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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八)- Scater包输入导入和存储

虽然前面做了原始数据质控和测序数据质控移除了一部分从reads数层面就不合格的细胞,还需要进一步根据表达矩阵移除其它类型低质量细胞。如果未能识别并移除低质量细胞会混淆下游分析中的有意义的生物信息。...因此,执行质控时,我们是通过数据集内部比较找到异常细胞,而不是依赖于其它独立的质量标准。因此比较不同的建库方法获得的不同数据集时需要格外注意。...Tung数据集 我们使用芝加哥大学Yoav Gilad实验室的3个不同来源的诱导多能性干细胞 (iPSC)的数据集 (http://jdblischak.github.io/singleCellSeq/...细胞分选采用Fluidigm C1微流控台,同时使用UMIs和ERCC spike in进行质控为了保证可重复性,数据是2016年3月15生成的原始数据的拷贝,存储于tung文件夹下。...(在Rstudio中有个便利的地方,输入变量名再输@, $可以弹出对应的子属性,方便快速输入。)

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    数据输入、输出

    数据输入输出 字符输出函数 int putchar(int c) : 功能:在标准输出上面显示一个字符 格式化输出函数 int printf(const char *format…) : 功能:格式化字符串输出...修饰符 功能 m 输出数据域宽,数据长度<m,左补空格;否则按实际输出 .n 对实数指定小数点后位数;对字符串指定实际输出位数 - 输出数据在域内左对齐(缺省为右对齐) + 指定在有符号数的整数面前显示...l 用于d,x,o前,指定输入为long型整数;用于e,f前指定输入为double型 m 指定输入数据的宽度 * 抑制符,指定输入项读入后不赋值给变量 用"%c"格式符时,空格和转义字符作为有效字符输入...输入数据时,遇到以下情况认为该数据结束; 空格、TAB、或回车 宽度结束 非法输入 scanf函数返回值是成功输入的变量的个数,当遇到非法输入时,返回值小于实际变量个数。...’\0’,在使用该函数的时候要注意数组越界的问题(因为gets不会检查长度,当输入数据超过数组的长度的时候就会发生越界问题,所以在使用该函数时,需要注意字符的长度)。

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    tensorflow的数据输入

    tensorflow有两种数据输入方法,比较简单的一种是使用feed_dict,这种方法在画graph的时候使用placeholder来站位,在真正run的时候通过feed字典把真实的输入传进去。...key, value = reader.read(files) 4.对这个tensor做些数据与处理,比如CIFAR1-10中label和image数据是糅在一起的,这里用slice把他们切开,切成两个...([样本数高宽*管道]),我们就要用tf.train.batch或者tf.train.shuffle_batch这个函数把一个一个小样本的tensor打包成一个高一维度的样本batch,这些函数的输入是单个样本...,我们必须用Session run一下这个4D的tensor,才会真的有数据出来。...(10类别分类10%正确率不就是乱猜吗) 原文:【tensorflow的数据输入】(https://goo.gl/Ls2N7s) 原文链接:https://www.jianshu.com/p/7e537cd96c6f

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    重新思考数据输入

    前言 在目前的产品交互中,输入数据然后程序或者产品对数据进行验证是非常常见的需求,而产品进行验证的目的性也很明确,就是为了避免脏数据进入数据库。...数据完整 && 数据免疫 数据完整换句话就是产品对数据库中存储的数据有效性、科学性是有要求的,而目前的这些要求为了控制来源,让严格的要求控制了用户的体验和输入。...可以看到大部分产品在需要用户数据输入的时候,在提交之前都会做各种验证以及相应的提示,较好的产品还会做出很人性化的提示,告诉自己哪些字段是否必填,以及验证规则是什么。...但这样在做好数据完整的同时丢失了较好的用户体验。我们可以操作一些数据数据具有免疫能力。 输入控件 这个是比较科学常见的方案之一,提供对应数据数据来源,让其是在控制范围内选择的。...技术转换 在某些情况下,同等效力的输入数据应该是被支持的,虽然这些数据不是直接符合要求的,但可以经过一些技术手段进行自动的转换,最终实现我们的目的。

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    CSAPP lab

    CSAPP学习过程 这篇文章主要记录CSAPP书和lab的学习过程,具体某个lab的踩坑过程会分别附单独链接,本文主要是记录漫长的学习过程以及方便想学但是尚未开始学习的同学参考,以下是github的lab...image.png Todo Bilibili翻译课程 lecture 1-4 搭建实验环境 Data lab Bilibili翻译课程 lecture 5-9 Bomb lab Attack...lab 前置材料 一本CSAPP CSAPP的bilibili翻译课程 实验材料 参考经验贴1 参考经验贴2 我想做些什么 开设这个仓库是想记录我做CSAPP的lab的过程,也顺便将踩坑过程分享,帮助后人少走弯路...学习过程(以Lab为单位总结) 简单查阅别的学习经验后,大多数人的分享都说看书再多遍也不如做lab学到的多,lab是课程的精髓,我已经粗略的学过编译原理,计算机组成原理和操作系统,所以我会比较快速的过一遍网课然后开始...lab,目标3个月完成大多数的lab(也许有一些实在不感兴趣的lab会跳过) Timeline 2022-03-30 完成Datalab 2022-03-28 完成实验环境搭建 2022-03-27 完成

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab six

    MIT 6.830数据库系统 -- lab six 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。 ---- 引言 在本实验中,我们将要实现基于日志的中止回滚和崩溃恢复。源码中提供了定义日志格式的代码,并在事务期间的适当时间将记录附加到日志文件中。...要实现的是simpledb的日志系统,以支持回滚和崩溃恢复;在lab4事务中,我们并没有考虑事务执行过程中,如果机器故障或者停电了数据丢失的问题,bufferpool采用的是no-steal/force...byte[] oldData; } 数据页一开始的旧数据是空的,那什么时候会对旧数据进行更新呢?...tid) throws IOException { // some code goes here // not necessary for lab1|lab2

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab four

    MIT 6.830数据库系统 -- lab four 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。...---- 事务 事务是一组以原子方式执行的数据库操作(例如插入、删除和读取),也就是说,要么所有的动作都完成了,要么一个动作都没有完成,而数据库的外部观察者并不清楚这些动作不是作为单个不可分割动作的一部分完成的...两阶段锁协议的主要内容如下: 在对任何数据进行读、写操作之前,事务首先要获得对该数据的封锁。在对任何数据进行读操作之前要申请获得S锁,在进行写操作之前要申请获得X锁。...tid, boolean commit) { // some code goes here // not necessary for lab1|lab2

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab two

    MIT 6.830数据库系统 -- lab two 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。 Lab Two lab2必须在lab1提交的代码基础上进行开发,否则无法完成相应的练习。此外,实验还提供了源码中不存在的额外测试文件。...,主要负责维护Page数据组织格式和数据读写操作,其内部属性如下所示: public class HeapPage implements Page { final HeapPageId pid;...fetchNext方法这里就是Insert装饰器对象需要实现的方法,其内部调用被装饰器对象的next方法获取所有数据,然后执行insert操作,同时计算插入数据条数,最终返回的是插入的数据条数。...SimpleDB> 接着输入SQL语句即可进行查询: SimpleDB> select d.f1, d.f2 from data d; Started a new transaction tid = 0

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab three

    MIT 6.830数据库系统 -- lab 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。...本节理论基础可参考: CMU 15-445 – Query Optimization ---- 前言 我们应该在lab2的基础上进行开发,完成lab3的练习 下面是本实验的大纲: 实现TableStats...类和方法的将会在接下来的文章进行详细的解释,基本的操作如下: Parser.java初始化时构造了表统计数据的集合(存储在statsMap容器中),它接下来就等待输入查询,并调用查询的parseQuery...,card2代表右侧输入的基数(相当于元组数),扫描左侧输入的成本为cost1,访问右侧输入的成本为cost2;我们可以使用上面提到的公式来估计连接操作的成本 实现estimateJoinCardinality

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab five

    MIT 6.830数据库系统 -- lab five 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。 ---- 引言 在本实验中,我们将会实现B+树索引用于高效查询和范围扫描。...叶子节点可以包括数据记录或者指向其他数据库文件的指针。为了简单起见,我们实现的B+树的叶子节点只包括数据记录。...B+树内部节点是不保存数据的,只作索引作用,它的叶子节点才保存数据。...---- 小结 本节详细代码可以参考仓库lab five分支,相关类核心源码注释都已给出,大部分是笔者个人拙见,难免有错,希望大家带着辩证的视角去看待。

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    Python基础-语句结构、数据输入

    5、数据输入使用input函数#%%# 输入文件genes = input("请输入基因名:")expression = input("请输入表达值:")dataset = input("请输入数据集名称...:")name = input("请输入作者:")#%%genes_info = { "请输入基因名:": genes, "请输入表达值:": expression, "请输入数据集名称...:": dataset, "请输入作者:": name }print(genes_info)# {'请输入基因名:': 'TP53', '请输入表达值:': '54', '请输入数据集名称:...': 'TCGA-HNSC', '请输入作者:': 'JACK'}用了input函数赋值之后,每次都会在控制台中跳出相应的提问,问题按照代码的顺序从上到下出现,当出现问题之后需要使用者在问题后面输入相应的内容...换一种方式,殊途同归#%%info_items = ( "请输入基因名:","请输入表达值:", "请输入数据集名称:","请输入作者:" )genes_info = {}for info

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    2.3 数据输入输出

    一、数据输入输出的概念 (1)输入输出是以计算机主机为主体而言的 (2)C语言本身并不提供输入输出语句 二、printf函数输出数据 (1)一般格式 printf(格式控制,输出表列) 例子: ?...,用%m.nf ③输出的数据向左对齐,用%-m.nf 5、e格式符,用格式声明%e指定以指数形式输出实数 ?...三、scanf函数输入数据 (1)一般形式 scanf(格式控制,地址表列) (2)注意的问题 1、scanf函数中的“格式控制”后面应当是变量地址 2、如果在“格式控制字符串”中除了格式声明以外还有其他字符...,,则在输入数据时在对应的位置上应输入与这些字符相同的字符 3、在用“%c”格式声明输入字符时,空格字符和转义字符中的字符都作为有效字符输入 4、在输入数值数据时,如输入空格、回车、Tab键或遇到非法字符...,认为该数据结束 四、字符数据输入输出 (1)putchar函数输出一个字符 putchar(c)作用是输出字符变量c的值 (2)getchar函数输入一个字符 从计算机的终端(一般是键盘)输入一个字符

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