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甲基化探针相对于基因来说太多了怎么办

如果是表达量芯片,探针数量很明显是比标准的2万多个蛋白质编码基因多不少, 很容易理解嘛,因为每个基因长度那么给力,在上面设计多个探针很正常。 针对表达量芯片,我们会有一个很常规的操作,就是相当于基因来说的去冗余操作,如果一个基因对应多个探针我们会仅仅是保留表达量最大的探针作为那个基因的唯一表达量,这样之前的五六万个探针的表达量矩阵去冗余操作后就是两三万个基因的表达量矩阵啦。但是这样的操作并不是万无一失,仅仅是一个优先选择而已。之前就学员提出来了一个蛮古老的表达量芯片数据集的讨论,因为 它是做了这个PPARα

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