而影响这个基因变化的。...所以为了明确是不是收到这个基因的影响这个数据库也预测了相关基因启动区、超级增强子区、普通增强子区的可能结合的转录因子。...这个功能其实类似于ChEA3数据库。 ? 转录因子富集 如果我们有一堆转录因子想看这些转录因子是否收到受到一个转录因子的影响（并不一定是直接调控），可以使用这个功能。
昨天我们介绍了这个数据库的其中一部分功能 KnockTF：转录因子敲除数据库(一)，今天把这个数据库的其它功能介绍完。 ?...检索功能 这个功能提供了四个选项可以让我们进行检索：基于转录因子、基于目标基因、基于敲除手法、基于组织类型。转录因子检索的结果和我们上述浏览的差不多，所以这里我们就基于目标基因检索来介绍一下。 ?...可以获得数据库当中作用差异表达基因的结果。 ? 这个挺建议收藏的。做一个自己的离线DIY数据库。 ? 以及关于启动子；SE以及TE区域的转录因子结合的分析结果。 ?...只是转录因子的chip-se数据太大了。大家就酌情考虑要不要下载吧。 数据库总结 通过两天的时间，我们把这个数据库的功能介绍完了。虽然数据库只是把公共的数据拿来分析了整合了一下。。...如果我们想要转录因子的敲除/减数据集的话，其实来这里找就行了。其实建议还是Chip-seq的数据和这个敲减的数据一起联合分析，这个找到的结果基本上就是受到这个转录因子调控且影响基因功能的结果了。
JASPAR 数据库包涵了 9 个不同的子库，其中 JASPAR CORE 数据库属于高质量，非冗余转录因子数据库，包含的信息源于已经实验证实的真核生物转录因子结合位点。...常见的准路因子预测网站 ?...这里只列出了部分，我们这里这介绍JASPAR 1.JASPAR 简介 Jaspar中有9个子数据库，CORE, CNE, FAM, PBM等，关于什么时候使用哪个数据库，在About下有详细介绍。...Advanced Options为高级检索，以检索人的转录因子SP1为例，下方可选框中选择筛选要求，快速锁定目标数据。 ? 搜索结果被展示在一个列表中。一般我们选择最新版本！ ?...4.转录因子预测 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
ENCODE数据库中包含了许多转录因子的chip-seq数据，通过对chip-seq数据进行分析，可以预测得到该转录因子对应的靶基因数据。...通过整合多个转录因子的分析结果，就可以构建一个转录因子靶基因数据库，网址如下 http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/ENCODE+Transcription...+Factor+Targets 该数据库中包含181种转录因子的靶基因数据，每种转录因子的靶基因对应一个数据集，示意如下 ?...以转录因子ARID3A为例，结果如下 ?...对于整个数据库，可以通过如下API获得全部转录因子对应的数据的链接 http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/api/1.0/dataset/ENCODE+Transcription
这些基因，只有在转录因子结合到其特定的DNA序列上后，基因才开始表达。那么，我们要了解的是，什么是转录因子？什么又是转录因子结合的的特定的DNA序列（转录因子结合位点）？ 那首先，什么是转录因子呢？...转录因子不单与基因上游的启动子区域结合，也可以和其它转录因子形成转录因子复合体来影响基因的转录，可以产生很复杂而精细的影响。...结合在DNA上的启动子以及增强子之类控制转录的区域上，促进或者抑制DNA上的遗传信息向RNA转录的过程。 什么又是转录因子结合位点？...某度百科中是这么介绍的：转录因子结合位点（Transcription factor binding site，TFBS）是与转录因子结合的DNA片段，长度通常在5~20 bp范围内，一个转录因子往往同时调控若干个基因...好了，接下来我们看如何预测整个物种的转录因子和转录因子结合位点。 ? 首先介绍一个神奇的网站：是由咱们北京大学开发的转录因子数据库（PlantTFDB），目前，已经更新到v5.0 版本。
unibind采用了ChIP-eat这个工具对ReMap数据库中转录因子的chip_seq数据进行分析，对于来自JASPAR数据库中的人类转录因子，通过结合chip_seq数据的分析结果和转录因子的PWM...等模型来准确预测转录因子结合位点，该数据库网址如下 https://unibind.uio.no/ 数据分析的流程如下图所示 ?...该数据库对来自315个不同组织和细胞系，231种转录因子，共1983个chip_seq原始数据进行分析，与hg38基因组进行比对，通过peak calling识别到peak区域，再进一步结合PWM, DNA...shape model, TFFM, Bingding Energy model4种模型在peak区间的基础上进一步预测转录因子结合位点。...JASPAR数据库只提供了转录因子的motif信息，unibind则在此基础上提供了TFBS的信息，可以看作是对JASPAR数据库的一个补充，对于转录因子研究而言，TFBS信息非常的重要，对于研究转录因子调控的靶基因意义重大
表示转录因子的名称，对应的基因，家族，序列等基本信息，DNA motifs代表该转录因子结合区域的保守模式，DNA binding sites代表该转录因子实际的结合区域，target genes代表转录因子调控的靶基因...footprintDB是一个综合性的转录因子数据库，通过整合多个转录因子相关的数据库，最终构建出一个非冗余的数据集，在该数据库中，存储了transcription factors, DNA motifs...，转录因子数量等统计信息详见以下链接 http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php?...以转录因子FOXP2_HUMAN为例，结果如下 1. Transcription Factor ?...包含了结合位点的编号，序列，对应的motif和转录因子等信息。
TF: transcription factor转录因子 TFBS: transcription factor binding site转录因子结合位点 TFBS是序列内的location，TF特异结合在这里...定义：TFBM (transcription factor binding motif) 转录因子结合域 “代表一个TF的结合特异性，通常通过汇总一系列结合位点的保守和可变位点而来，几个modes或...的结合特异性已经很好的被描述过了 2 High-affinity高亲和位点有核心CACGTG，后面跟着几个Gs或Cs 3 Medium-affinity中度亲和位点有核心的CACGTT，跟着几个Ts 4 一些单核苷酸突变足以阻止转录因子与其结合...image.png Consensus reprentation 第一，酵母TF Pho4p在TRANSFAC数据库中包含8个结合位点 其中，5/8包含高亲和力结合位点（CACGTG） 3/8包含中度亲和力结合位点...A：在RNA序列中，单链计算普遍合适 B：DNA序列中，对顺式作用元件来说，双链计数都可以，因为很多转录因子作用不依赖于方向定位。 ?
mRNA可以翻译成各种功能的蛋白，其中有一类研究调控蛋白研究的非常火热，即转录因子transcription factor, 简称TF,TF参与调控转录起始过程，是研究转录调控必不可少的一环。...TF其实也是可以调控miRNA的转录过程的，而TransmiR就是一个从文献中整理得到的转录因子和miRNA之间调控关系的数据库，网址如下 http://www.cuilab.cn/transmir 在该数据库中...该数据库覆盖了多个物种中的TF-miRNA信息，各物种对应的数据量如下所示 ? 通过官网的Search功能，可以根据miRNA或者TF进行检索，示意如下 ?...该数据库与HMDD是同一个团队开发的，所以在该数据中集成了miRNA相关的疾病信息。 通过Network功能，可以查看TF-miRNA调控关系的网络图，如下所示 ? ?...该数据库的信息是可以免费下载的，通过该数据库，可以方便的研究TF-miRNA的调控关系。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
研究转录因子，最经典的数据库就是TRANFAC数据库，网址如下 http://gene-regulation.com/ 该数据库中不仅收录了转录因子和对应的家族信息，也收录了转录因子调控的基因以及转录因子结合位点...Factor Facto 代表转录因子，每个转录因子的编号以T开头，通过如下方式可以检索到所有转录因子的信息 ? 共收录了73840个转录因子的信息，以转录因子T00002为例，结果如下 ?...几个重要标签的含义如下 AC代表转录因子编号，以大写字母T开头 FA代表转录因子的名字factor name SY代表转录因子的别名； OS代表对应的物种 OC代表物种分类信息 GE代表编码该转录因子的基因...Class 转录因子是一种具有调控功能的蛋白质，和蛋白质家族类似，也有转录因子家族的概念，class 代表的就是转录因子家族信息，每个转录因子家族的编号以C开头，通过如下方式可以检索到所有转录因子家族信息...几个重要标签的含义如下 AC代表细胞系的编号 OS代表物种 CD代表细胞系的描述信息 BS代表在该细胞系的数据中鉴定到的转录因子结合区域信息 由于public数据库不开放下载功能，我们只能利用该数据库进行检索
FactorBook整合了ENCODE数据库中人和小鼠的chip_seq数据，以转录因子为中心，进行了转录因子motif分析, 与其他转录因子或者组蛋白修饰的关联分析，数据库网址如下 http://www.factorbook.org...Function 展示了refseq和wikipedia数据库中对该基因功能的描述，示意如下 ? 同时还提供了PDB,GO等数据库的超链接，方便查相关信息，示意如下 ? 2....Histone Profiles 对于转录因子的chip_seq数据，我们通常会分析在TSS位点两侧的富集情况。...这部分内容将转录因子peak的中心区域当做TSS, 看组蛋白修饰的数据在转录因子peak中心区域的富集情况，结果示意如下 ? 不同颜色代表不同的组蛋白修饰 ? 3....Histone Heatmap 以转录因子的peak区域作为基础，分析不同组蛋白修饰在这些区域的定量结果，并绘制热图，示意如下 ? 同时根据这些区域的定量结果，计算转录因子和组蛋白修饰的相关性。
TFTG数据库全称是Transcription Factor Target Gene Databse, 是一个转录因子靶基因数据库，该数据库结合实验手段和分析手段来研究转录因子和靶基因之间的调控关系，示意图如下...最后结合该转录因子的chip-seq实验的结果，基本可以确定第二个候选位点是一个真实的TFBS。 该数据库综合利用上述多种实验和分析手段，最终构建出一个高可信度的转录因子靶基因调控数据集。...转录因子对应的靶基因 ? 对于基因而言，以AACS为例，检索结果包含了以下信息 1. 基本信息 ? 2. TFBS ? 该数据库是免费下载的，提供了以下两种数据 ?...excel文件中保存的是所有转录因子的名字，对应的基因信息，示意如下 ? 压缩文件中保存的是每个转录因子对应的靶基因信息。...通过该数据库，我们不仅可以得到转录因子对应的靶基因信息，更加值得借鉴的是它解决问题的思路，综合实验手段和计算手段来降低假阳性率。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
TRRUST数据库是一个记录转录因子调控关系的数据库，不仅包含转录因子对应的靶基因，也包含了转录因子间的调控关系。...该数据库最新版本为v2,网址如下 http://www.grnpedia.org/trrust/ 对于human而言，包含了800种转录因子，8444个调控关系对；对于mouse而言，包含了828种转录因子...如果输入的基因为一个转录因子对应的基因，会同时输出该转录因子的靶基因和调控该转录因子的其他转录因子，也会输出该基因相关的GO, KEGG等功能注释；如果输入的基因不是一个转录因子，则只会输出调控该基因的转录因子...以转录因子AHR为例，检索结果包含以下几个部分 1. 转录因子对应的靶基因 ? 2. 调控该转录因子的其他转录因子 ? 3. 和AHR具有相同靶基因的其他转录因子 ? 4....除了查询功能，该数据库还提供了一种寻找关键的TF的功能，示意如下 ? 输入一系列的基因，比如差异分析得到的差异基因，通过费舍尔精确检验，分析在哪个转录因子中富集，结果示意如下 ?
转录因子主要有3种作用方式调控基因表达： TF既可以结合在DNA临近的增强子也可以结合在启动子玉玉。...，很多TF有两个相反机制调控转录 (A) 组蛋白乙酰化（HAT）:组蛋白乙酰化转移酶，乙酰化的组蛋白，减弱DNA和组蛋白结合，DNA易于转录，上调 (B)组蛋白去乙酰化（HDAC）：组蛋白去乙酰化后...，DNA更紧，DNA不易转录，下调。...3 招募co-activator或co-inhibitor到TF-DNA复合体 ---- 基础转录条件和差异调节 Basal转录调节 真核生物中，一类重要的TF是general transcription...factors（GTFs），是转录所必需，大多数GTFs不直接结合DNA，而是和RNA pol相互作用的大的转录预起始复合体的一部分。
follow-up section of the tutorial: BiocManager::install(c("DT", "visNetwork")) RcisTarget主要输入参数是基因列表和基序数据库...下载RcisTarget使用所需的数据库，包括两种数据库： Gene-motif rankings: which provides the rankings (~score) of all the genes...因此，我们提供多个数据库(motif-rankings)，根据以下几种可能性: Species: Species of the input gene set....因此需要提供motif与转录因子的相关联的文件。...TF_highConf：根据'motifAnnot_highConfCat'注释到基序的转录因子。 TF_lowConf：根据'motifAnnot_lowConfCat'注释到主题的转录因子。
chipBase收集来自GEO,ENCODE数据库中的chip_seq数据，通过对这些原始数据进行分析，致力于构建各种转录因子与非编码RNA, 蛋白编码基因之间的调控网络，网址如下 http://rna.sysu.edu.cn.../chipbase/ 数据库构建的流程如下 ?...最后根据来自TCGA数据库和GTEx项目约2万例样本的转录组结果，对转录因子和调控基因的相关性进行分析。该网站提供了以下几个主要功能 1....查看转录因子和基因间的调控网络 提供了转录因子与非编码RNA和蛋白编码基因之间的调控关系，以lncRNA为例，检索框如下 ?...首先确定感兴趣的转录因子，然后选择对应的数据集，再选择靶基因筛选的范围，最终确定转录因子潜在的靶基因，结果示意如下 ? 2.
前面我们已经是完整的展示了使用R语言的scenic做转录因子分析的流程，但是在公开课演示100个细胞走这个流程，发现居然是耗时20min，实在是不能忍。...，1839 个基因的名字列表 转录因子的基因列表文件下载 ：pySCENIC/resources at master · aertslab/pySCENIC · GitHub pyscenic 的3...原文fibo细胞亚群走这个转录因子分析 我们的复现分成2步，首先对进行降维聚类分群，代码如下所示： rm(list = ls()) library(tidyverse) library(Seurat...复现 可以看到，作者的10个转录因子，在我们这个里面仅仅是剩下了 7 个，不知道是不是因为前面随机抽样1000个细胞导致的。...虽然有转录因子的缺失，但是转录组因子的规律并没有变化，在iCAF和mCAF这个亚群特异性激活的转录因子保持原文的样子。
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